Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q22	17 (19%)	73	0.00167	0.0139	0.00034	0.00416	0.56442	0.698	0.40024	0.549	0.00244	0.0188	0.00017	0.00241	0.04797	0.133	0.15546	0.31	0.064429	0.164	0.02597	0.0937
amp_4p16.3	41 (46%)	49	0.0044	0.0269	0.26812	0.432	0.95467	0.976	0.18876	0.349	0.01479	0.0632	0.0061099	0.0344	0.88288	0.925	0.04609	0.131	0.71969	0.806	0.59165	0.721
amp_5p15.33	65 (72%)	25	9.9999e-06	0.000275	0.17385	0.333	0.81073	0.87	0.88963	0.93	0.01231	0.0558	0.00067999	0.00696	0.094989	0.225	0.17953	0.339	0.00455	0.0271	0.0366	0.117
amp_5q35.3	63 (70%)	27	9.9999e-06	0.000275	5e-05	0.000957	0.12343	0.269	0.0067999	0.0365	9.9999e-06	0.000275	9.9999e-06	0.000275	0.01458	0.0629	0.04645	0.131	4e-05	8e-04	0.053739	0.142
amp_6p21.31	19 (21%)	71	0.02349	0.0876	0.53538	0.675	0.61005	0.731	0.80105	0.87	0.050729	0.138	1	1	0.092339	0.222	0.02591	0.0937	0.00413	0.0265	0.04237	0.128
amp_6q24.3	19 (21%)	71	0.01269	0.057	0.80875	0.87	0.90265	0.936	0.63965	0.745	0.02801	0.0964	0.93438	0.963	0.26065	0.422	0.23137	0.402	0.10021	0.23	0.39879	0.548
amp_7p22.1	54 (60%)	36	0.00294	0.0219	0.24442	0.407	0.33275	0.493	0.67421	0.773	0.0064899	0.0353	0.03275	0.107	0.44038	0.591	0.49109	0.637	0.096059	0.226	0.37005	0.529
amp_9q31.3	34 (38%)	56	9.9999e-05	0.00157	0.02826	0.0964	0.12877	0.274	0.13795	0.286	0.01581	0.0644	0.01888	0.0723	0.0062499	0.0344	0.20158	0.364	0.01581	0.0644	0.18452	0.343
amp_12q14.1	70 (78%)	20	9.9999e-06	0.000275	0.051489	0.138	0.058419	0.152	0.01009	0.0493	0.01699	0.068	0.00177	0.0143	0.31585	0.476	0.48597	0.636	0.099389	0.23	0.20335	0.364
amp_14q11.2	27 (30%)	63	0.00047	0.00517	0.00064999	0.00696	0.03093	0.102	0.02786	0.0964	2e-05	0.000463	9.9999e-06	0.000275	0.00037	0.0044	0.0073799	0.0382	4e-05	8e-04	0.0062399	0.0344
amp_16p13.3	50 (56%)	40	9.9999e-06	0.000275	0.00075999	0.00743	0.7074	0.794	0.052829	0.141	0.00014	0.00212	9.9999e-06	0.000275	0.18076	0.34	0.0093099	0.0465	0.13494	0.283	0.01561	0.0644
amp_16q22.1	56 (62%)	34	9.9999e-06	0.000275	0.00391	0.0261	0.87521	0.922	0.80124	0.87	0.02963	0.1	7.9999e-05	0.00135	0.13215	0.278	0.0223	0.0839	0.03721	0.118	0.23517	0.403
amp_16q24.2	49 (54%)	41	9.9999e-06	0.000275	9.9999e-05	0.00157	1	1	0.32531	0.485	0.00028	0.00362	9.9999e-06	0.000275	0.10784	0.237	0.00284	0.0215	0.00416	0.0265	0.02442	0.0903
amp_17q25.3	18 (20%)	72	0.00487	0.0282	0.87568	0.922	0.61446	0.733	0.10018	0.23	0.16403	0.321	0.67238	0.772	0.91989	0.95	0.69612	0.787	0.25898	0.421	0.69002	0.787
