Clinical Features	MRNA_CNMF		MRNA_CHIERARCHICAL		CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q24.1	62 (12%)	466	0.35694	0.425	0.78361	0.819	9.9999e-06	4.46e-05	0.20443	0.271	0.36764	0.437	0.40082	0.468	0.00091999	0.00258	0.00376	0.00855	0.00069999	0.002	0.15488	0.216	0.51288	0.579	0.82919	0.859
amp_1q32.1	62 (12%)	466	0.46607	0.534	0.89971	0.924	9.9999e-06	4.46e-05	0.071819	0.117	0.16652	0.229	0.12125	0.176	0.00012	0.000387	0.00161	0.00418	0.00054999	0.00159	0.17887	0.242	0.38807	0.455	0.90271	0.924
amp_3q26.32	87 (16%)	441	0.090749	0.144	0.11947	0.175	0.00037	0.00113	9.9999e-06	4.46e-05	2e-05	8e-05	2e-05	8e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	4e-05	0.000147	0.00205	0.0051	0.2413	0.308
amp_4q32.1	16 (3%)	512	NA	NA	NA	NA	0.01962	0.0368	0.11658	0.172	0.34626	0.416	0.093179	0.146	0.10317	0.157	0.01065	0.0225	0.01525	0.0298	0.30382	0.372	0.28786	0.356	0.87453	0.9
amp_5q35.1	332 (63%)	196	0.03322	0.0596	0.04922	0.0836	9.9999e-06	4.46e-05	0.52924	0.59	0.071429	0.117	0.00086999	0.00246	5e-05	0.000171	5e-05	0.000171	0.10764	0.163	0.12846	0.185	0.70034	0.749	0.75969	0.799
amp_7q31.2	175 (33%)	353	0.58511	0.642	0.71361	0.757	9.9999e-06	4.46e-05	0.03821	0.0662	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	7.9999e-05	0.000268	0.00149	0.00393	0.0074399	0.016	0.01128	0.0234	0.11528	0.171	0.9077	0.926
amp_8q24.22	79 (15%)	449	0.33048	0.401	0.1023	0.157	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	0.11632	0.172
amp_10p14	20 (4%)	508	0.2175	0.283	0.7752	0.813	0.01473	0.0291	0.51383	0.579	0.01522	0.0298	0.067129	0.11	0.00279	0.0067	3e-05	0.000116	0.11507	0.171	0.02715	0.0495	1	1	0.14093	0.201
amp_xq11.2	29 (5%)	499	0.18	0.243	0.1612	0.223	0.03062	0.0555	0.4865	0.555	0.14448	0.204	0.052639	0.0885	0.10916	0.164	0.3092	0.378	0.63902	0.697	0.28708	0.356	0.54129	0.602	0.75235	0.793
amp_xq28	37 (7%)	491	0.5105	0.579	0.70133	0.749	0.43874	0.508	0.69422	0.748	0.01947	0.0368	0.092999	0.146	0.37973	0.446	0.0343	0.0612	0.083829	0.134	0.21939	0.285	0.79161	0.825	0.23928	0.306
del_1p36.13	99 (19%)	429	0.00103	0.00284	0.00165	0.00425	0.15844	0.221	0.43962	0.508	0.00011	0.000358	0.00234	0.00573	4e-05	0.000147	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	0.00325	0.00769	0.095269	0.149	0.084979	0.135
del_1p31.1	77 (15%)	451	0.0046	0.0103	0.0061799	0.0135	0.01391	0.028	0.1834	0.246	0.00113	0.0031	5e-05	0.000171	2e-05	8e-05	3e-05	0.000116	9.9999e-06	4.46e-05	0.00181	0.00463	0.01264	0.0259	0.25788	0.324
del_1q44	44 (8%)	484	0.01473	0.0291	0.01104	0.0231	9.9999e-05	0.000328	0.01326	0.027	0.02113	0.0391	0.00337	0.00792	0.00036	0.00112	5e-05	0.000171	0.10959	0.164	0.02247	0.0414	0.3567	0.425	0.93863	0.95
del_2q37.3	50 (9%)	478	0.0041	0.00921	0.00041	0.00122	0.00151	0.00395	0.01779	0.034	0.41581	0.484	0.23756	0.305	0.00024	0.000759	2e-05	8e-05	0.081719	0.132	0.03517	0.0624	0.29925	0.369	0.34065	0.41
