		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	37 (25%)	113	0.01401	0.0401	0.00307	0.0127	0.00022	0.00162	0.00249	0.0109	0.00189	0.00909	0.00050999	0.00311	5e-05	0.000463	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	0.00047	0.00291
1q gain	60 (40%)	90	0.03678	0.0826	0.19023	0.279	0.19324	0.282	0.38938	0.483	0.28422	0.378	0.03749	0.0834	0.074239	0.139	0.56269	0.647	0.22509	0.32	0.076189	0.142
2p gain	47 (31%)	103	0.37278	0.467	0.01007	0.0315	0.069929	0.133	0.03738	0.0834	0.03021	0.071	0.099119	0.172	0.02932	0.0694	0.01306	0.0381	0.01809	0.0483	0.01896	0.0499
2q gain	42 (28%)	108	0.80662	0.854	0.03194	0.0735	0.92814	0.951	0.25334	0.349	0.12792	0.212	0.74971	0.811	0.59465	0.67	0.39877	0.492	0.3481	0.445	0.61104	0.685
3p gain	26 (17%)	124	0.16057	0.246	0.055449	0.11	0.00171	0.00843	0.0134	0.0388	5.9999e-05	0.000542	0.00307	0.0127	0.052719	0.107	0.0054499	0.0197	0.0060199	0.0213	0.02682	0.0655
3q gain	35 (23%)	115	0.11713	0.198	0.0101	0.0315	0.00214	0.00985	0.00332	0.0133	0.00027	0.00187	0.01384	0.0398	0.04948	0.103	0.01036	0.0321	0.01941	0.0509	0.056089	0.111
4p gain	3 (2%)	147	0.60471	0.679	0.57874	0.66	0.86187	0.899	1	1	0.76823	0.823	0.68298	0.756	0.50182	0.595	1	1	1	1	0.77943	0.832
5p gain	6 (4%)	144	0.87031	0.906	0.03135	0.0723	0.0090099	0.0289	0.15009	0.235	0.057049	0.112	0.0079899	0.0265	0.00415	0.016	0.0069699	0.0242	0.00378	0.0148	0.02292	0.0575
5q gain	3 (2%)	147	0.83945	0.879	0.22233	0.316	NA	NA	NA	NA	0.12217	0.204	0.04226	0.0916	0.11166	0.191	0.01462	0.0412	0.01189	0.0352	0.04306	0.0923
6p gain	28 (19%)	122	0.37127	0.466	0.76028	0.82	0.42754	0.521	0.04174	0.0913	0.03084	0.0717	0.00081999	0.00462	0.0052999	0.0193	0.0064799	0.0227	0.054419	0.109	0.02011	0.0519
6q gain	23 (15%)	127	0.18018	0.268	0.4074	0.5	0.836	0.877	0.2172	0.31	0.0063599	0.0224	0.00021	0.00156	0.0021	0.00972	0.00432	0.0164	0.051179	0.105	0.02165	0.0552
7p gain	121 (81%)	29	0.050739	0.105	0.14963	0.235	0.0155	0.0434	0.02134	0.0548	0.00075999	0.00438	0.0085899	0.0276	0.01162	0.0348	0.0074699	0.0252	0.0070599	0.0243	0.057609	0.113
7q gain	104 (69%)	46	0.14239	0.227	0.04525	0.0956	0.18444	0.273	0.47171	0.567	3e-05	0.000326	0.0081299	0.0266	0.02431	0.06	0.01422	0.0406	0.01237	0.0365	0.0079599	0.0265
8p gain	110 (73%)	40	0.058669	0.115	0.00080999	0.0046	0.00090999	0.00495	0.00011	0.000907	2e-05	0.000234	0.00021	0.00156	0.00016	0.00128	9.9999e-06	0.000134	2e-05	0.000234	9.9999e-05	0.000852
