Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 59 (23%) 198 9.9999e-06 0.000216 9.9999e-05 0.00119 0.2349 0.339 0.15028 0.245 0.31598 0.423 0.050489 0.11 0.53028 0.62 0.32266 0.429 0.22973 0.333 0.075929 0.148 1q gain 51 (20%) 206 2e-05 0.000364 0.00158 0.00946 0.20504 0.308 0.02811 0.0732 0.00472 0.0214 0.14437 0.239 0.071349 0.141 0.089929 0.167 0.04433 0.0999 0.01367 0.0441 2p gain 22 (9%) 235 0.01696 0.0513 0.0076799 0.0289 0.18633 0.286 0.02773 0.0724 0.00103 0.0067 0.00093999 0.00617 0.097129 0.177 0.02696 0.0718 0.04858 0.106 0.00383 0.0182 2q gain 22 (9%) 235 0.055089 0.116 0.035 0.0872 0.28803 0.397 0.14088 0.235 0.0057199 0.0247 0.0097999 0.0342 0.20922 0.312 0.04653 0.103 0.12548 0.214 0.0351 0.0872 3p gain 38 (15%) 219 0.00025 0.00233 0.00032 0.00282 0.0098299 0.0342 0.01468 0.0468 0.01667 0.0512 7.9999e-05 0.000994 0.15763 0.254 0.02532 0.0681 0.00014 0.00151 0.0076399 0.0289 3q gain 35 (14%) 222 0.00118 0.00733 0.0060099 0.0255 0.00116 0.00732 0.01005 0.0346 0.01958 0.0565 0.00268 0.0139 0.1792 0.278 0.01316 0.043 0.00062999 0.00442 0.00255 0.0136 4p gain 69 (27%) 188 9.9999e-06 0.000216 9.9999e-06 0.000216 0.0178 0.0527 0.00034 0.00282 0.04803 0.105 0.0070099 0.0282 0.04391 0.0995 0.053559 0.113 0.11322 0.199 0.12448 0.213 4q gain 48 (19%) 209 0.00401 0.0188 0.00129 0.00795 0.052739 0.112 0.31107 0.417 0.33865 0.443 0.17575 0.275 0.38404 0.487 0.059459 0.124 0.15107 0.246 0.22766 0.331 5p gain 98 (38%) 159 9.9999e-06 0.000216 2e-05 0.000364 0.18288 0.282 0.01924 0.0561 0.04266 0.0985 4e-05 0.000575 0.75743 0.818 0.00184 0.0106 0.89007 0.922 0.14734 0.242 5q gain 72 (28%) 185 0.00034 0.00282 0.0064099 0.0268 0.51018 0.602 0.30039 0.408 0.61639 0.696 0.01233 0.0409 0.36936 0.47 0.18928 0.29 0.5957 0.68 0.5414 0.631 6p gain 52 (20%) 205 9.9999e-06 0.000216 0.00021 0.00203 0.00035 0.00284 5e-05 0.000672 0.00034 0.00282 5e-05 0.000672 0.02716 0.072 0.03876 0.0928 0.051469 0.111 0.0078299 0.0292 6q gain 49 (19%) 208 3e-05 0.000482 0.0066899 0.0274 0.0052499 0.0235 0.02647 0.0707 0.00158 0.00946 0.00045 0.00351 0.01033 0.0354 0.0094399 0.0335 0.0174 0.0519 0.02071 0.0586 7p gain 82 (32%) 175 9.9999e-06 0.000216 0.00042 0.00331 0.04371 0.0994 0.00196 0.011 0.00406 0.0189 0.02007 0.0575 0.071969 0.141 0.30933 0.416 0.00394 0.0186 0.00213 0.0118 7q gain 67 (26%) 190 0.00066999 0.00466 4e-04 0.00318 0.16143 0.259 0.0066499 0.0274 0.00164 0.00974 0.0415 0.0962 0.0087399 0.0319 0.31129 0.417 0.00105 0.00678 0.0089599 0.0324 8p gain 52 (20%) 205 0.04034 0.0953 0.2268 0.331 0.34733 0.451 0.58712 0.675 0.64706 0.726 0.13745 0.231 0.75851 0.818 0.32525 0.43 0.17472 0.274 0.03399 0.0863 8q gain 66 (26%) 191 0.00139 0.00844 0.16163 0.259 0.10932 0.194 0.0060099 0.0255 0.90012 0.927 0.078369 0.151 0.35071 0.454 0.29102 0.398 0.0219 0.0607 0.069709 