Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p34.2 101 (25%) 307 9.9999e-06 9.73e-05 0.0074099 0.0261 0.28743 0.396 0.65227 0.719 0.18396 0.291 0.098079 0.178 0.065039 0.134 0.0237 0.062 0.28328 0.393 0.095779 0.176 amp_1q21.3 202 (50%) 206 9.9999e-06 9.73e-05 0.0058899 0.0215 0.3371 0.445 0.63518 0.705 0.0092999 0.0304 0.11594 0.204 0.01331 0.0399 0.090869 0.169 0.69211 0.759 0.0351 0.0835 amp_1q23.3 216 (53%) 192 9.9999e-06 9.73e-05 0.04094 0.094 0.060519 0.128 0.85834 0.893 0.02853 0.0716 0.02516 0.0654 0.00156 0.00735 0.00079999 0.00436 0.04475 0.101 0.01077 0.0336 amp_2p25.1 152 (37%) 256 9.9999e-06 9.73e-05 2e-05 0.000182 0.21927 0.331 0.62435 0.697 0.00034 0.00214 2e-05 0.000182 0.0052099 0.0193 0.0080199 0.0276 0.0379 0.0884 0.00053999 0.00313 amp_3p25.2 190 (47%) 218 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 0.2237 0.334 0.02651 0.0681 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 0.00012 0.000903 0.00012 0.000903 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 amp_3q26.33 218 (53%) 190 9.9999e-06 9.73e-05 0.89368 0.92 0.0018 0.00811 0.18668 0.294 0.15897 0.261 0.02257 0.0599 0.01029 0.0329 0.17759 0.284 0.28153 0.391 0.076939 0.15 amp_4p16.3 74 (18%) 334 0.02832 0.0714 0.03001 0.0738 0.00373 0.015 2e-04 0.00142 0.0179 0.0501 5.9999e-05 0.000487 0.00026 0.00177 0.00124 0.00612 0.02172 0.0582 0.00202 0.00888 amp_4q13.3 62 (15%) 346 9.9999e-06 9.73e-05 0.02994 0.0738 0.28134 0.391 0.65953 0.725 0.39305 0.496 0.44682 0.546 0.085039 0.162 0.091789 0.17 0.11774 0.206 0.00162 0.00748 amp_5p15.33 206 (50%) 202 9.9999e-06 9.73e-05 0.061129 0.128 0.00053999 0.00313 0.01401 0.0416 0.0081499 0.0279 0.01953 0.0536 0.00472 0.0178 0.01668 0.0472 0.084109 0.162 0.00463 0.0177 amp_6p22.3 171 (42%) 237 9.9999e-06 9.73e-05 5e-05 0.00042 0.04588 0.103 0.91317 0.936 0.00158 0.00739 0.54852 0.626 0.27387 0.384 0.39521 0.498 0.3317 0.44 0.27482 0.385 amp_6q21 35 (9%) 373 0.00068999 0.0039 0.061679 0.128 0.22095 0.333 0.38913 0.495 0.00070999 0.00396 0.058509 0.124 0.58058 0.655 0.89796 0.922 0.27114 0.381 0.71142 0.775 amp_6q23.3 46 (11%) 362 0.0051799 0.0193 0.62447 0.697 0.46708 0.565 0.22398 0.334 0.01101 0.0342 0.82863 0.873 0.20514 0.318 0.02991 0.0738 0.17794 0.284 0.16057 0.263 amp_7p21.1 201 (49%) 207 9.9999e-06 9.73e-05 0.00359 0.0147 0.02177 0.0582 0.093249 0.172 0.01334 0.0399 0.02308 0.061 0.060069 0.127 0.31161 0.422 0.15107 0.255 0.15438 0.258 amp_7p11.2 190 (47%) 218 9.9999e-06 9.73e-05 0.0084399 0.0285 0.00173 0.00789 0.21838 0.33 0.061319 0.128 0.25647 0.365 0.088109 0.166 0.64495 0.713 0.073669 0.147 0.089489 0.168 amp_8p11.23 124 (30%) 284 9.9999e-06 9.73e-05 0.0179 0.0501 0.53357 0.615 0.34365 0.453 0.27857 0.389 0.21271 0.324 0.2645 0.375 0.47604 0.573 0.86641 0.898 0.84873 0.887 amp_8p11.21 140 (34%) 268 9.9999e-06 9.73e-05 0.00070999 0.00396 0.087299 0.165 0.61096 0.684 0.28528 0.394 0.31298 0.423 0.77323 0.829 0.0367 0.0861 0.55516 0.632 0.48217 0.577 amp_8q22.3 264 (65%) 144 9.9999e-06 9.73e-05 7.9999e-05 0.000621 0.01237 0.0375 0.83442 0.876 0.44672 0.546 0.25385 0.363 0.099209 0.179 0.03369 0.0804 0.03266 0.0784 0.18628 0.294 amp_8q24.21 254 (62%) 154 9.9999e-06 9.73e-05 0.00125 0.00612 0.00034 0.00214 0.1716 0.277 0.38569 0.493 0.71942 0.78 0.04924 0.109 0.01424 0.0419 0.20109 0.312 0.23979 0.348 amp_9p24.1 88 (22%) 320 9.9999e-06 9.73e-05 0.00406 0.0162 0.03086 0.0751 0.0090899 0.0299 0.02371 0.062 0.00167 0.00767 0.0079199 0.0275 0.49496 0.585 0.00015 0.00109 0.00097999 0.005 amp_10p14 182 (45%) 226 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 0.25237 0.362 0.16425 0.267 0.00451 0.0175 5e-05 0.00042 0.15422 0.258 0.067889 0.138 0.38032 0.489 0.16778 0.272 amp_11p13 51 (12%) 357 9.9999e-06 9.73e-05 0.00361 0.0147 0.00147 0.00697 0.03628 0.0855 0.02502 0.0652 0.00083999 0.00451 0.00078999 0.00434 0.71269 0.775 0.03083 0.0751 0.00031 0.00199 amp_11q13.3 135 (33%) 273 3e-05 0.000264 0.13324 0.229 0.81561 0.864 0.085359 0.162 0.057299 0.123 0.32499 0.436 0.1087 0.193 0.43356 0.536 0.19745 0.309 0.11843 0.206 amp_11q22.2 71 (17%) 337 2e-05 0.000182 0.39132 0.495 0.88764 0.915 0.41259 0.515 0.21208 0.324 0.1644 0.267 0.00090999 0.00478 0.01986 0.0543 0.00026 0.00177 0.01409 0.0416 amp_12p12.1 132 (32%) 276 5.9999e-05 0.000487 0.065189 0.134 0.088809 0.167 0.86899 0.9 0.21805 0.33 0.63032 0.7 0.3038 0.414 0.4214 0.525 0.23233 0.343 0.02355 0.062 amp_12q15 118 (29%) 290 6.9999e-05 0.000562 0.37789 0.487 0.88507 0.915 0.57788 0.653 0.02552 0.0658 0.0090999 0.0299 0.00397 0.0159 0.0363 0.0855 0.0026 0.0111 7.9999e-05 0.000621 amp_13q22.1 128 (31%) 280 9.9999e-06 9.73e-05 0.93306 0.949 0.31946 0.43 0.82074 0.867 0.96957 0.975 0.37078 0.48 0.3771 0.487 0.72717 0.785 0.86336 0.897 0.99424 0.994 amp_16p13.2 87 (21%) 321 9.9999e-06 9.73e-05 0.00044 0.00265 0.98571 0.987 0.78153 0.837 0.0081799 0.0279 0.084949 0.162 0.20606 0.318 0.28423 0.394 0.50693 0.593 0.40811 0.512 amp_16p11.2 98 (24%) 310 9.9999e-06 9.73e-05 0.01899 0.0524 0.7237 0.784 0.51194 0.595 0.42881 0.532 0.39036 0.495 0.54538 0.624 0.37797 0.487 0.93751 0.951 0.82992 0.873 amp_16q22.1 108 (26%) 300 9.9999e-06 9.73e-05 0.56299 0.639 0.32551 0.436 0.27047 0.381 0.47467 0.573 0.00466 0.0177 0.051739 0.113 0.01473 0.0429 0.02916 