8q gain	111 (74%)	39	0.01146	0.0346	0.0071099	0.0243	0.01282	0.0376	0.00228	0.0104	4e-05	4e-04	0.00032	0.00212	2e-04	0.00153	7.9999e-05	0.00069	0.00028	0.00193	0.00172	0.00843
9p gain	16 (11%)	134	0.34975	0.446	0.51987	0.607	0.43022	0.524	0.69362	0.761	0.59317	0.669	0.29593	0.391	0.25094	0.347	0.14147	0.227	0.17614	0.263	0.4587	0.554
9q gain	17 (11%)	133	0.086259	0.156	0.53017	0.617	0.80289	0.852	0.53523	0.621	0.16298	0.249	0.076989	0.143	0.44549	0.541	0.89544	0.926	0.5402	0.626	0.097819	0.171
10p gain	6 (4%)	144	0.053759	0.108	0.26909	0.36	0.64184	0.716	0.8243	0.868	0.15285	0.238	0.34593	0.443	0.15206	0.237	0.32126	0.42	0.36982	0.466	0.1385	0.224
10q gain	10 (7%)	140	0.22743	0.321	0.53079	0.617	0.69434	0.761	0.50733	0.598	0.1375	0.223	0.32698	0.425	0.22121	0.315	0.4943	0.587	0.5857	0.664	0.26922	0.36
11p gain	9 (6%)	141	0.45049	0.545	0.57797	0.66	0.04989	0.103	0.16845	0.256	0.085619	0.155	0.03938	0.0866	0.28045	0.374	0.29039	0.384	0.33121	0.428	0.20779	0.299
11q gain	3 (2%)	147	0.14448	0.229	0.58129	0.661	0.13479	0.22	0.31478	0.413	0.23067	0.323	0.03082	0.0717	0.28098	0.374	0.14856	0.234	0.15642	0.242	0.17146	0.259
12p gain	146 (97%)	4	0.22997	0.323	0.42124	0.515	0.51777	0.607	0.54168	0.627	0.13165	0.217	0.37105	0.466	0.25247	0.348	0.58267	0.661	0.69179	0.761	0.18744	0.276
12q gain	100 (67%)	50	0.77153	0.825	0.33057	0.427	0.2668	0.359	0.54702	0.632	0.14577	0.23	0.33798	0.435	0.10581	0.182	0.1756	0.263	0.076049	0.142	0.077889	0.144
14q gain	51 (34%)	99	0.068129	0.13	0.68708	0.759	0.58774	0.665	0.56761	0.651	0.91698	0.942	0.3968	0.49	0.76233	0.821	0.30569	0.402	0.20263	0.294	0.7683	0.823
15q gain	51 (34%)	99	0.03235	0.0742	0.01669	0.0457	0.00191	0.00912	0.00039	0.00252	2e-05	0.000234	4e-05	4e-04	0.00011	0.000907	2e-05	0.000234	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134
16p gain	17 (11%)	133	0.10035	0.174	0.12541	0.208	0.053539	0.108	0.00366	0.0144	0.1876	0.276	0.03643	0.0823	0.00391	0.0152	0.01661	0.0456	0.0083799	0.0271	0.070949	0.134
16q gain	15 (10%)	135	0.102	0.176	0.48406	0.576	0.053539	0.108	0.0080699	0.0265	0.32648	0.425	0.087149	0.157	0.02171	0.0552	0.0383	0.0847	0.02595	0.0638	0.04236	0.0916
17p gain	40 (27%)	110	0.00111	0.00595	9.9999e-06	0.000134	4e-05	4e-04	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	2e-05	0.000234	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134
17q gain	50 (33%)	100	0.0069999	0.0242	3e-05	0.000326	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	2e-05	0.000234	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134