0.138 9p gain 53 (21%) 204 9.9999e-06 0.000216 0.00054999 0.00403 0.04343 0.0994 0.00060999 0.00435 0.0067999 0.0276 0.00056999 0.00414 0.04348 0.0994 0.01155 0.0387 0.15607 0.252 0.088489 0.165 9q gain 71 (28%) 186 9.9999e-06 0.000216 9.9999e-06 0.000216 0.0084199 0.031 0.00016 0.00164 0.00015 0.0016 9.9999e-06 0.000216 0.0127 0.042 0.00195 0.011 0.076889 0.149 0.00092999 0.00615 10p gain 22 (9%) 235 0.0054299 0.0239 0.11864 0.206 0.26011 0.37 0.34137 0.445 0.085639 0.161 0.1366 0.231 0.28876 0.397 0.36731 0.468 0.15141 0.246 0.03837 0.0925 10q gain 11 (4%) 246 0.10142 0.183 0.068839 0.137 0.04409 0.0996 0.44412 0.537 0.02148 0.0597 0.04053 0.0955 0.33903 0.443 0.20091 0.304 0.03081 0.0792 0.052009 0.111 11p gain 23 (9%) 234 0.0099799 0.0345 0.03521 0.0872 0.94951 0.961 0.43405 0.528 0.11956 0.207 0.0072499 0.0286 0.36548 0.467 0.14416 0.239 0.13685 0.231 0.20096 0.304 11q gain 21 (8%) 236 0.02071 0.0586 0.04937 0.108 1 1 0.78666 0.839 0.43754 0.53 0.0095199 0.0336 0.76519 0.823 0.36185 0.466 0.4065 0.507 0.62265 0.7 12p gain 41 (16%) 216 0.00011 0.00125 0.02015 0.0575 0.0064999 0.0271 0.052379 0.112 0.00034 0.00282 0.00086999 0.0059 0.04623 0.102 0.060719 0.125 0.0047 0.0214 0.01939 0.0562 12q gain 31 (12%) 226 0.0097199 0.0341 0.058889 0.123 0.00257 0.0136 0.26496 0.376 0.01122 0.0379 0.03784 0.0918 0.01043 0.0356 0.071569 0.141 0.01561 0.049 0.01673 0.0512 13q gain 15 (6%) 242 0.00223 0.0121 0.04146 0.0962 0.27833 0.388 0.30307 0.411 0.087669 0.164 0.13361 0.226 0.36644 0.467 0.77133 0.827 0.32155 0.428 0.65068 0.729 14q gain 56 (22%) 201 9.9999e-06 0.000216 0.00214 0.0118 0.096989 0.177 3e-05 0.000482 0.32174 0.428 0.00189 0.0108 0.69427 0.766 0.68864 0.762 0.057129 0.12 0.526 0.618 15q gain 62 (24%) 195 4e-05 0.000575 0.02861 0.0742 0.866 0.903 0.7159 0.785 0.13136 0.223 0.02757 0.0722 0.18213 0.282 0.16944 0.269 0.059719 0.124 0.067999 0.136 16p gain 40 (16%) 217 9.9999e-06 0.000216 0.27161 0.381 0.21874 0.324 0.16472 0.263 0.1307 0.222 0.22316 0.329 0.94871 0.961 0.26694 0.377 0.53942 0.63 0.7952 0.846 16q gain 19 (7%) 238 0.050229 0.109 0.01732 0.0518 0.02433 0.0661 0.00032 0.00282 0.013 0.0426 0.11534 0.202 1 1 0.98182 0.985 0.053499 0.113 0.00059999 0.00432 17p gain 61 (24%) 196 9.9999e-06 0.000216 4e-05 0.000575 0.01673 0.0512 0.065419 0.132 0.02326 0.0638 0.01813 0.0533 0.096849 0.177 0.0089599 0.0324 0.22769 0.331 0.02131 0.0596 17q gain 56 (22%) 201 9.9999e-06 0.000216 3e-04 0.00273 0.080899 0.154 0.0069399 0.028 0.080819 0.154 0.00292 0.015 0.065959 0.133 0.03467 0.0872 0.17277 0.271 0.0107 0.0364 18p gain 52 (20%) 205 9.9999e-05 0.00119 0.0092399 0.0329 0.41104 0.51 0.2321 0.336 0.10524 0.189 0.41785 0.516 0.28122 0.39 0.20711 0.31 0.46307 0.555 0.2712 0.381 18q gain 37 (14%) 220 0.0054199 0.0239 0.38989 0.491 0.19161 0.293 0.12875 