Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 74 (14%) 448 0.00274 0.0114 0.00147 0.00681 0.76617 0.859 0.56403 0.71 0.28373 0.447 0.76937 0.86 0.58974 0.726 0.00352 0.0141 0.57705 0.723 0.80266 0.88 1q gain 124 (24%) 398 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.25017 0.413 0.62651 0.754 0.00139 0.00651 0.00247 0.0104 0.00147 0.00681 0.00056999 0.00304 0.5403 0.689 0.38013 0.547 2p gain 96 (18%) 426 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.75719 0.856 0.42417 0.587 0.0073899 0.026 3e-05 0.000241 0.00129 0.00611 0.03095 0.0827 0.080789 0.173 0.39939 0.564 2q gain 73 (14%) 449 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.62885 0.754 0.7642 0.859 0.02808 0.0763 9.9999e-06 8.82e-05 0.01309 0.041 0.14424 0.268 0.052049 0.124 0.10527 0.211 3p gain 82 (16%) 440 8.9999e-05 0.000647 0.00013 0.000867 0.18553 0.327 0.75589 0.856 0.0092799 0.0312 0.04044 0.1 0.0076399 0.0267 0.11541 0.227 0.02809 0.0763 0.17301 0.308 3q gain 257 (49%) 265 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.25712 0.418 0.28021 0.443 7.9999e-05 0.000581 0.067139 0.153 0.0084299 0.029 0.80958 0.883 0.13465 0.256 0.59168 0.727 4p gain 41 (8%) 481 0.0012 0.00575 0.00134 0.00631 0.14259 0.266 0.45708 0.615 0.088699 0.186 0.46718 0.621 0.64171 0.759 0.5942 0.729 0.40439 0.57 0.58891 0.726 4q gain 37 (7%) 485 0.0060699 0.0224 0.3784 0.545 0.83226 0.898 1 1 0.02883 0.0778 0.4792 0.632 0.68991 0.804 1 1 0.45769 0.615 0.89468 0.934 5p gain 201 (39%) 321 9.9999e-06 8.82e-05 0.00419 0.0161 0.91138 0.939 0.83431 0.898 0.01086 0.0355 0.92212 0.948 0.72503 0.833 0.032 0.0849 0.40899 0.574 0.36794 0.537 5q gain 75 (14%) 447 0.00171 0.00762 0.31423 0.483 0.58883 0.726 0.69903 0.812 0.19451 0.337 0.55372 0.702 0.94733 0.967 0.35325 0.523 0.34607 0.519 0.056669 0.134 6p gain 85 (16%) 437 0.00012 0.000813 0.00031 0.00183 0.37608 0.545 0.74594 0.846 0.10973 0.217 0.19427 0.337 0.66302 0.778 0.093209 0.192 0.13943 0.262 0.31462 0.483 6q gain 64 (12%) 458 0.00032 0.00187 0.0089899 0.0306 0.73259 0.834 0.10512 0.211 0.057999 0.136 0.04542 0.111 0.11551 0.227 0.90199 0.935 0.065639 0.15 0.40914 0.574 7p gain 184 (35%) 338 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.90474 0.936 0.45313 0.612 0.094549 0.193 9.9999e-06 8.82e-05 0.00062999 0.00333 9.9999e-06 8.82e-05 0.3746 0.544 0.6094 0.741 7q gain 128 (25%) 394 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.87461 0.925 0.72863 0.833 0.43281 0.595 0.00047 0.00259 0.064289 0.148 7.9999e-05 0.000581 0.36779 0.537 0.96145 0.975 8p gain 158 (30%) 364 0.0093499 0.0313 0.63657 0.758 0.5124 0.663 0.64241 0.759 0.88859 0.933 0.7143 0.823 0.43745 0.599 0.62523 0.754 0.44705 0.607 0.6737 0.789 8q gain 318 (61%) 204 9.9999e-06 8.82e-05 0.00011 0.000758 0.0088999 0.0304 0.96489 0.977 0.00031 0.00183 2e-05 0.000164 0.0066799 0.0239 0.00418 0.0161 0.03766 0.0956 0.0058799 0.0218 9p gain 102 (20%) 420 