Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1q22 40 (8%) 452 9.9999e-06 5.25e-05 0.01296 0.024 0.00289 0.00646 0.04235 0.0659 0.02198 0.0375 0.00012 0.000418 0.00484 0.0102 0.00045 0.00134 0.14339 0.182 0.01329 0.0245 amp_3q21.3 75 (15%) 417 9.9999e-06 5.25e-05 4e-05 0.000161 0.074419 0.106 0.0052099 0.0107 2e-05 9e-05 9.9999e-05 0.000358 0.056529 0.0833 0.00032 0.000993 0.0059699 0.012 0.0061599 0.0124 amp_3q26.2 86 (17%) 406 9.9999e-06 5.25e-05 0.0094399 0.0183 0.15173 0.192 0.085699 0.117 7.9999e-05 0.000295 0.01468 0.0267 0.0334 0.054 0.0086199 0.0168 0.01854 0.0322 5e-05 0.000198 amp_4p16.3 20 (4%) 472 7.9999e-05 0.000295 0.01723 0.0302 0.5192 0.56 0.02148 0.0368 0.03034 0.0495 0.13523 0.173 0.75146 0.779 0.075489 0.106 0.76518 0.79 0.62561 0.66 amp_4q13.3 22 (4%) 470 9.9999e-05 0.000358 0.12461 0.161 0.04295 0.0666 0.03904 0.0613 0.01549 0.0278 0.28188 0.325 0.0095499 0.0185 0.065769 0.0953 0.04637 0.0707 0.14157 0.18 amp_5q35.3 28 (6%) 464 9.9999e-06 5.25e-05 3e-04 0.00094 0.11509 0.149 0.2044 0.248 0.32655 0.368 0.0422 0.0658 0.45834 0.5 0.00101 0.00266 0.00318 0.00703 0.04438 0.0684 amp_7p14.3 104 (21%) 388 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00129 0.00322 0.31628 0.359 9.9999e-06 5.25e-05 3e-05 0.000129 0.00166 0.00401 0.00047 0.0014 0.0065399 0.0131 0.0054599 0.0112 amp_7q22.1 101 (21%) 391 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00117 0.003 0.25089 0.294 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00065999 0.00188 9.9999e-06 5.25e-05 0.00124 0.00314 0.00063999 0.00183 amp_8p11.23 67 (14%) 425 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00037 0.00112 0.01082 0.0205 9.9999e-06 5.25e-05 0.00039 0.00118 0.00096999 0.00257 0.00131 0.00324 0.00017 0.000561 0.00052999 0.00155 amp_8q22.1 157 (32%) 335 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 3e-05 0.000129 amp_8q24.21 152 (31%) 340 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 5e-05 0.000198 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 4e-05 0.000161 0.00055999 0.00162 amp_9q33.3 62 (13%) 430 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00428 0.00911 0.070709 0.101 3e-05 0.000129 0.01552 0.0278 0.099159 0.133 0.00092999 0.00254 0.081199 0.112 0.096559 0.13 amp_11q13.2 48 (10%) 444 9.9999e-06 5.25e-05 0.00095999 0.00255 0.02107 0.0362 0.10962 0.143 0.00094999 0.00255 0.00045 0.00134 0.01237 0.0231 0.00015 0.000503 0.0051599 0.0107 0.096919 0.13 amp_12q23.1 36 (7%) 456 0.00095999 0.00255 3e-05 0.000129 0.0051499 0.0107 0.01228 0.0231 0.00205 0.00484 0.0075699 0.0149 0.0065499 0.0131 0.00013 0.000445 0.01397 0.0255 0.04831 0.0732 amp_13q12.11 25 (5%) 467 2e-05 9e-05 0.00119 0.00302 0.00325 0.00713 0.0013 0.00324 0.00206 0.00484 0.10814 0.142 0.23247 0.276 0.03207 0.0519 0.079309 0.11 0.27047 0.312 amp_14q21.1 30 (6%) 462 9.9999e-06 5.25e-05 0.051179 0.0768 0.32084 0.364 0.8159 0.836 4e-05 0.000161 0.03602 0.0573 0.18206 0.224 0.01073 0.0205 0.01614 0.0286 0.022 0.0375 