Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 62 (17%) 308 0.058389 0.137 0.23766 0.38 0.16742 0.298 0.65912 0.751 0.34997 0.477 0.10506 0.215 0.19569 0.331 0.080109 0.178 1q gain 226 (61%) 144 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-05 0.00113 3e-05 0.00041 0.00158 0.0101 0.55429 0.668 0.02094 0.0642 0.7137 0.789 0.10831 0.221 2p gain 43 (12%) 327 0.13681 0.26 0.24864 0.389 0.14572 0.271 0.00024 0.00232 0.094589 0.2 0.96777 0.974 0.11736 0.234 0.2995 0.433 2q gain 40 (11%) 330 0.04846 0.121 0.48078 0.598 0.01444 0.0509 0.00051999 0.00411 0.067579 0.156 0.90003 0.926 0.081599 0.179 0.34435 0.472 3p gain 35 (9%) 335 0.0174 0.0565 0.02479 0.0716 0.00203 0.0119 0.087659 0.189 0.03642 0.0987 0.51608 0.631 0.068139 0.157 0.30428 0.434 3q gain 38 (10%) 332 0.01312 0.0468 0.25831 0.397 0.00298 0.0159 0.092139 0.196 0.03064 0.0859 0.51053 0.627 0.058629 0.137 0.71782 0.789 4p gain 27 (7%) 343 0.43044 0.556 0.0066699 0.0283 0.01219 0.0442 0.00188 0.0113 0.25567 0.395 0.44311 0.567 0.086729 0.187 0.16227 0.292 4q gain 7 (2%) 363 0.30379 0.434 0.70678 0.787 0.72752 0.798 0.40647 0.531 0.1945 0.331 0.84977 0.892 0.29253 0.426 0.59391 0.699 5p gain 134 (36%) 236 9.9999e-06 0.00016 0.25179 0.39 0.90925 0.928 0.74912 0.812 0.63198 0.726 0.14455 0.27 0.098499 0.206 0.55355 0.668 5q gain 110 (30%) 260 9.9999e-06 0.00016 0.081599 0.179 0.74179 0.807 0.90597 0.926 0.55873 0.671 0.90412 0.926 0.78551 0.841 0.89095 0.922 6p gain 116 (31%) 254 9.9999e-06 0.00016 0.0051799 0.0236 0.00098999 0.00676 0.02309 0.0685 0.0096399 0.0386 0.00401 0.0198 0.61278 0.71 0.22627 0.366 6q gain 67 (18%) 303 0.00015 0.00154 0.15629 0.286 0.03489 0.0956 0.2904 0.426 0.23844 0.381 0.2405 0.382 0.64946 0.742 0.5751 0.685 7p gain 109 (29%) 261 0.00128 0.00857 0.0247 0.0716 0.7909 0.845 0.88967 0.922 0.03619 0.0985 0.10448 0.214 0.64123 0.734 0.45466 0.578 7q gain 110 (30%) 260 0.20488 0.339 0.00050999 0.00408 0.5371 0.652 0.84051 0.889 0.24627 0.388 0.23768 0.38 0.67922 0.761 0.44003 0.564 8p gain 73 (20%) 297 0.39984 0.527 0.40711 0.531 0.00253 0.0139 0.01668 0.0553 0.27346 0.412 0.37032 0.499 0.88529 0.919 0.02791 0.0789 8q gain 184 (50%) 186 3e-05 0.00041 0.27412 0.412 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 0.44616 0.569 0.0064399 0.0276 0.46037 0.582 0.00193 0.0115 9p gain 19 (5%) 351 0.31271 0.44 0.68744 0.767 0.7508 0.813 0.66784 0.757 0.59934 0.703 0.40095 0.527 0.12472 0.241 0.32294 0.45 9q gain 19 (5%) 351 0.60225 0.704 0.68747 0.767 0.59707 0.702 0.65816 0.751 0.74101 0.807 0.39686 0.525 0.59289 0.699 0.43729 0.562 10p gain 58 (16%) 312 0.00315 0.0165 0.60559 0.707 0.0081799 0.034 0.02015 0.0626 0.14202 0.266 0.4761 0.594 0.053309 0.129 0.01112 0.0419 10q gain 36 (10%) 334 0.00045 0.00369 0.0302 0.085 5.9999e-05 0.000772 0.11981 0.237 0.18967 0.325 0.078949 0.176 0.21438 0.352 0.083089 0.182 11p