Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q amp_1p12 121 (33%) 246 0.13477 0.301 0.96335 0.971 0.25164 0.418 0.92964 0.944 0.02974 0.12 0.64009 0.739 0.50566 0.637 0.56382 0.687 0.64176 0.739 0.70142 0.784 amp_1q21.3 203 (55%) 164 9.9999e-06 0.000245 0.13039 0.293 0.00117 0.0132 0.097869 0.244 0.00049 0.00645 0.35745 0.517 0.0274 0.115 0.01275 0.0678 0.03886 0.145 0.053619 0.169 amp_1q44 201 (55%) 166 2e-05 0.000432 0.066139 0.195 0.00066999 0.00822 0.084619 0.225 0.00149 0.0161 0.072039 0.202 0.00017 0.00255 0.0016 0.0169 0.0050899 0.0357 0.01262 0.0678 amp_3p13 103 (28%) 264 0.1513 0.32 0.79907 0.854 0.28922 0.447 0.76033 0.828 0.7307 0.807 0.42025 0.565 0.93042 0.944 0.1073 0.259 0.79728 0.854 0.85929 0.894 amp_4q12 65 (18%) 302 0.12443 0.284 0.40729 0.558 0.209 0.376 0.38462 0.537 0.48919 0.626 0.072399 0.202 0.00456 0.0333 0.00090999 0.0107 0.061709 0.187 0.30583 0.461 amp_5p15.33 110 (30%) 257 9.9999e-06 0.000245 0.28441 0.445 0.40473 0.556 0.35189 0.515 0.14874 0.32 0.1914 0.362 0.00184 0.0184 0.17901 0.352 0.082659 0.223 0.22003 0.388 amp_5q35.3 59 (16%) 308 9.9999e-06 0.000245 0.03018 0.12 0.46046 0.602 0.051219 0.166 0.18103 0.353 0.092619 0.238 0.39444 0.546 0.1492 0.32 0.052979 0.168 0.58348 0.698 amp_6p24.3 211 (57%) 156 9.9999e-06 0.000245 9.9999e-06 0.000245 0.0268 0.114 0.04997 0.165 0.0067699 0.043 0.00421 0.0316 0.00414 0.0316 8.9999e-05 0.00157 2e-04 0.00292 0.00014 0.00236 amp_6q12 81 (22%) 286 0.38569 0.537 0.46323 0.603 0.61325 0.712 0.01207 0.0665 0.25778 0.423 0.24169 0.409 0.61303 0.712 0.02525 0.11 0.23387 0.404 0.36078 0.521 amp_7p22.1 209 (57%) 158 4e-04 0.00553 0.15832 0.331 0.4847 0.622 0.30039 0.457 0.23413 0.404 0.11529 0.273 0.92555 0.944 0.42606 0.569 0.85896 0.894 0.2408 0.409 amp_7q34 225 (61%) 142 0.00192 0.0185 0.8586 0.894 0.25194 0.418 0.557 0.685 0.19413 0.364 0.15261 0.322 0.62596 0.724 0.20317 0.374 0.47805 0.616 0.00201 0.019 amp_8q24.21 192 (52%) 175 9.9999e-06 0.000245 8.9999e-05 0.00157 0.51528 0.645 0.91671 0.939 5e-05 0.00104 0.054079 0.169 0.92971 0.944 0.12484 0.284 0.37114 0.527 0.27502 0.438 amp_11q13.3 69 (19%) 298 0.01362 0.0714 0.072879 0.202 0.78745 0.851 0.44876 0.59 0.53025 0.661 0.79518 0.854 0.57333 0.694 0.069909 0.201 0.72631 0.804 0.32901 0.488 amp_12q14.1 58 (16%) 309 0.0221 0.103 0.42045 0.565 0.88149 0.912 0.18267 0.355 0.27589 0.438 0.30073 0.457 0.8429 0.889 0.23468 0.404 0.31773 0.474 0.02508 0.11 amp_12q15 59 (16%) 308 0.20789 0.375 0.49367 0.629 0.11999 0.278 0.13691 0.302 0.21439 0.382 0.063839 0.191 0.46913 0.608 0.32049 0.477 0.56496 0.687 0.098379 0.244 amp_13q31.3 104 (28%) 263 9.9999e-06 0.000245 2e-05 0.000432 0.21395 0.382 0.17992 0.352 5.9999e-05 0.0012 0.01051 0.0607 0.7038 0.784 0.58422 0.698 0.12661 0.286 0.01281 0.0678 amp_15q26.2 120 (33%) 247 0.00265 0.0224 0.17296 0.346 0.81012 0.861 0.49241 0.629 0.4395 0.579 0.11576 0.273 0.28043 0.44 0.56449 0.687 0.17175 0.345 0.36554 0.525 amp_17q25.3 122 (33%) 245 0.00058999 0.00759 0.076049 0.21 0.19738 0.366 0.34155 0.503 0.80217 0.854 0.03457 0.13 0.31471 0.471 0.071379 