amp_19p13.12	58 (64%)	32	9.9999e-06	0.000275	0.1418	0.292	0.2425	0.407	0.01025	0.0495	0.0015	0.0127	0.00045	0.00508	0.30667	0.469	0.47951	0.632	0.10638	0.235	0.62115	0.733
amp_19q12	56 (62%)	34	9.9999e-06	0.000275	0.11072	0.242	0.44352	0.591	0.16813	0.324	0.00135	0.0116	0.00118	0.0104	0.2027	0.364	0.25265	0.417	0.15699	0.311	0.23854	0.405
amp_xp11.22	49 (54%)	41	0.00016	0.00235	0.16237	0.319	0.36636	0.525	0.01651	0.0666	0.03073	0.102	0.095089	0.225	0.95769	0.976	0.14455	0.294	0.10464	0.234	0.02708	0.0953
amp_xq28	46 (51%)	44	2e-05	0.000463	0.0141	0.0614	0.10165	0.231	0.04404	0.129	0.0071699	0.0379	0.01194	0.0547	0.84609	0.899	0.25908	0.421	0.62308	0.733	0.10423	0.234
del_1p36.23	38 (42%)	52	9.9999e-06	0.000275	0.14508	0.294	0.80231	0.87	0.14481	0.294	0.092329	0.222	0.00358	0.0257	1	1	0.55876	0.693	0.35305	0.511	0.092269	0.222
del_2q22.1	18 (20%)	72	0.00365	0.0257	0.15836	0.312	0.76077	0.843	0.796	0.87	0.23269	0.402	0.089269	0.219	0.27421	0.438	0.66296	0.766	0.38878	0.54	0.50722	0.653
del_2q37.3	21 (23%)	69	0.00313	0.023	0.1515	0.303	0.69312	0.787	0.83035	0.889	0.3223	0.482	0.092859	0.222	0.43039	0.581	0.52827	0.669	0.76045	0.843	0.94889	0.973
del_3q13.31	25 (28%)	65	0.0098599	0.0487	0.60959	0.731	0.338	0.494	0.47046	0.622	0.10393	0.234	0.04023	0.124	0.20037	0.363	0.1999	0.363	0.125	0.271	0.088259	0.218
del_4q34.3	25 (28%)	65	0.00042	0.00486	0.01832	0.072	0.80871	0.87	0.63526	0.741	0.02013	0.0764	0.03909	0.123	0.053069	0.141	0.04194	0.127	0.02567	0.0937	0.00471	0.0276
del_4q34.3	28 (31%)	62	5.9999e-05	0.0011	0.0282	0.0964	0.70639	0.794	0.14677	0.295	0.20846	0.371	0.18458	0.343	0.12737	0.274	0.18989	0.35	0.01536	0.0644	0.0139	0.0612
del_4q35.1	30 (33%)	60	0.00078999	0.00756	0.04719	0.131	0.38857	0.54	0.3927	0.542	0.090659	0.222	0.04147	0.127	0.2747	0.438	0.16735	0.324	0.097129	0.227	0.03091	0.102
del_6p24.3	20 (22%)	70	0.00098999	0.00907	0.76249	0.843	0.61636	0.733	0.31799	0.478	0.61352	0.733	0.48262	0.634	0.50499	0.653	0.098749	0.23	0.47006	0.622	0.245	0.407
del_6q26	21 (23%)	69	0.00067999	0.00696	0.14639	0.295	0.51161	0.655	0.31322	0.475	0.31513	0.476	0.30809	0.469	0.27628	0.438	0.34755	0.505	0.38743	0.54	0.25281	0.417
del_7q36.3	11 (12%)	79	0.21483	0.381	0.58716	0.718	0.40929	0.556	0.66032	0.765	0.1706	0.328	0.33578	0.494	0.90143	0.936	0.7363	0.82	0.67616	0.773	0.37236	0.53
del_9p23	23 (26%)	67	2e-05	0.000463	0.00368	0.0257	0.1674	0.324	0.050019	0.137	3e-05	0.00066	0.00025	0.00333	0.03243	0.106	0.04641	0.131	0.00179	0.0143	0.27702	0.438