18p gain	4 (3%)	146	0.62861	0.703	0.51309	0.604	0.69127	0.761	1	1	0.46898	0.565	0.78415	0.835	0.67937	0.753	0.47983	0.574	0.57492	0.657	0.88248	0.914
19p gain	37 (25%)	113	0.00418	0.016	0.01469	0.0413	0.01335	0.0388	0.0069399	0.0242	0.00217	0.00992	0.00118	0.00628	0.065709	0.126	0.00014	0.00113	0.00086999	0.00483	0.00091999	0.00496
19q gain	29 (19%)	121	5e-05	0.000463	0.00153	0.00786	0.00198	0.00928	0.00248	0.0109	0.00050999	0.00311	0.00055999	0.00336	0.13431	0.22	5e-05	0.000463	0.00035	0.0023	2e-04	0.00153
20p gain	35 (23%)	115	0.01819	0.0484	0.0106	0.0327	0.2274	0.321	0.13597	0.221	0.11895	0.2	0.32716	0.425	0.2098	0.301	0.14193	0.227	0.073739	0.139	0.16735	0.255
20q gain	41 (27%)	109	0.04944	0.103	0.00289	0.0122	0.04218	0.0916	0.02815	0.0672	0.0051199	0.0189	0.050809	0.105	0.03351	0.0766	0.01243	0.0366	0.0166	0.0456	0.064069	0.124
21q gain	126 (84%)	24	0.14201	0.227	0.17336	0.261	0.11779	0.199	0.55342	0.638	0.10385	0.179	0.25911	0.354	0.25983	0.354	0.091229	0.164	0.17088	0.258	0.19518	0.284
22q gain	39 (26%)	111	9.9999e-06	0.000134	0.056929	0.112	0.01653	0.0456	0.00444	0.0167	2e-05	0.000234	4e-05	4e-04	0.097819	0.171	5e-05	0.000463	0.00024	0.00171	5e-05	0.000463
xp gain	22 (15%)	128	0.050899	0.105	0.01969	0.0511	0.03828	0.0847	0.0092199	0.0292	0.00355	0.014	0.00308	0.0127	0.00023	0.00166	0.00018	0.00142	0.00166	0.00824	7.9999e-05	0.00069
xq gain	23 (15%)	127	0.3679	0.465	0.052129	0.106	0.03919	0.0864	0.0075499	0.0254	0.0081999	0.0266	0.00257	0.0111	0.00161	0.0081	0.00032	0.00212	0.00082999	0.00465	0.00045	0.00286
1p loss	20 (13%)	130	0.070769	0.134	0.47261	0.567	0.33893	0.435	0.26258	0.355	0.26303	0.355	0.87128	0.906	0.04278	0.0919	0.20336	0.294	0.071699	0.135	0.68919	0.76
1q loss	9 (6%)	141	0.16643	0.254	0.50262	0.595	0.92005	0.944	1	1	0.73815	0.802	0.65251	0.727	0.57437	0.657	0.61454	0.688	0.29863	0.394	0.87755	0.91
2p loss	4 (3%)	146	1	1	0.90428	0.934	NA	NA	NA	NA	1	1	0.9108	0.938	1	1	1	1	1	1	0.70399	0.77
2q loss	5 (3%)	145	0.9082	0.937	0.74754	0.81	0.86215	0.899	0.59836	0.673	0.65373	0.727	0.58256	0.661	0.85509	0.894	0.5198	0.607	0.37606	0.47	0.25554	0.351
3p loss	31 (21%)	119	0.063319	0.122	0.00334	0.0133	0.01703	0.0463	0.31731	0.415	0.002	0.00932	0.00231	0.0104	0.00079999	0.00458	0.00046	0.0029	0.00186	0.009	0.00045	0.00286
3q loss	23 (15%)	127	0.98616	1	0.23784	0.332	0.04712	0.0993	0.15229	0.237	0.080849	0.148	0.03509	0.0797	0.061579	0.12	0.0491	0.103	0.03373	0.0769	0.17083	0.258
