Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p32.1 94 (37%) 163 2e-05 0.000116 9.9999e-06 6.9e-05 0.00382 0.00918 6.9999e-05 0.00034 3e-05 0.000163 9.9999e-06 6.9e-05 0.0081999 0.0167 0.00445 0.0103 0.02921 0.0475 0.00042 0.00152 amp_1q21.3 105 (41%) 152 9.9999e-06 6.9e-05 0.0091399 0.0183 0.23931 0.29 0.01259 0.0235 0.50505 0.55 0.10464 0.145 0.68714 0.715 0.16478 0.21 0.00125 0.00359 0.03829 0.06 amp_1q24.3 102 (40%) 155 9.9999e-06 6.9e-05 0.04014 0.0619 0.13821 0.183 0.31947 0.367 0.01765 0.0313 0.02023 0.0348 0.80417 0.821 0.13694 0.182 0.45248 0.497 0.1139 0.155 amp_2p11.2 64 (25%) 193 0.00016 0.000681 0.02565 0.0426 0.32996 0.377 0.058629 0.0859 0.83635 0.849 0.37035 0.418 0.87809 0.886 0.31398 0.362 0.85156 0.863 0.98851 0.989 amp_3p12.1 69 (27%) 188 2e-05 0.000116 0.00063999 0.00204 0.00469 0.0107 6.9999e-05 0.00034 0.00067999 0.00214 5.9999e-05 0.000304 0.15122 0.196 0.00318 0.00786 0.00211 0.00549 0.00019 0.00078 amp_4q12 78 (30%) 179 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 0.01737 0.0309 0.00168 0.00455 0.00054999 0.00185 0.00378 0.00912 0.0212 0.0361 0.01311 0.0244 0.050009 0.0749 0.00214 0.00555 amp_5p15.33 119 (46%) 138 9.9999e-06 6.9e-05 0.00052999 0.00179 0.13791 0.183 0.15606 0.201 0.01812 0.0318 0.00017 0.000711 0.30838 0.356 0.01401 0.0258 0.83088 0.844 0.75241 0.773 amp_6p21.1 60 (23%) 197 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 6.9999e-05 0.00034 0.00055999 0.00185 0.00036 0.00134 3e-04 0.00116 0.0058399 0.0127 0.01024 0.0201 0.02504 0.0421 0.02107 0.036 amp_6q25.1 75 (29%) 182 0.00135 0.0038 7.9999e-05 0.000373 0.00031 0.00118 0.00019 0.00078 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 0.00017 0.000711 0.00012 0.000524 0.00063999 0.00204 0.00063999 0.00204 amp_7q31.2 77 (30%) 180 0.00033 0.00124 0.00017 0.000711 0.01393 0.0257 0.00060999 0.00198 2e-05 0.000116 0.00499 0.0112 0.00029 0.00113 0.04472 0.0677 2e-04 0.000817 0.00056999 0.00186 amp_8p11.22 81 (32%) 176 9.9999e-06 6.9e-05 0.00343 0.00833 0.03267 0.0524 0.092569 0.129 0.43876 0.487 0.01432 0.0261 0.16131 0.206 0.01032 0.0202 0.090849 0.128 0.02893 0.0473 amp_8q24.21 83 (32%) 174 0.00011 0.000483 0.03728 0.0587 0.0075799 0.0157 0.0077299 0.0159 0.65333 0.689 0.24461 0.295 0.3591 0.407 0.29377 0.342 0.054939 0.0813 0.066039 0.0959 amp_11q22.2 36 (14%) 221 0.32634 0.374 0.01186 0.0225 0.41104 0.459 0.19085 0.239 0.01442 0.0262 0.00407 0.00962 0.1359 0.181 0.00451 0.0104 0.28403 0.333 0.18876 0.236 amp_12q15 94 (37%) 163 