del_9p21.3	26 (29%)	64	9.9999e-06	0.000275	0.00388	0.0261	0.21979	0.387	0.22613	0.395	9.9999e-06	0.000275	0.00019	0.00261	0.060219	0.155	0.04374	0.129	0.01123	0.0526	0.12853	0.274
del_10q23.1	10 (11%)	80	0.43794	0.589	0.77967	0.86	1	1	0.23863	0.405	0.40941	0.556	1	1	0.69496	0.787	0.80135	0.87	0.8645	0.914	0.48956	0.637
del_11p15.5	26 (29%)	64	0.00029	0.00365	0.17928	0.339	0.38668	0.54	0.67122	0.772	0.12748	0.274	0.0395	0.123	0.21546	0.381	0.59565	0.724	0.59813	0.725	0.49	0.637
del_11q14.1	24 (27%)	66	0.00453	0.0271	0.01865	0.0723	0.96755	0.983	0.55112	0.687	0.29317	0.454	0.37392	0.531	0.33158	0.493	0.64501	0.749	0.54359	0.679	0.60315	0.729
del_12q14.2	5 (6%)	85	0.072039	0.182	0.19478	0.357	NA	NA	NA	NA	0.17824	0.339	0.00094999	0.00889	0.051229	0.138	0.30599	0.469	0.01889	0.0723	0.00424	0.0267
del_13q14.2	42 (47%)	48	0.00115	0.0103	0.04537	0.13	0.57969	0.71	0.83941	0.896	0.2747	0.438	0.55853	0.693	0.95838	0.976	0.52922	0.669	0.60458	0.729	0.35658	0.514
del_14q21.2	20 (22%)	70	0.01148	0.0532	0.54118	0.678	0.38833	0.54	0.57906	0.71	0.29266	0.454	0.28485	0.449	0.24386	0.407	0.73517	0.82	0.5117	0.655	0.85857	0.91
del_15q15.1	25 (28%)	65	7.9999e-05	0.00135	0.50593	0.653	0.90407	0.936	0.24187	0.407	0.04671	0.131	0.24052	0.407	0.8086	0.87	0.04822	0.133	0.45417	0.604	0.00401	0.0263
del_16p13.3	8 (9%)	82	0.30598	0.469	0.62847	0.736	0.93813	0.964	0.2859	0.449	0.13039	0.276	0.0078199	0.04	0.084639	0.21	0.78459	0.863	0.33557	0.494	0.19633	0.358
del_16q23.1	11 (12%)	79	0.01571	0.0644	0.39134	0.541	0.57325	0.707	0.23267	0.402	0.04419	0.129	0.01112	0.0526	0.055339	0.145	0.13899	0.287	0.33687	0.494	0.075369	0.189
del_17q11.2	24 (27%)	66	0.01342	0.0596	0.04308	0.129	0.62086	0.733	0.62874	0.736	0.080589	0.201	0.10525	0.234	0.22081	0.387	0.01824	0.072	0.2543	0.418	0.00438	0.0269
del_17q21.2	26 (29%)	64	0.0022	0.0173	0.0072299	0.0379	0.38277	0.54	0.54048	0.678	0.10148	0.231	0.03497	0.112	0.061029	0.156	0.0087999	0.0445	0.41484	0.562	0.01034	0.0495
del_17q24.2	24 (27%)	66	0.03449	0.112	0.00378	0.026	0.70153	0.791	0.29012	0.454	0.13699	0.286	0.03964	0.123	0.34135	0.497	0.02678	0.095	0.23532	0.403	0.30228	0.467
del_20p12.1	12 (13%)	78	0.0050699	0.029	0.25533	0.418	0.51771	0.658	0.62127	0.733	0.04507	0.13	0.02662	0.095	0.04427	0.129	0.51552	0.657	0.059859	0.155	0.40225	0.55
del_22q12.1	50 (56%)	40	0.00075999	0.00743	0.38374	0.54	0.79149	0.868	0.29115	0.454	0.84443	0.899	0.18435	0.343	0.36359	0.523	0.87951	0.924	0.89825	0.936	0.44223	0.591