Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 4 (4%) 86 0.15602 0.337 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1q gain 8 (9%) 82 0.22296 0.42 0.52446 0.717 0.28507 0.488 0.56361 0.758 0.0479 0.163 0.077599 0.219 0.2097 0.405 0.24119 0.441 0.16111 0.346 0.093169 0.24 2p gain 13 (14%) 77 0.00273 0.0233 0.0070199 0.0461 0.57235 0.766 0.34234 0.555 0.01297 0.0728 0.00025 0.00347 0.072199 0.21 0.01903 0.0899 0.03288 0.13 0.01126 0.0662 2q gain 13 (14%) 77 0.00322 0.0264 0.01099 0.0662 0.82829 0.958 0.0055199 0.0374 0.00377 0.0294 0.00097999 0.01 0.0389 0.142 0.0011 0.0106 0.01373 0.0731 8.9999e-05 0.00176 3p gain 14 (16%) 76 0.069309 0.203 0.058709 0.184 0.21497 0.41 0.88357 1 0.38373 0.603 0.36388 0.582 0.39953 0.613 0.10854 0.269 0.31301 0.517 0.27341 0.473 3q gain 16 (18%) 74 0.04604 0.158 0.01139 0.0662 0.44211 0.647 0.82212 0.958 0.076559 0.219 0.79497 0.935 0.62707 0.811 0.24598 0.446 0.14942 0.328 0.35219 0.565 4p gain 38 (42%) 52 4e-05 0.00102 0.0072799 0.0474 0.9771 1 0.42984 0.64 2e-05 0.000607 9.9999e-06 0.000456 0.73896 0.89 0.00153 0.0138 0.058479 0.184 0.12759 0.298 4q gain 35 (39%) 55 6.9999e-05 0.00155 0.00445 0.0323 1 1 0.5321 0.721 0.00012 0.00209 3e-05 0.00082 0.80013 0.939 0.00028 0.0037 0.37942 0.597 0.02477 0.106 5p gain 57 (63%) 33 4e-05 0.00102 0.00345 0.0276 0.064189 0.195 0.03426 0.133 0.00052999 0.0063 9.9999e-06 0.000456 0.13462 0.31 0.22604 0.424 0.00305 0.0255 0.15866 0.341 5q gain 55 (61%) 35 9.9999e-06 0.000456 0.00037 0.00467 0.18999 0.386 0.066159 0.197 0.00018 0.00278 9.9999e-06 0.000456 0.03825 0.142 0.082189 0.221 0.01015 0.0631 0.090369 0.235 6p gain 18 (20%) 72 0.04796 0.163 0.50417 0.701 0.68866 0.854 0.87169 0.994 0.0393 0.143 0.47439 0.671 0.2451 0.446 0.055279 0.179 0.02239 0.0999 0.16215 0.347 6q gain 16 (18%) 74 5.9999e-05 0.00141 0.91457 1 0.66035 0.834 0.68772 0.854 0.14819 0.328 0.29295 0.494 0.17727 0.367 0.1963 0.39 0.23575 0.435 0.4888 0.684 7p gain 48 (53%) 42 9.9999e-05 0.00186 0.04601 0.158 0.081149 0.22 0.092759 0.24 7.9999e-05 0.00164 0.00136 0.0124 1 1 0.54781 0.738 0.01516 0.0767 0.081259 0.22 7q gain 48 (53%) 42 0.00017 0.00273 0.0088899 0.0565 0.081689 0.22 0.24204 0.442 9.9999e-06 0.000456 0.00012 0.00209 1 1 0.33179 0.541 0.0149 0.0764 0.02181 0.0984 8p gain 32 (36%) 58 0.0033 0.0268 0.28131 0.484 0.5206 0.713 0.43743 0.643 0.16966 0.36 0.14637 0.326 0.077529 0.219 0.17228 0.362 0.02339 0.102 0.1921 0.387 8q gain 38 (42%) 52 0.0061599 0.0414 0.32292 0.53 0.42889 0.639 0.46791 0.667 0.31973 0.528 0.2308 0.43 0.42098 0.631 0.26315 0.459 