Clinical Features MRNA_CNMF MRNA_CHIERARCHICAL CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1q22 42 (8%) 471 NA NA NA NA 0.00026 0.000831 0.10416 0.153 0.084079 0.129 0.70782 0.778 0.00257 0.00624 0.057379 0.0929 0.36389 0.441 0.089909 0.135 0.00248 0.0061 0.75024 0.821 amp_1q32.1 43 (8%) 470 NA NA NA NA 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.2921 0.367 0.44538 0.527 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.13615 0.193 2e-05 8.4e-05 0.00328 0.00765 3e-05 0.000119 amp_2p24.3 24 (5%) 489 0.61782 0.695 0.58414 0.664 0.00279 0.00669 0.25163 0.323 0.089079 0.134 0.088839 0.134 0.03123 0.0553 0.00253 0.00617 0.74282 0.815 0.03536 0.0613 0.00041 0.00126 0.03136 0.0554 amp_3q26.33 21 (4%) 492 1 1 0.58133 0.664 9.9999e-06 4.49e-05 0.0089499 0.0186 0.0238 0.0433 0.28681 0.361 0.00066999 0.00189 0.00124 0.00325 0.00049 0.00146 0.01888 0.0358 0.00101 0.00271 0.00369 0.00843 amp_4q12 30 (6%) 483 1 1 0.04198 0.0718 7.9999e-05 0.000282 9.9999e-06 4.49e-05 0.00015 0.000504 0.33574 0.415 5e-05 0.000187 9.9999e-06 4.49e-05 0.00303 0.00721 0.00012 0.000418 0.00251 0.00615 0.00065999 0.00188 amp_7p11.2 127 (25%) 386 0.86366 0.932 0.78168 0.851 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.0015 0.00387 0.00326 0.00764 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00015 0.000504 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 amp_7q31.2 173 (34%) 340 1 1 0.9376 0.999 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.10219 0.151 0.15444 0.212 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.01082 0.0219 9.9999e-06 4.49e-05 0.00065999 0.00188 9.9999e-06 4.49e-05 amp_7q32.3 181 (35%) 332 1 1 1 1 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.14707 0.204 0.1379 0.194 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.03354 0.0587 9.9999e-06 4.49e-05 0.00091999 0.0025 9.9999e-06 4.49e-05 amp_8q24.13 99 (19%) 414 0.36928 0.446 0.23638 0.307 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.25005 0.322 0.32767 0.408 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.0083499 0.0175 0.00043 0.0013 0.01474 0.0288 9.9999e-06 4.49e-05 amp_9q34.3 46 (9%) 467 0.50572 0.588 0.88172 0.947 0.02156 0.0397 0.01055 0.0215 0.01818 0.0346 1 1 0.11147 0.162 0.00019 0.000614 0.20841 0.274 0.086209 0.131 0.92558 0.988 0.15649 0.214 amp_10p15.3 71 (14%) 442 0.52515 0.608 0.084749 0.129 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.0082399 0.0174 0.00135 0.00353 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00033 0.00104 0.075989 0.118 0.00237 0.00588 9.9999e-06 4.49e-05 amp_11q24.1 87 (17%) 426 0.071069 0.111 0.12229 0.176 0.22197 0.291 0.0088299 0.0184 0.24326 0.315 0.04733 0.0784 0.052579 0.0856 0.15698 0.214 0.68077 0.757 0.11348 0.164 0.49901 0.582 0.0085799 0.018 amp_12p13.32 72 (14%) 441 0.86342 0.932 0.096659 0.144 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00499 0.011 0.14293 0.2 0.00012 0.000418 9.9999e-06 4.49e-05 0.01106 0.0223 0.0070899 0.0151 0.00144 0.00373 9.9999e-06 4.49e-05 amp_12q14.1 37 (7%) 476 NA NA NA NA 9.9999e-06 4.49e-05 2e-05 8.4e-05 0.01454 0.0285 0.3462 0.424 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00366 0.00841 9.9999e-06 4.49e-05 2e-05 8.4e-05 5.9999e-05 0.000222 amp_13q34 22 (4%) 491 NA NA NA NA 0.00314 0.00741 0.00378 0.00855 0.13621 0.193 0.76931 0.841 0.050489 0.0827 0.02161 0.0397 0.10891 0.16 0.69133 0.766 0.28057 0.356 0.10972 0.16 amp_15q26.3 19 (4%) 494 1 1 0.04224 0.0718 0.00074999 0.00209 0.00024 0.000771 0.16523 0.222 0.19495 0.258 0.03586 0.0617 0.061799 