gain 18 (5%) 352 0.43535 0.561 0.30593 0.435 0.19908 0.334 0.02266 0.0677 0.615 0.712 0.48279 0.599 0.057859 0.136 0.22914 0.369 11q gain 20 (5%) 350 0.34591 0.473 0.67134 0.758 0.47525 0.594 0.092899 0.197 0.78223 0.838 0.61116 0.71 0.051889 0.127 0.25091 0.39 12p gain 40 (11%) 330 0.61114 0.71 0.28229 0.421 0.0051799 0.0236 5e-04 0.00405 0.057469 0.136 0.34196 0.471 0.00012 0.00131 0.02657 0.0761 12q gain 47 (13%) 323 0.19915 0.334 0.71616 0.789 0.0090699 0.0367 0.0027 0.0145 0.1001 0.207 0.62385 0.719 0.00028 0.00262 0.057869 0.136 13q gain 23 (6%) 347 0.03657 0.0987 0.47441 0.594 0.16939 0.3 0.40868 0.532 0.052549 0.128 0.29242 0.426 0.16766 0.298 0.24203 0.384 14q gain 22 (6%) 348 0.18549 0.319 0.49986 0.615 0.36182 0.488 0.13296 0.255 0.56214 0.674 0.17424 0.308 0.14172 0.266 0.73375 0.804 15q gain 33 (9%) 337 0.18238 0.317 0.58394 0.693 0.89888 0.926 0.7152 0.789 0.9517 0.959 0.28448 0.423 0.54403 0.66 0.84346 0.891 16p gain 32 (9%) 338 0.17505 0.309 0.91863 0.933 0.04513 0.114 0.99528 0.997 0.20798 0.344 0.18308 0.317 0.11651 0.233 0.21732 0.355 16q gain 17 (5%) 353 0.12323 0.24 0.070049 0.159 0.0060399 0.0262 0.31291 0.44 0.93642 0.945 0.91209 0.929 0.19036 0.325 0.71692 0.789 17p gain 30 (8%) 340 0.03675 0.0988 0.38357 0.515 0.45742 0.579 0.098819 0.206 0.27394 0.412 0.75481 0.816 0.17839 0.312 0.32471 0.451 17q gain 93 (25%) 277 0.0058699 0.026 0.34148 0.471 0.30614 0.435 0.095049 0.2 0.077409 0.173 0.00092999 0.00649 0.80942 0.861 0.01551 0.0533 18p gain 36 (10%) 334 0.00159 0.0101 0.54641 0.661 0.02157 0.0655 0.01883 0.0596 0.03388 0.0938 0.1919 0.327 0.01289 0.0462 0.47441 0.594 18q gain 28 (8%) 342 0.04661 0.117 0.84893 0.892 0.051809 0.127 0.00318 0.0165 0.01712 0.0559 0.054409 0.13 0.00358 0.0179 0.30172 0.434 19p gain 56 (15%) 314 0.2454 0.388 0.0097399 0.0386 0.00334 0.017 0.01014 0.0391 0.03877 0.103 0.0066899 0.0283 0.00247 0.0137 0.059289 0.138 19q gain 71 (19%) 299 0.15425 0.284 0.00213 0.0124 0.00053999 0.00412 3e-05 0.00041 0.02167 0.0655 0.00151 0.00987 4e-05 0.000536 0.00043 0.00357 20p gain 107 (29%) 263 9.9999e-06 0.00016 0.28864 0.425 0.01502 0.0524 0.00177 0.011 0.16387 0.294 0.04448 0.113 0.00043 0.00357 0.051249 0.127 20q gain 112 (30%) 258 9.9999e-06 0.00016 0.27694 0.416 0.11833 0.235 0.01044 0.0398 0.29654 0.431 0.03897 0.103 0.00055999 0.00422 0.14038 0.265 21q gain 26 (7%) 344 0.18429 0.318 0.93396 0.944 0.089959 0.193 0.38799 0.518 0.92543 0.938 0.22491 0.365 0.30295 0.434 0.49216 0.607 22q gain 48 (13%) 322 0.00028 0.00262 0.14209 0.266 0.03886 0.103 0.00187 0.0113 0.12311 0.24 0.73678 0.806 0.01189 0.0438 0.068799 0.157 xp gain 41 (11%) 329 0.02445 0.0713 0.12195 0.24 0.02349 0.0694 0.37605 0.506 0.15094 0.279 0.051899 0.127 0.8466 0.892 0.03938 0.103 xq gain 60 (16%) 310 0.01173 0.0435 0.0097799 0.0386 0.00106 0.00717 0.00451 0.0216 0.00084999 0.00606 8.9999e-05 