Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 38 (21%) 146 0.19916 0.384 0.78081 0.884 0.30497 0.498 0.18976 0.371 0.23485 0.428 0.60067 0.765 0.3072 0.499 0.85461 0.923 0.74415 0.864 0.85249 0.923 1q gain 64 (35%) 120 0.01143 0.0609 0.10755 0.264 0.29554 0.489 0.053919 0.171 0.16178 0.334 0.5787 0.76 0.58345 0.76 0.65392 0.806 0.58928 0.761 0.78684 0.885 2p gain 61 (33%) 123 0.00336 0.0267 0.00064999 0.00784 0.2581 0.448 0.21548 0.404 0.02486 0.105 0.091119 0.236 0.061439 0.185 0.34035 0.54 0.02356 0.103 0.67438 0.814 2q gain 47 (26%) 137 0.0095499 0.054 0.03057 0.118 0.1175 0.277 0.4443 0.648 0.083409 0.226 0.10308 0.256 0.55409 0.741 0.90575 0.951 0.40971 0.62 0.52677 0.722 3p gain 31 (17%) 153 0.00491 0.0327 0.25743 0.448 0.83486 0.914 0.75826 0.875 0.59639 0.765 0.30754 0.499 0.78605 0.885 0.60817 0.768 0.92405 0.96 0.66244 0.808 3q gain 77 (42%) 107 9.9999e-06 0.000586 0.0052799 0.0342 0.60008 0.765 0.25725 0.448 0.67618 0.814 0.082489 0.225 0.81731 0.903 0.23835 0.43 0.11421 0.275 0.33445 0.534 4p gain 17 (9%) 167 0.097649 0.249 0.35994 0.563 0.19524 0.379 0.16975 0.342 0.45309 0.653 0.53316 0.729 0.96656 0.983 1 1 0.81147 0.9 1 1 4q gain 17 (9%) 167 0.26087 0.448 0.62216 0.778 0.00355 0.0277 0.0047 0.0321 0.14498 0.312 0.16319 0.335 0.92688 0.961 0.74379 0.864 0.69416 0.826 0.44664 0.648 5p gain 75 (41%) 109 4e-04 0.00566 0.00365 0.0281 0.41411 0.623 0.091859 0.237 0.03591 0.131 0.01697 0.0817 0.17095 0.344 0.03994 0.14 0.081079 0.224 0.0077099 0.0452 5q gain 20 (11%) 164 0.44315 0.648 0.65811 0.807 0.49327 0.691 0.54858 0.739 0.77904 0.884 0.83564 0.914 0.92812 0.961 0.94807 0.972 0.70012 0.83 0.81034 0.9 6p gain 39 (21%) 145 0.13353 0.297 0.51147 0.71 0.080439 0.224 0.054349 0.171 0.35213 0.555 0.12006 0.279 0.02931 0.115 0.02259 0.101 0.01853 0.0878 0.01088 0.0591 6q gain 33 (18%) 151 0.12921 0.291 0.52284 0.72 0.076719 0.215 0.11299 0.273 0.41062 0.62 0.15321 0.32 0.1304 0.293 0.16602 0.339 0.057319 0.178 0.066339 0.195 7p gain 109 (59%) 75 0.069939 0.203 0.43713 0.641 0.30549 0.498 0.30233 0.497 0.2366 0.429 0.26223 0.449 0.70011 0.83 0.27358 0.464 0.43721 0.641 0.14769 0.315 7q gain 87 (47%) 97 0.03506 0.129 0.16654 0.339 0.71807 0.841 0.52398 0.72 0.46192 0.659 0.46569 0.662 0.4131 0.623 0.68692 0.821 0.85852 0.923 0.32087 0.517 8p gain 67 (36%) 117 0.62638 0.782 0.9816 0.995 0.88937 0.942 0.86942 0.929 0.71751 0.841 0.087989 0.23 0.085129 0.227 0.77708 0.884 0.76526 0.878 0.73901 0.862 8q gain 102 (55%) 82 0.86951 0.929 0.85432 0.923 0.44772 0.648 0.17692 0.354 0.77592 0.884 0.37324 0.58 0.87527 0.93 0.60701 0.768 0.7664 0.878 1 1 9p gain 17 (9%) 167 0.074289 0.21 0.057989 0.179 0.61909 0.776 0.13458 0.297 0.67078 0.814 0.65848 