0.21262 0.406 0.17383 0.364 9p gain 21 (23%) 69 9.9999e-06 0.000456 0.01163 0.0667 0.04829 0.163 0.12053 0.286 0.01702 0.0831 0.01372 0.0731 0.078789 0.219 0.43647 0.643 0.02805 0.119 0.14404 0.323 9q gain 27 (30%) 63 2e-05 0.000607 0.00434 0.0321 0.083619 0.223 0.21009 0.405 0.03551 0.136 0.0053399 0.0368 0.01897 0.0899 0.21163 0.405 0.0146 0.0753 0.20748 0.404 10p gain 25 (28%) 65 2e-05 0.000607 0.089489 0.234 0.02168 0.0984 0.0134 0.0731 9.9999e-06 0.000456 0.00016 0.00262 0.053549 0.176 0.50562 0.702 0.02102 0.0963 0.54764 0.738 10q gain 26 (29%) 64 9.9999e-06 0.000456 0.28849 0.491 0.056529 0.18 0.0145 0.0753 2e-05 0.000607 0.00042 0.00522 0.03106 0.125 0.34336 0.555 0.02851 0.119 0.39467 0.613 11p gain 5 (6%) 85 0.11814 0.282 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 11q gain 6 (7%) 84 0.03014 0.122 0.25932 0.458 0.19952 0.395 0.48272 0.679 0.03986 0.143 0.078749 0.219 0.45737 0.661 0.36906 0.588 0.20352 0.4 0.081119 0.22 12p gain 64 (71%) 26 9.9999e-06 0.000456 0.01332 0.0731 0.37157 0.588 0.067249 0.2 0.00011 0.002 5.9999e-05 0.00141 0.13284 0.307 0.21027 0.405 0.04089 0.145 0.11739 0.282 12q gain 64 (71%) 26 9.9999e-06 0.000456 0.02269 0.101 0.34162 0.555 0.02803 0.119 0.00057999 0.00661 0.00013 0.00222 0.14356 0.323 0.45454 0.66 0.092009 0.239 0.39197 0.612 13q gain 6 (7%) 84 0.89353 1 0.32347 0.53 0.69896 0.858 0.7242 0.877 0.02843 0.119 0.63408 0.815 0.20969 0.405 0.91295 1 0.055749 0.179 0.64611 0.821 14q gain 21 (23%) 69 0.00347 0.0276 0.01975 0.0923 0.14077 0.32 0.42684 0.639 0.00029 0.00377 0.00105 0.0104 0.00022 0.00322 0.00019 0.00289 2e-05 0.000607 2e-05 0.000607 15q gain 11 (12%) 79 0.01414 0.0739 0.02902 0.121 0.37142 0.588 0.84608 0.97 0.0097099 0.0608 0.00495 0.0353 0.18417 0.376 0.00069999 0.00765 0.01652 0.0821 0.04286 0.151 16p gain 50 (56%) 40 9.9999e-06 0.000456 2e-05 0.000607 1 1 0.063669 0.194 5e-05 0.00124 9.9999e-06 0.000456 0.11416 0.28 0.02048 0.0943 0.01121 0.0662 0.077399 0.219 16q gain 47 (52%) 43 9.9999e-06 0.000456 9.9999e-06 0.000456 1 1 0.32319 0.53 8.9999e-05 0.00176 9.9999e-06 0.000456 0.055169 0.179 0.01368 0.0731 0.00051999 0.00627 0.064839 0.195 17p gain 5 (6%) 85 0.11373 0.28 0.43866 0.643 NA NA NA NA 0.6862 0.854 0.14393 0.323 0.28901 0.491 0.79288 0.934 0.60989 0.799 0.67121 0.842 17q gain 7 (8%) 83 0.0062899 0.0419 0.43801 0.643 NA NA NA NA 0.68419 0.854 0.14467 0.323 0.29215 0.494 0.79267 0.934 0.6081 0.798 0.66916 0.84 18p gain 6 (7%) 84 0.75548 0.906 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 18q gain 5 (6%) 85 0.39712 0.613 