Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1q21.3 271 (73%) 99 9.9999e-06 7.39e-05 8.9999e-05 0.000453 3e-05 0.000201 0.00398 0.0111 0.13637 0.186 0.02992 0.0557 0.1059 0.152 0.38484 0.448 amp_1q42.2 268 (72%) 102 9.9999e-06 7.39e-05 0.0021 0.00653 9.9999e-06 7.39e-05 6.9999e-05 0.00038 0.24898 0.306 0.0085199 0.0202 0.057549 0.0942 0.40591 0.466 amp_2p24.1 65 (18%) 305 0.03545 0.0638 1 1 0.11175 0.159 0.00399 0.0111 0.01726 0.0351 0.04231 0.073 0.068719 0.108 0.173 0.227 amp_2q33.1 64 (17%) 306 0.02769 0.0522 0.93805 0.946 0.051519 0.0858 0.01144 0.0253 0.00157 0.00521 0.12112 0.171 0.0059599 0.0153 0.19216 0.246 amp_3q26.31 77 (21%) 293 9.9999e-06 7.39e-05 0.099509 0.145 0.02065 0.0409 0.02034 0.0405 0.070279 0.11 0.00491 0.013 0.25488 0.31 0.04818 0.0814 amp_4p14 54 (15%) 316 0.063599 0.102 0.01878 0.0376 4e-05 0.000257 0.00122 0.00431 0.03309 0.0603 0.055479 0.0912 0.0076399 0.0186 0.01231 0.0268 amp_5p15.33 163 (44%) 207 9.9999e-06 7.39e-05 0.03306 0.0603 0.19905 0.253 0.60726 0.648 0.14067 0.191 0.01741 0.0353 0.14291 0.193 0.12654 0.177 amp_5q35.3 135 (36%) 235 9.9999e-06 7.39e-05 0.0403 0.0713 0.72958 0.754 0.95748 0.963 0.43629 0.491 0.99913 1 0.68825 0.725 0.61963 0.659 amp_6p25.2 159 (43%) 211 9.9999e-06 7.39e-05 0.00017 0.000805 0.04336 0.0745 0.02452 0.0471 0.01499 0.0314 0.063409 0.102 0.70941 0.741 0.42593 0.482 amp_6p21.1 158 (43%) 212 9.9999e-06 7.39e-05 0.00109 0.00397 0.01412 0.03 0.065539 0.104 0.053959 0.0896 0.062349 0.101 0.17448 0.228 0.52947 0.581 amp_6q12 109 (29%) 261 9.9999e-06 7.39e-05 0.04175 0.0725 0.03183 0.0588 0.10797 0.154 0.04102 0.0717 0.6182 0.659 0.23531 0.292 0.15859 0.211 amp_6q12 83 (22%) 287 2e-05 0.000137 0.0072499 0.018 0.0081299 0.0195 0.0096699 0.0224 0.31927 0.378 0.54943 0.595 0.083629 0.125 0.087189 0.13 amp_7q31.2 120 (32%) 250 0.22543 0.285 0.00454 0.0124 0.63654 0.674 0.89654 0.911 0.17143 0.225 0.43245 0.489 0.72164 0.748 0.60422 0.647 amp_8q24.21 231 (62%) 139 9.9999e-06 7.39e-05 0.04737 0.0808 5e-04 0.00207 9.9999e-06 7.39e-05 0.080449 0.122 0.0062499 0.0157 0.3765 0.44 6.9999e-05 0.00038 amp_9q34.2 47 (13%) 323 0.02901 0.0542 0.40352 0.464 0.0258 0.0494 0.092669 0.137 0.24207 0.3 0.01225 0.0268 0.39996 0.461 0.0208 0.0409 amp_10p15.1 72 (19%) 298 0.00415 0.0115 0.90249 0.914 0.03588 0.0644 0.00356 0.0101 0.40822 0.468 0.24289 0.3 0.0079999 0.0193 0.02365 0.0463 amp_11q13.3 57 (15%) 313 0.03997 0.0709 0.49372 0.546 0.00459 0.0125 0.01774 0.0358 0.01283 0.0276 0.00331 0.00956 0.18088 0.234 9.9999e-05 0.000498 amp_13q32.3 67 (18%) 303 9.9999e-06 7.39e-05 0.10106 0.146 0.0093799 0.0219 0.079969 0.121 0.01258 0.0272 0.19845 0.253 0.0061999 0.0157 0.03506 0.0634 amp_13q33.3 67 (18%) 303 9.9999e-06 7.39e-05 0.04645 0.0795 0.00162 0.00534 0.24975 0.306 0.0094899 0.0221 0.18047 0.234 0.0061699 0.0157 0.083979 0.125 amp_15q26.3 54 (15%) 316 0.074109 0.114 0.44545 0.5 0.0243 0.0469 0.03946 0.0703 0.4146 0.473 0.1814 0.234 0.4966 0.548 0.57552 0.619 amp_17p11.2 46 (12%) 324 0.18836 0.242 0.04203 0.0727 0.47223 0.526 0.23054 0.289 0.1445 