4p loss	94 (63%)	56	0.22993	0.323	0.02604	0.0638	0.35376	0.45	0.66589	0.739	0.04265	0.0919	0.077679	0.143	0.01762	0.0474	0.04449	0.0948	0.062339	0.121	0.01371	0.0395
4q loss	109 (73%)	41	0.068819	0.131	0.056789	0.112	0.49233	0.585	0.56358	0.647	0.02927	0.0694	0.0055299	0.0197	0.00174	0.00847	0.00498	0.0185	0.02984	0.0704	0.0079199	0.0265
5p loss	103 (69%)	47	0.01969	0.0511	0.13772	0.223	0.02743	0.0666	0.47744	0.572	0.11621	0.197	0.1338	0.22	0.51837	0.607	0.084109	0.153	0.11018	0.189	0.15768	0.244
5q loss	101 (67%)	49	5.9999e-05	0.000542	0.02243	0.0568	0.03969	0.087	0.26117	0.355	0.00277	0.0119	0.00349	0.0138	0.3874	0.482	0.01011	0.0315	0.02015	0.0519	0.01895	0.0499
6p loss	13 (9%)	137	0.23897	0.333	0.095949	0.169	0.30984	0.407	0.081489	0.148	0.24089	0.335	0.01459	0.0412	0.26839	0.36	0.11445	0.195	0.1852	0.273	0.48199	0.575
6q loss	16 (11%)	134	0.17425	0.262	0.12158	0.204	0.15892	0.245	0.062279	0.121	0.060549	0.118	0.00119	0.00629	0.11493	0.195	0.02767	0.0667	0.03552	0.0805	0.19	0.279
7q loss	4 (3%)	146	0.13352	0.22	1	1	0.40647	0.5	0.052209	0.106	0.79514	0.846	0.25847	0.354	0.38444	0.479	0.69678	0.763	0.81182	0.859	0.079909	0.147
8p loss	12 (8%)	138	0.37153	0.466	0.068719	0.131	0.02763	0.0667	0.0092299	0.0292	0.02149	0.055	0.04772	0.1	0.0096599	0.0304	0.00193	0.00915	0.0073899	0.0251	0.01627	0.0452
8q loss	5 (3%)	145	0.34122	0.437	0.19247	0.281	0.1221	0.204	0.01453	0.0412	0.01165	0.0348	0.01187	0.0352	0.00158	0.00806	0.00256	0.0111	0.00247	0.0109	0.00291	0.0123
9p loss	64 (43%)	86	0.00054999	0.00333	0.7175	0.781	0.51394	0.604	0.25954	0.354	0.39986	0.492	0.38806	0.482	0.8178	0.864	0.77289	0.826	0.83043	0.873	0.83114	0.873
9q loss	58 (39%)	92	9.9999e-06	0.000134	0.22683	0.321	0.14379	0.228	0.17484	0.262	0.28916	0.384	0.01782	0.0477	0.75954	0.82	0.39612	0.49	0.36795	0.465	0.26648	0.359
10p loss	77 (51%)	73	0.00247	0.0109	0.02292	0.0575	0.0081899	0.0266	0.0073399	0.025	0.03103	0.0718	0.0055299	0.0197	0.04208	0.0916	0.00061999	0.00369	0.00194	0.00915	0.00285	0.0122
10q loss	71 (47%)	79	0.00019	0.00148	0.01147	0.0346	0.054419	0.109	0.02378	0.0591	0.00438	0.0166	0.00142	0.00734	0.067659	0.13	0.00029	0.00196	0.00066999	0.00393	0.00023	0.00166
11p loss	99 (66%)	51	0.081309	0.148	0.0441	0.0942	0.093409	0.166	0.20443	0.295	0.092089	0.164	0.00038	0.00248	0.00026	0.00182	0.00029	0.00196	0.00448	0.0168	0.0054599	0.0197
11q loss	116 (77%)	34	0.00288	0.0122	0.10509	0.181	0.14679	0.231	0.077159	0.143	6.9999e-05	0.000625	9.9999e-06	0.000134	7.9999e-05	0.00069	0.00011	0.000907	0.00088999	0.00487	9.9999e-06	0.000134