0.807 0.04071 0.142 0.27794 0.471 0.80883 0.9 0.56574 0.749 9q gain 34 (18%) 150 0.14213 0.308 0.064029 0.191 0.15923 0.33 0.4555 0.653 0.23951 0.431 0.5359 0.729 0.21328 0.404 0.02038 0.0928 0.24399 0.434 0.061139 0.185 10p gain 40 (22%) 144 0.0058399 0.0363 0.064459 0.192 0.35314 0.555 0.45821 0.655 0.16378 0.336 0.079099 0.221 0.03877 0.136 0.21504 0.404 0.18297 0.362 0.075209 0.212 10q gain 31 (17%) 153 0.00372 0.0281 0.01407 0.0721 0.92338 0.96 0.83063 0.912 0.072699 0.209 0.11596 0.277 0.163 0.335 0.099929 0.253 0.21802 0.406 0.0321 0.122 11p gain 39 (21%) 145 0.04513 0.151 0.064869 0.192 0.99698 1 0.83771 0.915 0.57498 0.757 0.7833 0.884 0.21412 0.404 0.31782 0.513 0.67936 0.814 0.70398 0.831 11q gain 29 (16%) 155 0.11695 0.277 0.37373 0.58 0.90267 0.95 0.95083 0.973 0.54545 0.736 0.21759 0.406 0.26843 0.457 0.3378 0.537 0.12702 0.289 0.18833 0.369 12p gain 57 (31%) 127 0.00041 0.0057 0.00233 0.021 0.4572 0.654 0.092889 0.239 0.00341 0.0269 0.0054099 0.0347 0.10129 0.254 0.0025 0.0216 0.0087599 0.0503 0.01243 0.0658 12q gain 37 (20%) 147 0.02972 0.115 0.78172 0.884 0.95196 0.973 0.5606 0.747 0.40167 0.611 0.69283 0.826 0.74986 0.866 0.60761 0.768 0.24847 0.44 0.418 0.627 13q gain 44 (24%) 140 0.00011 0.00205 0.00117 0.0118 0.22101 0.409 0.11212 0.273 9.9999e-05 0.00191 2e-05 0.000745 3e-05 0.00082 5e-05 0.00117 5e-05 0.00117 9.9999e-06 0.000586 14q gain 49 (27%) 135 0.02471 0.105 0.2952 0.489 0.01444 0.0735 0.15683 0.326 0.17945 0.356 0.01566 0.0783 0.070999 0.205 0.034 0.126 0.01616 0.0798 0.0417 0.144 15q gain 31 (17%) 153 0.17799 0.354 0.52297 0.72 0.42937 0.636 0.23739 0.43 0.4045 0.613 0.074119 0.21 0.39926 0.609 0.53963 0.731 0.31317 0.508 0.55158 0.74 16p gain 40 (22%) 144 0.01349 0.0696 0.03695 0.132 0.1992 0.384 0.18455 0.364 0.14223 0.308 0.0050199 0.0332 0.16736 0.339 0.03733 0.133 0.04878 0.161 0.10806 0.265 16q gain 38 (21%) 146 0.00422 0.0298 0.0481 0.159 0.087089 0.23 0.02447 0.105 0.074119 0.21 0.04348 0.148 0.14889 0.317 0.02914 0.115 0.02222 0.0996 0.063619 0.19 17p gain 32 (17%) 152 0.01584 0.0787 0.70204 0.831 0.65782 0.807 0.59757 0.765 0.058669 0.181 0.059169 0.181 0.28724 0.48 0.58824 0.761 0.25186 0.444 0.47163 0.667 17q gain 44 (24%) 140 0.40464 0.613 0.67287 0.814 0.99654 1 0.74516 0.864 0.32208 0.518 0.059029 0.181 0.42221 0.63 0.96158 0.981 0.80947 0.9 0.83314 0.913 18p gain 50 (27%) 134 0.12817 0.29 0.59881 0.765 0.30292 0.497 0.76804 0.878 0.32821 0.527 0.33563 0.534 0.02501 0.105 0.87086 0.929 0.74071 0.863 0.80298 0.9 18q gain 24 (13%) 160 1 1 0.84378 0.92 0.58392 0.76 0.3355 0.534 0.16967 0.342 0.85975 0.923 0.01129 0.0605 0.10991 0.268 0.92939 0.961 0.16491 0.337 19p gain 28 (15%) 156 0.50891 0.71 0.15848 