Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic)
28 January 2016  |  analyses__2016_01_28
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doi:10.7908/C1GB23HK
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2016): Correlation between gene mutation status and selected clinical features. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1GB23HK
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 117 genes and 14 clinical features across 290 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • NF1 mutation correlated to 'YEARS_TO_BIRTH'.

  • MUC7 mutation correlated to 'YEARS_TO_BIRTH'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 117 genes and 14 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
from
Specimen
Diagnosis
to
Death 		Time
to
Death 		YEARS
TO
BIRTH 		PATHOLOGIC
STAGE 		PATHOLOGY
T
STAGE 		PATHOLOGY
N
STAGE 		PATHOLOGY
M
STAGE 		MELANOMA
ULCERATION 		MELANOMA
PRIMARY
KNOWN 		BRESLOW
THICKNESS 		GENDER RADIATION
THERAPY 		RACE ETHNICITY
nMutated (%) nWild-Type logrank test logrank test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Wilcoxon-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
NF1 38 (13%) 252 0.0765
(0.95) 		0.149
(1.00) 		2.24e-05
(0.0342) 		0.0243
(0.791) 		0.0195
(0.791) 		0.693
(1.00) 		0.255
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.333
(1.00)
MUC7 17 (6%) 273 0.731
(1.00) 		0.919
(1.00) 		4.17e-05
(0.0342) 		0.173
(1.00) 		0.0304
(0.791) 		0.885
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.126
(1.00) 		1
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.304
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NRAS 87 (30%) 203 0.144
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.0873
(0.95) 		0.412
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00)
TP53 48 (17%) 242 0.43
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00)
CDKN2A 41 (14%) 249 0.259
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.0219
(0.791) 		0.622
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTEN 25 (9%) 265 0.469
(1.00) 		0.974
(1.00) 		0.0225
(0.791) 		0.494
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.0986
(0.95) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RAC1 20 (7%) 270 0.412
(1.00) 		0.108
(0.993) 		0.265
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.0289
(0.791) 		0.263
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.078
(0.95) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ARID2 37 (13%) 253 0.681
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.0659
(0.948) 		0.272
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.788
(1.00) 		1
(1.00) 		0.341
(1.00)
C15ORF23 19 (7%) 271 0.27
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.0904
(0.95) 		0.466
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.113
(0.996) 		0.338
(1.00) 		0.713
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NUDT11 8 (3%) 282 0.456
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.0945
(0.95) 		0.0255
(0.791) 		0.366
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.0363
(0.824) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZFX 15 (5%) 275 0.666
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.482
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.0558
(0.946) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.15
(1.00)
SLC38A4 33 (11%) 257 0.51
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.0498
(0.932) 		0.889
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.0218
(0.791) 		0.823
(1.00) 		0.0136
(0.791) 		0.259
(1.00) 		0.519
(1.00) 		1
(1.00)
FAM58A 6 (2%) 284 0.476
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.297
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.0868
(0.95) 		0.157
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PPP6C 20 (7%) 270 0.0239
(0.791) 		0.00749
(0.74) 		0.47
(1.00) 		0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		0.347
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.889
(1.00) 		1
(1.00) 		0.72
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C7ORF58 37 (13%) 253 0.388
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.0243
(0.791) 		0.68
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.109
(0.996) 		0.312
(1.00) 		0.856
(1.00) 		0.788
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
COL3A1 59 (20%) 231 0.931
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.0288
(0.791) 		0.196
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.000817
(0.334) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CDK4 8 (3%) 282 0.406
(1.00) 		0.101
(0.961) 		0.579
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.162
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00)
DSG3 48 (17%) 242 0.369
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.0252
(0.791) 		0.676
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.495
(1.00) 		1
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.871
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.425
(1.00)
MLL 40 (14%) 250 0.67
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.0678
(0.948) 		0.988
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.114
(0.996) 		0.197
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.6
(1.00) 		1
(1.00) 		0.365
(1.00)
DDX3X 20 (7%) 270 0.802
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0323
(0.791) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
HSD11B1 14 (5%) 276 0.201
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.92
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ALPK2 47 (16%) 243 0.301
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.0397
(0.833) 		0.0763
(0.95) 		0.111
(0.996) 		0.446
(1.00) 		0.743
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0905
(0.95) 		0.535
(1.00) 		0.0324
(0.791) 		0.474
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00)
ATP5F1 6 (2%) 284 0.853
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.591
(1.00) 		1
(1.00) 		0.65
(1.00) 		1
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RPTN 42 (14%) 248 0.551
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.0461
(0.889) 		0.0916
(0.95) 		0.167
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.0214
(0.791) 		0.0412
(0.833) 		0.458
(1.00) 		0.864
(1.00) 		0.798
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KRTAP5-10 10 (3%) 280 0.409
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.99
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GML 11 (4%) 279 0.547
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.0697
(0.948) 		0.917
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAP2K1 15 (5%) 275 0.0237
(0.791) 		0.0104
(0.791) 		0.0973
(0.95) 		0.987
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.34
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.864
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IDH1 15 (5%) 275 0.603
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.0289
(0.791) 		0.503
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KEL 36 (12%) 254 0.639
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.0169
(0.791) 		0.17
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RQCD1 9 (3%) 281 0.739
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.00113
(0.37) 		0.399
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.688
(1.00) 		1
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.606
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NGF 9 (3%) 281 0.325
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.335
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.915
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0147
(0.791) 		1
(1.00) 		0.0918
(0.95)
DMC1 11 (4%) 279 0.597
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
TRERF1 26 (9%) 264 0.177
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.096
(0.95) 		0.934
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		1
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.752
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CYP3A5 13 (4%) 277 0.478
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.299
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.199
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00)