0.219 0.6007 0.682 0.24729 0.354 0.59094 0.676 0.17652 0.275 0.41393 0.512 0.85912 0.899 19p gain 88 (34%) 169 9.9999e-06 0.000216 0.02376 0.0647 0.34141 0.445 0.01358 0.044 0.11803 0.205 0.00294 0.015 0.74754 0.811 0.30847 0.416 0.66358 0.74 0.37188 0.472 19q gain 64 (25%) 193 9.9999e-06 0.000216 3e-05 0.000482 0.01786 0.0527 0.00011 0.00125 0.00311 0.0155 0.00011 0.00125 0.74199 0.808 0.16948 0.269 0.30926 0.416 0.01095 0.0371 20p gain 62 (24%) 195 9.9999e-06 0.000216 0.00232 0.0125 0.36549 0.467 0.16764 0.267 0.46405 0.555 0.04151 0.0962 0.75081 0.813 0.10705 0.191 0.03395 0.0863 0.34672 0.451 20q gain 83 (32%) 174 9.9999e-06 0.000216 9.9999e-06 0.000216 0.0075499 0.0289 0.00427 0.0197 0.052439 0.112 0.01936 0.0562 0.23286 0.337 0.0056099 0.0245 0.00441 0.0202 0.0073999 0.0287 21q gain 59 (23%) 198 9.9999e-06 0.000216 0.00384 0.0182 0.22524 0.331 0.01598 0.05 0.75254 0.814 0.6304 0.708 0.83729 0.883 0.77173 0.827 0.051379 0.111 0.30582 0.414 22q gain 58 (23%) 199 0.00013 0.00144 0.00014 0.00151 0.0072699 0.0286 0.00039 0.00314 0.04154 0.0962 0.0071399 0.0286 0.59114 0.676 0.11324 0.199 0.0138 0.0444 0.04083 0.0957 xp gain 74 (29%) 183 0.00046 0.00356 0.13955 0.233 0.43074 0.527 0.58339 0.673 0.86457 0.903 0.1748 0.274 0.26577 0.376 0.85591 0.898 0.45502 0.547 0.28865 0.397 xq gain 34 (13%) 223 0.02725 0.072 0.22631 0.331 0.19815 0.301 0.52795 0.619 0.19583 0.298 0.081219 0.155 0.04374 0.0994 0.42546 0.523 0.24404 0.35 0.28142 0.39 1p loss 32 (12%) 225 0.099099 0.181 0.23402 0.338 0.54757 0.636 0.91385 0.937 1 1 0.49479 0.587 0.96949 0.974 0.5261 0.618 0.94628 0.96 0.43465 0.528 1q loss 40 (16%) 217 0.0067899 0.0276 0.01917 0.0561 0.28976 0.397 0.094929 0.175 0.077699 0.15 0.22628 0.331 0.0459 0.102 0.01725 0.0518 0.02345 0.0641 0.00329 0.0162 2p loss 92 (36%) 165 9.9999e-06 0.000216 7.9999e-05 0.000994 0.070999 0.14 0.00304 0.0153 3e-05 0.000482 0.00016 0.00164 0.00172 0.0101 2e-05 0.000364 0.00049 0.00369 6.9999e-05 0.000911 2q loss 75 (29%) 182 9.9999e-06 0.000216 0.00109 0.00693 0.060979 0.126 0.36335 0.466 0.14955 0.245 0.10866 0.193 0.77877 0.833 0.0072899 0.0286 0.49861 0.591 0.20288 0.305 3p loss 56 (22%) 201 0.088069 0.165 0.00032 0.00282 0.0062799 0.0265 0.0026 0.0136 0.00013 0.00144 0.00024 0.00226 8.9999e-05 0.0011 0.0076699 0.0289 9.9999e-06 0.000216 0.00109 0.00693 3q loss 51 (20%) 206 0.02144 0.0597 0.00336 0.0164 0.0074299 0.0287 0.083079 0.158 0.00359 0.0173 0.03203 0.0821 0.0057199 0.0247 0.03381 0.0863 0.0081799 0.0302 0.01333 0.0434 4p loss 41 (16%) 216 0.03637 0.0888 0.68829 0.762 0.67018 0.746 0.91148 0.935 0.80088 0.848 0.95468 0.965 0.54068 0.631 0.85888 0.899 0.85413 0.897 0.29363 0.4 4q loss 50 (19%) 207 0.01688 0.0513 0.49332 0.586 0.90544 0.93 0.54662 0.636 0.89867 0.927 0.69359 0.766 0.60082 0.682 0.84629 0.891 0.55554 