0.329 0.53637 0.729 0.48114 0.678 0.3963 0.605 0.87483 0.93 0.42936 0.636 0.82598 0.909 0.6532 0.806 0.8819 0.936 19q gain 40 (22%) 144 0.3619 0.565 0.4318 0.638 0.51481 0.713 0.11635 0.277 0.45169 0.652 0.2953 0.489 0.061329 0.185 0.58792 0.761 0.53852 0.731 0.2114 0.403 20p gain 107 (58%) 77 0.00069999 0.00832 0.18671 0.367 0.48796 0.686 0.25214 0.444 0.51932 0.718 0.26091 0.448 0.12387 0.284 0.35281 0.555 0.52271 0.72 0.073379 0.21 20q gain 114 (62%) 70 3e-05 0.00082 0.00194 0.0179 0.15059 0.318 0.11927 0.279 0.00253 0.0216 0.00399 0.0292 0.00113 0.0116 0.00245 0.0216 0.02275 0.101 2e-04 0.00315 21q gain 16 (9%) 168 0.51101 0.71 0.051379 0.165 0.66439 0.81 0.61895 0.776 0.15252 0.319 0.26026 0.448 0.088189 0.23 0.44508 0.648 0.58998 0.761 0.61677 0.776 22q gain 31 (17%) 153 9.9999e-06 0.000586 3e-05 0.00082 0.00411 0.0296 0.00053999 0.00692 9.9999e-06 0.000586 3e-05 0.00082 2e-04 0.00315 9.9999e-06 0.000586 9.9999e-06 0.000586 3e-05 0.00082 xp gain 25 (14%) 159 0.58309 0.76 0.2603 0.448 0.23462 0.428 0.11526 0.277 0.64812 0.804 0.70357 0.831 0.24419 0.434 0.12173 0.281 0.14728 0.315 0.2212 0.409 xq gain 41 (22%) 143 0.050329 0.164 0.26806 0.457 0.03585 0.131 0.081969 0.225 0.02727 0.111 0.02644 0.109 0.22985 0.422 0.0311 0.119 0.04733 0.157 0.050409 0.164 1p loss 38 (21%) 146 0.00087999 0.00962 2e-05 0.000745 0.85757 0.923 0.91663 0.956 0.00092999 0.0099 0.03747 0.133 0.093649 0.24 0.03103 0.119 0.01659 0.0815 0.02603 0.108 1q loss 22 (12%) 162 0.04938 0.162 0.1401 0.306 0.13635 0.299 0.58387 0.76 0.25559 0.448 0.050769 0.165 0.02936 0.115 0.1211 0.281 0.070899 0.205 0.075649 0.212 2p loss 10 (5%) 174 0.5711 0.753 0.055359 0.174 0.20078 0.386 0.068319 0.2 0.01054 0.0576 0.15182 0.318 0.18298 0.362 0.00079999 0.00911 0.56021 0.747 0.18986 0.371 2q loss 18 (10%) 166 0.54388 0.735 0.23894 0.431 0.84942 0.923 0.42172 0.63 0.01308 0.0686 0.03251 0.122 0.1127 0.273 0.0071999 0.0429 0.28163 0.474 0.10494 0.26 3p loss 92 (50%) 92 3e-05 0.00082 0.00016 0.00262 0.1675 0.339 0.085899 0.228 0.00057999 0.0071 9.9999e-06 0.000586 0.00136 0.0134 3e-05 0.00082 0.00107 0.0112 9.9999e-06 0.000586 3q loss 33 (18%) 151 0.90464 0.951 0.91193 0.954 0.10609 0.261 0.66086 0.808 0.7793 0.884 0.59698 0.765 0.76457 0.878 0.91242 0.954 0.91219 0.954 0.89894 0.947 4p loss 105 (57%) 79 0.00084999 0.00942 0.00416 0.0297 0.24189 0.433 0.94014 0.968 0.0333 0.125 0.21186 0.403 0.77051 0.88 0.2849 0.478 0.01942 0.0905 0.17137 0.344 4q loss 88 (48%) 96 9.9999e-06 0.000586 0.0090299 0.0514 0.12418 0.284 0.71286 0.837 0.12309 0.284 0.19232 0.375 0.44489 0.648 0.44792 0.648 0.10039 0.253 0.11546 0.277 5p loss 46 (25%) 138 0.0048 0.0324 0.00082999 0.00932 0.38811 0.595 0.052209 0.167 