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.17551 0.312 0.092049 0.191 0.00065999 0.00345 0.00080999 0.00415 0.00215 0.00928 0.0090399 0.0306 0.1477 0.272 0.89272 0.934 9q gain 145 (28%) 377 9.9999e-06 8.82e-05 0.00154 0.00705 0.2703 0.433 0.17653 0.313 0.069589 0.156 0.0025 0.0105 0.28004 0.443 0.063269 0.147 0.58012 0.723 0.85028 0.909 10p gain 42 (8%) 480 0.04049 0.1 9.9999e-06 8.82e-05 0.13887 0.262 0.069819 0.156 0.36774 0.537 0.00149 0.00686 0.31948 0.489 0.04678 0.113 0.90968 0.938 0.47007 0.623 10q gain 34 (7%) 488 0.00075999 0.00392 0.078129 0.17 0.03872 0.0971 0.29951 0.467 0.36081 0.531 0.14222 0.266 0.5255 0.674 0.03778 0.0956 0.67926 0.792 0.49968 0.653 11p gain 68 (13%) 454 4e-05 0.000309 9.9999e-06 8.82e-05 0.84001 0.902 0.52918 0.677 0.15908 0.289 0.20947 0.357 0.005 0.0188 0.34029 0.511 0.63642 0.758 0.01916 0.0563 11q gain 71 (14%) 451 0.00015 0.000976 0.00022 0.00137 0.45793 0.615 0.50264 0.655 0.02598 0.0723 0.085849 0.181 5e-05 0.000373 0.02123 0.0611 0.4597 0.616 0.14592 0.269 12p gain 148 (28%) 374 9.9999e-06 8.82e-05 2e-05 0.000164 0.17157 0.307 0.82419 0.892 0.01406 0.0436 9.9999e-05 0.000713 0.072059 0.159 0.098299 0.199 0.95756 0.973 0.95582 0.972 12q gain 92 (18%) 430 2e-05 0.000164 0.00012 0.000813 0.14492 0.268 0.2663 0.428 0.066009 0.15 0.0098799 0.0329 0.2028 0.347 0.63028 0.754 0.54929 0.697 0.64337 0.759 13q gain 57 (11%) 465 9.9999e-06 8.82e-05 0.11746 0.229 0.9723 0.983 0.73471 0.836 0.03557 0.0914 0.0061099 0.0225 0.26397 0.426 0.24386 0.403 0.44227 0.603 0.063449 0.147 14q gain 153 (29%) 369 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.84821 0.908 0.097379 0.198 0.00101 0.00502 9.9999e-06 8.82e-05 7.9999e-05 0.000581 0.00029 0.00175 0.094029 0.193 0.00119 0.00574 15q gain 72 (14%) 450 0.00047 0.00259 0.00353 0.0141 0.24222 0.402 0.58601 0.725 0.35207 0.523 0.03497 0.0902 0.071869 0.159 0.0062399 0.0227 0.48886 0.641 0.16664 0.3 16p gain 109 (21%) 413 2e-05 0.000164 9.9999e-06 8.82e-05 0.47174 0.624 0.17751 0.314 0.19078 0.335 0.00233 0.0099 0.0075399 0.0264 0.00011 0.000758 0.27101 0.433 0.34836 0.519 16q gain 105 (20%) 417 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.3274 0.499 0.89097 0.933 0.0058599 0.0218 0.00226 0.0097 0.00033 0.00189 5e-05 0.000373 0.0086499 0.0297 0.01242 0.0399 17p gain 67 (13%) 455 9.9999e-06 8.82e-05 3e-05 0.000241 0.8104 0.883 0.90355 0.935 0.03621 0.0928 0.00299 0.0123 0.79915 0.878 0.04604 0.112 0.2336 0.392 0.13138 0.252 17q gain 86 (16%) 436 9.9999e-06 8.82e-05 4e-05 0.000309 0.87402 0.925 0.80406 0.88 0.04533 0.111 0.00096999 0.00485 0.43171 0.595 0.00191 0.00833 0.64164 0.759 0.25653 0.418 18p gain 124 (24%) 398 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.21647 0.367 0.23763 0.398 0.078479 0.17 0.00011 0.000758 0.03185 0.0848 0.01569 0.048 0.83636 0.899 0.51545 0.666 18q gain 53 (10%) 469 0.00029 0.00175 4e-05 0.000309 0.15214 0.278 0.01699 