0.201 0.4839 0.622 0.064049 0.191 amp_20q13.33 188 (51%) 179 9.9999e-06 0.000245 0.01912 0.093 0.017 0.085 0.098389 0.244 0.11779 0.275 0.0437 0.154 0.25078 0.418 0.69457 0.779 0.74817 0.817 0.26444 0.429 amp_22q13.2 152 (41%) 215 0.00217 0.0202 0.04422 0.154 0.22237 0.39 0.27276 0.436 0.27747 0.439 0.53547 0.665 0.41901 0.565 0.091509 0.238 0.57918 0.698 0.0108 0.0614 del_1p36.31 81 (22%) 286 0.0057299 0.0397 0.0063699 0.0418 0.071009 0.201 0.80126 0.854 0.10669 0.259 0.02457 0.109 0.0115 0.0643 0.14694 0.317 0.16885 0.342 0.28992 0.447 del_1p22.1 97 (26%) 270 0.00017 0.00255 0.00404 0.0316 0.30256 0.458 0.054479 0.169 0.01748 0.0866 0.0067199 0.043 0.11316 0.27 0.64576 0.74 0.04196 0.152 0.69421 0.779 del_2q37.3 93 (25%) 274 0.01631 0.0823 0.01056 0.0607 0.17387 0.346 0.02333 0.107 0.04413 0.154 0.0018 0.0183 0.01243 0.0678 0.03433 0.13 0.24051 0.409 0.6472 0.74 del_3p25.1 71 (19%) 296 0.04754 0.162 0.42317 0.567 0.46492 0.603 0.31213 0.469 0.69532 0.779 0.81162 0.861 0.15898 0.331 0.27032 0.434 0.21775 0.386 0.61857 0.717 del_3q13.31 62 (17%) 305 0.12 0.278 0.056759 0.174 0.17449 0.346 0.063039 0.19 0.02447 0.109 0.28605 0.445 0.04946 0.165 0.060669 0.185 0.16499 0.336 0.58959 0.698 del_4p16.3 91 (25%) 276 0.56234 0.687 0.070629 0.201 0.38755 0.538 0.74031 0.813 0.51619 0.645 0.04569 0.158 0.98772 0.991 0.20966 0.376 0.53188 0.662 0.94175 0.954 del_4q34.3 110 (30%) 257 0.0068499 0.043 0.37118 0.527 0.74767 0.817 0.72211 0.801 0.03137 0.123 0.00476 0.0338 0.58932 0.698 0.00313 0.026 0.1704 0.343 0.04888 0.164 del_5p15.31 79 (22%) 288 9.9999e-06 0.000245 0.5924 0.698 0.094539 0.24 0.79635 0.854 0.43943 0.579 0.28 0.44 0.99095 0.993 0.43035 0.572 0.19012 0.361 0.66947 0.759 del_5q12.1 97 (26%) 270 9.9999e-06 0.000245 0.16505 0.336 0.00265 0.0224 0.16349 0.336 0.33927 0.501 0.1076 0.259 0.84636 0.889 0.59028 0.698 0.60788 0.712 0.94432 0.955 del_5q31.3 131 (36%) 236 9.9999e-06 0.000245 0.02996 0.12 0.02601 0.111 0.65095 0.743 0.24362 0.411 0.37046 0.527 0.84462 0.889 0.60946 0.712 0.58852 0.698 0.78822 0.851 del_6q21 214 (58%) 153 9.9999e-06 0.000245 0.0017 0.0177 0.64324 0.739 0.43203 0.572 0.00192 0.0185 0.1317 0.295 0.50097 0.636 0.15518 0.326 0.099299 0.245 0.41043 0.558 del_6q26 221 (60%) 146 9.9999e-06 0.000245 0.00417 0.0316 0.20415 0.374 0.20359 0.374 0.0063399 0.0418 0.050859 0.165 0.39851 0.549 0.18917 0.361 0.31484 0.471 0.27786 0.439 del_8p23.3 89 (24%) 278 0.00028 0.00398 0.082109 0.223 0.03231 0.126 0.0217 0.102 0.070849 0.201 0.95095 0.96 0.29011 0.447 0.43251 0.572 0.26617 0.43 0.80211 0.854 del_9p23 249 (68%) 118 0.00017 0.00255 0.03137 0.123 0.04224 0.152 0.25236 0.418 0.04431 0.154 0.16005 0.331 0.091629 0.238 0.089259 0.235 0.70417 0.784 0.00127 0.014 del_9p21.3 278 (76%) 89 9.9999e-06 0.000245 0.00060999 0.00766 0.0082099 0.051 0.20632 0.375 0.00253 0.0224 0.00333 0.0272 0.02978 0.12 0.50288 0.636 0.12618 0.286 0.00262 0.0224 del_10p15.3 199 (54%) 168 9.9999e-06 0.000245 0.00462 0.0333 0.73908 0.813 0.58526 0.698 0.00457 0.0333 0.00102 0.0117 0.90048 0.926 0.19485 0.364 0.29987 0.457 