0.194 0.25167 0.307 0.38722 0.45 0.24363 0.3 amp_17q25.3 145 (39%) 225 9.9999e-06 7.39e-05 0.04776 0.0809 0.01133 0.0251 0.01062 0.0239 0.0074799 0.0183 0.00131 0.00457 0.054759 0.0906 0.01102 0.0246 amp_19p13.12 69 (19%) 301 0.01305 0.0279 0.00118 0.0042 0.00064999 0.00254 0.00054999 0.0022 0.00321 0.00932 0.00223 0.00676 0.00247 0.00739 0.00129 0.00453 amp_19q13.11 91 (25%) 279 0.01637 0.0336 0.092639 0.137 0.00041 0.00171 0.00065999 0.00256 0.03249 0.0598 0.0018 0.00574 9.9999e-06 7.39e-05 0.00027 0.00121 amp_20q13.13 124 (34%) 246 9.9999e-06 7.39e-05 0.57853 0.62 0.0168 0.0343 0.00035 0.0015 0.37706 0.44 0.01078 0.0241 5e-05 0.000298 0.04775 0.0809 amp_20q13.33 128 (35%) 242 9.9999e-06 7.39e-05 0.14874 0.198 0.00482 0.0128 5.9999e-05 0.000337 0.23137 0.289 0.062199 0.101 9.9999e-06 7.39e-05 0.1297 0.18 amp_xq28 87 (24%) 283 0.00178 0.00571 0.050279 0.0846 0.02754 0.0521 0.0099699 0.0225 0.00011 0.000537 0.00335 0.00962 0.01577 0.0326 0.00034 0.00147 del_1p36.31 162 (44%) 208 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 0.00149 0.00505 0.00113 0.00408 0.00398 0.0111 0.00469 0.0127 del_1p36.11 142 (38%) 228 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 2e-05 0.000137 6.9999e-05 0.00038 0.00053999 0.00218 0.00026 0.00117 del_2q22.1 52 (14%) 318 0.00308 0.009 0.39368 0.455 0.00471 0.0127 0.065859 0.104 0.27499 0.332 0.16695 0.221 0.77668 0.793 0.077789 0.119 del_2q37.3 62 (17%) 308 5e-05 0.000298 0.53469 0.585 9.9999e-06 7.39e-05 0.00090999 0.00339 0.050699 0.0847 0.0099399 0.0225 0.30706 0.365 0.00148 0.00505 del_3p13 73 (20%) 297 0.075089 0.115 0.0088199 0.0208 0.00011 0.000537 9.9999e-06 7.39e-05 5e-05 0.000298 0.03354 0.0608 0.0099299 0.0225 0.00163 0.00534 del_4p16.3 85 (23%) 285 9.9999e-06 7.39e-05 0.14799 0.198 0.10451 0.15 0.10086 0.146 0.098219 0.144 0.02697 0.0513 0.057789 0.0943 0.0055699 0.0145 del_4q21.3 171 (46%) 199 9.9999e-06 7.39e-05 0.00094999 0.00351 9.9999e-06 7.39e-05 0.00021 0.000976 0.00133 0.0046 0.00154 0.00515 5.9999e-05 0.000337 5.9999e-05 0.000337 del_4q24 173 (47%) 197 9.9999e-06 7.39e-05 0.00080999 0.00309 9.9999e-06 7.39e-05 5e-05 0.000298 0.00183 0.0058 0.00021 0.000976 2e-05 0.000137 4e-05 0.000257 del_4q35.1 172 (46%) 198 9.9999e-06 7.39e-05 0.00036 0.00153 9.9999e-06 7.39e-05 0.00071999 0.00277 0.00188 0.00592 0.0059699 0.0153 8.9999e-05 0.000453 0.00148 0.00505 del_6q27 136 (37%) 234 0.00152 0.00512 0.0053999 0.0141 0.47088 0.526 0.48048 0.534 0.02891 0.0542 0.03914 0.07 0.55897 0.603 0.30949 0.367 del_7q36.3 34 (9%) 336 0.23144 0.289 0.04081 0.0716 0.04143 0.0722 0.13135 0.181 0.90065 0.914 0.070649 0.11 0.00032 0.00139 0.0077199 0.0187 del_8p23.2 247 (67%) 123 9.9999e-06 7.39e-05 0.12709 0.178 0.097389 0.143 0.65177 0.688 0.69646 0.731 0.16964 0.224 0.1705 0.225 0.069059 0.108 del_8p12 242 (65%) 128 9.9999e-06 7.39e-05 0.12787 0.178 0.072499 0.112 0.5623 0.606 0.34001 0.4 0.099969 0.145 0.12939 0.18 0.088429 0.131 del_9p21.3 150 (41%) 220 9.9999e-06 7.39e-05 0.02421 0.0469 9.9999e-06 7.39e-05 0.00175 0.00566 4e-05 0.000257 0.00215 