Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL MIR_CNMF MIR_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p36.21 92 (16%) 485 0.32369 0.485 0.42898 0.58 0.35852 0.52 0.11473 0.228 0.00013 0.00085 0.78297 0.863 0.082479 0.185 0.17062 0.312 0.00302 0.0135 0.01927 0.0612 amp_1q32.1 160 (28%) 417 0.78268 0.863 0.062139 0.153 0.28929 0.445 0.14744 0.277 0.0057599 0.0225 0.097699 0.206 0.10683 0.219 0.33885 0.503 0.46879 0.615 0.088999 0.195 amp_1q44 99 (17%) 478 0.12933 0.253 0.62272 0.747 0.35574 0.519 0.30742 0.466 2e-05 0.00016 0.23366 0.387 0.0191 0.0611 0.21721 0.372 0.96114 0.984 0.55228 0.69 amp_2p24.3 49 (8%) 528 0.065639 0.16 0.01679 0.056 0.586 0.719 0.97974 0.994 0.20094 0.352 0.01862 0.0609 0.28182 0.438 0.03328 0.0971 1 1 0.62552 0.748 amp_3q26.33 111 (19%) 466 0.00321 0.0142 0.21089 0.362 0.3161 0.477 0.055549 0.141 0.00039 0.00229 0.03763 0.106 0.10388 0.217 0.92543 0.965 0.25048 0.406 0.69842 0.811 amp_4p16.3 48 (8%) 529 0.22276 0.376 0.72435 0.825 0.70751 0.818 0.082319 0.185 0.96212 0.984 0.75752 0.848 0.4154 0.572 0.75311 0.846 1 1 1 1 amp_4q12 108 (19%) 469 0.00017 0.00107 0.00332 0.0145 0.58753 0.72 0.47182 0.617 0.02196 0.0685 0.01166 0.0402 0.067479 0.161 0.43455 0.582 0.14893 0.279 0.4157 0.572 amp_7p11.2 507 (88%) 70 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.00084999 0.00459 2e-05 0.00016 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 amp_7q11.21 464 (80%) 113 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 2e-05 0.00016 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.02573 0.0788 0.0055599 0.0221 0.0049 0.0201 3e-05 0.000227 amp_7q21.2 480 (83%) 97 9.9999e-05 0.000687 9.9999e-06 9.71e-05 0.058819 0.147 9.9999e-05 0.000687 9.9999e-06 9.71e-05 0.00015 0.000953 0.086109 0.191 0.00328 0.0144 0.080989 0.184 0.00238 0.0109 amp_7q31.2 473 (82%) 104 0.00199 0.00933 2e-05 0.00016 0.01914 0.0611 0.0057099 0.0224 2e-05 0.00016 0.04055 0.111 0.3523 0.515 0.0051899 0.021 0.48187 0.625 0.0098999 0.0361 amp_8q24.21 69 (12%) 508 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.02064 0.065 0.23724 0.391 0.01215 0.0417 0.00139 0.00695 0.03474 0.101 0.02421 0.0745 0.060689 0.15 0.25815 0.412 amp_11p13 31 (5%) 546 0.811 0.879 0.34964 0.512 0.5328 0.676 0.24758 0.405 0.42195 0.577 0.68298 0.798 0.19352 0.341 1 1 1 1 0.8876 0.934 amp_12p13.32 84 (15%) 493 0.76407 0.853 0.38245 0.541 0.44428 0.589 0.43195 0.58 0.10734 0.219 0.76642 0.854 0.52905 0.673 0.27633 0.435 0.35726 0.52 0.54642 0.686 amp_12q14.1 134 (23%) 443 0.11269 0.227 0.14687 0.277 0.0099399 0.0361 0.088499 0.195 0.00287 0.0129 0.59663 0.729 0.27566 0.435 0.14555 0.276 0.062049 0.153 0.13917 0.267 amp_12q15 93 (16%) 484 0.67519 0.79 0.31523 0.476 0.47668 0.622 0.27878 0.436 0.077649 0.18 0.85506 0.911 0.57836 0.712 0.32508 0.486 0.37659 0.536 0.90013 0.945 amp_13q34 32 (6%) 545 0.23418 0.387 0.20334 0.354 0.068269 0.162 0.48048 0.625 0.065759 0.16 0.52783 0.673 0.04097 0.111 0.10439 0.217 0.76894 0.856 0.80426 0.875 amp_13q34 30 (5%) 547 