0.0508 0.00011 0.000758 0.00051999 0.00282 0.00018 0.00114 0.24065 0.401 1 1 0.13376 0.255 19p gain 56 (11%) 466 0.01953 0.057 9.9999e-06 8.82e-05 0.64437 0.759 0.76777 0.859 0.02635 0.0728 0.02771 0.0757 0.00309 0.0127 0.051469 0.123 0.5593 0.707 0.060859 0.142 19q gain 77 (15%) 445 0.13627 0.259 5e-05 0.000373 0.73099 0.834 0.79134 0.877 0.02699 0.074 0.065629 0.15 0.00157 0.00715 0.097309 0.198 0.61023 0.741 0.31438 0.483 20p gain 192 (37%) 330 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.5014 0.655 0.81377 0.883 0.03766 0.0956 0.00316 0.0128 0.2943 0.461 0.0091299 0.0308 0.21622 0.367 0.02402 0.0672 20q gain 204 (39%) 318 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.59889 0.732 0.93504 0.956 0.0080999 0.0281 0.00013 0.000867 0.01267 0.0402 0.00185 0.00816 0.04409 0.109 0.00033 0.00189 21q gain 35 (7%) 487 0.075409 0.165 0.01352 0.0422 0.085769 0.181 0.12875 0.249 0.02839 0.0768 0.074449 0.164 0.24383 0.403 0.25133 0.414 0.86365 0.919 0.54434 0.693 22q gain 112 (21%) 410 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.46681 0.621 0.5175 0.667 0.1552 0.283 0.00029 0.00175 0.00016 0.00103 0.079999 0.172 0.0333 0.087 0.73671 0.837 xp gain 51 (10%) 471 0.14888 0.273 0.01269 0.0402 0.41598 0.581 0.22448 0.379 0.50822 0.658 0.57714 0.723 0.27353 0.436 0.56638 0.711 0.35287 0.523 0.0321 0.0849 xq gain 96 (18%) 426 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.77346 0.862 0.86014 0.916 0.14968 0.274 0.01686 0.0508 0.89103 0.933 0.46432 0.62 0.43504 0.597 0.24189 0.402 1p loss 56 (11%) 466 3e-04 0.0018 9.9999e-06 8.82e-05 0.052929 0.126 0.20487 0.35 0.16316 0.295 9.9999e-06 8.82e-05 0.35801 0.529 0.20098 0.345 0.33371 0.505 0.33919 0.51 1q loss 39 (7%) 483 0.0062499 0.0227 0.13804 0.261 0.56334 0.71 0.3769 0.545 0.36079 0.531 0.00355 0.0141 0.14733 0.271 0.00113 0.00548 0.37746 0.545 0.29896 0.467 2p loss 32 (6%) 490 0.03303 0.0865 0.0084099 0.029 0.075809 0.166 0.04458 0.11 0.19493 0.337 0.092149 0.191 0.64812 0.762 0.82438 0.892 0.070169 0.156 0.86897 0.922 2q loss 44 (8%) 478 0.062889 0.147 0.2534 0.416 0.8786 0.926 0.62162 0.753 0.93441 0.956 0.8005 0.879 0.44726 0.607 0.81439 0.883 0.03441 0.0896 0.58504 0.725 3p loss 296 (57%) 226 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.62852 0.754 0.67791 0.792 0.00342 0.0137 9.9999e-06 8.82e-05 0.00171 0.00762 0.0016 0.00725 0.26657 0.428 0.19368 0.337 3q loss 58 (11%) 464 0.00111 0.00545 0.79124 0.877 0.585 0.725 0.39271 0.558 0.38247 0.548 0.42629 0.588 0.63834 0.758 0.00358 0.0141 0.31238 0.482 0.59851 0.732 4p loss 193 (37%) 329 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.0404 0.1 0.49504 0.648 0.01819 0.054 9.9999e-06 8.82e-05 0.069739 0.156 0.01032 0.0341 0.03277 0.0861 0.02307 0.065 4q loss 151 (29%) 371 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.45224 0.612 0.28264 0.446 0.02074 0.0599 9.9999e-06 8.82e-05 0.076869 0.168 0.03032 0.0812 