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 19p gain 56 (62%) 34 3e-05 0.00082 0.18411 0.376 0.10831 0.269 0.01908 0.0899 0.00101 0.0102 0.00053999 0.00633 0.4288 0.639 0.46739 0.667 0.089089 0.233 0.70349 0.862 19q gain 52 (58%) 38 9.9999e-06 0.000456 0.25103 0.45 0.6636 0.836 0.055659 0.179 0.00027 0.00363 0.00115 0.0108 0.28853 0.491 0.11024 0.272 0.14086 0.32 0.37284 0.588 20p gain 46 (51%) 44 2e-05 0.000607 0.00032 0.0041 0.04162 0.147 0.0085199 0.055 0.00025 0.00347 6.9999e-05 0.00155 0.00218 0.019 0.088579 0.233 0.0053799 0.0368 0.0053299 0.0368 20q gain 49 (54%) 41 3e-05 0.00082 0.00018 0.00278 0.01132 0.0662 0.075639 0.218 0.00015 0.00251 0.00027 0.00363 0.00355 0.028 0.27332 0.473 0.0131 0.0731 0.0454 0.158 21q gain 31 (34%) 59 0.25369 0.452 0.00424 0.0316 0.078249 0.219 0.23127 0.43 0.033 0.13 0.00102 0.0102 0.02242 0.0999 0.02005 0.0929 0.01884 0.0899 0.087019 0.23 22q gain 3 (3%) 87 0.22026 0.417 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA xp gain 43 (48%) 47 9.9999e-06 0.000456 0.02971 0.122 0.43104 0.64 0.02349 0.102 0.00288 0.0243 0.01546 0.0773 1 1 0.061309 0.19 0.31289 0.517 0.0085899 0.055 xq gain 41 (46%) 49 7.9999e-05 0.00164 0.0051399 0.0363 0.19541 0.389 0.03295 0.13 0.00439 0.0321 0.02404 0.104 0.88336 1 0.10289 0.26 0.34691 0.56 0.03009 0.122 1p loss 29 (32%) 61 0.00022 0.00322 0.18361 0.376 0.90388 1 0.13075 0.303 0.40715 0.619 0.064729 0.195 0.68935 0.854 0.409 0.619 0.26578 0.463 0.24689 0.446 1q loss 21 (23%) 69 2e-05 0.000607 0.92131 1 0.77082 0.916 0.01091 0.0662 0.80723 0.944 0.46433 0.666 0.46832 0.667 0.72246 0.877 0.51189 0.707 0.52939 0.721 2p loss 16 (18%) 74 0.00205 0.0181 0.28756 0.491 0.85877 0.982 0.65812 0.833 0.72435 0.877 0.30101 0.504 0.0358 0.136 0.63915 0.818 0.25001 0.45 0.51775 0.711 2q loss 14 (16%) 76 0.00115 0.0108 0.14454 0.323 0.77013 0.916 0.88471 1 0.19044 0.386 0.068629 0.202 0.0337 0.132 0.64841 0.823 0.12045 0.286 0.57804 0.771 3p loss 19 (21%) 71 0.0052099 0.0365 0.49492 0.691 0.17049 0.361 0.29222 0.494 0.080859 0.22 0.13486 0.31 0.22602 0.424 0.39089 0.612 0.11585 0.282 0.1216 0.287 3q loss 19 (21%) 71 0.00107 0.0104 0.15433 0.335 0.45053 0.657 0.6023 0.793 0.01368 0.0731 0.02933 0.121 0.058149 0.184 0.33999 0.553 0.0067299 0.0445 0.03851 0.142 4p loss 9 (10%) 81 0.078299 0.219 0.21589 0.411 0.76351 0.913 0.89788 1 0.00397 0.0301 0.01405 0.0739 0.37256 0.588 0.70507 0.863 0.056969 0.181 0.45157 0.658 4q loss 10 (11%) 80 0.078149 0.219 0.079369 0.219 0.45491 0.66 0.61926 0.806 0.01771 0.0854 0.080909 0.22 0.3696 0.588 0.39749 0.613 0.4329 