0.27762 0.435 0.20893 0.361 0.30474 0.464 0.78753 0.865 0.072779 0.172 0.86916 0.921 0.14662 0.277 0.18571 0.331 0.7473 0.843 0.79213 0.868 amp_14q32.33 36 (6%) 541 0.075099 0.175 0.65746 0.779 0.0386 0.108 0.91971 0.961 0.091199 0.198 0.34711 0.51 0.17385 0.316 0.052719 0.137 0.02821 0.0838 0.066449 0.161 amp_17p13.2 51 (9%) 526 0.00183 0.0087 0.01384 0.0466 0.03972 0.11 0.11129 0.226 0.066809 0.161 0.04409 0.117 0.0061199 0.0236 0.48897 0.631 0.43966 0.586 0.56867 0.705 amp_17q25.1 84 (15%) 493 0.02795 0.0834 0.25525 0.409 0.1588 0.294 0.73113 0.831 0.0052699 0.0211 0.082459 0.185 0.069639 0.165 0.2545 0.409 0.90508 0.947 0.69164 0.805 amp_19p13.3 246 (43%) 331 9.9999e-06 9.71e-05 3e-05 0.000227 0.03992 0.11 0.00277 0.0126 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.2216 0.375 0.00011 0.000733 0.72404 0.825 0.97069 0.991 amp_19q12 216 (37%) 361 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.37875 0.538 0.0043 0.018 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.4853 0.629 0.00139 0.00695 0.054729 0.141 0.17011 0.312 amp_21q21.1 70 (12%) 507 0.01137 0.0394 0.059149 0.147 0.02624 0.08 0.0072399 0.0272 0.074349 0.174 0.04254 0.114 0.093509 0.201 0.71332 0.819 0.10322 0.216 0.40873 0.568 del_1p36.32 100 (17%) 477 0.80042 0.873 0.71256 0.819 0.58053 0.714 0.17313 0.316 0.37525 0.536 0.2823 0.438 0.62321 0.747 0.14096 0.268 0.1807 0.325 0.57691 0.712 del_1p36.23 135 (23%) 442 0.02 0.0633 0.22663 0.38 0.77589 0.861 0.62362 0.747 0.03516 0.101 0.56915 0.705 0.74162 0.84 0.22498 0.378 0.0055999 0.0221 0.074009 0.174 del_1p32.3 61 (11%) 516 0.36002 0.521 0.36609 0.525 0.59851 0.729 0.15783 0.293 0.41359 0.572 0.71628 0.82 0.85681 0.912 0.75405 0.846 0.73399 0.833 0.10624 0.219 del_1p22.1 48 (8%) 529 0.97577 0.992 0.55308 0.69 0.9571 0.982 0.00486 0.0201 0.067319 0.161 0.02719 0.0814 0.36518 0.525 0.60575 0.732 0.64225 0.765 0.31764 0.478 del_1q42.11 51 (9%) 526 0.23265 0.387 0.82422 0.888 0.45667 0.603 0.28566 0.441 0.19519 0.343 0.77516 0.861 0.90265 0.946 0.0067499 0.0256 0.42906 0.58 0.19155 0.339 del_1q44 35 (6%) 542 0.84619 0.905 0.47213 0.617 0.71143 0.819 0.24647 0.405 0.56014 0.698 0.69053 0.805 0.8007 0.873 0.34664 0.51 0.52949 0.673 0.3221 0.484 del_2q22.1 47 (8%) 530 0.00035 0.00211 0.0287 0.0849 0.60908 0.734 0.54681 0.686 0.00174 0.00839 0.15559 0.29 0.091109 0.198 0.81144 0.879 0.21787 0.372 0.43068 0.58 del_2q37.1 55 (10%) 522 0.01756 0.058 0.0061899 0.0238 0.54764 0.686 0.82295 0.888 0.079609 0.183 0.11399 0.228 0.13567 0.263 0.52871 0.673 0.21837 0.372 0.053509 0.138 del_3p21.1 54 (9%) 523 0.24863 0.405 0.13462 0.262 0.66898 0.786 0.39299 0.551 0.00423 0.0179 0.37955 0.538 0.080139 0.183 0.7153 0.82 0.46286 0.609 0.1065 0.219 del_3q13.31 56 (10%) 521 0.42106 0.577 0.34346 0.507 0.95158 0.979 0.5141 0.661 0.00024 0.00148 0.20604 0.357 0.17081 0.312 0.10241 0.215 1 1 0.17975 0.324 del_3q29 65 (11%) 512 0.079119 0.182 0.18573 0.331 0.69945 0.811 0.87503 0.923 0.62774 0.749 0.25295 0.409 0.04395 0.117 0.11528 0.229 0.95311 