4e-05 0.00106 9.9999e-05 0.00191 2e-05 0.000745 3e-05 0.00082 7.9999e-05 0.00168 9.9999e-06 0.000586 5q loss 87 (47%) 97 0.00186 0.0173 0.00022 0.0034 0.33035 0.529 0.1328 0.297 0.00482 0.0324 0.13571 0.299 0.1028 0.256 0.13366 0.297 0.087679 0.23 0.084569 0.227 6p loss 38 (21%) 146 0.083929 0.227 0.2865 0.479 0.57138 0.753 0.91496 0.956 0.083179 0.226 0.56625 0.749 0.22403 0.413 0.28829 0.48 0.58412 0.76 0.38567 0.592 6q loss 40 (22%) 144 0.12902 0.291 0.28184 0.474 0.43624 0.641 0.60407 0.768 0.25157 0.444 0.81224 0.9 0.25826 0.448 0.61629 0.776 0.67808 0.814 0.42527 0.632 7p loss 13 (7%) 171 1 1 0.82739 0.909 0.84593 0.92 0.11614 0.277 0.056539 0.176 0.64012 0.797 0.46956 0.666 0.58053 0.76 0.5401 0.731 0.38331 0.591 7q loss 23 (12%) 161 0.20386 0.391 0.12382 0.284 0.70593 0.832 0.20847 0.398 0.03408 0.126 0.58728 0.761 0.76024 0.876 0.96638 0.983 0.39115 0.598 1 1 8p loss 62 (34%) 122 0.02392 0.104 0.60921 0.769 0.55285 0.741 0.97152 0.987 0.46465 0.661 0.70963 0.835 0.52947 0.725 0.80497 0.9 0.82046 0.905 0.58703 0.761 8q loss 21 (11%) 163 0.11964 0.279 0.7477 0.865 0.89822 0.947 0.94608 0.971 0.13229 0.296 0.11743 0.277 0.67394 0.814 0.56317 0.748 0.67462 0.814 0.94654 0.971 9p loss 100 (54%) 84 0.02172 0.0984 0.4552 0.653 0.89467 0.947 0.6902 0.824 0.02038 0.0928 0.23182 0.424 0.50279 0.702 0.81157 0.9 0.87143 0.929 0.64641 0.803 9q loss 65 (35%) 119 0.017 0.0817 0.02495 0.105 0.79084 0.888 0.26068 0.448 0.02978 0.115 0.42274 0.63 0.084319 0.227 0.3444 0.544 0.21455 0.404 0.60822 0.768 10p loss 51 (28%) 133 0.00147 0.0142 0.00373 0.0281 0.1191 0.279 0.38314 0.591 0.0072499 0.0429 0.0097699 0.0549 0.02403 0.104 0.0057199 0.0361 0.0151 0.0764 0.00258 0.0218 10q loss 50 (27%) 134 6.9999e-05 0.00151 5.9999e-05 0.00133 0.6662 0.811 0.10529 0.26 0.0052999 0.0342 0.00131 0.0131 0.02418 0.104 0.00184 0.0173 0.0065099 0.0401 0.00108 0.0112 11p loss 52 (28%) 132 0.13949 0.305 0.59908 0.765 0.93981 0.968 0.72961 0.852 0.44673 0.648 0.91855 0.957 0.79933 0.897 0.64941 0.804 0.93949 0.968 0.78352 0.884 11q loss 60 (33%) 124 0.00052999 0.0069 0.02223 0.0996 0.92843 0.961 0.74561 0.864 0.0058399 0.0363 0.0285 0.115 0.45449 0.653 0.14281 0.308 0.1411 0.307 0.084379 0.227 12p loss 34 (18%) 150 0.02294 0.101 0.02969 0.115 0.15127 0.318 0.03229 0.122 0.0099299 0.0554 0.00167 0.0159 0.02651 0.109 0.00381 0.0284 0.04264 0.146 0.00055999 0.00696 12q loss 32 (17%) 152 0.069159 0.202 0.03638 0.131 0.21616 0.405 0.054169 0.171 0.062579 0.188 0.01122 0.0605 0.12029 0.279 0.04174 0.144 0.02785 0.112 0.01028 0.057 13q loss 67 (36%) 117 0.00326 0.0262 0.073109 0.21 0.78226 0.884 0.66175 0.808 0.15018 0.318 0.03357 0.125 0.21535 0.404 0.14971 0.318 0.03751 0.133 0.099659 