Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 22 (12%) 162 0.63677 0.776 0.10748 0.246 0.24458 0.416 0.058449 0.165 0.84839 0.924 0.42109 0.6 0.87223 0.942 0.76807 0.875 0.47704 0.645 0.94271 0.981 1q gain 52 (28%) 132 0.0070899 0.0479 9.9999e-06 0.000571 0.42596 0.601 0.2937 0.469 0.03596 0.122 0.03017 0.11 0.0345 0.12 0.02089 0.0866 0.056129 0.16 0.2691 0.44 2p gain 16 (9%) 168 0.25235 0.423 0.00018 0.00389 0.43203 0.604 0.43815 0.607 0.01327 0.0656 0.1829 0.342 0.74857 0.859 0.0050999 0.0391 0.080179 0.203 0.16831 0.324 2q gain 18 (10%) 166 0.17738 0.338 5e-05 0.0019 0.43258 0.604 0.43754 0.607 0.02438 0.0956 0.12106 0.266 0.66626 0.793 0.00149 0.0174 0.061429 0.169 0.072839 0.19 3p gain 10 (5%) 174 0.065799 0.177 0.0085499 0.0534 0.55563 0.715 0.206 0.367 0.02911 0.108 0.61758 0.765 1 1 0.44376 0.613 0.42283 0.601 0.74998 0.86 3q gain 20 (11%) 164 0.0083299 0.0525 3e-05 0.00126 0.20828 0.369 0.0439 0.14 0.00159 0.0174 0.28095 0.454 0.76773 0.875 0.059189 0.166 0.64217 0.776 0.1659 0.321 4p gain 11 (6%) 173 0.01985 0.0833 0.62939 0.77 0.35793 0.535 0.04557 0.142 0.01411 0.068 0.01086 0.0591 0.1748 0.335 0.02141 0.0883 0.01768 0.0769 0.00153 0.0174 4q gain 9 (5%) 175 0.0069999 0.0479 0.57117 0.726 0.35898 0.535 0.04513 0.142 0.0079799 0.0519 0.0088999 0.0535 0.03995 0.132 0.01351 0.0663 0.02903 0.108 0.00094999 0.0135 5p gain 28 (15%) 156 0.01625 0.073 0.50208 0.665 0.80365 0.898 0.46138 0.631 0.21005 0.372 0.15684 0.312 0.01829 0.0791 0.12613 0.273 0.01991 0.0833 0.00077999 0.012 5q gain 22 (12%) 162 0.01374 0.0666 0.58581 0.74 0.77266 0.878 0.4169 0.597 0.13674 0.283 0.02287 0.0924 0.0112 0.0597 0.0414 0.136 0.060919 0.169 0.00099999 0.0136 6p gain 7 (4%) 177 0.29614 0.47 0.61046 0.761 0.74704 0.859 0.43237 0.604 0.66091 0.791 1 1 0.01467 0.069 0.87364 0.942 0.88142 0.945 0.47104 0.639 6q gain 5 (3%) 179 0.60605 0.759 0.67978 0.804 1 1 0.90725 0.958 0.62005 0.765 1 1 0.0091699 0.0539 1 1 0.24763 0.417 0.19754 0.359 7p gain 53 (29%) 131 0.00117 0.0155 0.04667 0.144 0.0073299 0.0489 0.04739 0.145 0.01225 0.0624 0.20532 0.367 0.14392 0.295 0.03794 0.128 0.03296 0.117 0.00133 0.0169 7q gain 49 (27%) 135 0.0051299 0.0391 0.26041 0.432 0.03682 0.125 0.1136 0.257 0.076279 0.196 0.1931 0.352 0.2941 0.469 0.26635 0.438 0.03528 0.121 0.00428 0.0353 8p gain 25 (14%) 159 0.01058 0.0588 0.19242 0.352 0.29676 0.47 0.82887 0.914 0.32653 0.501 1 1 0.13301 0.279 0.62871 0.77 0.39343 0.574 0.83027 0.914 8q gain 48 (26%) 136 0.00017 0.00378 0.01434 0.0683 0.84368 0.922 0.78925 0.887 0.073389 0.19 0.54768 0.707 0.13221 0.279 0.079969 0.203 0.223 0.39 0.18618 0.346 9p gain 