0.073209 0.161 0.30881 0.478 5p loss 51 (10%) 471 0.00014 0.000926 5e-05 0.000373 0.01944 0.0569 0.38503 0.55 0.79606 0.877 0.01288 0.0406 0.36746 0.537 0.25619 0.418 0.33107 0.503 0.19415 0.337 5q loss 160 (31%) 362 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.01633 0.0496 0.78241 0.871 0.3481 0.519 9.9999e-06 8.82e-05 0.13186 0.252 0.00021 0.00132 0.37152 0.541 0.15753 0.286 6p loss 67 (13%) 455 0.01063 0.035 0.00197 0.00855 0.38809 0.553 0.081389 0.174 0.04566 0.111 0.04978 0.12 0.01625 0.0495 0.62465 0.754 0.14043 0.264 0.15952 0.289 6q loss 70 (13%) 452 0.11578 0.227 0.0166 0.0502 0.90624 0.936 0.26418 0.426 0.33639 0.507 0.76782 0.859 0.2544 0.417 0.21157 0.36 0.50825 0.658 0.48837 0.641 7p loss 29 (6%) 493 0.0071499 0.0254 0.01695 0.0508 0.01025 0.034 0.42097 0.584 0.03835 0.0965 0.10367 0.208 0.14381 0.267 0.76111 0.858 0.01548 0.0477 0.35246 0.523 7q loss 41 (8%) 481 0.02169 0.062 0.61941 0.751 0.30562 0.474 0.91227 0.939 0.72956 0.833 0.45385 0.612 0.57953 0.723 0.97868 0.988 0.87556 0.925 0.71672 0.824 8p loss 185 (35%) 337 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.39298 0.558 0.70014 0.812 0.00015 0.000976 9.9999e-06 8.82e-05 0.00064999 0.00342 0.00109 0.00538 0.068869 0.155 0.0062699 0.0227 8q loss 25 (5%) 497 0.01811 0.054 0.02648 0.0729 0.7951 0.877 1 1 0.89747 0.934 0.46241 0.619 0.88065 0.927 0.36712 0.537 0.96183 0.975 0.80747 0.883 9p loss 186 (36%) 336 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.18892 0.332 0.11565 0.227 0.01408 0.0436 9.9999e-06 8.82e-05 2e-05 0.000164 9.9999e-06 8.82e-05 0.81069 0.883 0.71304 0.823 9q loss 83 (16%) 439 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.84641 0.907 0.85331 0.911 0.04839 0.117 0.02948 0.0793 0.21769 0.368 0.0054699 0.0205 0.7074 0.819 0.22758 0.383 10p loss 156 (30%) 366 9.9999e-06 8.82e-05 0.00325 0.0131 0.58649 0.725 0.23178 0.389 0.01293 0.0406 0.064889 0.149 0.00389 0.0152 0.092469 0.191 0.085509 0.181 0.59767 0.732 10q loss 114 (22%) 408 9.9999e-06 8.82e-05 0.00033 0.00189 0.38335 0.549 0.30231 0.47 0.11949 0.232 0.093169 0.192 0.02332 0.0655 0.11924 0.232 0.43463 0.597 0.8887 0.933 11p loss 137 (26%) 385 9.9999e-06 8.82e-05 0.00056999 0.00304 0.90287 0.935 0.41489 0.581 0.0215 0.0616 0.17123 0.307 0.01836 0.0544 0.17259 0.308 0.60196 0.735 0.19355 0.337 11q loss 172 (33%) 350 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.90078 0.935 0.11896 0.232 0.00086999 0.00438 0.00269 0.0113 0.00044 0.00247 0.39942 0.564 0.44079 0.602 0.50449 0.656 12p loss 36 (7%) 486 0.081759 0.175 0.328 0.499 0.72898 0.833 0.10962 0.217 0.38084 0.547 0.052249 0.125 0.93216 0.955 0.8131 0.883 0.3892 0.554 0.83424 0.898 12q loss 31 (6%) 491 0.00049 0.00268 0.0116 0.0376 0.85839 0.915 0.11623 0.227 0.44699 0.607 0.98677 0.993 0.87842 0.926 0.26037 0.423 0.30555 0.474 0.89787 0.934 13q loss 168 (32%) 354 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.57855 