Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 50 (11%) 391 9.9999e-06 5.91e-05 0.0055199 0.0143 0.10496 0.17 0.10505 0.17 0.00045 0.00163 0.078269 0.134 0.00041 0.00151 0.00194 0.00576 0.00147 0.00448 0.0079699 0.0197 1q gain 105 (24%) 336 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.1251 0.196 0.01611 0.0362 8.9999e-05 0.000401 0.080999 0.138 9.9999e-06 5.91e-05 0.00061999 0.00215 0.052969 0.0989 0.00313 0.00859 2p gain 78 (18%) 363 9.9999e-06 5.91e-05 2e-05 0.000107 0.4531 0.547 0.52916 0.616 0.01168 0.0273 0.15568 0.234 0.0081899 0.0202 0.00093999 0.00311 0.097039 0.16 0.02543 0.0539 2q gain 66 (15%) 375 2e-05 0.000107 0.00071999 0.00244 0.49927 0.59 0.55778 0.638 0.0021 0.00614 0.075489 0.131 0.0075099 0.0188 0.0089799 0.0219 0.73662 0.8 0.23671 0.324 3p gain 52 (12%) 389 0.04074 0.0799 0.13545 0.21 0.0097399 0.0235 0.060769 0.11 0.41745 0.515 0.097839 0.16 0.16928 0.249 0.30407 0.398 0.23178 0.318 0.15683 0.235 3q gain 91 (21%) 350 0.00018 0.000711 0.01207 0.0279 0.051439 0.0971 0.21998 0.307 0.29598 0.389 0.02105 0.046 0.01678 0.0375 0.079149 0.135 0.13378 0.208 0.076919 0.132 4p gain 21 (5%) 420 0.17299 0.254 0.25968 0.348 0.28647 0.38 0.11197 0.178 0.04148 0.0812 0.073559 0.128 0.89464 0.915 0.02901 0.0607 0.12866 0.201 0.37546 0.476 4q gain 16 (4%) 425 0.097429 0.16 0.13076 0.204 0.88318 0.91 0.16192 0.24 0.0076399 0.0191 0.056649 0.104 0.23193 0.318 0.0061399 0.0158 0.48988 0.583 0.10687 0.172 5p gain 100 (23%) 341 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.78644 0.845 0.11098 0.177 2e-05 0.000107 0.00058999 0.00208 0.00066999 0.00228 9.9999e-06 5.91e-05 0.086489 0.146 0.00029 0.00111 5q gain 43 (10%) 398 0.00156 0.00471 0.19834 0.281 0.60951 0.688 0.24698 0.335 0.6846 0.757 0.93684 0.95 0.92472 0.94 0.41325 0.512 0.88835 0.912 0.36471 0.464 6p gain 81 (18%) 360 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.060019 0.109 0.051949 0.0978 9.9999e-06 5.91e-05 0.00474 0.0124 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.23109 0.318 4e-05 0.000194 6q gain 66 (15%) 375 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.03836 0.0754 0.065519 0.116 9.9999e-06 5.91e-05 0.02032 0.0446 3e-05 0.000151 0.00018 0.000711 0.076959 0.132 3e-05 0.000151 7p gain 202 (46%) 239 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.53746 0.621 0.13992 0.215 0.0077299 0.0192 0.04267 0.0831 0.14583 0.222 0.01098 0.0258 0.095099 0.158 0.0081699 0.0202 7q gain 171 (39%) 270 9.9999e-06 5.91e-05 0.00131 0.0041 0.43811 0.534 0.30929 0.403 0.18835 0.271 0.15888 0.237 0.38132 0.481 0.2215 0.308 0.2882 0.381 0.25102 0.338 8p gain 183 (41%) 258 0.00238 0.00684 0.0015 0.00455 0.27205 0.363 0.25557 0.343 0.82897 0.869 0.35851 0.459 0.43389 0.53 0.77944 0.838 0.80893 0.861 0.99597 0.998 8q gain 240 (54%) 201 0.41027 0.509 4e-05 0.000194 0.42598 0.524 0.51201 0.599 0.15429 0.232 0.98509 0.99 0.0131 0.03 0.03484 0.0711 0.18798 0.271 0.059729 0.108 9p gain 59 (13%) 382 1 1 0.80097 0.856 0.83239 0.869 0.71693 0.783 0.8667 0.897 0.82785 0.869 0.86835 0.897 0.68113 0.755 1 1 0.28249 0.376 9q gain 77 (17%) 364 0.40784 0.507 0.42402 0.523 0.50618 0.597 0.77187 0.833 0.62728 0.705 0.6898 0.759 0.56334 0.643 0.83084 0.869 0.82333 0.868 0.458 0.55 10p gain 98 (22%) 343 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.8056 0.86 0.39165 0.49 