8 (4%) 176 0.15813 0.312 1 1 0.79834 0.894 0.26707 0.438 0.6622 0.791 0.6338 0.774 0.87474 0.942 0.78854 0.887 0.40405 0.587 0.10173 0.237 9q gain 12 (7%) 172 0.02473 0.0965 0.79426 0.891 0.82127 0.909 0.50418 0.667 0.1326 0.279 0.61196 0.761 0.81469 0.904 0.26352 0.436 0.17859 0.339 0.03096 0.112 10p gain 10 (5%) 174 1 1 0.2509 0.422 0.019 0.0813 0.095409 0.232 0.34677 0.523 0.81585 0.904 0.077169 0.198 0.90226 0.957 1 1 0.23439 0.403 10q gain 13 (7%) 171 0.95522 0.99 0.16019 0.314 0.04268 0.138 0.13469 0.281 0.48382 0.652 0.37708 0.553 0.067549 0.179 0.91446 0.963 0.50617 0.668 0.8396 0.92 11p gain 14 (8%) 170 0.02374 0.0945 0.02633 0.1 0.20506 0.367 0.37759 0.553 0.29366 0.469 1 1 0.92644 0.97 0.74021 0.856 0.76993 0.876 0.90869 0.958 11q gain 17 (9%) 167 0.02283 0.0924 0.01032 0.0577 0.097429 0.233 0.0082599 0.0525 0.04905 0.148 0.89026 0.95 0.90692 0.958 0.56121 0.721 0.053339 0.155 0.19227 0.352 12p gain 32 (17%) 152 9.9999e-05 0.00276 0.00095999 0.0135 0.48617 0.654 0.04935 0.148 0.00333 0.0306 0.50084 0.664 0.03879 0.129 0.059349 0.166 0.04284 0.138 0.00236 0.0235 12q gain 24 (13%) 160 0.00428 0.0353 0.01557 0.072 0.23261 0.402 0.052249 0.154 0.0067499 0.0474 0.1693 0.326 0.083289 0.209 0.04614 0.144 0.01675 0.0744 0.00080999 0.0122 13q gain 28 (15%) 156 0.10017 0.236 0.71973 0.841 0.97433 1 0.97219 1 0.00168 0.0182 0.31864 0.493 0.41467 0.595 0.12558 0.273 0.64685 0.778 0.04996 0.149 14q gain 26 (14%) 158 0.00023 0.0046 0.13882 0.286 0.58902 0.743 0.66284 0.791 0.0082699 0.0525 0.57662 0.731 0.28852 0.465 0.26259 0.435 0.9224 0.968 0.099949 0.236 15q gain 15 (8%) 169 0.01751 0.0769 0.054629 0.157 0.77669 0.88 1 1 0.36431 0.541 0.086139 0.214 0.19342 0.352 1 1 0.3313 0.508 0.46173 0.631 16p gain 23 (12%) 161 0.00238 0.0235 0.00419 0.0353 0.0050899 0.0391 0.51222 0.671 0.02433 0.0956 0.054689 0.157 0.31205 0.485 0.0091899 0.0539 0.47146 0.639 0.24751 0.417 16q gain 23 (12%) 161 0.00074999 0.012 0.00386 0.0329 0.11427 0.257 0.83524 0.917 0.01092 0.0591 0.054239 0.157 0.40524 0.587 0.00073999 0.012 0.16826 0.324 0.081039 0.204 17p gain 10 (5%) 174 0.83049 0.914 0.15472 0.311 0.7464 0.859 0.229 0.398 0.00261 0.0249 0.00157 0.0174 0.04559 0.142 0.0067199 0.0474 0.0069299 0.0478 9.9999e-06 0.000571 17q gain 19 (10%) 165 0.12064 0.266 0.34703 0.523 0.78119 0.881 0.8641 0.935 0.0058999 0.0433 0.060149 0.168 0.096629 0.233 0.064069 0.174 0.15621 0.312 0.00044 0.00749 18p gain 29 (16%) 155 0.00341 0.031 0.02544 0.0983 0.5123 0.671 0.57424 0.729 0.0088799 0.0535 0.12306 0.269 0.21276 0.376 0.01567 0.072 0.55453 0.714 0.0063299 0.0452 18q gain 13 (7%) 171 0.070839 