0.0981 0.48002 0.562 0.28372 0.358 0.084559 0.129 0.03586 0.0617 amp_17q25.1 44 (9%) 469 NA NA NA NA 0.03932 0.0674 0.58027 0.664 0.061919 0.0981 0.04861 0.0801 0.03362 0.0587 0.051769 0.0846 0.16535 0.222 0.56545 0.651 0.081039 0.125 0.3398 0.418 amp_19p13.3 129 (25%) 384 0.073739 0.114 0.14914 0.207 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.24895 0.322 0.00494 0.0109 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00053999 0.00159 0.15423 0.212 2e-05 8.4e-05 9.9999e-06 4.49e-05 amp_xp11.22 48 (9%) 465 0.65112 0.729 1 1 2e-05 8.4e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.4496 0.531 0.16563 0.222 0.0028 0.00669 3e-05 0.000119 0.060429 0.0966 0.60004 0.681 0.01492 0.0289 0.00195 0.0049 amp_xp11.22 63 (12%) 450 0.65531 0.731 1 1 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.14501 0.202 0.10378 0.153 5e-05 0.000187 9.9999e-06 4.49e-05 0.00064999 0.00187 0.35175 0.43 0.00013 0.000447 0.00027 0.000858 del_1p36.32 206 (40%) 307 0.00061999 0.0018 0.00019 0.000614 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00066999 0.00189 0.00045 0.00135 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 del_1p32.3 196 (38%) 317 0.02828 0.0509 0.00019 0.000614 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00164 0.00417 0.00060999 0.00178 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 del_1q43 36 (7%) 477 NA NA NA NA 0.01977 0.037 0.00206 0.00515 0.15883 0.216 0.19227 0.255 0.01519 0.0291 0.01582 0.0302 0.12556 0.179 0.18961 0.252 0.0195 0.0367 0.0485 0.0801 del_2q37.3 77 (15%) 436 0.3672 0.444 0.01345 0.0265 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00109 0.00289 0.01486 0.0288 0.00019 0.000614 9.9999e-06 4.49e-05 0.02636 0.0477 0.14085 0.197 0.01507 0.029 9.9999e-06 4.49e-05 del_3p21.31 49 (10%) 464 1 1 0.0066299 0.0142 0.00092999 0.00251 0.00353 0.00814 6.9999e-05 0.000251 0.04368 0.0734 0.058469 0.0945 0.00092999 0.00251 0.00161 0.00412 0.00242 0.00598 0.3934 0.472 0.0097499 0.0199 del_3q13.31 39 (8%) 474 0.17543 0.234 0.88213 0.947 0.00185 0.00467 0.0093199 0.0192 0.0096699 0.0198 0.01919 0.0363 0.25058 0.322 0.01327 0.0263 0.15535 0.213 0.00044 0.00133 0.19399 0.257 0.12359 0.177 del_3q29 47 (9%) 466 0.17369 0.233 0.88275 0.947 0.00035 0.00109 2e-05 8.4e-05 0.4388 0.522 0.60395 0.684 0.0093399 0.0192 5.9999e-05 0.000222 0.13803 0.194 0.00439 0.00981 0.13461 0.191 0.068389 0.108 del_4q34.3 137 (27%) 376 1 1 0.35567 0.434 0.098649 0.146 9.9999e-06 4.49e-05 0.04211 0.0718 0.37606 0.453 0.070469 0.11 7.9999e-05 0.000282 0.02792 0.0504 0.04555 0.0761 0.68487 0.76 4e-05 0.000154 del_5p15.33 50 (10%) 463 1 1 0.066529 0.105 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.77697 0.848 0.65358 0.731 0.00086999 0.00239 5e-05 0.000187 0.00451 0.01 0.20589 0.271 0.00373 0.00847 3e-05 0.000119 del_5q34 64 (12%) 449 0.44465 0.527 0.23631 0.307 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.059509 0.0953 0.077309 0.119 6.9999e-05 0.000251 9.9999e-06 4.49e-05 5e-05 0.000187 0.13382 0.191 0.0081699 0.0173 9.9999e-06 4.49e-05 del_6p25.3 50 (10%) 463 NA NA NA NA 4e-05 0.000154 0.013 0.0258 0.26616 0.338 0.32928 0.408 0.16237 0.219 0.070689 0.11 0.45829 0.539 0.25307 0.323 0.28295 0.358 0.086569 0.131 del_6q22.31 78 (15%) 435 0.6171 0.695 0.58317 0.664 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.061189 0.0975 0.01484 0.0288 0.0037 0.00843 0.00115 0.00303 0.00071999 0.00203 0.1228 0.176 0.00276 0.00665 0.00325 0.00764 del_6q26 82 (16%) 431 0.04707 0.0782 0.57991 0.664 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.11052 