Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 92 (31%) 203 9.9999e-06 0.000482 0.4019 0.598 0.7506 0.86 0.86395 0.933 0.00013 0.00314 0.00216 0.0233 0.16243 0.375 4e-05 0.00113 0.12634 0.328 0.00157 0.0189 1q gain 141 (48%) 154 9.9999e-06 0.000482 0.33537 0.541 0.34816 0.559 0.38036 0.584 0.00398 0.0352 0.0057499 0.0442 0.27288 0.487 0.00271 0.0258 0.067699 0.226 0.00267 0.0258 2p gain 65 (22%) 230 3e-05 0.00102 0.39508 0.594 0.01813 0.0941 0.11946 0.317 0.01797 0.0941 0.050679 0.188 0.12888 0.329 0.00112 0.016 0.2467 0.463 0.11749 0.315 2q gain 38 (13%) 257 4e-05 0.00113 0.04401 0.175 0.067179 0.226 0.17223 0.381 0.02454 0.117 0.0070699 0.0509 0.30375 0.519 0.00371 0.0334 0.58911 0.748 0.6282 0.773 3p gain 78 (26%) 217 0.20084 0.419 0.092519 0.273 0.75243 0.86 0.00495 0.0396 0.38789 0.588 0.88693 0.945 0.14784 0.355 0.61476 0.767 0.6777 0.806 0.58312 0.746 3q gain 176 (60%) 119 4e-05 0.00113 0.27597 0.49 1 1 0.32003 0.532 0.00113 0.016 4e-05 0.00113 0.34902 0.559 0.00022 0.00475 0.0065099 0.0477 9.9999e-06 0.000482 4p gain 11 (4%) 284 0.58951 0.748 0.14118 0.346 0.29956 0.516 0.20572 0.422 0.64714 0.786 0.59619 0.751 0.46679 0.659 0.59602 0.751 0.63669 0.778 0.9424 0.977 4q gain 14 (5%) 281 0.03814 0.161 0.41497 0.612 0.04634 0.179 0.36369 0.573 0.88269 0.944 0.46532 0.659 0.83366 0.907 0.28531 0.5 0.7919 0.883 0.28703 0.501 5p gain 115 (39%) 180 9.9999e-06 0.000482 0.23351 0.452 0.55312 0.729 0.65012 0.786 0.078629 0.248 0.02512 0.119 0.00434 0.037 0.00497 0.0396 0.02951 0.133 0.22403 0.443 5q gain 48 (16%) 247 2e-05 0.000745 1 1 0.652 0.786 0.95271 0.978 0.17561 0.385 0.84213 0.913 0.33467 0.541 0.7729 0.871 0.25023 0.466 0.93937 0.977 6p gain 52 (18%) 243 5e-04 0.00891 0.04479 0.177 0.76276 0.865 0.01097 0.0692 0.01042 0.0677 0.13888 0.343 0.94365 0.977 0.073719 0.239 0.26927 0.484 0.16548 0.378 6q gain 35 (12%) 260 0.01367 0.0781 0.0401 0.167 0.21535 0.434 0.091869 0.272 0.22989 0.45 0.24672 0.463 0.74109 0.854 0.2651 0.482 0.31474 0.53 0.66494 0.798 7p gain 37 (13%) 258 0.00311 0.0287 0.092729 0.273 0.079089 0.248 0.21003 0.427 0.059939 0.213 0.42338 0.62 5e-04 0.00891 0.12779 0.328 0.00475 0.0389 0.16853 0.378 7q gain 38 (13%) 257 0.00199 0.0222 0.069979 0.23 1 1 0.13693 0.342 0.47655 0.667 0.2115 0.429 0.00075999 0.0122 0.15555 0.363 0.00101 0.0155 0.04178 0.17 8p gain 53 (18%) 242 2e-05 0.000745 0.086429 0.265 0.76685 0.867 0.54923 0.726 0.03316 0.145 0.16654 0.378 0.82566 0.902 0.076279 0.244 0.88679 0.945 0.13432 0.339 8q gain 91 (31%) 204 0.002 0.0222 9.9999e-06 0.000482 0.38263 0.584 0.50136 0.687 0.0060699 0.0457 0.00127 0.0171 0.16986 0.378 0.0086199 0.0579 0.44155 0.632 0.00213 0.0233 9p gain 51 (17%) 244 