Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Lung Adenocarcinoma (Primary solid tumor)
28 January 2016  |  analyses__2016_01_28
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Citation Information
doi:10.7908/C1FB52C6
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2016): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1FB52C6
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 90 genes and 15 clinical features across 481 patients, no significant finding detected with Q value < 0.25.

  • No gene mutations related to clinical features.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 90 genes and 15 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		YEARS
TO
BIRTH 		PATHOLOGIC
STAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		GENDER RADIATION
THERAPY 		KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		HISTOLOGICAL
TYPE 		NUMBER
PACK
YEARS
SMOKED 		YEAR
OF
TOBACCO
SMOKING
ONSET 		RESIDUAL
TUMOR 		RACE ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Wilcoxon-test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
TP53 256 (53%) 225 0.0483
(1.00) 		0.00578
(0.779) 		0.833
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.99
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.0296
(0.976) 		0.774
(1.00) 		0.0102
(0.779) 		0.00314
(0.779) 		0.153
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.0227
(0.928) 		0.0339
(1.00)
KRAS 150 (31%) 331 0.4
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.356
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0618
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.0398
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.183
(1.00)
KEAP1 84 (17%) 397 0.39
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.007
(0.779) 		0.0297
(0.976) 		0.0858
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.252
(1.00)
EGFR 67 (14%) 414 0.18
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.0472
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.6
(1.00)
STK11 77 (16%) 404 0.229
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.00885
(0.779) 		0.702
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.302
(1.00) 		1
(1.00)
RBM10 33 (7%) 448 0.103
(1.00) 		0.00418
(0.779) 		0.375
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.293
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00602
(0.779) 		0.773
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.0167
(0.928) 		0.252
(1.00) 		0.385
(1.00) 		1
(1.00)
RB1 26 (5%) 455 0.595
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.0743
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.319
(1.00)
ARID1A 30 (6%) 451 0.295
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.319
(1.00)
NF1 55 (11%) 426 0.91
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.574
(1.00)
SMARCA4 38 (8%) 443 0.227
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.0284
(0.976) 		0.579
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.00285
(0.779) 		0.0652
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.913
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0082
(0.779)
BRAF 39 (8%) 442 0.187
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.0311
(0.976) 		0.439
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.331
(1.00)
MGA 40 (8%) 441 0.0739
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0636
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.423
(1.00)
FTSJD1 24 (5%) 457 0.413
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.0311
(0.976) 		0.649
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.196
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00) 		1
(1.00)
MET 21 (4%) 460 0.697
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.448
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GAGE2A 8 (2%) 473 0.792
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.341
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SETD2 30 (6%) 451 0.854
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.176
(1.00) 		1
(1.00) 		0.294
(1.00)
U2AF1 11 (2%) 470 0.271
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0964
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00)
ERBB2 11 (2%) 470 0.575
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.761
(1.00) 		1
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.161
(1.00) 		1
(1.00)
CDKN2A 16 (3%) 465 0.809
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.978
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.0165
(0.928) 		0.453
(1.00) 		0.0942
(1.00) 		0.187
(1.00)
SRPX 14 (3%) 467 0.946
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ATM 42 (9%) 439 0.962
(1.00) 		0.011
(0.779) 		0.889
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0287
(0.976) 		0.0386
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.0779
(1.00)
TCEAL5 13 (3%) 468 0.194
(1.00) 		0.0115
(0.779) 		0.878
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.771
(1.00) 		1
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.128
(1.00)
PPP3CA 12 (2%) 469 0.255
(1.00) 		0.0913
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.763
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		1
(1.00)
FCRLA 15 (3%) 466 0.407
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00)
ARID2 24 (5%) 457 0.144
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.309
(1.00) 		1
(1.00)
APC 20 (4%) 461 0.7
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.65
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.0752
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.238
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZEB1 32 (7%) 449 0.206
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0657
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.487
(1.00) 		1
(1.00)
SIP1 4 (1%) 477 0.745
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00)
SLC4A3 18 (4%) 463 0.818
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
STK19 5 (1%) 476 0.131
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.822
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0653
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.788
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NUDT11 5 (1%) 476 0.439
(1.00) 		0.974
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.02
(0.928) 		0.416
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.383
(1.00) 		1
(1.00)
SLAMF9 12 (2%) 469 0.18
(1.00) 		0.0762
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.461
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.369
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.172
(1.00)
DNMT3A 19 (4%) 462 0.595
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00) 		0.35
(1.00) 		1
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.0553
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.779
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CTNNB1 19 (4%) 462 0.277
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.0521
(1.00) 		0.308
(1.00) 		1
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00)
PTPRU 18 (4%) 463 0.775
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		1
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.024
(0.942) 		0.733
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0708
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3CA 28 (6%) 453 0.242
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.246
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(1.00) 		0.0774
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(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.855
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.307
(1.00)
ZNF608 9 (2%) 472 0.122
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.237
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.0731
(1.00) 		0.036
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(1.00) 		1
(1.00)
STIM1 9 (2%) 472 0.0789
(1.00) 		0.0655
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.921
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.738
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(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.491
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EMG1 5 (1%) 476 0.743
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.826
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.254
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PHKA1 12 (2%) 469 0.534
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.505
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0441
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.0421
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(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00)
PAK1 9 (2%) 472 0.572
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.0189
(0.928) 		0.376
(1.00) 		0.0155
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(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.839
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(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00)
NRAS 3 (1%) 478 0.851
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.0737
(1.00) 		0.249
(1.00) 		1
(1.00)
G3BP1 8 (2%) 473 0.949
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.0735
(1.00) 		0.145
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.0563
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0974
(1.00)
TRERF1 18 (4%) 463 0.132
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.339
(1.00) 		1
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.0914
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.187
(1.00)
CACNA1F 27 (6%) 454 0.824