0.161 0.0091399 0.0189 0.00041 0.00126 0.00014 0.000476 3e-05 0.000119 0.16053 0.217 0.00333 0.00771 0.00031 0.00098 del_7p22.3 23 (4%) 490 NA NA NA NA 0.01971 0.037 0.069149 0.108 0.31295 0.392 0.15841 0.216 0.53515 0.617 0.70695 0.778 0.52122 0.604 0.097699 0.145 0.52936 0.612 0.39606 0.474 del_8q24.3 29 (6%) 484 NA NA NA NA 9.9999e-06 4.49e-05 0.00014 0.000476 0.33865 0.417 0.11949 0.172 0.0058999 0.0129 0.0063699 0.0138 0.04333 0.073 0.00333 0.00771 0.03341 0.0586 0.02897 0.0519 del_9p23 150 (29%) 363 0.44469 0.527 0.65785 0.733 9.9999e-06 4.49e-05 4e-05 0.000154 0.0059699 0.013 4e-05 0.000154 0.02069 0.0386 0.00016 0.000532 0.92426 0.988 0.1132 0.164 0.34512 0.424 0.03218 0.0567 del_9p21.3 176 (34%) 337 0.33429 0.414 0.064519 0.102 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 2e-05 8.4e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.35872 0.437 9.9999e-06 4.49e-05 0.00083999 0.00232 9.9999e-06 4.49e-05 del_10q26.3 151 (29%) 362 0.082119 0.126 0.70659 0.778 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00156 0.00401 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 del_11p15.5 104 (20%) 409 0.64566 0.725 0.00043 0.0013 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.056159 0.0912 0.89777 0.962 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 2e-05 8.4e-05 0.00476 0.0106 0.0067499 0.0144 9.9999e-06 4.49e-05 del_11p15.1 72 (14%) 441 1 1 0.03014 0.0535 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00143 0.00372 0.6133 0.694 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 3e-05 0.000119 6.9999e-05 0.000251 0.00080999 0.00225 9.9999e-06 4.49e-05 del_12p13.1 38 (7%) 475 NA NA NA NA 0.01092 0.0221 3e-05 0.000119 0.23057 0.301 0.5807 0.664 0.00221 0.00551 0.0069299 0.0148 0.02214 0.0404 0.04488 0.0752 0.094679 0.142 0.096749 0.144 del_12q12 72 (14%) 441 1 1 0.15124 0.209 2e-05 8.4e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.42777 0.51 0.98262 1 0.00312 0.0074 9.9999e-06 4.49e-05 0.0056699 0.0124 0.49594 0.58 0.39972 0.478 0.00036 0.00112 del_13q14.2 144 (28%) 369 0.18219 0.243 6.9999e-05 0.000251 9.9999e-06 4.49e-05 0.00019 0.000614 0.02945 0.0526 0.78505 0.853 0.00013 0.000447 9.9999e-06 4.49e-05 0.03577 0.0617 0.00393 0.00885 0.21559 0.283 0.01127 0.0226 del_13q34 110 (21%) 403 0.50623 0.588 0.15187 0.21 9.9999e-06 4.49e-05 0.02602 0.0472 0.02161 0.0397 0.38301 0.461 0.01366 0.0269 0.00105 0.00281 0.04672 0.0778 0.00276 0.00665 0.70364 0.778 0.02985 0.0532 del_14q24.3 122 (24%) 391 0.30343 0.38 0.096609 0.144 9.9999e-06 4.49e-05 0.059039 0.0951 0.00072999 0.00204 0.02185 0.04 0.00051999 0.00154 0.00057999 0.0017 4e-04 0.00124 0.00416 0.00934 0.0061999 0.0135 0.00174 0.00441 del_18q23 78 (15%) 435 0.32297 0.403 0.32804 0.408 0.11547 0.167 0.059259 0.0952 0.98183 1 0.26464 0.337 0.4584 0.539 0.22725 0.297 0.13796 0.194 0.61655 0.695 0.46069 0.541 0.79229 0.86 del_19q13.42 278 (54%) 235 0.03466 0.0603 0.021 0.039 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.0063999 0.0138 0.02102 0.039 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 del_22q13.31 77 (15%) 436 0.25277 0.323 0.04254 0.0721 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.00088999 0.00243 0.04293 0.0725 9.9999e-06 4.49e-05 9.9999e-06 4.49e-05 0.05 0.0821 9.9999e-06 4.49e-05 4e-05 0.000154 6.9999e-05 0.000251 del_xq21.1 78 (15%) 435 0.83861 0.908 0.26487 0.337 0.01171 0.0234 3e-05 0.000119 0.00108 0.00287 0.01505 0.029 0.0121 0.0241 3e-05 0.000119 0.00049 0.00146 0.36042 0.438 0.00016 0.000532 7.9999e-05 0.000282