0.0075899 0.0532 0.11352 0.307 0.24224 0.459 0.22346 0.443 0.32702 0.536 0.01049 0.0677 0.12699 0.328 0.01303 0.0763 0.35289 0.562 0.077129 0.245 9q gain 50 (17%) 245 0.00146 0.0184 0.0055099 0.0434 0.27842 0.491 0.55768 0.731 0.01346 0.078 0.00051999 0.00907 0.01118 0.0699 0.01042 0.0677 0.04607 0.179 0.03466 0.148 10p gain 25 (8%) 270 0.12756 0.328 0.51809 0.701 0.94331 0.977 0.69545 0.82 0.82112 0.9 0.47331 0.665 0.061559 0.216 0.69732 0.82 0.32723 0.536 0.78674 0.88 10q gain 17 (6%) 278 0.43235 0.625 0.85926 0.93 0.62544 0.773 0.69795 0.82 0.3602 0.57 0.20026 0.419 0.24229 0.459 0.91596 0.966 0.69862 0.82 0.62565 0.773 11p gain 9 (3%) 286 0.88613 0.945 0.91437 0.966 0.19828 0.417 0.89742 0.954 0.39827 0.595 0.15457 0.362 0.69717 0.82 0.02055 0.103 0.6352 0.777 0.5169 0.701 11q gain 8 (3%) 287 0.37704 0.584 0.2587 0.474 0.10763 0.297 0.67003 0.799 0.050639 0.188 0.00164 0.0195 0.17969 0.39 0.02293 0.112 0.17493 0.385 0.077449 0.245 12p gain 53 (18%) 242 0.11396 0.307 0.66693 0.799 0.37411 0.583 0.71993 0.837 0.00107 0.0157 0.67055 0.799 0.79347 0.883 0.35255 0.562 0.77271 0.871 0.63719 0.778 12q gain 50 (17%) 245 0.0481 0.183 0.79969 0.886 0.38153 0.584 0.78039 0.877 0.0024 0.0249 0.32651 0.536 1 1 0.27042 0.485 0.7225 0.839 0.58246 0.746 13q gain 25 (8%) 270 0.35656 0.567 0.12791 0.328 0.23289 0.452 0.62633 0.773 0.10655 0.296 0.057529 0.208 0.0157 0.087 0.089939 0.269 0.068299 0.226 0.052879 0.194 14q gain 47 (16%) 248 0.00359 0.0327 0.56214 0.733 0.96045 0.983 0.22438 0.443 0.21492 0.434 1 1 0.36834 0.578 0.14664 0.355 0.050339 0.188 0.12053 0.319 15q gain 52 (18%) 243 0.00254 0.0251 0.45301 0.644 0.13098 0.333 0.61444 0.767 0.87052 0.936 0.87004 0.936 0.87195 0.936 0.7616 0.865 0.94061 0.977 0.83212 0.906 16p gain 45 (15%) 250 0.00135 0.0176 0.55256 0.729 0.38276 0.584 0.76108 0.865 0.42789 0.622 0.33742 0.544 0.068259 0.226 0.085379 0.264 0.41067 0.609 0.5758 0.746 16q gain 40 (14%) 255 2e-05 0.000745 0.40637 0.604 0.36728 0.577 0.29149 0.505 0.57897 0.746 0.43653 0.628 0.1514 0.36 0.087219 0.266 0.091289 0.272 0.48771 0.676 17p gain 22 (7%) 273 0.00037 0.00722 0.26235 0.478 0.94184 0.977 0.97287 0.989 0.10883 0.297 0.33417 0.541 0.33012 0.539 0.65115 0.786 0.057929 0.208 0.971 0.989 17q gain 43 (15%) 252 0.00060999 0.01 0.10801 0.297 0.20591 0.422 0.052739 0.194 0.18925 0.405 0.41326 0.611 0.59056 0.748 0.82492 0.902 0.20543 0.422 0.66261 0.797 18p gain 49 (17%) 246 0.00183 0.0211 0.75265 0.86 0.57908 0.746 0.76242 0.865 0.03892 0.164 0.1651 0.378 0.7823 0.878 0.28878 0.503 0.89879 0.955 0.19347 0.412 18q gain 32 (11%) 263 0.00011 0.00273 0.79198 0.883 0.30203 0.519 0.21798 0.438 0.00118 0.0164 0.25063 0.466 0.31536 0.53 