0.0729 0.17033 0.275 amp_17p11.2 88 (22%) 320 0.00468 0.0177 0.15228 0.256 0.65448 0.721 0.93672 0.951 0.2329 0.343 0.62602 0.698 0.38778 0.495 0.2239 0.334 0.30978 0.42 0.47754 0.574 amp_17q11.2 174 (43%) 234 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 0.10559 0.188 0.1643 0.267 0.00051999 0.00306 0.00031 0.00199 0.062979 0.131 0.53805 0.619 0.00248 0.0106 0.0099999 0.0322 amp_17q12 165 (40%) 243 9.9999e-06 9.73e-05 0.03251 0.0783 0.2056 0.318 0.14823 0.251 0.094139 0.173 0.03523 0.0835 0.03709 0.0868 0.10578 0.188 0.0090899 0.0299 0.0090899 0.0299 amp_17q23.3 194 (48%) 214 9.9999e-06 9.73e-05 0.03206 0.0778 0.11706 0.205 0.85598 0.892 0.42906 0.532 0.3625 0.47 0.43501 0.536 0.28615 0.395 0.1311 0.226 0.35644 0.465 amp_19q12 164 (40%) 244 9.9999e-06 9.73e-05 0.00235 0.0102 0.23576 0.344 0.79601 0.847 0.22985 0.34 0.11508 0.203 0.15608 0.258 0.04268 0.0968 0.24687 0.355 0.17568 0.281 amp_19q13.43 155 (38%) 253 9.9999e-06 9.73e-05 0.0063599 0.0229 0.089659 0.168 0.65225 0.719 0.34406 0.453 0.5474 0.625 0.10338 0.185 0.29637 0.407 0.04722 0.105 0.083009 0.16 amp_20q11.21 263 (64%) 145 9.9999e-06 9.73e-05 0.069169 0.139 0.14058 0.241 0.50824 0.594 0.22973 0.34 0.02674 0.0685 0.21102 0.324 0.15601 0.258 0.066109 0.135 0.04688 0.105 amp_22q12.2 87 (21%) 321 7.9999e-05 0.000621 0.053289 0.116 0.78402 0.838 0.75189 0.808 0.1731 0.278 0.061609 0.128 0.097989 0.178 0.857 0.892 0.44239 0.543 0.92285 0.944 del_1p36.11 91 (22%) 317 0.14113 0.241 0.01597 0.0461 0.096929 0.177 0.32625 0.436 0.075929 0.15 0.95225 0.96 0.36261 0.47 0.055979 0.12 0.45596 0.556 0.69957 0.765 del_1q32.1 72 (18%) 336 0.00028 0.00186 0.02795 0.0708 0.59679 0.671 0.19542 0.306 0.45912 0.559 0.04467 0.101 0.43085 0.533 0.73436 0.792 0.55871 0.635 0.64103 0.71 del_2q22.1 134 (33%) 274 0.00127 0.00614 0.0076999 0.0269 0.49172 0.583 0.97608 0.98 0.00036 0.00223 0.15963 0.262 0.17312 0.278 0.38181 0.49 0.071969 0.144 0.698 0.764 del_2q34 174 (43%) 234 9.9999e-06 9.73e-05 0.00097999 0.005 0.0066199 0.0237 0.48527 0.579 0.0076699 0.0269 0.10843 0.193 0.50305 0.589 0.34819 0.457 0.52454 0.606 0.92668 0.946 del_2q37.1 207 (51%) 201 9.9999e-06 9.73e-05 0.00029 0.00189 0.04341 0.0981 0.60235 0.676 0.02552 0.0658 0.065879 0.135 0.23561 0.344 0.072549 0.145 0.28897 0.397 0.33548 0.444 del_3p14.2 117 (29%) 291 8.9999e-05 0.000692 0.02785 0.0708 0.00015 0.00109 0.01039 0.033 9.9999e-06 9.73e-05 4e-05 0.000348 0.00093999 0.0049 0.21699 0.33 0.00028 0.00186 2e-04 0.00142 del_4q22.1 161 (39%) 247 9.9999e-06 9.73e-05 0.099589 0.18 0.00112 0.0056 0.01048 0.0331 0.01786 0.0501 0.00122 0.00606 0.01335 0.0399 0.8195 