0.979 0.79271 0.868 del_4p16.3 78 (14%) 499 0.054959 0.141 0.00454 0.0189 0.10582 0.219 0.25058 0.406 0.01063 0.0378 0.00048 0.00277 0.75273 0.846 0.85855 0.912 0.79738 0.872 0.94612 0.975 del_4q34.3 93 (16%) 484 0.0075699 0.0281 3e-04 0.00184 0.058969 0.147 0.097439 0.206 0.00070999 0.00393 0.0111 0.0389 0.20905 0.361 0.080239 0.183 0.094489 0.201 0.13663 0.264 del_5q34 70 (12%) 507 2e-05 0.00016 9.9999e-06 9.71e-05 5.9999e-05 0.000443 0.0052399 0.0211 0.12533 0.247 0.00014 0.000907 0.62192 0.747 0.04913 0.129 0.28738 0.443 0.13071 0.255 del_6q22.1 155 (27%) 422 0.97544 0.992 0.94411 0.974 0.11333 0.227 0.60354 0.73 0.27694 0.435 0.40132 0.56 0.02691 0.0811 0.3586 0.52 0.52519 0.673 0.04716 0.125 del_6q26 179 (31%) 398 0.78461 0.863 0.75784 0.848 0.38449 0.542 0.54773 0.686 1 1 0.00138 0.00695 7.9999e-05 0.000567 0.055289 0.141 0.74228 0.84 0.01888 0.0611 del_8p23.2 66 (11%) 511 0.25433 0.409 0.24875 0.405 0.17792 0.322 0.27469 0.434 0.22489 0.378 0.779 0.863 0.9958 1 0.87189 0.921 0.72362 0.825 0.43643 0.583 del_9p21.3 421 (73%) 156 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.60186 0.73 0.03574 0.102 9.9999e-06 9.71e-05 0.00045 0.00262 0.04196 0.113 0.03714 0.106 0.03782 0.106 0.0079199 0.0293 del_9q34.2 79 (14%) 498 0.12774 0.251 0.10826 0.22 0.44267 0.588 0.22749 0.38 0.82678 0.89 0.70048 0.811 0.091799 0.198 0.66369 0.783 0.43507 0.582 0.30496 0.464 del_10p15.3 470 (81%) 107 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.0223 0.0692 0.00362 0.0157 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.59783 0.729 0.00069999 0.0039 0.02118 0.0664 0.00019 0.00119 del_10p13 471 (82%) 106 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.0051699 0.021 0.00118 0.00613 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.11257 0.227 9.9999e-06 9.71e-05 0.12158 0.24 0.00267 0.0122 del_10p11.23 476 (82%) 101 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.00068999 0.00388 3e-05 0.000227 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.1917 0.339 0.00011 0.000733 0.051569 0.134 0.0011 0.00575 del_10q11.23 489 (85%) 88 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.00092999 0.00498 2e-05 0.00016 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.078749 0.182 9.9999e-06 9.71e-05 0.10519 0.218 0.00376 0.0162 del_10q23.31 514 (89%) 63 3e-05 0.000227 9.9999e-06 9.71e-05 0.03417 0.0993 0.00322 0.0142 9.9999e-06 9.71e-05 0.00050999 0.00291 0.18626 0.332 0.00208 0.00969 0.36581 0.525 0.04101 0.111 del_10q26.3 515 (89%) 62 9.9999e-06 9.71e-05 2e-05 0.00016 0.091949 0.198 0.00147 0.00729 9.9999e-06 9.71e-05 0.00015 0.000953 0.60051 0.729 0.01678 0.056 0.28961 0.445 0.03494 0.101 del_11p15.5 132 (23%) 445 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.20144 0.352 0.00164 0.00797 9.9999e-06 9.71e-05 2e-05 0.00016 0.30706 0.466 0.02999 0.0883 0.0059999 0.0233 0.00228 0.0105 del_11p11.2 105 (18%) 472 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.59919 0.729 0.01767 0.058 9.9999e-06 9.71e-05 0.00148 0.00729 0.93318 