0.33444 0.541 0.96982 0.989 0.063079 0.216 19p gain 45 (15%) 250 2e-05 0.000745 0.36089 0.57 0.51625 0.701 0.9395 0.977 0.51148 0.697 0.55998 0.732 1 1 0.48446 0.674 0.80731 0.889 0.70556 0.824 19q gain 72 (24%) 223 9.9999e-06 0.000482 0.26609 0.482 0.62271 0.773 0.53168 0.714 0.15867 0.368 0.03283 0.145 0.46948 0.661 0.02559 0.12 0.30478 0.519 0.22523 0.443 20p gain 101 (34%) 194 9.9999e-06 0.000482 0.02103 0.103 0.81885 0.899 0.01271 0.0754 0.15588 0.363 0.097089 0.281 0.04365 0.175 0.1218 0.32 0.01691 0.0918 0.37715 0.584 20q gain 114 (39%) 181 9.9999e-06 0.000482 0.03451 0.148 0.21287 0.431 0.00176 0.0206 0.22477 0.443 0.04772 0.183 0.24064 0.459 0.02854 0.13 0.01265 0.0754 0.32056 0.532 21q gain 37 (13%) 258 0.10851 0.297 0.83654 0.909 0.54266 0.72 0.71573 0.834 0.01809 0.0941 0.35738 0.567 0.97463 0.989 0.76049 0.865 0.75219 0.86 0.51382 0.699 22q gain 29 (10%) 266 0.55527 0.729 0.49035 0.677 0.77373 0.871 0.58126 0.746 0.00021 0.00465 0.25205 0.466 0.79906 0.886 0.33388 0.541 0.80484 0.889 0.31537 0.53 xp gain 40 (14%) 255 0.57984 0.746 0.03332 0.145 0.5869 0.748 0.43473 0.626 0.13751 0.343 0.02795 0.128 0.73146 0.847 0.16655 0.378 0.64993 0.786 0.31742 0.53 xq gain 43 (15%) 252 0.53712 0.716 0.04543 0.178 0.084769 0.263 0.43187 0.625 0.24154 0.459 0.13891 0.343 0.17915 0.39 0.14653 0.355 0.2538 0.468 0.39344 0.593 1p loss 13 (4%) 282 0.14648 0.355 0.93415 0.977 0.76549 0.867 0.40014 0.597 0.00031 0.0062 0.01935 0.0992 0.098789 0.282 0.19964 0.419 0.39765 0.595 0.13948 0.343 1q loss 9 (3%) 286 0.38214 0.584 0.91332 0.966 0.44115 0.632 0.68338 0.809 0.03435 0.148 0.15455 0.362 0.061349 0.216 0.43839 0.63 0.20248 0.421 0.38406 0.584 2p loss 18 (6%) 277 0.01597 0.0879 0.78515 0.88 0.90893 0.963 0.25784 0.474 0.32479 0.535 0.2357 0.454 0.52871 0.712 0.27084 0.485 0.56128 0.733 0.79622 0.885 2q loss 34 (12%) 261 0.02101 0.103 0.18341 0.395 0.94665 0.977 0.17174 0.381 0.00234 0.0246 0.057319 0.208 0.12429 0.326 0.03234 0.144 0.56704 0.738 0.15679 0.364 3p loss 77 (26%) 218 9.9999e-06 0.000482 0.0057699 0.0442 0.37485 0.583 0.056759 0.207 0.01234 0.0744 0.00026 0.00547 0.01158 0.0707 0.00294 0.0277 0.0115 0.0707 0.00153 0.0189 3q loss 14 (5%) 281 0.01447 0.0818 0.3047 0.519 0.77471 0.871 0.029 0.131 0.02335 0.113 0.42842 0.622 0.058969 0.211 0.37081 0.58 0.11092 0.301 0.0063699 0.0471 4p loss 130 (44%) 165 9.9999e-06 0.000482 0.04363 0.175 0.93939 0.977 1 1 0.0063299 0.0471 0.00228 0.0243 0.31041 0.526 0.0012 0.0164 0.53665 0.716 0.0057099 0.0442 4q loss 95 (32%) 200 9.9999e-06 0.000482 0.55491 0.729 0.67874 0.806 0.95278 0.978 0.070889 0.232 0.0176 0.0941 1 1 0.04829 0.183 0.1821 0.393 0.27813 0.491 5p loss 17 (6%) 278 0.57694 0.746 