BRAF 145 (50%) 145 0.00203
(0.416) 		0.0245
(0.791) 		0.000461
(0.252) 		0.45
(1.00) 		0.0104
(0.791) 		0.0623
(0.946) 		0.806
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.0193
(0.791) 		0.467
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		1
(1.00)
NBPF1 26 (9%) 264 0.622
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.0124
(0.791) 		0.248
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.834
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF780B 10 (3%) 280 0.493
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.344
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.622
(1.00) 		1
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.347
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
STK19 14 (5%) 276 0.464
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KYNU 16 (6%) 274 0.128
(1.00) 		0.0551
(0.946) 		0.56
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.0317
(0.791) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00)
ANO4 46 (16%) 244 0.961
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.324
(1.00) 		1
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.097
(0.95) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00)
SLC27A5 10 (3%) 280 0.747
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.347
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
POTEG 27 (9%) 263 0.646
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.755
(1.00) 		1
(1.00) 		0.258
(1.00)
TPTE 64 (22%) 226 0.589
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.0814
(0.95) 		0.618
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00) 		0.807
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.527
(1.00)
USH2A 91 (31%) 199 0.855
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.0119
(0.791) 		0.345
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.0566
(0.946) 		0.165
(1.00) 		0.193
(1.00) 		1
(1.00) 		0.431
(1.00) 		1
(1.00)
XIRP2 98 (34%) 192 0.721
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.0169
(0.791) 		0.463
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00) 		1
(1.00)
THSD7B 92 (32%) 198 0.019
(0.791) 		0.0622
(0.946) 		0.399
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.0899
(0.95) 		1
(1.00) 		0.105
(0.989) 		0.45
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.0517
(0.94) 		0.251
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.554
(1.00)
USP17L2 22 (8%) 268 0.534
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.872
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.0659
(0.948) 		1
(1.00) 		0.379
(1.00) 		1
(1.00)
S100A8 8 (3%) 282 0.0133
(0.791) 		0.00189
(0.416) 		0.54
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0682
(0.948) 		0.948
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.0596
(0.946) 		1
(1.00) 		0.0819
(0.95)
CTNNB1 16 (6%) 274 0.167
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.036
(0.824) 		0.162
(1.00) 		0.0412
(0.833) 		0.041
(0.833) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0359
(0.824) 		0.605
(1.00) 		0.233
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
USP9X 17 (6%) 273 0.189
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.817
(1.00) 		1
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C10ORF28 7 (2%) 283 0.416
(1.00) 		0.0789
(0.95) 		0.127
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.931
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		1
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAN1A1 15 (5%) 275 0.61
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.0164
(0.791) 		0.619
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.0297
(0.791) 		0.778
(1.00) 		0.0558
(0.946) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OXA1L 8 (3%) 282 0.445
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.258
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00) 		1
(1.00) 		0.251
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NAP1L2 25 (9%) 265 0.0354
(0.824) 		0.267
(1.00) 		0.0513
(0.94) 		0.98
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.388
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.241
(1.00)
MPP7 32 (11%) 258 0.438
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.00508
(0.718) 		0.754
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.0677
(0.948) 		0.268
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.00636
(0.739) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BTK 15 (5%) 275 0.302
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.0297
(0.791) 		0.19
(1.00) 		0.0977
(0.95) 		0.093
(0.95) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SLC9A11 44 (15%) 246 0.397
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.521
(1.00) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.38
(1.00)
EMG1 7 (2%) 283 0.263
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.835
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SELP 33 (11%) 257 0.128
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.0192
(0.791) 		0.795
(1.00) 		1
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.088
(0.95) 		0.0945
(0.95) 		0.519
(1.00) 		0.3
(1.00)
PARM1 19 (7%) 271 0.59
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.264
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ACSBG1 13 (4%) 277 0.107
(0.993) 		0.226
(1.00) 		0.0978
(0.95) 		0.178
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.662
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CCK 6 (2%) 284 0.287
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.0303
(0.791) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C1QTNF9 16 (6%) 274 0.213
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.402
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0706
(0.948) 		0.427
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
UBE2V2 3 (1%) 287 0.871
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.825
(1.00) 		1
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.294
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
BOLA1 3 (1%) 287 0.667
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.439
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.769
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
IFNGR2 4 (1%) 286 0.0706
(0.948) 		0.793
(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
KRAS 6 (2%) 284 0.297
(1.00) 		0.114
(0.996) 		0.254
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.931
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		1
(1.00) 		0.107
(0.993) 		1
(1.00) 		0.157
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF595 8 (3%) 282 0.171
(1.00) 		0.0439
(0.857) 		0.532
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.38
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PRKAA2 25 (9%) 265 0.039
(0.833) 		0.0367
(0.824) 		0.699
(1.00) 		0.0137
(0.791) 		0.121
(1.00) 		0.157
(1.00) 		1
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.023
(0.791) 		0.195
(1.00) 		0.0986
(0.95) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MMP27 13 (4%) 277 0.857
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.031
(0.791) 		0.41
(1.00) 		0.00896
(0.791) 		0.857
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.0784
(0.95) 		0.141
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00)
POLR2B 10 (3%) 280 0.722
(1.00) 		0.703
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.16
(1.00) 		1
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.0152
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CSN3 4 (1%) 286 0.236
(1.00) 		0.0838
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(1.00) 		0.689
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.515
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0314
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CASP8 9 (3%) 281 0.66
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.133
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PPFIA1 16 (6%) 274 0.609
(1.00) 		0.555
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.792
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(1.00) 		1
(1.00)
ZNF490 16 (6%) 274 0.398
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.092
(0.95) 		0.933
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.932