0.97 0.13447 0.262 0.056599 0.143 0.089079 0.195 del_11q14.1 96 (17%) 481 9.9999e-06 9.71e-05 0.00059999 0.0034 0.84231 0.902 0.13686 0.264 9.9999e-06 9.71e-05 0.18234 0.327 0.37639 0.536 0.42567 0.579 0.03938 0.109 0.15969 0.295 del_12p13.1 72 (12%) 505 0.056549 0.143 0.0136 0.046 0.45753 0.603 0.2337 0.387 0.22038 0.375 0.0068399 0.0258 0.41529 0.572 0.1903 0.338 0.94361 0.974 0.93127 0.97 del_12q12 77 (13%) 500 0.01348 0.0458 0.00078999 0.0043 0.42347 0.577 0.083069 0.185 0.00011 0.000733 0.02282 0.0705 0.0096599 0.0355 0.16772 0.309 0.67108 0.787 0.66557 0.783 del_12q15 79 (14%) 498 0.00106 0.00559 0.00193 0.00911 0.267 0.425 0.4232 0.577 4e-05 0.000299 0.050479 0.132 0.065239 0.16 0.57104 0.706 0.53608 0.679 0.39684 0.555 del_13q14.2 241 (42%) 336 9.9999e-06 9.71e-05 2e-05 0.00016 0.17814 0.322 0.14528 0.276 9.9999e-06 9.71e-05 0.00012 0.000792 0.83018 0.892 0.11144 0.226 0.092559 0.199 0.067369 0.161 del_13q22.1 230 (40%) 347 2e-05 0.00016 9.9999e-05 0.000687 0.38871 0.546 0.3397 0.503 9.9999e-06 9.71e-05 3e-05 0.000227 0.83586 0.897 0.24689 0.405 0.51691 0.663 0.28218 0.438 del_14q13.1 178 (31%) 399 2e-05 0.00016 0.00033 0.002 0.71088 0.819 0.66257 0.783 9.9999e-06 9.71e-05 0.03761 0.106 0.41391 0.572 0.45274 0.599 0.44153 0.588 0.94278 0.974 del_14q24.2 173 (30%) 404 9.9999e-06 9.71e-05 2e-05 0.00016 0.082759 0.185 0.15582 0.29 9.9999e-06 9.71e-05 0.01115 0.0389 0.26824 0.426 0.04916 0.129 0.096689 0.205 0.94052 0.974 del_15q14 154 (27%) 423 9.9999e-06 9.71e-05 9.9999e-06 9.71e-05 0.00183 0.0087 6.9999e-05 0.000506 9.9999e-06 9.71e-05 0.0063199 0.0241 0.04096 0.111 0.02653 0.0805 0.00129 0.0066 0.01734 0.0575 del_16p12.2 92 (16%) 485 0.43041 0.58 0.22948 0.382 0.34225 0.506 0.87019 0.921 0.14087 0.268 0.077169 0.18 0.94404 0.974 0.64324 0.765 0.42782 0.58 0.33276 0.496 del_16q23.1 101 (18%) 476 0.01062 0.0378 0.48877 0.631 0.87186 0.921 0.5412 0.683 0.01031 0.0373 0.80937 0.879 0.22142 0.375 0.11433 0.228 0.84762 0.905 0.78472 0.863 del_17p13.1 98 (17%) 479 0.00125 0.00644 0.00162 0.00793 0.64885 0.77 0.89616 0.942 9.9999e-06 9.71e-05 0.04285 0.115 0.33511 0.499 0.095959 0.204 0.7446 0.841 0.66524 0.783 del_17q11.2 72 (12%) 505 9.9999e-06 9.71e-05 2e-05 0.00016 0.00396 0.0169 0.01086 0.0383 0.00037 0.00221 6.9999e-05 0.000506 0.00073999 0.00406 0.01074 0.038 0.54062 0.683 0.56236 0.699 del_18q22.3 82 (14%) 495 0.059029 0.147 0.086379 0.191 0.4019 0.56 0.38822 0.546 0.00398 0.0169 0.2838 0.44 0.29213 0.447 0.01907 0.0611 0.36483 0.525 0.27145 0.43 del_19q13.41 100 (17%) 477 0.0049 0.0201 7.9999e-05 0.000567 0.060779 0.15 0.03797 0.106 0.00039 0.00229 2e-05 0.00016 0.20296 0.354 0.13945 0.267 0.02695 0.0811 0.094099 0.201 del_21q21.1 56 (10%) 521 0.0073899 0.0276 0.00098999 0.00526 0.03136 0.0919 0.21029 0.362 0.51391 0.661 0.01283 0.0438 0.25785 0.412 0.01041 0.0375 1 1 1 1 del_22q13.32 212 (37%) 365 0.81927 0.886 0.97227 0.991 0.083069 0.185 0.4174 0.573 9.9999e-06 9.71e-05 0.48033 0.625 0.29395 0.449 0.36743 0.526 0.01905 0.0611 0.084819 0.188