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 amp_13q34 54 (21%) 203 9.9999e-06 6.9e-05 0.1141 0.155 0.96222 0.964 0.01123 0.0217 0.45941 0.502 0.14262 0.186 0.65636 0.691 0.14037 0.185 0.82619 0.841 0.1411 0.185 amp_15q26.3 84 (33%) 173 9.9999e-06 6.9e-05 0.052899 0.0788 0.72216 0.747 0.27142 0.321 0.64311 0.681 0.084749 0.12 0.66455 0.697 0.18481 0.232 0.77469 0.794 0.80809 0.824 amp_17p12 102 (40%) 155 9.9999e-06 6.9e-05 2e-05 0.000116 0.23855 0.289 0.00084999 0.00256 0.052179 0.0779 0.00226 0.0058 0.43181 0.48 0.00181 0.00477 0.20721 0.256 0.00431 0.0101 amp_17p11.2 104 (40%) 153 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 0.21518 0.264 0.00018 0.000748 0.03127 0.0503 0.02002 0.0345 0.67337 0.704 0.00181 0.00477 0.27893 0.328 0.0073799 0.0153 amp_17q24.3 79 (31%) 178 9.9999e-06 6.9e-05 0.00256 0.00649 0.03099 0.05 0.00225 0.00579 0.25705 0.307 0.0053999 0.0119 0.10772 0.148 0.154 0.199 0.44496 0.491 0.084279 0.119 amp_19p13.2 108 (42%) 149 9.9999e-06 6.9e-05 0.24159 0.292 0.26246 0.312 0.00196 0.00514 0.19393 0.242 0.0065599 0.0139 0.87949 0.886 0.28474 0.334 0.78403 0.803 0.16532 0.21 amp_19q12 93 (36%) 164 9.9999e-06 6.9e-05 2e-05 0.000116 0.053149 0.079 0.00022 0.000883 0.04283 0.065 0.0086399 0.0174 0.48774 0.532 0.0088799 0.0178 0.04113 0.0631 0.00225 0.00579 amp_20q13.33 98 (38%) 159 9.9999e-06 6.9e-05 2e-05 0.000116 0.00482 0.0109 6.9999e-05 0.00034 0.00123 0.00357 0.00141 0.00392 0.01163 0.0222 0.00049 0.00171 0.00035 0.00131 0.00037 0.00137 amp_21q21.1 73 (28%) 184 9.9999e-06 6.9e-05 2e-05 0.000116 0.20814 0.256 0.15802 0.203 0.12142 0.163 0.29094 0.34 0.66273 0.696 0.14093 0.185 0.29874 0.346 0.11777 0.159 amp_xp21.2 97 (38%) 160 9.9999e-06 6.9e-05 0.03382 0.0536 0.31657 0.364 0.056759 0.0837 0.3629 0.41 0.04885 0.0733 0.73307 0.756 0.03998 0.0619 0.26101 0.311 0.00397 0.00945 amp_xq21.1 46 (18%) 211 9.9999e-06 6.9e-05 0.01779 0.0315 0.03355 0.0535 0.34041 0.388 0.0413 0.0632 0.00273 0.00685 0.01628 0.0291 0.40264 0.45 0.04708 0.0711 0.29243 0.341 del_1p36.32 69 (27%) 188 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 5.9999e-05 0.000304 5e-05 0.000261 del_1q44 80 (31%) 177 9.9999e-06 6.9e-05 0.00055999 0.00185 0.058189 0.0854 6.9999e-05 0.00034 0.00092999 0.00277 0.00021 0.000847 0.00175 0.0047 0.0069399 0.0145 0.00124 0.00358 0.00048 0.00168 del_2p25.3 94 (37%) 163 9.9999e-06 6.9e-05 0.00024 0.000952 0.070729 0.102 0.00385 0.00922 2e-05 0.000116 0.00128 0.00363 0.00021 0.000847 2e-05 0.000116 0.00204 0.00533 3e-05 0.000163 del_2q37.3 108 (42%) 149 9.9999e-06 6.9e-05 0.00146 0.00405 0.091399 0.128 0.03943 0.0614 0.03892 0.0608 0.00081999 0.00249 0.12979 0.174 0.0060699 0.0132 0.03369 0.0536 0.01231 0.0232 del_2q37.3 110 (43%) 147 9.9999e-06 6.9e-05 0.0085699 0.0173 0.58513 0.627 0.00409 0.00963 0.02555 0.0426 0.00127 0.00362 0.44621 0.492 0.0247 0.0417 0.081029 0.115 0.063069 0.0918 del_3p21.31 65 (25%) 192 0.01014 0.02 9.9999e-06 6.9e-05 0.00066999 0.00212 0.00013 0.000564 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-05 0.000451 0.0080199 0.0164 2e-05 0.000116 8.9999e-05 0.000409 del_3q13.31 51 (20%) 206 0.0062999 0.0135 0.00161 0.00437 0.00077999 0.00239 0.02505 0.0421 0.0052499 0.0116 0.0065199 0.0138 0.0099399 0.0197 0.01805 0.0318 0.0067599 0.0142 0.04168 0.0635 del_3q29 54 (21%) 203 0.0066899 0.0141 0.04014 0.0619 0.01078 0.0209 0.74766 0.769 0.35632 0.404 0.077009 0.11 0.16057 0.206 0.03786 0.0595 0.085219 0.12 0.13344 0.178 del_4q35.1 94 (37%) 163 9.9999e-06 6.9e-05 0.0055399 0.0122 0.65887 0.693 0.01368 0.0253 0.01504 0.0271 0.02905 0.0474 0.35543 0.404 0.10738 0.148 0.27556 0.326 0.20759 0.256 del_5p15.33 33 (13%) 224 0.44708 0.492 0.01413 0.0259 0.01413 0.0259 0.00055999 0.00185 0.01366 0.0253 0.00154 0.00423 0.055939 0.0827 0.60988 0.648 0.02347 0.0398 0.02534 0.0424 del_6p25.3 81 (32%) 176 9.9999e-06 6.9e-05 0.00016 0.000681 0.00051999 0.00177 0.096939 0.135 0.00077999 0.00239 0.00158 0.00431 0.01258 0.0235 0.02553 0.0426 0.070279 0.102 0.073389 0.106 del_6q14.1 78 (30%) 179 9.9999e-06 6.9e-05 0.01863 0.0326 0.0064599 0.0138 0.02723 0.0448 0.45851 0.502 0.26435 0.313 0.19437 0.242 0.59085 0.632 0.28402 0.333 0.36104 0.408 del_7q36.3 71 (28%) 186 9.9999e-06 6.9e-05 0.01494 0.0271 0.27791 0.328 0.03846 0.0602 0.17307 0.219 0.1376 0.183 0.0489 0.0733 0.0057999 0.0127 0.45262 0.497 0.1112 0.152 del_8p23.3 81 (32%) 176 3e-05 0.000163 2e-05 0.000116 0.00042 0.00152 0.00075999 0.00237 6.9999e-05 0.00034 0.00047 0.00167 0.0063199 0.0135 0.00416 0.00976 0.00031 0.00118 0.00011 0.000483 del_9p24.3 100 (39%) 157 9.9999e-06 6.9e-05 0.19715 0.245 0.03275 0.0524 0.144 0.188 0.18713 0.235 0.33386 0.381 0.01061 0.0207 0.91204 0.917 0.3746 0.422 0.55215 0.594 del_9p21.3 114 (44%) 143 9.9999e-06 6.9e-05 0.00311 0.00772 0.0056199 0.0123 0.00077999 0.00239 0.00455 0.0104 0.00487 0.011 0.00151 0.00417 0.55673 0.598 0.00033 0.00124 0.00129 0.00365 del_9q34.3 61 (24%) 196 2e-05 0.000116 4e-05 0.000214 0.01953 0.0339 0.095709 0.133 0.04248 0.0646 0.14996 0.194 0.01214 0.023 0.00293 0.0073 0.04022 