		Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
1p gain	6 (5%)	117	0.01087	0.0255	0.0073799	0.0192	0.094959	0.138	0.13116	0.179	0.052569	0.0848	0.02121	0.0432	0.02283	0.0457	0.17557	0.223	0.0080799	0.0204	0.064279	0.101
1q gain	23 (19%)	100	4e-04	0.00234	9.9999e-06	0.000159	0.00043	0.00249	9.9999e-06	0.000159	9.9999e-06	0.000159	9.9999e-06	0.000159	9.9999e-06	0.000159	9.9999e-06	0.000159	9.9999e-06	0.000159	9.9999e-06	0.000159
3q gain	5 (4%)	118	0.75458	0.795	0.37392	0.421	0.056429	0.0897	0.01419	0.032	0.21118	0.261	0.03727	0.0653	0.74433	0.786	0.0051299	0.0147	0.16496	0.214	0.24325	0.292
5p gain	11 (9%)	112	0.095209	0.138	2e-05	0.000283	0.065589	0.102	0.003	0.00962	0.00185	0.00709	0.00141	0.00575	0.00036	0.00219	0.01298	0.0298	9.9999e-06	0.000159	0.00224	0.00822
5q gain	9 (7%)	114	0.24468	0.292	7.9999e-05	0.00068	0.14338	0.191	0.0093699	0.0229	0.0089799	0.0223	0.0071499	0.0187	0.00099999	0.00436	0.01632	0.0354	5.9999e-05	0.000556	0.0059099	0.0166
7p gain	16 (13%)	107	0.00069999	0.00343	9.9999e-06	0.000159	0.02471	0.049	0.00389	0.0119	9.9999e-06	0.000159	9.9999e-06	0.000159	9.9999e-06	0.000159	7.9999e-05	0.00068	9.9999e-06	0.000159	3e-05	0.000356
7q gain	16 (13%)	107	0.00062999	0.00321	9.9999e-06	0.000159	0.02514	0.0491	0.00413	0.0125	3e-05	0.000356	9.9999e-06	0.000159	9.9999e-06	0.000159	9.9999e-05	0.000797	9.9999e-06	0.000159	5e-05	5e-04
8p gain	12 (10%)	111	0.099509	0.142	8.9999e-05	0.000752	0.40015	0.444	0.0043	0.0129	0.00046	0.00258	0.00017	0.00122	0.00034	0.00211	0.00185	0.00709	9.9999e-05	0.000797	0.00076999	0.0036
8q gain	12 (10%)	111	0.099309	0.142	3e-05	0.000356	0.40437	0.446	0.00407	0.0124	5e-04	0.00271	0.00019	0.00133	0.00053999	0.00287	0.00195	0.00742	5.9999e-05	0.000556	0.00069999	0.00343
9p gain	11 (9%)	112	0.00027	0.00177	0.00071999	0.0035	0.54509	0.59	0.38403	0.43	0.00039	0.00231	0.00094999	0.00421	4e-05	0.000425	0.0054499	0.0155	9.9999e-05	0.000797	0.00268	0.00893
9q gain	11 (9%)	112	0.00032	0.00201	0.00056999	0.00297	0.54237	0.589	0.38583	0.431	0.00050999	0.00274	0.00077999	0.00362	9.9999e-06	0.000159	0.0060899	0.0168	7.9999e-05	0.00068	0.00283	0.00925
12p gain	4 (3%)	119	0.02817	0.0538	0.0079599	0.0202	0.19233	0.24	0.02863	0.0541	0.00489	0.0143	0.00232	0.00839	0.11412	0.161	0.02678	0.0517	0.04906	0.0814	0.14741	0.195
12q gain	4 (3%)	119	0.02811	0.0538	0.0077999	0.02	0.19414	0.242	0.03043	0.0562	0.00471	0.014	0.00226	0.00823	0.11608	0.162	0.02736	0.0527	0.04779	0.0802	0.14764	0.195
14q gain	13 (11%)	110	0.00036	0.00219	9.9999e-06	0.000159	0.26812	0.317	0.02977	0.0556	2e-05	0.000283	5.9999e-05	0.000556	4e-05	0.000425	0.00011	0.00085	9.9999e-06	0.000159	4e-05	0.000425
15q gain	12 (10%)	111	0.24378	0.292	0.00090999	0.00411	0.88652	0.93	0.66565	0.706	0.02128	0.0432	0.0091799	0.0226	0.00266	0.00893	0.02147	0.0435	0.00068999	0.00343	0.01566	0.0345
17q gain	7 (6%)	116	0.00106	0.00454	0.12425	0.171	0.086909	0.128	0.13768	0.187	0.050399	0.0826	0.00353	0.0113	0.79608	0.837	0.067719	0.105	0.18189	0.231	0.39288	0.437