0.867 0.077049 0.15 0.02836 0.0714 del_4q34.2 177 (43%) 231 9.9999e-06 9.73e-05 0.058189 0.124 0.066769 0.136 0.076019 0.15 0.14324 0.244 0.04097 0.094 0.16909 0.274 0.62981 0.7 0.4995 0.588 0.11986 0.208 del_5q12.1 202 (50%) 206 9.9999e-06 9.73e-05 0.00141 0.00677 0.074689 0.148 0.26904 0.38 0.48844 0.581 0.00456 0.0176 0.00182 0.00815 0.01209 0.0368 0.15734 0.259 0.053289 0.116 del_6p25.3 106 (26%) 302 9.9999e-06 9.73e-05 0.00037 0.00225 0.03913 0.0907 0.89811 0.922 0.050689 0.111 0.01476 0.0429 0.47498 0.573 0.40542 0.509 0.35781 0.466 0.84463 0.885 del_6q21 190 (47%) 218 9.9999e-06 9.73e-05 0.23826 0.347 0.14459 0.246 0.46475 0.564 0.88616 0.915 0.23547 0.344 0.00299 0.0124 0.01468 0.0429 0.2558 0.365 0.0062499 0.0226 del_6q27 190 (47%) 218 9.9999e-06 9.73e-05 0.054099 0.116 0.21278 0.324 0.081589 0.158 0.73528 0.792 0.0107 0.0336 0.01374 0.0409 0.01078 0.0336 0.25371 0.363 0.00281 0.0119 del_7q36.3 60 (15%) 348 0.00050999 0.00303 0.52138 0.603 0.11945 0.208 0.097569 0.178 0.03251 0.0783 0.48194 0.577 0.5373 0.619 0.053929 0.116 0.02084 0.0566 0.02966 0.0738 del_8p23.3 243 (60%) 165 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 0.12265 0.212 0.0084099 0.0285 5.9999e-05 0.000487 0.00013 0.000968 0.21277 0.324 0.0097899 0.0318 0.15547 0.258 0.195 0.306 del_8p21.3 252 (62%) 156 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 0.11783 0.206 0.03362 0.0804 0.00090999 0.00478 0.0086499 0.0291 0.069389 0.14 0.00448 0.0175 0.04968 0.11 0.04188 0.0955 del_9p23 177 (43%) 231 9.9999e-06 9.73e-05 0.00097999 0.005 0.02164 0.0582 0.00463 0.0177 0.00046 0.00275 0.00024 0.00167 0.00272 0.0115 0.090519 0.169 3e-05 0.000264 0.00286 0.012 del_9p21.3 239 (59%) 169 9.9999e-06 9.73e-05 0.19391 0.305 0.053929 0.116 0.0059099 0.0215 0.00037 0.00225 0.02233 0.0595 0.23836 0.347 0.091349 0.17 0.00414 0.0164 0.0119 0.0365 del_9q22.33 178 (44%) 230 2e-05 0.000182 2e-05 0.000182 0.00036 0.00223 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 0.32912 0.438 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 del_10p11.21 74 (18%) 334 0.01199 0.0366 0.91559 0.937 0.15188 0.256 0.51193 0.595 0.03076 0.0751 0.068499 0.139 0.49871 0.588 0.50163 0.589 0.21757 0.33 0.084679 0.162 del_10q23.31 168 (41%) 240 9.9999e-06 9.73e-05 0.02748 0.0701 0.13243 0.228 0.074369 0.148 0.17881 0.284 0.5671 0.643 0.80634 0.856 0.49232 0.583 0.24397 0.353 0.72714 0.785 del_11p15.5 211 (52%) 197 9.9999e-06 9.73e-05 0.00066999 0.00382 0.60859 0.682 0.00023 0.00161 0.00293 0.0122 9.9999e-06 9.73e-05 0.00018 0.0013 0.01817 0.0506 0.00080999 0.00438 0.00188 0.00837 del_11q23.3 153 (38%) 255 9.9999e-06 