(1.00) 		1
(1.00) 		0.423
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(1.00) 		0.15
(1.00)
IL5RA 16 (6%) 274 0.301
(1.00) 		0.0844
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(1.00) 		1
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(1.00) 		0.182
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(1.00) 		1
(1.00)
LILRB5 19 (7%) 271 0.308
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.136
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(1.00) 		0.531
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(0.95) 		0.539
(1.00) 		0.0501
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.187
(1.00)
C10ORF72 20 (7%) 270 0.86
(1.00) 		0.627
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(1.00) 		0.943
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(1.00) 		1
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(0.95) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C3ORF71 4 (1%) 286 0.193
(1.00) 		0.679
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(1.00) 		0.183
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF589 3 (1%) 287 0.517
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.123
(1.00) 		1
(1.00) 		0.515
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DSP 60 (21%) 230 0.882
(1.00) 		0.851
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.736
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(1.00)
ZZZ3 3 (1%) 287 0.0874
(0.95) 		0.337
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(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.0248
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.232
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MCART2 10 (3%) 280 0.872
(1.00) 		0.989
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		1
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(1.00)
CD209 12 (4%) 278 0.908
(1.00) 		0.937
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.918
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GLRB 30 (10%) 260 0.515
(1.00) 		0.98
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.953
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PTPRT 86 (30%) 204 0.00189
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(1.00)
FAM55C 6 (2%) 284 0.0175
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.426
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(1.00) 		0.0597
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.205
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MYPOP 7 (2%) 283 0.618
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.011
(0.791) 		0.469
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.715
(1.00) 		1
(1.00) 		0.137
(1.00) 		1
(1.00)
MLL4 32 (11%) 258 0.314
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.251
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(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.00636
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(1.00)
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(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.621
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(1.00) 		0.0855
(0.95) 		1
(1.00) 		0.973
(1.00) 		0.264
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
THEMIS 34 (12%) 256 0.437
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.842
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(1.00) 		1
(1.00)
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(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.96
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(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0819
(0.95)
TP63 50 (17%) 240 0.0651
(0.948) 		0.129
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.0692
(0.948) 		0.442
(1.00) 		0.322
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.0417
(0.833) 		0.263
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.439
(1.00)
APCS 13 (4%) 277 0.545
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.267
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(1.00) 		0.00526
(0.718) 		0.403
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GPX5 18 (6%) 272 0.682
(1.00) 		0.733
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(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.377
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.0776
(0.95) 		0.466
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PDK4 7 (2%) 283 0.435
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.255
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(0.833) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
EPS8 7 (2%) 283 0.229
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.903
(1.00) 		1
(1.00) 		0.356
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.261
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
LUZP1 6 (2%) 284 0.571
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.159
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0253
(0.791) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
C10ORF118 7 (2%) 283 0.79
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR51S1 30 (10%) 260 0.623
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.241
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.0813
(0.95) 		0.623
(1.00) 		0.693
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
AMPD3 22 (8%) 268 0.432
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.0662
(0.948) 		0.175
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.383
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(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CD300E 10 (3%) 280 0.345
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.412
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(0.961) 		0.65
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(1.00) 		0.51
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(0.993) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SAG 11 (4%) 279 0.908
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.418
(1.00) 		1
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.136
(1.00) 		1
(1.00) 		0.111
(0.996)
DDX17 8 (3%) 282 0.396
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.128
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.602
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RUFY4 11 (4%) 279 0.0611
(0.946) 		0.0631
(0.948) 		0.0639
(0.948) 		0.632
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.0576
(0.946) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MAP3K5 20 (7%) 270 0.745
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.843
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.0296
(0.791) 		0.153
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.00768
(0.74) 		0.72
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NTN4 15 (5%) 275 0.994
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.601
(1.00) 		1
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.0239
(0.791) 		1
(1.00) 		0.15
(1.00)
BCMO1 17 (6%) 273 0.139
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.0855
(0.95) 		1
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.041
(0.833) 		1
(1.00) 		0.168
(1.00)
OR11H12 15 (5%) 275 0.747
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.098
(0.95) 		0.937
(1.00) 		0.114
(0.996) 		0.714
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SI 67 (23%) 223 0.745
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.0699
(0.948) 		0.98
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.724
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0549
(0.946) 		0.0851
(0.95) 		0.674
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.552
(1.00)
ADAM33 16 (6%) 274 0.123
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RICTOR 12 (4%) 278 0.0595
(0.946) 		0.671
(1.00) 		0.00677
(0.739) 		0.899
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.593
(1.00) 		1
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.43
(1.00) 		1
(1.00) 		0.166
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MED17 5 (2%) 285 0.421
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.0612
(0.946) 		0.523
(1.00) 		1
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
'NF1 MUTATION STATUS' versus 'YEARS_TO_BIRTH'