amp_15q11.2 16 (3%) 476 0.0059499 0.012 0.02407 0.0404 0.056609 0.0833 0.26453 0.307 0.054469 0.0807 0.52156 0.562 0.58071 0.619 0.68616 0.717 0.45832 0.5 0.76358 0.79 amp_16q11.2 30 (6%) 462 0.00037 0.00112 4e-05 0.000161 0.1392 0.178 0.50276 0.545 0.23945 0.282 0.057449 0.0842 0.15784 0.198 0.00109 0.00285 0.32496 0.367 0.71331 0.744 amp_17p11.2 22 (4%) 470 4e-05 0.000161 0.16733 0.21 0.24343 0.287 0.0184 0.032 0.1615 0.203 0.39277 0.438 0.21702 0.261 0.068069 0.0981 0.80231 0.825 0.02213 0.0376 amp_17q23.2 25 (5%) 467 0.00051999 0.00152 0.00212 0.00495 0.097039 0.13 0.28995 0.333 0.12983 0.167 0.23243 0.276 0.22004 0.264 0.01392 0.0255 0.41707 0.461 0.44765 0.49 amp_18q21.31 13 (3%) 479 0.00114 0.00293 0.076729 0.108 0.48624 0.528 0.82784 0.845 0.13076 0.168 0.22575 0.27 1 1 0.25953 0.302 0.93769 0.942 0.96775 0.971 amp_19q13.43 19 (4%) 473 9.9999e-06 5.25e-05 0.091659 0.124 0.068719 0.0988 0.066099 0.0955 0.10008 0.134 0.02598 0.0432 0.02048 0.0353 0.0014 0.00342 0.15736 0.198 0.076449 0.108 amp_20q13.2 45 (9%) 447 9.9999e-06 5.25e-05 4e-05 0.000161 0.00454 0.00957 0.02788 0.0461 0.00024 0.00076 0.00135 0.00332 0.04576 0.07 6.9999e-05 0.000267 0.082539 0.114 0.19423 0.237 amp_xp22.2 27 (5%) 465 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 0.093609 0.127 0.03695 0.0586 0.00019 0.00062 0.03834 0.0604 0.090749 0.123 0.0074599 0.0147 0.11615 0.151 0.34768 0.389 amp_xq12 16 (3%) 476 2e-05 9e-05 4e-05 0.000161 0.01343 0.0247 0.02834 0.0466 7.9999e-05 0.000295 0.00018 0.000591 0.0357 0.0569 0.00073999 0.0021 0.61943 0.656 0.42675 0.469 amp_xq21.1 14 (3%) 478 0.00233 0.00532 0.02935 0.048 0.077549 0.109 0.01061 0.0203 0.03515 0.0563 0.00404 0.00863 0.41468 0.459 0.23611 0.28 0.56607 0.607 0.88037 0.892 amp_xq21.31 13 (3%) 479 0.00112 0.0029 0.01278 0.0238 0.25374 0.297 0.02784 0.0461 0.03705 0.0586 0.00445 0.00944 0.40819 0.453 0.18898 0.232 0.84634 0.863 0.42256 0.465 amp_xq25 19 (4%) 473 0.00214 0.00496 0.01566 0.0279 0.01328 0.0245 0.21007 0.254 0.04928 0.0741 0.02416 0.0405 0.27059 0.312 0.15102 0.191 0.8135 0.835 0.083859 0.115 del_1p31.3 60 (12%) 432 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.26581 0.308 0.89676 0.905 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00084999 0.00236 0.16932 0.211 0.00327 0.00715 0.016 0.0284 del_1p22.1 58 (12%) 434 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 0.22997 0.275 0.43806 0.481 2e-05 9e-05 0.00015 0.000503 9.9999e-06 5.25e-05 0.00317 0.00703 0.03528 0.0564 2e-05 9e-05 del_1q23.1 28 (6%) 464 0.1741 0.215 0.00323 0.00711 0.59596 0.632 0.74474 0.773 0.0057899 0.0118 0.00083999 0.00234 0.01497 0.0271 0.054029 0.0805 0.0094399 0.0183 0.28848 0.332 del_1q42.3 47 (10%) 445 0.00017 0.000561 9.9999e-06 5.25e-05 0.30655 0.35 0.30654 0.35 0.01543 0.0278 0.075249 0.106 0.00207 0.00485 0.03122 0.0507 0.63414 0.668 0.01589 0.0283 del_2p21 46 (9%) 446 5e-04 0.00147 4e-05 0.000161 0.40731 0.453 0.57831 0.618 0.00088999 0.00245 0.02042 0.0352 0.00094999 