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.526
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0451
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.0615
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.439
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(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.281
(1.00)
NFE2L2 13 (3%) 468 0.052
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.492
(1.00) 		1
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00)
RPL5 8 (2%) 473 0.603
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.0833
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.103
(1.00) 		1
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00)
STRA8 8 (2%) 473 0.806
(1.00) 		0.0845
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.0206
(0.928) 		1
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00943
(0.779) 		0.0817
(1.00)
NLRP6 10 (2%) 471 0.583
(1.00) 		0.935
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.0775
(1.00) 		0.143
(1.00) 		1
(1.00) 		0.136
(1.00) 		1
(1.00)
FAM65C 14 (3%) 467 0.119
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		1
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.158
(1.00)
WDR66 14 (3%) 467 0.316
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.592
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.128
(1.00)
RIT1 8 (2%) 473 0.911
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.0963
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.066
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.053
(1.00) 		0.229
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TGFBR3 14 (3%) 467 0.623
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.0658
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.0856
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.838
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CXCR7 10 (2%) 471 0.947
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.0215
(0.928) 		0.361
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00693
(0.779) 		0.604
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.0255
(0.957) 		0.696
(1.00) 		0.527
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GAN 10 (2%) 471 0.0874
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		1
(1.00) 		0.76
(1.00) 		1
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.435
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TMEM49 5 (1%) 476 0.937
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.0349
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.065
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HSPA8 9 (2%) 472 0.33
(1.00) 		0.00626
(0.779) 		0.431
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.0706
(1.00) 		0.738
(1.00) 		1
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.608
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0974
(1.00)
CD244 12 (2%) 469 0.917
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.911
(1.00) 		1
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.0908
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.158
(1.00)
KIF18B 4 (1%) 477 0.683
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.0226
(0.928) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.00919
(0.779) 		1
(1.00)
PDE6A 16 (3%) 465 0.897
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.619
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(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.129
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0264
(0.963) 		0.215
(1.00)
CHRND 16 (3%) 465 0.152
(1.00) 		0.0926
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.0214
(0.928) 		0.705
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
KLK1 8 (2%) 473 0.422
(1.00) 		0.224
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(1.00)
KLHL5 14 (3%) 467 0.811
(1.00) 		0.547
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.0196
(0.928)
DSC2 20 (4%) 461 0.563
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(1.00) 		0.217
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(1.00) 		0.804
(1.00) 		1
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(1.00)
RNF160 15 (3%) 466 0.213
(1.00) 		0.421
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.703
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00)
AIFM1 12 (2%) 469 0.0732
(1.00) 		0.933
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(1.00) 		0.000627
(0.779) 		0.636
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(1.00) 		0.0934
(1.00) 		1
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00)
DOT1L 14 (3%) 467 0.788
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.201
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(1.00) 		0.0492
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00)
MCM9 3 (1%) 478 0.353
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.879
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.0244
(0.942) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NCKAP1L 19 (4%) 462 0.64
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.941
(1.00) 		1
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.964
(1.00) 		0.772
(1.00) 		1
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.201
(1.00)
ESYT3 8 (2%) 473 0.306
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.368
(1.00) 		1
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.957
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00)
MIA2 13 (3%) 468 0.799
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.364
(1.00) 		1
(1.00) 		0.274
(1.00) 		1
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.0192
(0.928) 		0.914
(1.00) 		0.106
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TUBB4 17 (4%) 464 0.517
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.751
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ABHD12B 7 (1%) 474 0.136
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.708
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.938
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ANTXR1 19 (4%) 462 0.839
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.264
(1.00) 		1
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0679
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		1
(1.00)
FLCN 9 (2%) 472 0.376
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.776
(1.00) 		1
(1.00) 		0.422
(1.00) 		1
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF556 12 (2%) 469 0.935
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.186
(1.00) 		1
(1.00) 		0.779
(1.00) 		1
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.0652
(1.00) 		0.618
(1.00) 		1
(1.00)
ASCL3 7 (1%) 474 0.355
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.0364
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DSG3 33 (7%) 448 0.0108
(0.779) 		0.659
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.767
(1.00) 		1
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.00276
(0.779) 		0.695
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.369
(1.00) 		1
(1.00)
C5AR1 6 (1%) 475 0.95
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.651
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.0661
(1.00) 		1
(1.00) 		0.316
(1.00) 		1
(1.00)
ASXL2 18 (4%) 463 0.891
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.00955
(0.779) 		0.794
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00)
DLX5 13 (3%) 468 0.283
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.063
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.128
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ATAD2 14 (3%) 467 0.437
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.429
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.63
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RAF1 6 (1%) 475 0.581
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.12
(1.00) 		1
(1.00) 		0.383
(1.00) 		1
(1.00)
A2M 20 (4%) 461 0.354
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.0913
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00)
SND1 16 (3%) 465 0.253
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.521
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0214
(0.928) 		0.399
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.454
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C7ORF36 6 (1%) 475 0.731
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HTRA1 10 (2%) 471 0.416
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		1
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.631
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS2 39 (8%) 442 0.136
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.998
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.674
(1.00) 		0.174
(1.00) 		1
(1.00)
TAF1L 50 (10%) 431 0.851
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.0741
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.464
(1.00)
PLEKHB2 6 (1%) 475 0.691
(1.00) 		0.503
(1.00) 		1
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00) 		0.42
(1.00) 		1
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.785
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = sample_sig_gene_table.txt from Mutsig_2CV pipeline

  • Processed Mutation data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/LUAD-TP/22815335/transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/LUAD-TP/22506767/LUAD-TP.merged_data.txt

  • Number of patients = 481

  • Number of significantly mutated genes = 90

  • Number of selected clinical features = 15

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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