0.253 14q loss 45 (24%) 139 9.9999e-06 0.000586 0.01984 0.0918 0.00407 0.0295 0.00289 0.0239 0.00442 0.0307 0.01868 0.088 0.01694 0.0817 0.00283 0.0237 0.04188 0.144 0.00251 0.0216 15q loss 56 (30%) 128 0.056319 0.176 0.13428 0.297 0.20441 0.392 0.25447 0.447 0.059449 0.181 0.03635 0.131 0.5511 0.74 0.00432 0.0303 0.30531 0.498 0.00054999 0.00694 16p loss 54 (29%) 130 0.00074999 0.00866 0.0072799 0.0429 0.71897 0.841 0.68522 0.82 0.00322 0.0261 9.9999e-05 0.00191 0.0067499 0.0413 0.00024 0.00358 0.00042 0.00574 0.00026 0.00381 16q loss 53 (29%) 131 5e-05 0.00117 0.00048 0.00635 0.03679 0.132 0.02879 0.115 0.00046 0.00618 2e-05 0.000745 0.00016 0.00262 2e-05 0.000745 2e-05 0.000745 9.9999e-06 0.000586 17p loss 72 (39%) 112 0.00012 0.00214 0.00070999 0.00832 0.22904 0.421 0.30328 0.497 0.01566 0.0783 0.00143 0.014 0.00455 0.0314 0.00209 0.019 0.04523 0.151 0.00024 0.00358 17q loss 26 (14%) 158 0.29893 0.493 0.87254 0.929 0.99316 1 0.67087 0.814 0.24138 0.433 0.5119 0.71 0.85724 0.923 0.94287 0.97 0.65211 0.806 0.95727 0.978 18p loss 69 (38%) 115 2e-05 0.000745 0.01802 0.0859 0.23533 0.428 0.69683 0.828 0.01704 0.0817 0.00395 0.0292 0.00368 0.0281 0.01992 0.0918 0.0087799 0.0503 0.0056599 0.036 18q loss 103 (56%) 81 5e-05 0.00117 0.02961 0.115 0.42469 0.632 0.8455 0.92 0.0052799 0.0342 0.01911 0.0895 0.00244 0.0216 0.00028 0.00403 0.04354 0.148 0.00016 0.00262 19p loss 64 (35%) 120 0.14676 0.315 0.17811 0.354 0.19683 0.382 0.85612 0.923 0.098559 0.251 0.56376 0.748 0.43508 0.641 0.38504 0.592 0.37103 0.578 0.046 0.153 19q loss 52 (28%) 132 0.04221 0.145 0.35632 0.559 0.081119 0.224 0.38086 0.589 0.2228 0.411 0.02738 0.111 0.49299 0.691 0.53584 0.729 0.053249 0.17 0.28169 0.474 20p loss 19 (10%) 165 1 1 0.97505 0.99 0.49507 0.693 0.82192 0.906 0.62268 0.778 0.15166 0.318 0.86091 0.923 0.41762 0.627 0.89752 0.947 0.47493 0.67 20q loss 6 (3%) 178 0.56143 0.747 0.31443 0.509 0.28159 0.474 0.76548 0.878 0.47073 0.667 1 1 0.67853 0.814 0.63589 0.792 0.37491 0.581 0.85834 0.923 21q loss 108 (59%) 76 0.0069999 0.0425 0.0085499 0.0497 0.26028 0.448 0.089449 0.233 0.10316 0.256 0.10088 0.254 0.13633 0.299 0.22057 0.409 0.12546 0.286 0.087839 0.23 22q loss 73 (40%) 111 2e-05 0.000745 0.00089999 0.00971 0.01313 0.0686 0.081989 0.225 0.00012 0.00214 5.9999e-05 0.00133 0.0070899 0.0427 0.00016 0.00262 9.9999e-06 0.000586 9.9999e-06 0.000586 xp loss 60 (33%) 124 0.2435 0.434 0.65586 0.807 0.04394 0.148 0.34329 0.543 0.02668 0.109 0.80879 0.9 0.81472 0.902 0.24427 0.434 0.60119 0.765 0.26466 0.452 xq loss 39 (21%) 145 0.28957 0.482 0.084969 0.227 9.9999e-05 0.00191 0.02606 0.108 0.01054 0.0576 0.051099 0.165 0.065639 0.194 0.00295 0.0242 0.091779 0.237 0.01345 0.0696