0.644 0.96132 0.971 5p loss 23 (9%) 234 0.45141 0.544 0.0072799 0.0286 0.03878 0.0928 0.04536 0.102 0.04368 0.0994 0.0096999 0.0341 0.1714 0.271 0.60124 0.682 0.01634 0.0506 0.064009 0.13 5q loss 34 (13%) 223 0.0018 0.0105 0.00050999 0.00377 0.03018 0.078 0.00345 0.0167 0.076329 0.148 0.03518 0.0872 0.77972 0.833 0.064009 0.13 0.063039 0.129 0.13748 0.231 6p loss 60 (23%) 197 7.9999e-05 0.000994 0.04064 0.0955 0.14661 0.241 0.69689 0.767 0.1225 0.211 0.095559 0.176 0.21744 0.324 0.59587 0.68 0.28677 0.397 0.17264 0.271 6q loss 52 (20%) 205 2e-05 0.000364 0.10533 0.189 0.14191 0.236 0.10077 0.182 0.60551 0.685 0.060169 0.125 0.48537 0.579 0.57992 0.671 0.084469 0.16 0.96312 0.971 7p loss 32 (12%) 225 0.0078299 0.0292 0.0066899 0.0274 0.01492 0.0472 0.11698 0.204 0.0090299 0.0325 0.03614 0.0887 0.24986 0.357 0.35574 0.46 0.32746 0.43 0.43287 0.527 7q loss 36 (14%) 221 0.02284 0.063 0.34298 0.446 0.93182 0.948 0.73403 0.8 0.14843 0.243 0.1076 0.191 0.56619 0.656 0.32699 0.43 0.61973 0.698 0.86908 0.904 8p loss 62 (24%) 195 0.00017 0.00172 0.02622 0.0703 0.14538 0.24 0.00188 0.0108 0.11863 0.206 0.0402 0.0953 0.39844 0.499 0.084409 0.16 0.40522 0.506 0.11266 0.199 8q loss 45 (18%) 212 0.00016 0.00164 0.12459 0.213 0.43209 0.527 0.00033 0.00282 0.03817 0.0923 0.03569 0.0879 0.26901 0.38 0.0058799 0.0252 0.21817 0.324 0.10766 0.191 9p loss 82 (32%) 175 9.9999e-06 0.000216 0.30746 0.415 0.18364 0.283 0.4894 0.582 0.39312 0.494 0.086879 0.163 0.22685 0.331 0.66637 0.742 0.50516 0.598 0.21834 0.324 9q loss 50 (19%) 207 9.9999e-06 0.000216 0.33643 0.441 0.60183 0.682 0.83806 0.883 0.21952 0.324 0.20792 0.311 0.59803 0.681 0.9192 0.941 0.17256 0.271 0.32737 0.43 10p loss 121 (47%) 136 9.9999e-06 0.000216 0.01228 0.0409 0.04577 0.102 0.068559 0.137 0.094109 0.174 0.01609 0.0502 0.13767 0.231 0.061819 0.127 0.15875 0.256 0.50876 0.601 10q loss 131 (51%) 126 9.9999e-06 0.000216 9.9999e-06 0.000216 4e-05 0.000575 9.9999e-06 0.000216 9.9999e-06 0.000216 9.9999e-06 0.000216 4e-05 0.000575 9.9999e-06 0.000216 0.00035 0.00284 2e-05 0.000364 11p loss 96 (37%) 161 2e-05 0.000364 0.15942 0.256 0.9031 0.929 0.03454 0.0871 0.93094 0.948 0.16759 0.267 0.67141 0.746 0.62011 0.698 0.11974 0.207 0.96818 0.974 11q loss 93 (36%) 164 9.9999e-06 0.000216 0.28026 0.39 0.24675 0.354 0.0055699 0.0244 0.51754 0.61 0.02289 0.063 0.29135 0.398 0.80045 0.848 0.21228 0.316 0.29109 0.398 12p loss 67 (26%) 190 9.9999e-06 0.000216 0.00137 0.00838 0.76337 0.823 0.46025 0.553 0.03024 0.078 0.0027 0.0139 0.79194 0.843 0.78026 0.833 0.03894 0.0928 0.58143 0.672 12q loss 59 (23%) 198 5e-05 0.000672 0.0074499 0.0287 0.82916 0.876 0.46688 0.558 0.12292 0.211 0.01756 0.0522 0.58986 0.676 0.68013 0.755 0.086399 0.162 0.44725 0.54 13q loss 132 (51%) 125 9.9999e-06 0.000216 3e-05 0.000482 0.051539 0.111 