0.0619 0.02213 0.0376 del_10p15.3 128 (50%) 129 9.9999e-06 6.9e-05 0.00346 0.00838 0.3301 0.377 0.00024 0.000952 0.25822 0.308 0.0092499 0.0184 0.55922 0.6 0.01892 0.0329 0.60462 0.644 0.71792 0.744 del_10q23.31 138 (54%) 119 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 4e-05 0.000214 9.9999e-06 6.9e-05 0.00039 0.00143 0.00025 0.000986 del_10q26.3 132 (51%) 125 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 2e-05 0.000116 9.9999e-06 6.9e-05 3e-05 0.000163 2e-05 0.000116 3e-05 0.000163 7.9999e-05 0.000373 del_11p15.5 110 (43%) 147 9.9999e-06 6.9e-05 0.11947 0.161 0.29402 0.342 0.01064 0.0207 0.53176 0.574 0.14246 0.186 0.37863 0.425 0.31631 0.364 0.48427 0.529 0.73382 0.756 del_11q23.1 118 (46%) 139 9.9999e-06 6.9e-05 0.00285 0.00712 0.092209 0.129 0.00433 0.0101 0.01252 0.0235 0.01537 0.0276 0.00343 0.00833 0.076899 0.11 0.01506 0.0271 0.02065 0.0354 del_11q25 123 (48%) 134 9.9999e-06 6.9e-05 0.00107 0.00312 0.0067299 0.0142 0.00043 0.00155 0.00139 0.0039 0.00327 0.008 0.00097999 0.00288 0.11395 0.155 0.03044 0.0493 0.00434 0.0101 del_12p13.1 87 (34%) 170 9.9999e-06 6.9e-05 0.00016 0.000681 0.54493 0.588 0.23307 0.284 0.01865 0.0326 0.0057199 0.0125 0.20626 0.255 0.03394 0.0537 0.10644 0.147 0.061729 0.0902 del_12q12 56 (22%) 201 2e-05 0.000116 7.9999e-05 0.000373 0.62762 0.665 0.87717 0.886 0.077489 0.11 0.02621 0.0435 0.083859 0.119 0.03079 0.0498 0.26251 0.312 0.11037 0.151 del_12q24.33 70 (27%) 187 9.9999e-06 6.9e-05 0.01983 0.0343 0.52431 0.568 0.87496 0.885 0.67896 0.709 0.01051 0.0205 0.38121 0.428 0.11458 0.156 0.106 0.147 0.66871 0.7 del_13q14.2 180 (70%) 77 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 0.00171 0.00461 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 8.9999e-05 0.000409 9.9999e-06 6.9e-05 0.00086999 0.00261 7.9999e-05 0.000373 del_14q24.1 80 (31%) 177 0.00050999 0.00175 0.22939 0.28 0.41207 0.459 0.65253 0.689 0.22171 0.271 9.9999e-06 6.9e-05 0.03997 0.0619 0.00472 0.0107 0.00044 0.00157 0.04848 0.073 del_15q11.2 47 (18%) 210 0.0085599 0.0173 0.01296 0.0242 0.01783 0.0315 0.01626 0.0291 0.0077799 0.0159 0.0065099 0.0138 0.01444 0.0262 0.19619 0.244 0.00048 0.00168 0.02843 0.0466 del_16q11.2 130 (51%) 127 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 0.02375 0.0402 0.0027 0.0068 0.00063999 0.00204 7.9999e-05 0.000373 0.00407 0.00962 0.00048 0.00168 0.00096999 0.00286 2e-05 0.000116 del_16q23.1 134 (52%) 123 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 0.01233 0.0232 0.075059 0.108 0.00158 