0.723 0.82597 0.892 0.04876 0.118 0.00286 0.0118 0.20008 0.344 0.14285 0.266 0.41743 0.581 0.079849 0.172 14q loss 56 (11%) 466 0.0126 0.0402 0.00045 0.00251 0.078199 0.17 0.52832 0.677 0.00451 0.0173 0.0019 0.00833 0.00112 0.00547 0.28558 0.449 0.79431 0.877 0.61036 0.741 15q loss 103 (20%) 419 9.9999e-06 8.82e-05 0.088779 0.186 0.77244 0.862 0.34774 0.519 0.1303 0.251 0.13716 0.26 0.42284 0.586 0.27538 0.438 0.63108 0.754 0.41801 0.581 16p loss 62 (12%) 460 9.9999e-06 8.82e-05 0.0063299 0.0229 0.98405 0.991 0.094339 0.193 0.067659 0.153 0.26254 0.425 0.46466 0.62 0.55721 0.705 0.47779 0.631 0.94836 0.967 16q loss 82 (16%) 440 0.00161 0.00725 9.9999e-06 8.82e-05 0.76228 0.859 0.13105 0.252 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.01199 0.0387 0.33488 0.506 0.00081999 0.00418 17p loss 107 (20%) 415 9.9999e-06 8.82e-05 0.00074999 0.00389 0.45117 0.611 0.75938 0.858 0.62611 0.754 0.16352 0.295 0.27773 0.441 0.10777 0.215 0.92847 0.953 0.79275 0.877 17q loss 32 (6%) 490 0.00126 0.00601 0.064839 0.149 0.39867 0.564 0.69379 0.807 0.053449 0.127 0.058509 0.137 0.78472 0.872 0.86949 0.922 1 1 0.72887 0.833 18p loss 103 (20%) 419 9.9999e-06 8.82e-05 2e-05 0.000164 0.8977 0.934 0.51866 0.668 0.00473 0.018 0.00375 0.0147 0.02626 0.0727 0.0064499 0.0232 0.48784 0.641 0.17938 0.317 18q loss 211 (40%) 311 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.71429 0.823 0.32633 0.498 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 2e-05 0.000164 0.67639 0.791 0.01069 0.0351 19p loss 100 (19%) 422 9.9999e-06 8.82e-05 0.00084999 0.0043 0.63004 0.754 0.7122 0.823 0.089979 0.188 0.02032 0.0589 0.6365 0.758 0.00316 0.0128 0.23849 0.398 0.085839 0.181 19q loss 88 (17%) 434 9.9999e-06 8.82e-05 0.00017 0.00109 0.068389 0.154 0.52103 0.67 0.10781 0.215 0.00476 0.018 0.27963 0.443 0.02299 0.065 0.54713 0.696 0.53967 0.689 20p loss 46 (9%) 476 0.0127 0.0402 0.026 0.0723 0.50509 0.656 0.76571 0.859 0.082459 0.176 0.098939 0.2 0.084149 0.179 0.01121 0.0365 0.00233 0.0099 0.46838 0.621 20q loss 27 (5%) 495 0.1307 0.252 0.00405 0.0157 0.41696 0.581 0.58508 0.725 0.26541 0.428 0.01562 0.048 0.00054999 0.00297 0.02255 0.0642 0.03259 0.0859 0.038 0.0959 21q loss 185 (35%) 337 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.79775 0.878 0.98299 0.991 0.0070599 0.0252 4e-05 0.000309 0.00183 0.00811 0.00022 0.00137 0.19735 0.34 0.10292 0.207 22q loss 74 (14%) 448 0.00042 0.00238 0.03484 0.0901 0.37226 0.541 0.65493 0.769 0.04019 0.1 0.31813 0.488 0.00039 0.00222 0.41698 0.581 0.33154 0.503 0.00466 0.0178 xp loss 136 (26%) 386 9.9999e-06 8.82e-05 9.9999e-06 8.82e-05 0.63899 0.758 0.03704 0.0946 0.56605 0.711 0.03458 0.0897 0.054439 0.129 0.25495 0.417 0.071449 0.159 0.95275 0.971 xq loss 82 (16%) 440 9.9999e-06 8.82e-05 0.00027 0.00166 0.19599 0.338 0.0071999 0.0254 0.29251 0.459 0.02284 0.0648 0.01859 0.0548 0.094989 0.194 0.01997 0.0581 0.19292 0.337