0.642 0.39986 0.613 5p loss 7 (8%) 83 0.39952 0.613 0.37272 0.588 0.15038 0.328 0.19098 0.386 0.40978 0.619 0.02184 0.0984 0.76587 0.913 0.15551 0.336 0.62342 0.81 0.83778 0.967 5q loss 5 (6%) 85 0.11752 0.282 0.46102 0.664 NA NA NA NA 0.40749 0.619 0.21133 0.405 0.03343 0.131 0.079379 0.219 0.46302 0.665 0.094229 0.242 6p loss 19 (21%) 71 0.00067999 0.00754 0.81001 0.946 0.61333 0.801 0.23536 0.435 0.61166 0.8 0.69383 0.856 0.73354 0.885 0.1001 0.256 0.46986 0.668 0.26066 0.458 6q loss 22 (24%) 68 9.9999e-05 0.00186 0.63552 0.816 0.74922 0.9 0.2741 0.473 0.59213 0.783 0.69068 0.854 0.59466 0.785 0.17583 0.367 0.38928 0.61 0.1897 0.386 7p loss 5 (6%) 85 0.10169 0.258 0.78816 0.931 0.40501 0.619 0.20529 0.402 0.90896 1 0.89116 1 0.54068 0.73 0.41281 0.622 0.25818 0.457 0.10428 0.262 7q loss 6 (7%) 84 0.064919 0.195 0.50207 0.699 0.60568 0.796 0.77962 0.924 0.62638 0.811 0.65381 0.829 1 1 0.23423 0.435 0.48355 0.679 0.03857 0.142 8p loss 16 (18%) 74 0.03939 0.143 0.063039 0.194 0.069859 0.204 0.00057999 0.00661 0.13903 0.318 0.14143 0.32 0.065799 0.197 0.02305 0.102 0.054969 0.179 0.01081 0.0662 8q loss 12 (13%) 78 0.01347 0.0731 0.12824 0.298 0.40696 0.619 0.03568 0.136 0.02463 0.106 0.12757 0.298 0.079799 0.22 0.03525 0.136 0.02647 0.113 0.074429 0.215 9p loss 20 (22%) 70 9.9999e-06 0.000456 0.01192 0.0679 0.61769 0.805 0.11665 0.282 7.9999e-05 0.00164 0.00096999 0.01 0.04025 0.144 0.13884 0.318 0.00308 0.0255 0.24847 0.448 9q loss 12 (13%) 78 0.03805 0.142 0.096739 0.248 0.82873 0.958 0.16332 0.349 0.1763 0.367 0.31302 0.517 0.46881 0.667 0.57032 0.764 0.30023 0.503 0.81229 0.947 10p loss 12 (13%) 78 0.43715 0.643 0.88755 1 1 1 0.055509 0.179 0.18169 0.373 1 1 0.64161 0.818 0.70889 0.866 0.66574 0.837 0.49638 0.692 10q loss 10 (11%) 80 0.43857 0.643 0.84255 0.968 1 1 0.23846 0.438 0.41842 0.628 1 1 0.58025 0.772 0.70988 0.866 0.62933 0.813 0.48786 0.684 11p loss 23 (26%) 67 0.00125 0.0116 0.10121 0.258 0.96707 1 0.7977 0.937 0.29492 0.496 0.21069 0.405 0.33139 0.541 0.82617 0.958 0.58123 0.772 0.63367 0.815 11q loss 22 (24%) 68 0.00172 0.0153 0.01135 0.0662 0.75845 0.908 0.3951 0.613 0.19474 0.389 0.14928 0.328 0.17352 0.364 0.7661 0.913 0.25592 0.454 0.57675 0.77 12p loss 5 (6%) 85 0.47467 0.671 0.18172 0.373 0.26651 0.463 0.082289 0.221 0.62583 0.811 0.03783 0.142 0.051579 0.172 0.5158 0.71 0.34782 0.56 0.058879 0.184 12q loss 4 (4%) 86 0.4069 0.619 0.050819 0.17 0.26273 0.459 0.082819 0.221 0.40816 0.619 0.01033 0.0637 0.14799 0.328 0.24075 0.441 0.15057 0.328 0.01982 0.0923 13q loss 39 (43%) 51 0.00127 0.0117 