0.0066 0.02077 0.0409 0.00478 0.0127 del_9q31.3 119 (32%) 251 9.9999e-06 7.39e-05 0.0089699 0.021 0.00115 0.00413 0.00032 0.00139 0.02703 0.0513 0.0069599 0.0173 0.25109 0.307 0.00022 0.00101 del_10q23.31 97 (26%) 273 9.9999e-06 7.39e-05 0.01499 0.0314 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 0.01559 0.0324 9.9999e-06 7.39e-05 del_10q26.13 105 (28%) 265 9.9999e-06 7.39e-05 0.02422 0.0469 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 3e-05 0.000201 9.9999e-06 7.39e-05 0.072819 0.112 9.9999e-06 7.39e-05 del_11q14.1 77 (21%) 293 0.01606 0.0331 0.3566 0.418 0.12196 0.172 0.14428 0.194 0.13041 0.18 0.26275 0.319 0.0074299 0.0183 0.01529 0.0319 del_11q23.3 93 (25%) 277 0.00053999 0.00218 0.4879 0.541 0.058709 0.0955 0.04064 0.0716 0.076149 0.116 0.13647 0.186 0.01385 0.0295 0.0021 0.00653 del_12p12.1 78 (21%) 292 0.00083999 0.00318 0.45321 0.507 0.00254 0.00756 0.22899 0.289 0.064089 0.103 0.03101 0.0575 0.18115 0.234 0.03261 0.0598 del_12q24.33 59 (16%) 311 0.00345 0.00985 1 1 0.54413 0.593 0.91595 0.925 0.50223 0.552 0.71657 0.746 0.77553 0.793 0.28251 0.34 del_13q14.2 179 (48%) 191 9.9999e-06 7.39e-05 0.1339 0.184 0.00028 0.00124 9.9999e-06 7.39e-05 0.00175 0.00566 0.00063999 0.00252 0.01789 0.0359 7.9999e-05 0.00042 del_14q23.3 131 (35%) 239 9.9999e-06 7.39e-05 0.4994 0.55 0.00214 0.0066 5.9999e-05 0.000337 0.01196 0.0263 0.097629 0.143 0.00416 0.0115 0.050449 0.0846 del_14q32.33 133 (36%) 237 9.9999e-06 7.39e-05 0.1428 0.193 0.00474 0.0127 0.00012 0.00058 0.082999 0.125 0.17451 0.228 0.01251 0.0271 0.015 0.0314 del_15q26.3 79 (21%) 291 0.00051999 0.00213 0.43642 0.491 0.0083399 0.02 0.0097099 0.0224 0.079259 0.12 0.1208 0.171 0.00225 0.00678 0.064879 0.103 del_16q23.1 162 (44%) 208 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 5e-05 0.000298 9.9999e-06 7.39e-05 9.9999e-06 7.39e-05 5e-05 0.000298 del_17p13.1 226 (61%) 144 9.9999e-06 7.39e-05 0.068219 0.108 2e-05 0.000137 5.9999e-05 0.000337 9.9999e-06 7.39e-05 7.9999e-05 0.00042 0.18742 0.241 9.9999e-06 7.39e-05 del_17p11.2 195 (53%) 175 9.9999e-06 7.39e-05 0.32571 0.384 0.00016 0.000765 0.0083899 0.02 0.00089999 0.00338 0.00024 0.00109 0.23051 0.289 0.00039 0.00164 del_18q21.2 94 (25%) 276 0.02409 0.0469 8.9999e-05 0.000453 0.070929 0.11 2e-05 0.000137 0.82109 0.837 0.53802 0.587 0.41668 0.474 0.29874 0.356 del_19p13.3 87 (24%) 283 9.9999e-06 7.39e-05 0.42449 0.482 0.00498 0.0131 0.0026 0.00769 0.11148 0.159 0.13203 0.181 0.00217 0.00662 0.00098999 0.00363 del_20p12.1 29 (8%) 341 0.23439 0.292 0.548 0.595 0.73446 0.758 0.549 0.595 0.20565 0.261 0.73693 0.759 0.76019 0.781 0.40944 0.468 del_22q12.1 79 (21%) 291 0.0062199 0.0157 0.32319 0.382 0.00288 0.00847 0.10634 0.152 0.63462 0.673 0.19394 0.248 0.71353 0.744 0.77115 0.791 del_22q13.32 83 (22%) 287 0.00055999 0.00222 0.081859 0.123 8.9999e-05 0.000453 0.0099199 0.0225 0.055229 0.0911 0.26389 0.32 0.71837 0.746 0.28452 0.34 del_xq26.2 67 (18%) 303 7.9999e-05 0.00042 0.0069499 0.0173 0.14521 0.195 0.39171 0.454 0.28131 0.339 0.69506 0.731 0.28455 0.34 0.70078 0.734