0.186 0.70808 0.831 0.68087 0.805 0.18079 0.341 0.50911 0.67 0.4043 0.587 0.02395 0.0949 0.094649 0.231 0.16352 0.319 0.00012 0.003 19p gain 19 (10%) 165 0.00469 0.0375 0.27182 0.443 0.64232 0.776 0.36098 0.537 0.00149 0.0174 0.72012 0.841 0.074799 0.193 0.50079 0.664 0.42031 0.6 0.03047 0.11 19q gain 29 (16%) 155 0.00028 0.00509 0.13456 0.281 0.88305 0.946 0.63694 0.776 0.00118 0.0155 0.85658 0.929 0.16594 0.321 0.88804 0.949 0.15555 0.312 0.206 0.367 20p gain 36 (20%) 148 0.0153 0.0712 0.02864 0.108 0.1502 0.304 0.069729 0.183 0.04492 0.142 0.079749 0.203 0.11111 0.253 0.0087999 0.0535 0.15924 0.313 0.0027 0.0254 20q gain 46 (25%) 138 0.00022 0.00451 0.04833 0.147 0.18366 0.342 0.01094 0.0591 0.12023 0.266 0.15642 0.312 0.12921 0.276 0.01966 0.0833 0.04865 0.147 0.01636 0.0731 22q gain 7 (4%) 177 0.00090999 0.0132 0.01597 0.0722 0.94167 0.981 0.5273 0.685 0.27876 0.452 0.17179 0.33 0.43493 0.606 0.15906 0.313 0.4095 0.588 0.319 0.493 xp gain 8 (4%) 176 0.88049 0.945 0.3099 0.485 0.72884 0.847 0.10098 0.237 0.03394 0.12 0.03479 0.12 0.18384 0.342 0.03995 0.132 0.01028 0.0577 3e-05 0.00126 xq gain 15 (8%) 169 0.17936 0.339 0.5659 0.721 0.20192 0.365 0.02841 0.107 0.31253 0.485 0.02329 0.0936 0.02958 0.109 0.11074 0.252 0.0098499 0.0563 0.01198 0.0624 1p loss 34 (18%) 150 0.00224 0.0233 0.00011 0.00284 0.00364 0.0324 0.072339 0.189 0.04489 0.142 0.077999 0.199 0.11362 0.257 0.060539 0.168 0.2439 0.416 0.03879 0.129 1q loss 8 (4%) 176 0.11542 0.259 0.51925 0.678 0.74518 0.859 0.92573 0.97 0.59872 0.752 0.51189 0.671 0.46561 0.636 0.69686 0.821 0.8676 0.938 0.062549 0.171 2p loss 10 (5%) 174 0.33274 0.508 0.21808 0.383 0.73356 0.851 0.42408 0.601 0.80942 0.902 0.24772 0.417 0.057569 0.164 0.60183 0.755 0.31035 0.485 0.062979 0.172 2q loss 4 (2%) 180 0.56437 0.721 0.40859 0.588 NA NA NA NA 0.29155 0.468 0.066699 0.178 0.00142 0.0174 0.20231 0.365 0.34834 0.524 0.0052899 0.0399 3p loss 36 (20%) 148 0.050709 0.151 0.066419 0.178 0.13345 0.279 0.44671 0.616 0.12715 0.274 0.90724 0.958 0.13243 0.279 0.29712 0.47 0.92216 0.968 0.47003 0.639 3q loss 19 (10%) 165 0.12542 0.273 0.46641 0.636 0.00289 0.0269 0.057869 0.164 0.35237 0.528 0.66925 0.796 0.067399 0.179 1 1 0.13144 0.279 0.03181 0.114 4p loss 25 (14%) 159 0.42852 0.602 0.0093699 0.0543 0.29356 0.469 0.84963 0.924 0.01202 0.0624 0.10254 0.237 0.13841 0.286 0.01262 0.0635 0.53195 0.69 0.17584 0.336 4q loss 24 (13%) 160 0.34373 0.521 0.01295 0.0647 0.49824 0.664 0.35879 0.535 0.03843 0.129 0.23442 0.403 0.22997 0.398 0.00438 0.0354 0.40622 0.587 0.092549 0.226 5p loss 9 (5%) 175 0.78206 0.881 0.8789 0.945 0.93263 0.974 