0.00431 0.00055999 0.00185 0.0051399 0.0115 0.00011 0.000483 8.9999e-05 0.000409 9.9999e-06 6.9e-05 del_17p13.1 129 (50%) 128 9.9999e-06 6.9e-05 3e-05 0.000163 0.00454 0.0104 8.9999e-05 0.000409 9.9999e-06 6.9e-05 7.9999e-05 0.000373 2e-05 0.000116 5.9999e-05 0.000304 0.00076999 0.00239 0.00011 0.000483 del_17q11.2 81 (32%) 176 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 0.00057999 0.00189 9.9999e-06 6.9e-05 2e-05 0.000116 5.9999e-05 0.000304 0.00080999 0.00247 0.11996 0.161 0.00083999 0.00254 0.0018 0.00477 del_17q25.3 67 (26%) 190 9.9999e-06 6.9e-05 0.00094999 0.00281 0.39142 0.438 0.24679 0.297 0.17804 0.225 0.25439 0.305 0.61414 0.652 0.0083799 0.017 0.04171 0.0635 0.30161 0.349 del_18p11.32 68 (26%) 189 0.00126 0.00361 0.073529 0.106 0.5973 0.637 0.17948 0.226 0.68591 0.715 0.20559 0.255 0.72388 0.748 0.00176 0.00471 0.53063 0.574 0.23727 0.288 del_18q23 86 (33%) 171 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 0.00324 0.00796 0.00027 0.00106 0.0116 0.0222 0.00235 0.00601 0.00087999 0.00263 0.14719 0.191 0.00321 0.00791 0.0051499 0.0115 del_19p13.3 70 (27%) 187 9.9999e-06 6.9e-05 5e-04 0.00172 0.0091899 0.0183 0.00069999 0.0022 0.0096599 0.0192 0.00453 0.0104 0.02761 0.0454 0.00392 0.00936 0.0069299 0.0145 0.00492 0.0111 del_19q13.43 106 (41%) 151 9.9999e-06 6.9e-05 0.00258 0.00652 0.16406 0.209 0.51439 0.559 0.16608 0.211 0.41237 0.459 0.59686 0.637 0.03409 0.0538 0.9164 0.92 0.061999 0.0904 del_21q11.2 51 (20%) 206 0.01136 0.0218 0.11757 0.159 0.16644 0.211 0.01893 0.0329 0.21059 0.259 0.25285 0.303 0.00056999 0.00186 0.95496 0.958 0.0074999 0.0155 0.22545 0.275 del_21q22.3 66 (26%) 191 0.00051999 0.00177 0.01183 0.0225 0.29481 0.342 0.01731 0.0309 0.1187 0.16 0.16095 0.206 0.13969 0.184 0.057819 0.0851 0.02709 0.0447 0.14503 0.189 del_22q13.32 83 (32%) 174 9.9999e-06 6.9e-05 0.16096 0.206 0.78877 0.806 0.24866 0.299 0.6929 0.72 0.04083 0.0627 0.089429 0.126 0.4413 0.489 0.51774 0.562 0.7073 0.734 del_xp21.1 55 (21%) 202 0.00178 0.00474 0.00251 0.00639 0.03295 0.0526 0.1317 0.176 0.0077399 0.0159 0.02964 0.0481 0.02631 0.0435 0.10091 0.14 0.44403 0.491 0.070499 0.102 del_xq21.1 114 (44%) 143 9.9999e-06 6.9e-05 5e-05 0.000261 3e-05 0.000163 0.00141 0.00392 3e-05 0.000163 0.00033 0.00124 0.00031 0.00118 5e-04 0.00172 0.02085 0.0357 0.053749 0.0798 del_xq22.3 123 (48%) 134 9.9999e-06 6.9e-05 9.9999e-06 6.9e-05 0.00041 0.0015 0.0062699 0.0135 9.9999e-06 6.9e-05 2e-05 0.000116 0.00098999 0.00289 5e-05 0.000261 0.0060999 0.0132 0.01136 0.0218