P value = 2.24e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.034

Table S1.  Gene #4: 'NF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'YEARS_TO_BIRTH'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 285 55.9 (15.5)
NF1 MUTATED 38 65.9 (12.9)
NF1 WILD-TYPE 247 54.4 (15.4)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #4: 'NF1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'YEARS_TO_BIRTH'

'MUC7 MUTATION STATUS' versus 'YEARS_TO_BIRTH'

P value = 4.17e-05 (Wilcoxon-test), Q value = 0.034

Table S2.  Gene #96: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'YEARS_TO_BIRTH'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 285 55.9 (15.5)
MUC7 MUTATED 17 70.8 (10.6)
MUC7 WILD-TYPE 268 55.0 (15.3)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #96: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'YEARS_TO_BIRTH'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = sample_sig_gene_table.txt from Mutsig_2CV pipeline

  • Processed Mutation data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_Correlate_Genomic_Events_Preprocess/SKCM-TM/22813361/transformed.cor.cli.txt

  • Clinical data file = /xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Append_Data/SKCM-TM/22507034/SKCM-TM.merged_data.txt

  • Number of patients = 290

  • Number of significantly mutated genes = 117

  • Number of selected clinical features = 14

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

Download Results

In addition to the links below, the full results of the analysis summarized in this report can also be downloaded programmatically using firehose_get, or interactively from either the Broad GDAC website or TCGA Data Coordination Center Portal.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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