del_3p25.3	463 (88%)	65	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	2e-05	8e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	5e-05	0.000171	9.9999e-06	4.46e-05	0.00191	0.00482	0.01198	0.0247
del_3p22.2	465 (88%)	63	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	3e-05	0.000116	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	4e-05	0.000147	9.9999e-06	4.46e-05	0.00317	0.00756	0.02463	0.0451
del_3p12.3	339 (64%)	189	0.0087899	0.0188	0.01619	0.0313	9.9999e-06	4.46e-05	0.01579	0.0307	0.17035	0.232	0.066419	0.11	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	0.02068	0.0385	0.03731	0.0652	0.1677	0.229	0.80066	0.832
del_3p12.2	305 (58%)	223	0.10283	0.157	0.063959	0.106	9.9999e-06	4.46e-05	0.18953	0.254	0.2742	0.343	0.19102	0.255	4e-05	0.000147	9.9999e-06	4.46e-05	0.073899	0.12	0.24879	0.314	0.45687	0.525	0.65396	0.711
del_3p11.1	237 (45%)	291	0.37704	0.446	0.37972	0.446	9.9999e-06	4.46e-05	0.050779	0.0858	0.62634	0.685	0.30075	0.37	0.00018	0.000575	2e-05	8e-05	0.16816	0.229	0.96084	0.969	0.69324	0.748	0.52812	0.59
del_3q11.2	161 (30%)	367	0.45737	0.525	0.16361	0.226	9.9999e-06	4.46e-05	0.11819	0.174	0.85693	0.885	0.13669	0.196	0.00133	0.00356	2e-05	8e-05	0.0060599	0.0133	0.93132	0.945	0.70107	0.749	0.70494	0.75
del_4q34.3	78 (15%)	450	0.21517	0.281	0.49364	0.561	0.12162	0.176	0.00255	0.00619	7.9999e-05	0.000268	0.00344	0.00803	0.0092599	0.0196	9.9999e-06	4.46e-05	0.28626	0.356	0.01965	0.0368	0.24434	0.31	0.00361	0.00834
del_6q26	151 (29%)	377	0.03674	0.0646	0.097309	0.151	9.9999e-06	4.46e-05	0.20568	0.271	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	0.00066999	0.00193	0.00037	0.00113	0.00404	0.00913	0.00362	0.00834	0.04881	0.0833	0.15171	0.214
del_6q26	151 (29%)	377	0.03807	0.0662	0.097719	0.151	9.9999e-06	4.46e-05	0.205	0.271	2e-05	8e-05	9.9999e-06	4.46e-05	0.00048	0.00142	9.9999e-05	0.000328	0.0023	0.00568	0.00365	0.00836	0.04845	0.0831	0.15283	0.214
del_8p23.2	154 (29%)	374	0.31231	0.38	0.24546	0.311	0.01127	0.0234	0.2091	0.275	0.01374	0.0278	0.72838	0.77	5e-05	0.000171	4e-05	0.000147	0.00124	0.00335	0.00051999	0.00152	0.13511	0.194	0.55227	0.609
del_9p23	152 (29%)	376	0.0063799	0.0139	0.03608	0.0637	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	0.00189	0.0048	0.064619	0.107
del_9p21.3	159 (30%)	369	0.00256	0.00619	0.01642	0.0316	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	0.00096999	0.0027	0.0060299	0.0133
del_10q23.31	96 (18%)	432	0.55259	0.609	0.54802	0.607	0.0065799	0.0142	0.0458	0.0789	0.68526	0.743	0.0144	0.0288	0.22753	0.294	0.00029	0.000909	0.00039	0.00118	0.00137	0.00364	0.92985	0.945	0.51898	0.583
del_13q13.3	81 (15%)	447	0.01957	0.0368	0.085119	0.135	0.053809	0.09	0.00201	0.00503	9.9999e-06	4.46e-05	0.00121	0.00329	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	5e-05	0.000171	0.10396	0.158	0.33903	0.41
del_14q31.1	228 (43%)	300	2e-05	8e-05	0.00041	0.00122	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	0.0311	0.0561	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	9.9999e-06	4.46e-05	0.23171	0.299	0.14453	0.204