0.03883 0.0928 0.15482 0.251 0.00068999 0.00475 0.39203 0.493 0.14332 0.238 0.078859 0.152 0.4352 0.528 14q loss 62 (24%) 195 0.02105 0.0592 0.72347 0.791 0.93109 0.948 0.73049 0.798 0.40985 0.51 0.00026 0.0024 0.18713 0.287 0.04523 0.102 0.00233 0.0125 0.01497 0.0472 15q loss 46 (18%) 211 0.01281 0.0422 0.03498 0.0872 0.20235 0.305 0.064579 0.131 0.080199 0.154 0.10019 0.181 0.080309 0.154 0.00219 0.012 0.02732 0.072 0.01484 0.0472 16p loss 75 (29%) 182 3e-05 0.000482 0.00328 0.0162 0.28964 0.397 0.04554 0.102 0.87856 0.913 0.067869 0.136 0.29782 0.405 0.26955 0.38 0.40254 0.503 0.41257 0.511 16q loss 124 (48%) 133 9.9999e-06 0.000216 9.9999e-06 0.000216 0.0054099 0.0239 0.03664 0.0892 0.00091999 0.00615 0.00019 0.00188 0.01716 0.0517 0.00024 0.00226 5e-04 0.00373 6.9999e-05 0.000911 17p loss 57 (22%) 200 0.069039 0.137 0.7702 0.827 0.82344 0.871 0.099659 0.181 0.89014 0.922 0.25697 0.366 0.2749 0.385 0.27038 0.38 0.84915 0.893 0.31864 0.426 17q loss 49 (19%) 208 0.0050699 0.0228 0.4108 0.51 0.15245 0.248 0.18032 0.28 0.93789 0.953 0.41854 0.516 0.69548 0.767 0.43103 0.527 0.89819 0.927 0.36201 0.466 18p loss 61 (24%) 196 0.01132 0.038 0.0063699 0.0268 0.1064 0.19 0.062159 0.127 0.74378 0.809 0.38552 0.487 0.88882 0.922 0.11192 0.198 0.27745 0.388 0.6999 0.769 18q loss 69 (27%) 188 0.00303 0.0153 2e-04 0.00195 0.00365 0.0175 0.00018 0.0018 0.04794 0.105 0.02742 0.0721 0.03636 0.0888 0.17203 0.271 0.01629 0.0506 0.073529 0.144 19p loss 24 (9%) 233 0.02021 0.0575 0.00259 0.0136 0.66315 0.74 0.02109 0.0592 0.5847 0.673 0.02484 0.0671 0.65988 0.738 0.86916 0.904 0.065849 0.133 0.45428 0.547 19q loss 41 (16%) 216 0.00117 0.00732 0.00061999 0.00438 0.53022 0.62 0.050929 0.11 0.79956 0.848 0.26101 0.371 0.92486 0.946 0.58764 0.675 0.35704 0.461 0.92672 0.946 20p loss 55 (21%) 202 0.0076799 0.0289 0.0078699 0.0292 0.96591 0.973 0.11403 0.2 0.0341 0.0863 0.075449 0.147 0.36245 0.466 0.00408 0.0189 0.70333 0.772 0.0091299 0.0327 20q loss 25 (10%) 232 0.04764 0.105 0.89188 0.922 0.43213 0.527 0.17742 0.276 0.20162 0.304 0.74677 0.811 0.099729 0.181 0.2382 0.343 0.38931 0.491 0.055759 0.117 21q loss 50 (19%) 207 0.0021 0.0117 0.01416 0.0454 0.43222 0.527 0.0074599 0.0287 0.18508 0.285 0.32612 0.43 0.04335 0.0994 0.42137 0.519 0.32692 0.43 0.22204 0.327 22q loss 67 (26%) 190 5e-05 0.000672 0.03529 0.0872 0.38534 0.487 0.055619 0.117 0.28512 0.395 0.0085599 0.0313 0.36601 0.467 0.48882 0.582 0.32449 0.43 0.20114 0.304 xp loss 63 (25%) 194 0.00178 0.0104 0.00329 0.0162 0.01987 0.0572 0.13929 0.233 0.00092999 0.00615 0.02487 0.0671 0.063389 0.129 0.088799 0.165 0.72124 0.79 0.39368 0.494 xq loss 102 (40%) 155 9.9999e-06 0.000216 2e-05 0.000364 0.00049 0.00369 0.04028 0.0953 4e-05 0.000575 0.00033 0.00282 0.00047 0.0036 0.00071999 0.00492 0.01694 0.0513 0.092409 0.171