0.81512 0.904 0.62541 0.77 0.2383 0.408 0.81496 0.904 1 1 0.83598 0.917 0.89641 0.953 5q loss 11 (6%) 173 0.44704 0.616 0.50018 0.664 0.69796 0.821 0.15783 0.312 0.62807 0.77 0.34498 0.522 0.49549 0.664 0.69449 0.819 0.9516 0.987 0.77904 0.881 6p loss 64 (35%) 120 9.9999e-06 0.000571 5.9999e-05 0.00209 0.084009 0.21 0.1881 0.348 0.00228 0.0234 0.01481 0.0693 0.26024 0.432 0.00098999 0.0136 0.31567 0.489 0.00043 0.00748 6q loss 82 (45%) 102 9.9999e-06 0.000571 9.9999e-06 0.000571 0.02253 0.0922 0.5208 0.679 2e-05 0.000941 0.00088999 0.0132 0.00127 0.0164 9.9999e-06 0.000571 0.00036 0.0064 0.00027 0.00502 7q loss 3 (2%) 181 0.35031 0.526 0.62416 0.769 NA NA NA NA 0.92863 0.971 0.77414 0.878 0.61511 0.763 1 1 1 1 1 1 8p loss 42 (23%) 142 9.9999e-06 0.000571 0.00368 0.0324 0.18171 0.341 0.23836 0.408 0.01596 0.0722 0.0083299 0.0525 0.42276 0.601 0.0079799 0.0519 0.087319 0.216 0.058399 0.165 8q loss 16 (9%) 168 0.00067999 0.0113 0.22907 0.398 0.063319 0.172 0.30352 0.476 0.42648 0.601 0.43575 0.606 0.32385 0.499 0.44978 0.618 0.25963 0.432 0.03477 0.12 9p loss 74 (40%) 110 9.9999e-06 0.000571 0.00027 0.00502 0.02614 0.1 0.062329 0.171 0.00172 0.0183 0.04292 0.138 0.04839 0.147 0.02258 0.0922 0.099529 0.236 0.03268 0.116 9q loss 43 (23%) 141 0.0060899 0.0439 0.10478 0.241 0.51485 0.673 0.11645 0.259 0.32443 0.499 0.44159 0.611 0.14715 0.3 0.26575 0.438 0.29873 0.471 0.26686 0.438 10p loss 36 (20%) 148 2e-05 0.000941 0.43265 0.604 0.89672 0.953 0.67669 0.802 0.00386 0.0329 0.19306 0.352 0.6589 0.79 0.14681 0.3 0.01968 0.0833 0.04253 0.138 10q loss 30 (16%) 154 0.00015 0.00353 0.90298 0.957 0.89634 0.953 0.19994 0.362 0.04321 0.139 0.01754 0.0769 0.064279 0.174 0.33408 0.509 0.01594 0.0722 0.01887 0.0812 11p loss 17 (9%) 167 0.054329 0.157 0.04675 0.144 0.088999 0.22 0.11635 0.259 0.27534 0.448 0.8856 0.947 0.0076899 0.0508 0.48158 0.65 0.20482 0.367 0.01328 0.0656 11q loss 15 (8%) 169 0.18103 0.341 0.12169 0.267 0.25264 0.423 7.9999e-05 0.00237 0.62722 0.77 0.56475 0.721 0.00024 0.00468 0.4017 0.585 0.1365 0.283 5e-05 0.0019 12p loss 19 (10%) 165 0.02341 0.0936 0.03486 0.12 6.9999e-05 0.00224 0.00142 0.0174 0.0091399 0.0539 0.01426 0.0683 0.59511 0.75 0.00021 0.00442 0.10268 0.237 0.00077999 0.012 12q loss 28 (15%) 156 0.01195 0.0624 0.069019 0.182 0.01214 0.0624 0.092149 0.226 0.01766 0.0769 0.00256 0.0247 0.75244 0.861 0.02639 0.1 0.051699 0.153 0.10219 0.237 13q loss 20 (11%) 164 0.0057399 0.0425 0.01442 0.0683 0.97257 1 0.63891 0.776 0.0050799 0.0391 0.15376 0.31 0.02536 0.0983 0.0126 0.0635 0.40677 0.587 0.01067 0.0589 14q loss 15 (8%) 169 0.49601 0.664 0.04729 