0.62779 0.773 0.35318 0.562 0.55568 0.729 0.82828 0.903 0.48794 0.676 0.81471 0.896 0.54114 0.719 0.70143 0.822 0.14179 0.346 5q loss 49 (17%) 246 5e-05 0.00132 0.57221 0.742 0.80514 0.889 0.44695 0.638 0.65179 0.786 0.94726 0.977 0.11804 0.315 0.24212 0.459 0.32481 0.535 0.067499 0.226 6p loss 46 (16%) 249 0.01278 0.0754 0.03947 0.165 0.49423 0.68 0.31655 0.53 0.18947 0.405 0.0408 0.168 0.52359 0.707 0.16809 0.378 0.4265 0.622 0.094609 0.277 6q loss 74 (25%) 221 0.00018 0.0041 0.02344 0.113 0.42241 0.62 0.60232 0.756 0.23041 0.45 0.0302 0.135 0.14781 0.355 0.03623 0.154 0.22288 0.443 0.16946 0.378 7p loss 26 (9%) 269 0.384 0.584 0.0086199 0.0579 0.73671 0.852 0.096179 0.281 0.059209 0.211 0.24961 0.466 0.1259 0.328 0.82598 0.902 0.27793 0.491 0.27535 0.49 7q loss 36 (12%) 259 0.595 0.751 0.04162 0.17 0.19691 0.416 0.073449 0.239 0.45293 0.644 0.16429 0.378 0.098369 0.282 0.2044 0.422 0.14054 0.345 0.18776 0.403 8p loss 82 (28%) 213 9.9999e-06 0.000482 0.94443 0.977 0.88238 0.944 0.22202 0.443 0.01641 0.0897 0.30799 0.523 0.02033 0.103 0.04388 0.175 0.0068499 0.0497 0.39535 0.594 8q loss 25 (8%) 270 0.00156 0.0189 9.9999e-06 0.000482 0.66888 0.799 0.074999 0.242 7.9999e-05 0.00205 3e-05 0.00102 0.0072099 0.0514 5e-05 0.00132 0.0060699 0.0457 0.0082499 0.0564 9p loss 53 (18%) 242 0.0013 0.0172 0.79373 0.883 0.081999 0.257 0.48161 0.672 0.47373 0.665 0.60442 0.758 0.92641 0.972 0.87251 0.936 0.28224 0.497 0.8587 0.93 9q loss 48 (16%) 247 0.01473 0.0827 0.089139 0.269 0.22537 0.443 0.49509 0.68 0.13618 0.342 0.086279 0.265 0.37725 0.584 0.53558 0.716 0.01072 0.0686 0.38497 0.585 10p loss 66 (22%) 229 0.00271 0.0258 0.42758 0.622 0.74507 0.856 0.97405 0.989 0.41859 0.616 0.5296 0.712 0.6308 0.774 0.60096 0.756 0.32073 0.532 0.133 0.337 10q loss 73 (25%) 222 0.00401 0.0352 0.4233 0.62 0.92 0.968 0.90048 0.955 0.19788 0.417 0.20791 0.425 0.51018 0.696 0.25069 0.466 0.23483 0.453 0.1271 0.328 11p loss 100 (34%) 195 9.9999e-06 0.000482 0.33527 0.541 0.02555 0.12 0.02636 0.123 0.03422 0.148 0.086569 0.265 0.46581 0.659 0.062219 0.216 0.66927 0.799 0.02042 0.103 11q loss 115 (39%) 180 9.9999e-06 0.000482 0.2868 0.501 0.15006 0.359 0.29037 0.504 0.050109 0.188 0.088859 0.269 0.29788 0.514 0.0080299 0.0553 0.42435 0.62 0.070899 0.232 12p loss 40 (14%) 255 0.88312 0.944 0.084449 0.263 0.49278 0.679 0.00085999 0.0136 0.13685 0.342 0.48888 0.676 0.31633 0.53 0.80118 0.887 0.17228 0.381 0.39703 0.595 12q loss 15 (5%) 280 0.72437 0.84 0.0184 0.0949 0.74336 0.855 0.80628 0.889 0.64898 0.786 0.41387 0.611 0.20352 0.422 0.53779 0.716 0.26164 0.478 0.65435 0.788 13q loss 80 (27%) 215 9.9999e-06 0.000482 0.24595 0.463 0.97342 0.989 0.17917 0.39 0.01372 