0.00255 0.071369 0.102 0.064179 0.0934 0.24943 0.293 del_2q22.1 92 (19%) 400 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00194 0.00463 0.04773 0.0726 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 0.00093999 0.00255 0.00107 0.00281 del_2q22.3 85 (17%) 407 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00218 0.00503 0.10663 0.141 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 0.00391 0.00844 0.00078999 0.00222 del_3p13 78 (16%) 414 0.00113 0.00292 9.9999e-06 5.25e-05 0.04179 0.0653 0.20886 0.253 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.13203 0.169 0.065649 0.0953 0.00179 0.00429 0.078069 0.109 del_3q29 32 (7%) 460 0.82796 0.845 0.10719 0.141 0.31608 0.359 0.65938 0.692 0.03093 0.0504 0.074299 0.106 0.68141 0.714 0.251 0.294 0.17157 0.213 0.7153 0.745 del_4q28.2 51 (10%) 441 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.33563 0.376 0.052069 0.0779 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 0.00131 0.00324 0.01528 0.0276 0.00368 0.00797 0.00206 0.00484 del_5q11.2 105 (21%) 387 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 0.073769 0.105 0.47803 0.52 9.9999e-06 5.25e-05 5.9999e-05 0.000233 2e-05 9e-05 9.9999e-06 5.25e-05 2e-04 0.000646 8.9999e-05 0.000328 del_5q13.2 99 (20%) 393 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 0.058139 0.085 0.68653 0.717 9.9999e-06 5.25e-05 0.00272 0.00612 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00245 0.00557 4e-05 0.000161 del_5q21.1 109 (22%) 383 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.085929 0.117 0.17087 0.212 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00272 0.00612 0.00396 0.00849 0.00022 7e-04 del_6p25.1 46 (9%) 446 9.9999e-06 5.25e-05 0.00452 0.00956 0.071849 0.103 0.25563 0.298 0.03376 0.0544 0.01185 0.0224 0.2659 0.308 0.04899 0.0738 0.14372 0.182 0.74157 0.771 del_6q14.3 180 (37%) 312 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00341 0.00741 7.9999e-05 0.000295 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 0.02026 0.0351 0.0079599 0.0156 del_8p21.3 294 (60%) 198 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.11707 0.151 0.00139 0.00341 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.01117 0.0211 0.0085199 0.0167 del_9p23 45 (9%) 447 9.9999e-06 5.25e-05 0.060109 0.0877 0.00492 0.0103 0.0054499 0.0112 0.097189 0.13 0.00173 0.00416 0.03738 0.059 0.080439 0.111 0.39431 0.439 0.10176 0.135 del_10q23.31 157 (32%) 335 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00111 0.00289 0.22037 0.264 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 8.9999e-05 0.000328 9.9999e-06 5.25e-05 0.04836 0.0732 0.00032 0.000993 del_11p11.2 34 (7%) 458 0.00012 0.000418 0.0051199 0.0106 0.00142 0.00345 0.095929 0.13 3e-05 0.000129 0.02529 0.0421 0.01658 0.0292 0.02405 0.0404 0.02824 0.0466 0.075459 0.106 del_11q22.3 43 (9%) 449 0.01041 0.02 0.0098599 0.019 0.55294 0.593 0.11362 0.148 0.10623 0.14 0.10419 0.138 0.1226 0.158 0.78263 0.807 0.51323 0.555 0.1681 