0.12788 0.298 0.97302 1 0.94198 1 0.5296 0.721 0.885 1 0.83923 0.967 0.30343 0.507 0.95319 1 0.17115 0.361 14q loss 18 (20%) 72 0.00076999 0.0082 0.40018 0.613 0.33155 0.541 0.052709 0.174 0.01528 0.0769 0.04608 0.158 0.47274 0.671 0.52986 0.721 0.56488 0.758 0.98027 1 15q loss 21 (23%) 69 0.00073999 0.00798 0.86652 0.99 0.66092 0.834 0.50919 0.704 0.11452 0.28 0.23025 0.43 0.83948 0.967 0.04043 0.144 0.73202 0.884 0.04839 0.163 16p loss 4 (4%) 86 0.35094 0.564 0.26008 0.458 0.53188 0.721 0.20521 0.402 0.03973 0.143 0.076859 0.219 0.45839 0.662 0.74511 0.896 0.2032 0.4 0.67818 0.848 16q loss 5 (6%) 85 0.17695 0.367 0.12079 0.286 0.20199 0.399 0.17781 0.367 0.068129 0.201 0.085109 0.226 0.22289 0.42 0.30994 0.516 0.073629 0.213 0.8407 0.967 17p loss 33 (37%) 57 0.00024 0.00345 0.00256 0.0221 0.45628 0.661 0.1948 0.389 0.004 0.0301 0.01516 0.0767 0.087519 0.231 0.00093999 0.00988 0.03179 0.127 5e-04 0.00612 17q loss 25 (28%) 65 0.01159 0.0667 0.01217 0.0688 0.58318 0.774 0.51532 0.71 0.063619 0.194 0.04697 0.16 0.15245 0.332 0.0089499 0.0565 0.25975 0.458 0.04542 0.158 18p loss 37 (41%) 53 0.00387 0.0299 0.82858 0.958 0.95405 1 0.68773 0.854 0.64049 0.818 0.64598 0.821 0.88089 1 0.69358 0.856 0.80542 0.943 0.11624 0.282 18q loss 35 (39%) 55 0.0039 0.0299 0.69703 0.857 1 1 0.53312 0.721 0.73005 0.883 0.93352 1 0.59612 0.786 0.91454 1 0.63024 0.813 0.19334 0.388 19p loss 5 (6%) 85 0.14925 0.328 0.41619 0.626 NA NA NA NA 0.1081 0.269 0.01383 0.0732 0.3955 0.613 0.71567 0.871 0.25521 0.454 0.02938 0.121 19q loss 4 (4%) 86 0.04447 0.156 0.58687 0.777 NA NA NA NA 0.77261 0.917 0.11719 0.282 0.39479 0.613 0.207 0.404 0.25359 0.452 0.03076 0.124 20p loss 9 (10%) 81 0.10596 0.265 0.21961 0.417 0.52028 0.713 0.85601 0.98 0.19261 0.387 0.12642 0.298 0.12753 0.298 0.44623 0.652 0.11616 0.282 0.64124 0.818 20q loss 3 (3%) 87 0.17059 0.361 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 21q loss 15 (17%) 75 0.01689 0.0829 0.26137 0.458 0.062889 0.194 0.052039 0.173 0.24561 0.446 0.25338 0.452 0.23765 0.438 0.50736 0.703 0.47631 0.672 0.93209 1 22q loss 48 (53%) 42 0.00453 0.0326 0.24633 0.446 0.97499 1 0.48212 0.679 0.67855 0.848 0.28187 0.484 0.71599 0.871 0.82587 0.958 0.78646 0.931 0.46147 0.664 xp loss 16 (18%) 74 0.00067999 0.00754 0.10444 0.262 0.16502 0.351 0.061969 0.192 0.053919 0.177 0.067919 0.201 0.69491 0.856 0.10355 0.261 0.29415 0.495 0.30726 0.512 xq loss 16 (18%) 74 0.0373 0.14 0.01728 0.0838 0.01664 0.0822 0.059549 0.186 0.03468 0.134 0.03613 0.137 0.35473 0.568 0.15012 0.328 0.2769 0.477 0.23124 0.43