13q loss	113 (75%)	37	0.01574	0.0439	0.22703	0.321	0.094299	0.167	0.051989	0.106	0.00047	0.00291	0.0012	0.00629	0.02699	0.0657	0.02321	0.058	0.097839	0.171	0.00069999	0.00407
14q loss	20 (13%)	130	0.10007	0.174	0.02406	0.0596	0.02792	0.0671	0.092069	0.164	0.00459	0.0171	3e-05	0.000326	0.03669	0.0826	0.00322	0.0131	0.00238	0.0107	0.00088999	0.00487
15q loss	29 (19%)	121	0.01765	0.0474	0.00026	0.00182	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134
16p loss	44 (29%)	106	0.12124	0.203	0.01111	0.034	0.29008	0.384	0.24894	0.344	0.2331	0.326	0.26256	0.355	0.00305	0.0127	0.01126	0.0343	0.079169	0.146	0.13866	0.224
16q loss	51 (34%)	99	0.01863	0.0494	0.094679	0.167	0.65767	0.731	0.59009	0.667	0.71384	0.779	0.48224	0.575	0.01091	0.0335	0.12115	0.203	0.33029	0.427	0.12982	0.214
17p loss	37 (25%)	113	9.9999e-06	0.000134	0.1772	0.264	0.04473	0.095	0.00313	0.0128	0.00064999	0.00384	0.00021	0.00156	0.093339	0.166	0.00334	0.0133	0.0016	0.0081	9.9999e-06	0.000134
17q loss	19 (13%)	131	0.00397	0.0153	0.81935	0.864	0.76475	0.822	0.35163	0.448	0.14166	0.227	0.02815	0.0672	0.33756	0.435	0.15926	0.245	0.14238	0.227	0.13602	0.221
18p loss	118 (79%)	32	0.26822	0.36	0.0487	0.102	0.7155	0.78	1	1	0.52	0.607	0.23302	0.326	0.0058699	0.0209	0.01961	0.0511	0.16007	0.246	0.03695	0.0827
18q loss	122 (81%)	28	0.02934	0.0694	0.15328	0.238	0.50565	0.597	0.87502	0.909	0.21306	0.306	0.12333	0.205	0.01746	0.0473	0.03086	0.0717	0.20321	0.294	0.0080299	0.0265
19p loss	49 (33%)	101	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134
19q loss	53 (35%)	97	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134
20p loss	29 (19%)	121	0.38207	0.477	0.43618	0.53	0.41471	0.507	0.45056	0.545	0.20763	0.299	0.26027	0.354	0.03067	0.0717	0.24609	0.341	0.18198	0.27	0.0091199	0.0291
20q loss	15 (10%)	135	0.95572	0.978	0.74424	0.808	0.55309	0.638	0.32771	0.425	0.16955	0.257	0.35718	0.453	0.21624	0.31	0.41467	0.507	0.36362	0.461	0.46146	0.556
22q loss	43 (29%)	107	3e-05	0.000326	5e-05	0.000463	0.00166	0.00824	3e-05	0.000326	4e-05	4e-04	4e-05	4e-04	0.00014	0.00113	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134	9.9999e-06	0.000134
xp loss	29 (19%)	121	0.00316	0.0129	0.0051999	0.019	0.76273	0.821	0.91676	0.942	0.04487	0.0951	0.17806	0.265	0.091949	0.164	0.092139	0.164	0.053949	0.108	0.01674	0.0457
xq loss	28 (19%)	122	2e-05	0.000234	0.00139	0.00724	0.074439	0.139	0.8019	0.852	0.02272	0.0574	0.14452	0.229	0.02355	0.0587	0.01148	0.0346	0.097459	0.171	0.0051799	0.019