18p gain	3 (2%)	120	0.16575	0.214	0.052419	0.0848	NA	NA	NA	NA	0.066279	0.103	0.02934	0.055	0.22996	0.28	0.28467	0.335	0.075569	0.115	0.43801	0.482
18q gain	3 (2%)	120	0.16663	0.214	0.051719	0.0842	NA	NA	NA	NA	0.065639	0.102	0.03025	0.0561	0.23129	0.28	0.28497	0.335	0.076529	0.115	0.43952	0.482
19p gain	3 (2%)	120	0.25605	0.304	0.15081	0.198	NA	NA	NA	NA	0.35428	0.403	0.32745	0.381	0.054709	0.0872	0.61398	0.655	0.075779	0.115	0.43937	0.482
19q gain	3 (2%)	120	0.25606	0.304	0.15214	0.199	NA	NA	NA	NA	0.35507	0.403	0.32871	0.382	0.052749	0.0849	0.61276	0.655	0.076789	0.116	0.44067	0.482
20p gain	10 (8%)	113	0.1748	0.223	0.00075999	0.00359	0.0050999	0.0147	0.00023	0.00156	0.00151	0.00597	3e-04	0.00191	0.02842	0.0539	0.0115	0.0265	5e-05	5e-04	0.01762	0.0367
20q gain	10 (8%)	113	0.1728	0.221	0.00059999	0.00309	0.0050699	0.0147	0.00019	0.00133	0.00144	0.00578	0.00039	0.00231	0.02843	0.0539	0.01025	0.0245	5e-05	5e-04	0.01742	0.0364
21q gain	3 (2%)	120	0.16792	0.215	0.3801	0.427	0.36935	0.419	0.20393	0.253	0.4928	0.538	0.18691	0.235	0.65842	0.7	0.34175	0.392	0.61405	0.655	0.61983	0.66
22q gain	4 (3%)	119	0.081629	0.121	0.01658	0.0357	NA	NA	NA	NA	0.13691	0.186	0.18501	0.234	0.11493	0.161	0.52768	0.574	0.04913	0.0814	0.14647	0.195
xq gain	4 (3%)	119	0.081159	0.121	0.01661	0.0357	NA	NA	NA	NA	0.13796	0.187	0.18468	0.234	0.054109	0.0865	0.31511	0.369	0.04758	0.0801	0.25204	0.3
1p loss	5 (4%)	118	0.15088	0.198	0.0071199	0.0187	0.37404	0.421	0.01437	0.0321	0.0077499	0.02	0.02373	0.0473	0.03986	0.0693	0.23096	0.28	0.03166	0.0578	0.12639	0.174
3p loss	12 (10%)	111	0.00369	0.0115	9.9999e-06	0.000159	0.03811	0.0666	9.9999e-06	0.000159	0.00106	0.00454	0.00082999	0.00381	0.00045	0.00255	0.00455	0.0136	9.9999e-06	0.000159	0.00098999	0.00435
3q loss	7 (6%)	116	0.03615	0.064	0.002	0.0075	0.087189	0.128	0.00107	0.00455	0.03538	0.0635	0.03171	0.0578	0.01127	0.0262	0.085149	0.126	0.00259	0.00893	0.02659	0.0516
4p loss	5 (4%)	118	0.4043	0.446	0.22181	0.272	NA	NA	NA	NA	0.050209	0.0826	0.065339	0.102	0.15779	0.206	0.38484	0.43	0.03089	0.0569	0.22751	0.278
4q loss	4 (3%)	119	0.34052	0.392	0.38839	0.432	NA	NA	NA	NA	0.13886	0.187	0.18568	0.234	0.16621	0.214	0.11782	0.164	0.0482	0.0806	0.04351	0.0745
6p loss	21 (17%)	102	0.00054999	0.00289	9.9999e-06	0.000159	5.9999e-05	0.000556	4e-05	0.000425	9.9999e-06	0.000159	2e-05	0.000283	9.9999e-06	0.000159	0.00015	0.00112	9.9999e-06	0.000159	3e-05	0.000356
6q loss	20 (16%)	103	0.00027	0.00177	9.9999e-06	0.000159	0.00024	0.00161	6.9999e-05	0.000626	3e-05	0.000356	0.00013	0.00099	0.00029	0.00187	0.0016	0.00628	9.9999e-06	0.000159	0.00093999	0.00421
9p loss	4 (3%)	119	0.00145	0.00578	0.075219	0.115	0.18924	0.237	0.20065	0.25	0.02171	0.0436	0.00361	0.0114	1	1	0.058939	0.0931	0.68943	0.729	0.33647	0.388
10p loss	3 (2%)	120	0.077239	0.116	0.10931	0.155	NA	NA	NA	NA	0.02125	0.0432	0.02167	0.0436	1	1	0.01491	0.0331	0.61264	0.655	0.55448	0.599