0.0781 0.02725 0.126 0.01784 0.0941 0.00193 0.022 0.18216 0.393 0.0456 0.178 14q loss 35 (12%) 260 0.37268 0.582 0.097309 0.281 0.30305 0.519 0.089969 0.269 0.062589 0.216 0.13852 0.343 0.94675 0.977 0.097789 0.281 0.19415 0.412 0.15082 0.36 15q loss 47 (16%) 248 0.04997 0.188 0.97945 0.993 0.91646 0.966 0.68252 0.809 0.16473 0.378 0.59118 0.748 0.16743 0.378 0.5096 0.696 0.15471 0.362 0.38403 0.584 16p loss 32 (11%) 263 0.10505 0.294 0.64224 0.783 0.6268 0.773 0.61737 0.769 0.04273 0.173 0.36428 0.573 0.27629 0.49 0.01125 0.0699 0.15279 0.361 0.50363 0.689 16q loss 43 (15%) 252 0.24244 0.459 0.0079299 0.0551 0.73899 0.853 0.17581 0.385 0.00491 0.0396 0.00249 0.0251 0.01079 0.0686 0.00251 0.0251 0.0404 0.167 0.00043 0.00801 17p loss 94 (32%) 201 0.00432 0.037 0.033 0.145 0.04803 0.183 0.59126 0.748 0.10263 0.289 0.052689 0.194 0.11848 0.315 0.076759 0.245 0.25223 0.466 0.58143 0.746 17q loss 34 (12%) 261 0.0135 0.078 0.02078 0.103 0.0073299 0.0518 0.39349 0.593 0.060509 0.214 0.2828 0.497 0.10174 0.288 0.3403 0.547 0.73931 0.853 0.698 0.82 18p loss 54 (18%) 241 0.47832 0.668 0.063629 0.217 0.96558 0.987 0.1696 0.378 0.01511 0.0843 0.065239 0.221 0.31103 0.526 0.062549 0.216 0.23377 0.452 0.00014 0.00328 18q loss 73 (25%) 222 0.00104 0.0155 0.0095699 0.0633 0.44966 0.641 0.20423 0.422 4e-05 0.00113 0.00103 0.0155 0.11085 0.301 0.00027 0.00553 0.01733 0.0935 2e-05 0.000745 19p loss 60 (20%) 235 9.9999e-06 0.000482 0.56881 0.739 0.7063 0.824 0.12184 0.32 0.00039 0.00744 0.00142 0.0182 0.1008 0.286 0.00055999 0.00957 0.04418 0.175 0.099819 0.284 19q loss 30 (10%) 265 0.00312 0.0287 0.10638 0.296 0.37875 0.584 0.63009 0.774 0.22858 0.448 0.29187 0.505 0.47599 0.667 0.10704 0.297 0.17926 0.39 0.23912 0.459 20p loss 22 (7%) 273 0.95395 0.978 0.92229 0.97 0.15213 0.361 0.92714 0.972 0.01797 0.0941 0.091479 0.272 0.062759 0.216 0.16837 0.378 0.00463 0.0383 0.00441 0.037 20q loss 12 (4%) 283 0.1481 0.355 0.86668 0.935 0.5365 0.716 0.59059 0.748 0.26794 0.484 0.096869 0.281 1 1 0.48722 0.676 1 1 0.32212 0.534 21q loss 49 (17%) 246 0.00060999 0.01 0.24435 0.462 0.60641 0.759 0.02431 0.117 0.0087899 0.0586 0.00442 0.037 0.45979 0.652 0.02688 0.125 0.12977 0.33 0.23387 0.452 22q loss 71 (24%) 224 0.00403 0.0352 0.63308 0.776 0.30236 0.519 0.11666 0.314 0.2249 0.443 0.01974 0.101 0.95364 0.978 0.2086 0.425 0.38891 0.588 0.43457 0.626 xp loss 65 (22%) 230 0.088569 0.269 0.065939 0.223 0.52939 0.712 0.70528 0.824 0.26859 0.484 0.62373 0.773 0.00243 0.0249 0.19523 0.414 0.064629 0.22 0.01164 0.0707 xq loss 58 (20%) 237 0.26622 0.482 0.10398 0.292 0.54684 0.724 0.67939 0.806 0.25179 0.466 1 1 0.075829 0.244 0.9538 0.978 0.25892 0.474 0.32284 0.534