0.00107 0.0059899 0.0262 6.9999e-05 0.00085 1p loss 78 (21%) 292 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 0.00014 0.00148 0.01991 0.0622 0.00086999 0.00614 0.01615 0.0543 1q loss 20 (5%) 350 0.03229 0.0898 0.67045 0.758 0.2902 0.426 0.48544 0.6 0.25024 0.39 0.11294 0.228 0.51604 0.631 0.01889 0.0596 2p loss 33 (9%) 337 0.0054499 0.0245 0.39356 0.523 0.0053899 0.0244 0.03862 0.103 0.25416 0.393 0.70762 0.787 0.39182 0.522 0.26524 0.403 2q loss 38 (10%) 332 0.00132 0.00875 0.38599 0.517 0.00096999 0.0067 0.0216 0.0655 0.57977 0.689 0.59262 0.699 0.90108 0.926 0.40289 0.529 3p loss 52 (14%) 318 0.10028 0.207 0.069509 0.158 0.00409 0.02 0.0091899 0.037 0.00371 0.0184 0.31796 0.445 0.0050499 0.0235 0.04173 0.107 3q loss 41 (11%) 329 0.090169 0.193 0.34231 0.471 0.0056599 0.0253 0.053859 0.129 0.04132 0.107 0.466 0.587 0.0081099 0.0339 0.23564 0.379 4p loss 105 (28%) 265 9.9999e-06 0.00016 0.070859 0.16 0.00065999 0.00481 0.01874 0.0596 0.13316 0.255 0.0159 0.0543 0.017 0.0558 0.00039 0.00341 4q loss 146 (39%) 224 9.9999e-06 0.00016 0.0061299 0.0265 9.9999e-06 0.00016 0.00081999 0.00591 0.00239 0.0134 0.00459 0.0218 3e-05 0.00041 0.00267 0.0145 5p loss 29 (8%) 341 0.01681 0.0554 0.14511 0.27 0.14034 0.265 0.02424 0.071 0.01273 0.0459 0.1122 0.228 0.0098699 0.0387 0.01609 0.0543 5q loss 37 (10%) 333 0.01216 0.0442 0.01535 0.053 0.053199 0.129 0.00035 0.0031 0.0051099 0.0236 0.059389 0.138 0.00011 0.00122 0.00060999 0.00455 6p loss 31 (8%) 339 0.74593 0.81 0.4859 0.6 0.39548 0.524 0.48332 0.599 0.071319 0.161 0.85005 0.892 0.34294 0.471 0.39417 0.523 6q loss 94 (25%) 276 0.20311 0.338 0.16386 0.294 0.42734 0.553 0.83582 0.886 0.12561 0.242 0.25977 0.397 0.66436 0.754 0.99562 0.997 7p loss 16 (4%) 354 0.39747 0.525 0.3103 0.44 0.12029 0.238 0.35272 0.479 0.86341 0.9 0.22724 0.367 0.02045 0.063 0.04043 0.105 7q loss 21 (6%) 349 0.15819 0.287 0.28541 0.423 0.01851 0.0595 0.084189 0.183 0.67424 0.759 0.03499 0.0956 6.9999e-05 0.00085 0.0073299 0.0308 8p loss 196 (53%) 174 9.9999e-06 0.00016 0.18168 0.316 0.03453 0.0952 0.77654 0.834 0.77146 0.831 0.25968 0.397 0.30239 0.434 0.73804 0.806 8q loss 45 (12%) 325 0.19868 0.334 0.22352 0.364 0.086279 0.187 0.63165 0.726 0.70922 0.787 0.88183 0.917 0.77641 0.834 0.67282 0.758 9p loss 119 (32%) 251 9.9999e-06 0.00016 0.04019 0.105 0.00014 0.00148 0.0060399 0.0262 0.01014 0.0391 0.0084499 0.0349 0.099249 0.206 0.0088899 0.0362 9q loss 110 (30%) 260 9.9999e-06 0.00016 0.0099099 0.0387 0.00227 0.0131 0.00162 0.0102 0.02771 0.0787 0.0085399 0.035 0.2608 0.398 0.00041 0.00354 10p loss 47 (13%) 323 0.00015 0.00154 0.41716 0.542 0.00307 0.0162 0.00438 0.0213 0.01038 0.0398 0.01381 0.049 0.12424 0.24 0.01511 0.0524 10q loss 78 (21%) 292 9.9999e-06 0.00016 0.04478 0.113 9.9999e-06 0.00016 3e-05 0.00041 0.00322 0.0165 9.9999e-05 0.00113 0.081049 0.179 9.9999e-06 0.00016 