0.145 0.42633 0.601 0.56636 0.721 0.12693 0.274 0.098029 0.234 0.18175 0.341 0.20637 0.367 0.15792 0.312 0.47666 0.645 15q loss 30 (16%) 154 0.0087199 0.0535 0.01008 0.0572 0.56254 0.721 0.6194 0.765 0.00156 0.0174 0.00224 0.0233 0.75304 0.861 0.0069099 0.0478 0.72235 0.841 0.0087299 0.0535 16p loss 10 (5%) 174 0.59857 0.752 0.50039 0.664 0.052439 0.154 0.0122 0.0624 0.40851 0.588 0.24531 0.416 0.37502 0.553 0.54068 0.699 0.28122 0.454 0.01125 0.0597 16q loss 13 (7%) 171 0.19881 0.361 0.66641 0.793 0.71456 0.837 0.3777 0.553 0.33266 0.508 0.1207 0.266 0.13927 0.286 0.24468 0.416 0.37545 0.553 0.02602 0.1 17p loss 79 (43%) 105 9.9999e-06 0.000571 9.9999e-06 0.000571 0.051889 0.153 0.1292 0.276 9.9999e-06 0.000571 9.9999e-06 0.000571 9.9999e-05 0.00276 5.9999e-05 0.00209 9.9999e-06 0.000571 7.9999e-05 0.00237 17q loss 19 (10%) 165 0.0051199 0.0391 0.21863 0.384 0.02 0.0833 0.10219 0.237 0.19134 0.352 0.58418 0.739 0.52191 0.679 0.63836 0.776 0.85288 0.926 0.70399 0.827 18p loss 54 (29%) 130 0.01127 0.0597 0.45212 0.62 0.7216 0.841 0.84147 0.921 0.93623 0.977 0.64995 0.781 0.085139 0.212 0.97501 1 0.12895 0.276 0.13341 0.279 18q loss 104 (57%) 80 2e-05 0.000941 0.00013 0.00315 0.78086 0.881 0.53322 0.69 0.00436 0.0354 0.00244 0.0238 0.00016 0.00366 0.00236 0.0235 0.03418 0.12 0.00011 0.00284 19p loss 17 (9%) 167 0.0092299 0.0539 0.0456 0.142 0.37023 0.547 0.064479 0.174 0.00159 0.0174 0.02937 0.108 0.50749 0.669 0.00359 0.0323 0.080919 0.204 0.14843 0.301 19q loss 11 (6%) 173 0.099739 0.236 0.04211 0.138 0.29727 0.47 0.22295 0.39 0.00375 0.0326 0.0059599 0.0433 0.73044 0.848 0.01359 0.0663 0.31122 0.485 0.16242 0.318 20p loss 19 (10%) 165 0.0071199 0.0479 0.11925 0.265 0.64506 0.777 0.73861 0.855 0.11036 0.252 0.11387 0.257 0.073279 0.19 0.04637 0.144 0.15251 0.308 0.091299 0.225 20q loss 5 (3%) 179 0.03045 0.11 0.61071 0.761 NA NA NA NA 0.74329 0.858 0.84727 0.924 0.60864 0.761 0.82603 0.913 0.84848 0.924 0.67218 0.798 21q loss 58 (32%) 126 6.9999e-05 0.00224 0.0055499 0.0415 0.61297 0.761 0.13126 0.279 0.34365 0.521 0.096099 0.233 0.27079 0.442 0.03257 0.116 0.25755 0.43 0.4262 0.601 22q loss 47 (26%) 137 9.9999e-06 0.000571 0.0015 0.0174 0.79876 0.894 0.94769 0.985 0.10131 0.237 0.30271 0.476 0.22549 0.393 0.02902 0.108 0.099209 0.236 0.16423 0.32 xp loss 27 (15%) 157 0.0097899 0.0563 0.24416 0.416 0.03432 0.12 0.644 0.777 0.36522 0.541 0.28942 0.466 0.18742 0.347 0.95668 0.99 0.30307 0.476 0.1777 0.338 xq loss 16 (9%) 168 0.096339 0.233 0.096889 0.233 0.053219 0.155 0.14539 0.297 0.33997 0.517 0.38735 0.567 0.64044 0.776 0.80968 0.902 0.21416 0.377 0.49268 0.661