0.21 del_11q23.2 48 (10%) 444 0.00059999 0.00173 0.1913 0.234 0.33369 0.375 0.10083 0.134 0.84985 0.865 0.9238 0.93 0.1733 0.214 0.46514 0.507 0.50664 0.548 0.58954 0.626 del_12p13.1 124 (25%) 368 9.9999e-06 5.25e-05 0.00090999 0.00249 0.23825 0.282 0.02381 0.0402 6.9999e-05 0.000267 0.00393 0.00845 0.00011 0.000389 5.9999e-05 0.000233 0.00035 0.00107 0.01623 0.0286 del_12q24.32 43 (9%) 449 0.01287 0.0239 0.18566 0.228 0.86444 0.877 0.88224 0.892 0.086069 0.117 0.56901 0.609 0.1982 0.241 0.55289 0.593 0.33031 0.372 0.99084 0.992 del_13q14.13 227 (46%) 265 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.10085 0.134 0.04531 0.0695 0.00078999 0.00222 5.9999e-05 0.000233 0.00048 0.00142 0.00033 0.00101 9.9999e-06 5.25e-05 0.00119 0.00302 del_13q22.1 176 (36%) 316 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.02449 0.0409 0.00012 0.000418 9.9999e-06 5.25e-05 7.9999e-05 0.000295 0.0182 0.0318 0.00148 0.00359 0.00079999 0.00224 9.9999e-06 5.25e-05 del_15q21.3 67 (14%) 425 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 0.00033 0.00101 0.04479 0.0688 6.9999e-05 0.000267 9.9999e-06 5.25e-05 0.00016 0.000533 3e-05 0.000129 0.00094999 0.00255 7.9999e-05 0.000295 del_16q22.3 191 (39%) 301 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.084099 0.115 0.29945 0.343 9.9999e-06 5.25e-05 0.00015 0.000503 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 2e-05 9e-05 0.01455 0.0265 del_16q24.1 213 (43%) 279 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.23926 0.282 0.10909 0.143 9.9999e-06 5.25e-05 0.0058999 0.012 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00335 0.0073 0.19133 0.234 del_17p13.1 163 (33%) 329 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.02347 0.0397 0.02856 0.0469 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.00013 0.000445 9.9999e-06 5.25e-05 0.0050199 0.0105 0.00222 0.00509 del_17q21.31 96 (20%) 396 0.0054799 0.0112 2e-05 9e-05 0.1128 0.147 0.03485 0.056 3e-05 0.000129 2e-04 0.000646 0.080319 0.111 0.054289 0.0807 0.1852 0.228 0.85759 0.871 del_18q21.31 131 (27%) 361 9.9999e-06 5.25e-05 0.00013 0.000445 0.21443 0.259 0.00219 0.00504 9.9999e-05 0.000358 0.01236 0.0231 0.00014 0.000477 0.01818 0.0318 0.00279 0.00626 0.00011 0.000389 del_18q23 137 (28%) 355 9.9999e-06 5.25e-05 0.00029 0.000913 0.62292 0.658 0.04333 0.0669 0.00055999 0.00162 0.04324 0.0669 0.0066799 0.0133 0.0074599 0.0147 0.00214 0.00496 0.00129 0.00322 del_19q13.2 52 (11%) 440 9.9999e-06 5.25e-05 0.00312 0.00695 0.58899 0.626 0.41823 0.461 0.00126 0.00318 0.04867 0.0735 0.00022 7e-04 0.00088999 0.00245 0.077719 0.109 0.23022 0.275 del_21q22.2 52 (11%) 440 0.32223 0.364 0.00202 0.0048 0.17049 0.212 0.79712 0.821 0.00256 0.0058 0.00022 7e-04 0.053779 0.0803 0.04096 0.0642 0.6506 0.684 0.31082 0.354 del_21q22.3 146 (30%) 346 4e-05 0.000161 9.9999e-06 5.25e-05 0.01082 0.0205 0.36267 0.405 9.9999e-06 5.25e-05 9.9999e-06 5.25e-05 0.056599 0.0833 9.9999e-06 5.25e-05 0.92172 0.929 0.056959 0.0836