11p loss 63 (17%) 307 0.01146 0.0427 0.86218 0.9 0.054909 0.131 0.011 0.0417 0.095719 0.201 0.15837 0.287 0.0146 0.0512 0.01613 0.0543 11q loss 72 (19%) 298 0.03908 0.103 0.8013 0.855 0.19513 0.331 0.17733 0.311 0.43803 0.562 0.2104 0.346 0.01203 0.0441 0.04929 0.122 12p loss 66 (18%) 304 2e-05 0.000305 0.35914 0.486 0.01808 0.0584 0.30155 0.434 0.35252 0.479 0.12399 0.24 0.18046 0.315 0.21049 0.346 12q loss 36 (10%) 334 0.02667 0.0761 0.90199 0.926 0.29975 0.433 0.66041 0.751 0.59984 0.703 0.91663 0.932 0.80382 0.856 0.88231 0.917 13q loss 122 (33%) 248 9.9999e-06 0.00016 0.03829 0.103 0.00233 0.0133 0.00033 0.00305 0.00337 0.017 0.00468 0.0219 0.00053999 0.00412 0.00063999 0.00472 14q loss 109 (29%) 261 9.9999e-06 0.00016 0.16531 0.295 5.9999e-05 0.000772 2e-05 0.000305 0.055399 0.132 0.15782 0.287 0.00019 0.00189 0.00463 0.0219 15q loss 67 (18%) 303 0.00042 0.00357 0.15587 0.286 0.00016 0.00161 6.9999e-05 0.00085 0.03098 0.0865 0.24866 0.389 0.00152 0.00987 0.02041 0.063 16p loss 108 (29%) 262 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-05 0.00113 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 16q loss 145 (39%) 225 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 9.9999e-06 0.00016 17p loss 185 (50%) 185 9.9999e-06 0.00016 0.083749 0.183 0.00187 0.0113 0.02186 0.0658 0.00199 0.0118 0.00034 0.00306 0.28144 0.421 0.00022 0.00215 17q loss 40 (11%) 330 0.053629 0.129 0.45724 0.579 0.51674 0.631 0.24927 0.389 0.68007 0.761 0.61224 0.71 0.47338 0.594 0.33896 0.469 18p loss 74 (20%) 296 0.02658 0.0761 0.00236 0.0133 0.56731 0.678 0.00322 0.0165 0.90024 0.926 0.71209 0.789 0.21713 0.355 0.29081 0.426 18q loss 79 (21%) 291 0.01632 0.0543 0.00164 0.0102 0.51939 0.633 0.00053999 0.00412 0.759 0.819 0.4042 0.529 0.28589 0.423 0.28244 0.421 19p loss 52 (14%) 318 9.9999e-06 0.00016 0.85884 0.899 0.068549 0.157 0.24669 0.388 0.076519 0.171 0.14784 0.274 0.31565 0.442 0.01876 0.0596 19q loss 39 (11%) 331 9.9999e-06 0.00016 0.32307 0.45 0.1558 0.286 0.9054 0.926 0.11323 0.228 0.094939 0.2 0.23967 0.382 0.13489 0.257 20p loss 26 (7%) 344 0.42004 0.545 0.33817 0.469 0.27101 0.411 0.10437 0.214 0.26267 0.4 0.85337 0.894 0.67535 0.759 0.31232 0.44 20q loss 13 (4%) 357 1 1 0.25903 0.397 0.20224 0.338 0.11255 0.228 0.55717 0.671 0.63839 0.732 0.04156 0.107 0.29996 0.433 21q loss 110 (30%) 260 0.01625 0.0543 0.59156 0.699 0.00034 0.00306 0.1236 0.24 0.45504 0.578 0.93083 0.942 0.01146 0.0427 0.11345 0.228 22q loss 70 (19%) 300 0.00452 0.0216 0.17683 0.311 0.00265 0.0145 0.15998 0.289 0.83137 0.882 0.46379 0.585 0.56618 0.678 0.9888 0.993 xp loss 95 (26%) 275 0.28619 0.423 0.01983 0.0622 0.124 0.24 0.02421 0.071 0.071699 0.161 0.31494 0.442 0.02269 0.0677 0.20336 0.338 xq loss 74 (20%) 296 0.04891 0.122 0.04194 0.107 0.2021 0.338 0.18606 0.32 0.35701 0.484 0.56807 0.678 0.61896 0.715 0.53095 0.646