0.11141 0.267 del_10q21.1 217 (59%) 150 9.9999e-06 0.000245 0.01421 0.0724 0.88528 0.912 0.91274 0.937 0.093699 0.239 0.0346 0.13 0.50246 0.636 0.13643 0.302 0.15026 0.32 0.65279 0.744 del_10q23.31 230 (63%) 137 9.9999e-06 0.000245 0.00227 0.0208 0.86302 0.896 0.68063 0.769 0.03416 0.13 0.01987 0.095 0.69333 0.779 0.26126 0.426 0.30176 0.458 0.37175 0.527 del_10q26.3 236 (64%) 131 9.9999e-06 0.000245 0.00366 0.0295 0.98178 0.987 1 1 0.0064199 0.0418 0.0062699 0.0418 0.6701 0.759 0.18962 0.361 0.11713 0.275 0.22516 0.393 del_11p15.5 114 (31%) 253 0.00041 0.00553 0.19285 0.363 0.7667 0.833 0.85512 0.894 0.88492 0.912 0.3527 0.515 0.45461 0.596 0.082699 0.223 0.20773 0.375 0.40827 0.558 del_11q23.3 204 (56%) 163 9.9999e-06 0.000245 0.56319 0.687 0.38312 0.537 0.16136 0.333 0.16901 0.342 0.20635 0.375 0.28499 0.445 0.070919 0.201 0.0487 0.164 0.12044 0.278 del_12q23.3 92 (25%) 275 0.02748 0.115 0.01005 0.059 0.26144 0.426 0.14553 0.316 0.50496 0.637 0.7322 0.807 0.58772 0.698 0.10668 0.259 0.66165 0.752 0.37602 0.53 del_13q34 85 (23%) 282 0.78243 0.848 0.46449 0.603 0.61248 0.712 0.4708 0.608 0.17651 0.348 0.41854 0.565 0.58638 0.698 0.37439 0.529 0.37997 0.534 0.14525 0.316 del_14q23.3 120 (33%) 247 8.9999e-05 0.00157 0.25314 0.418 0.7199 0.8 0.01381 0.0717 0.0060199 0.0411 0.03024 0.12 0.054779 0.169 0.5553 0.685 0.18878 0.361 0.33056 0.489 del_14q32.31 117 (32%) 250 7.9999e-05 0.00154 0.065369 0.194 0.60672 0.712 0.0294 0.12 0.01155 0.0643 0.02157 0.102 0.18961 0.361 0.60574 0.712 0.41011 0.558 0.23788 0.406 del_15q13.3 84 (23%) 283 0.084589 0.225 0.052699 0.168 0.0224 0.103 0.20276 0.374 0.29024 0.447 0.04235 0.152 0.92122 0.942 0.82707 0.876 0.0083199 0.0511 0.59144 0.698 del_15q21.1 91 (25%) 276 0.04777 0.162 0.2356 0.404 0.083909 0.225 0.02425 0.109 0.42772 0.57 0.11342 0.27 0.87672 0.909 0.39667 0.548 0.090609 0.238 0.8534 0.894 del_16p13.3 62 (17%) 305 0.0096599 0.0573 0.0090899 0.0552 0.19158 0.362 0.04784 0.162 0.2565 0.422 0.56734 0.688 0.17541 0.347 0.36627 0.525 0.050639 0.165 0.4185 0.565 del_16q12.1 117 (32%) 250 9.9999e-06 0.000245 0.066549 0.195 0.092269 0.238 0.538 0.666 0.050719 0.165 0.19701 0.366 0.15998 0.331 0.054509 0.169 0.35037 0.514 0.12395 0.284 del_16q23.1 120 (33%) 247 9.9999e-06 0.000245 0.04122 0.152 0.052759 0.168 0.27015 0.434 0.0178 0.0874 0.067869 0.198 0.27283 0.436 0.081629 0.223 0.13599 0.302 0.092819 0.238 del_16q24.3 133 (36%) 234 9.9999e-06 0.000245 0.096049 0.241 0.04187 0.152 0.51339 0.645 0.02537 0.11 0.02464 0.109 0.24591 0.414 0.10273 0.252 0.069019 0.2 0.18872 0.361 del_17p13.3 134 (37%) 233 0.74907 0.817 0.26174 0.426 0.089159 0.235 0.03287 0.127 0.21632 0.384 0.38572 0.537 0.84667 0.889 0.35537 0.516 0.35399 0.515 0.22587 0.393 del_19p13.3 104 (28%) 263 0.014 0.072 0.29191 0.448 0.15038 0.32 0.22165 0.39 0.00015 0.00245 0.13845 0.304 0.36291 0.523 0.095769 0.241 0.54553 0.674 0.23288 0.404 del_xp21.1 86 (23%) 281 0.03006 0.12 2e-05 0.000432 0.14095 0.308 0.24921 0.418 0.0093099 0.0559 0.0042 0.0316 0.00237 0.0213 0.01978 0.095 0.04373 0.154 0.00072999 0.00876