11p loss	9 (7%)	114	0.0097799	0.0236	0.00011	0.00085	0.01622	0.0354	0.00118	0.00489	0.0090999	0.0225	0.0069499	0.0186	0.00369	0.0115	0.051059	0.0835	0.00017	0.00122	0.01065	0.0253
11q loss	7 (6%)	116	0.01938	0.04	0.00074999	0.00357	0.04755	0.0801	0.0061599	0.0168	0.03585	0.0637	0.01434	0.0321	0.01098	0.0257	0.11296	0.16	0.00266	0.00893	0.02609	0.0508
12p loss	8 (7%)	115	0.00287	0.00926	0.0055499	0.0157	0.01712	0.0361	0.00246	0.00875	0.0088299	0.0221	0.01402	0.0318	0.0067399	0.0181	0.053099	0.0852	0.0092599	0.0227	0.01589	0.0348
12q loss	7 (6%)	116	0.0079799	0.0202	0.00109	0.00456	0.01697	0.0361	0.00282	0.00925	0.0088399	0.0221	0.01346	0.0306	0.01133	0.0263	0.12083	0.167	0.00264	0.00893	0.03644	0.0641
13q loss	14 (11%)	109	0.0050099	0.0146	0.00067999	0.00343	0.0061099	0.0168	0.04068	0.0701	0.070239	0.108	0.050149	0.0826	0.28917	0.339	0.58046	0.625	0.00203	0.00756	0.34526	0.394
16p loss	5 (4%)	118	0.12376	0.171	0.04523	0.0771	0.37376	0.421	0.01445	0.0322	0.21316	0.263	0.11534	0.162	0.15844	0.206	0.5756	0.621	0.16461	0.214	0.34305	0.392
16q loss	13 (11%)	110	0.00083999	0.00382	9.9999e-06	0.000159	0.078269	0.117	4e-05	0.000425	3e-05	0.000356	9.9999e-06	0.000159	0.03514	0.0633	2e-05	0.000283	0.00073999	0.00356	0.00166	0.00646
17p loss	14 (11%)	109	0.0097999	0.0236	0.00278	0.00921	0.00482	0.0142	0.00021	0.00145	0.01922	0.0398	0.00109	0.00456	0.26903	0.318	0.00197	0.00744	0.00236	0.00848	0.02874	0.0541
17q loss	6 (5%)	117	0.076079	0.115	0.04554	0.0774	0.1392	0.187	0.00257	0.00893	0.34319	0.392	0.14711	0.195	0.21627	0.266	0.23409	0.282	0.11628	0.162	0.20592	0.255
18p loss	7 (6%)	116	0.04734	0.0801	0.0358	0.0637	0.01693	0.0361	0.097389	0.14	0.0347	0.0628	0.03177	0.0578	0.0037	0.0115	0.095469	0.138	0.00247	0.00875	0.02496	0.049
18q loss	7 (6%)	116	0.04857	0.0809	0.03634	0.0641	0.01741	0.0364	0.098619	0.142	0.03575	0.0637	0.03186	0.0578	0.00382	0.0118	0.096059	0.139	0.00217	0.00802	0.02488	0.049
19p loss	3 (2%)	120	0.0067299	0.0181	0.00268	0.00893	NA	NA	NA	NA	0.00137	0.00563	0.00047	0.00261	0.23353	0.282	0.0096199	0.0234	0.077399	0.116	0.058889	0.0931
19q loss	3 (2%)	120	0.0059499	0.0166	0.00287	0.00926	NA	NA	NA	NA	0.00143	0.00578	0.00045	0.00255	0.23092	0.28	0.01049	0.025	0.075409	0.115	0.059309	0.0934
21q loss	9 (7%)	114	0.0069899	0.0186	6.9999e-05	0.000626	0.01688	0.0361	0.00256	0.00893	0.0066099	0.0179	0.0071099	0.0187	0.00389	0.0119	0.051819	0.0842	0.00016	0.00118	0.0077599	0.02
22q loss	13 (11%)	110	3e-05	0.000356	0.01081	0.0255	0.10451	0.149	0.04041	0.0699	0.089619	0.131	0.04313	0.0741	0.32532	0.38	0.33242	0.384	0.0059999	0.0166	0.33059	0.383
xp loss	8 (7%)	115	0.14036	0.188	0.0057399	0.0162	0.52114	0.568	0.02492	0.049	0.01974	0.0406	0.01345	0.0306	0.01706	0.0361	0.13693	0.186	5e-04	0.00271	0.10923	0.155
xq loss	5 (4%)	118	0.14747	0.195	0.0157	0.0345	0.13977	0.188	0.00263	0.00893	0.070509	0.108	0.091739	0.134	0.03993	0.0693	0.22945	0.28	0.03011	0.056	0.12961	0.178