9.73e-05 0.29702 0.407 0.39035 0.495 0.70968 0.774 0.51651 0.599 0.20027 0.312 0.39877 0.502 0.086199 0.163 0.41175 0.515 0.22832 0.339 del_11q25 144 (35%) 264 9.9999e-06 9.73e-05 0.2432 0.352 0.48179 0.577 0.4242 0.528 0.54508 0.624 0.24597 0.355 0.50127 0.589 0.078909 0.153 0.29899 0.408 0.3072 0.418 del_12p13.1 68 (17%) 340 0.01537 0.0445 0.0051399 0.0192 0.8376 0.879 0.2214 0.333 9.9999e-06 9.73e-05 5e-05 0.00042 0.0099399 0.0321 0.48505 0.579 0.01185 0.0365 0.20779 0.32 del_12q24.33 88 (22%) 320 9.9999e-06 9.73e-05 0.49518 0.585 0.29938 0.408 0.33406 0.443 0.02177 0.0582 0.38538 0.493 0.78812 0.841 0.51713 0.599 0.94031 0.952 0.96425 0.971 del_13q14.2 156 (38%) 252 9.9999e-06 9.73e-05 0.27855 0.389 3e-05 0.000264 0.01635 0.0466 0.01613 0.0462 0.0097699 0.0318 0.00104 0.00527 0.35443 0.464 0.0072099 0.0257 0.00215 0.0094 del_14q24.1 137 (34%) 271 9.9999e-06 9.73e-05 9.9999e-06 9.73e-05 0.94662 0.956 0.081419 0.158 0.00145 0.00692 9.9999e-06 9.73e-05 0.00369 0.015 0.00416 0.0164 0.00161 0.00748 0.00029 0.00189 del_15q13.1 160 (39%) 248 9.9999e-06 9.73e-05 0.00226 0.00982 0.093379 0.172 0.54146 0.621 0.0089899 0.0299 0.3572 0.466 0.03967 0.0916 0.01037 0.033 0.01904 0.0524 0.058389 0.124 del_16p13.3 174 (43%) 234 9.9999e-06 9.73e-05 0.01865 0.0518 0.0057499 0.0211 0.44145 0.543 0.0079399 0.0275 0.26242 0.373 0.94572 0.956 0.9772 0.98 0.41118 0.515 0.51174 0.595 del_16q23.1 119 (29%) 289 9.9999e-06 9.73e-05 0.079039 0.153 0.077019 0.15 0.10096 0.182 0.0073499 0.026 0.065429 0.134 0.0053399 0.0197 0.20113 0.312 0.064499 0.133 0.061579 0.128 del_17p12 208 (51%) 200 9.9999e-06 9.73e-05 0.00055999 0.00322 0.3299 0.439 0.38963 0.495 0.22428 0.334 0.01604 0.0461 0.75926 0.815 0.80569 0.856 0.23412 0.344 0.71534 0.777 del_18q23 179 (44%) 229 9.9999e-06 9.73e-05 0.45989 0.559 0.82883 0.873 0.79249 0.845 0.92918 0.947 0.15289 0.257 0.00027 0.00182 9.9999e-06 9.73e-05 0.00307 0.0127 0.00439 0.0172 del_19p13.3 145 (36%) 263 9.9999e-06 9.73e-05 0.48801 0.581 0.26506 0.375 0.1554 0.258 0.02026 0.0552 0.00088999 0.00474 0.03853 0.0896 0.10997 0.194 0.35168 0.461 0.10202 0.183 del_22q13.32 188 (46%) 220 9.9999e-06 9.73e-05 0.00199 0.0088 0.02975 0.0738 0.00109 0.00549 0.00075999 0.0042 0.00126 0.00613 0.04272 0.0968 0.58941 0.664 0.0018 0.00811 0.01656 0.047 del_xp11.3 91 (22%) 317 0.43695 0.538 0.076329 0.15 0.93266 0.949 0.84962 0.887 0.32078 0.431 0.57189 0.647 0.69282 0.759 0.14776 0.251 0.44861 0.548 0.31797 0.429 del_xq21.33 84 (21%) 324 0.23387 0.344 0.04159 0.0952 0.32795 0.438 0.2517 0.362 0.01176 0.0364 0.096649 0.177 0.15556 0.258 0.04946 0.109 0.050769 0.111 0.1811 0.287