0.0073999 0.0186 0.12544 0.196 0.050609 0.0958 0.00060999 0.00212 0.54495 0.628 0.01605 0.0362 10q gain 67 (15%) 374 2e-05 0.000107 0.04637 0.0892 0.66133 0.736 0.50924 0.599 0.16017 0.238 0.075669 0.131 0.14955 0.227 0.10482 0.17 0.18048 0.261 0.17343 0.254 11p gain 62 (14%) 379 9.9999e-06 5.91e-05 0.00011 0.000464 0.25472 0.342 0.29095 0.384 0.057809 0.105 0.085789 0.145 0.00021 0.000818 0.00026 0.001 0.069289 0.121 0.0096499 0.0234 11q gain 74 (17%) 367 9.9999e-06 5.91e-05 7.9999e-05 0.000364 0.03659 0.0734 0.1908 0.273 0.02079 0.0455 0.0067799 0.0173 5e-05 0.000238 5.9999e-05 0.000281 0.0176 0.0391 6.9999e-05 0.000324 12p gain 92 (21%) 349 0.00041 0.00151 0.19147 0.274 0.2404 0.328 0.77346 0.833 0.19335 0.276 0.23099 0.318 0.17531 0.256 0.27143 0.363 0.01176 0.0274 0.32966 0.429 12q gain 78 (18%) 363 0.072529 0.126 0.54571 0.628 0.00335 0.00911 0.53781 0.621 0.89353 0.915 0.54069 0.624 0.37009 0.471 0.51107 0.599 0.28326 0.376 0.38636 0.485 13q gain 153 (35%) 288 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.075689 0.131 0.86539 0.896 2e-05 0.000107 0.00384 0.0103 9.9999e-06 5.91e-05 0.00058999 0.00208 0.56365 0.643 0.00397 0.0106 14q gain 28 (6%) 413 0.050199 0.0952 0.23869 0.326 0.53597 0.621 0.61002 0.688 0.49371 0.586 0.79061 0.848 0.34822 0.448 0.51781 0.603 0.04852 0.0925 0.02935 0.0613 15q gain 39 (9%) 402 9.9999e-06 5.91e-05 0.00204 0.00601 0.35882 0.459 0.052819 0.0988 0.02331 0.0503 0.03762 0.0747 0.063059 0.112 0.00313 0.00859 0.22361 0.31 0.0062299 0.016 16p gain 58 (13%) 383 0.0046 0.0121 0.04903 0.0932 0.45338 0.547 0.01144 0.0268 0.45232 0.547 0.18937 0.272 0.76304 0.825 0.71498 0.782 0.82134 0.868 0.14129 0.217 16q gain 48 (11%) 393 0.0097599 0.0235 0.2227 0.309 0.9204 0.937 0.16672 0.246 0.61431 0.691 0.65376 0.73 0.90961 0.928 0.81001 0.861 0.88848 0.912 0.083319 0.142 17p gain 29 (7%) 412 0.00271 0.00762 0.0083999 0.0206 0.89834 0.918 0.94818 0.96 0.10694 0.172 0.2204 0.307 0.23146 0.318 0.47585 0.568 0.10817 0.173 0.0249 0.0531 17q gain 64 (15%) 377 9.9999e-06 5.91e-05 0.00079999 0.00269 0.86254 0.895 0.55451 0.636 0.00048 0.00174 0.0052899 0.0137 0.20673 0.291 0.38271 0.482 0.15897 0.237 0.02192 0.0476 18p gain 85 (19%) 356 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.45529 0.549 0.00060999 0.00212 9.9999e-05 0.000429 0.04308 0.0836 0.00027 0.00104 5e-05 0.000238 0.00032 0.0012 0.00324 0.00887 18q gain 55 (12%) 386 0.03798 0.0749 0.01185 0.0275 0.8207 0.868 0.052089 0.0978 0.01367 0.0312 0.38099 0.481 0.053169 0.099 0.01507 0.0342 0.11443 0.181 0.17315 0.254 19p gain 53 (12%) 388 0.00346 0.00934 0.85702 0.89 0.03361 0.0689 0.21616 0.303 0.88797 0.912 0.95293 0.964 0.40399 0.504 0.79668 0.854 0.72966 0.794 0.56491 0.644 19q gain 79 (18%) 362 9.9999e-06 5.91e-05 0.10391 0.169 0.01095 0.0258 0.02369 0.0509 0.13736 0.212 0.095509 0.158 0.04316 0.0836 0.068139 0.12 0.03772 0.0747 0.0088499 0.0217 20p gain 242 (55%) 199 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.062479 0.112 0.01865 0.0413 2e-05 0.000107 2e-05 0.000107 4e-05 0.000194 9.9999e-06 5.91e-05 0.087809 0.148 7.9999e-05 0.000364 20q gain 280 (63%) 161 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.088399 0.148 0.00143 0.00439 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.062369 0.112 9.9999e-06 5.91e-05 21q gain 22 (5%) 419 0.00052999 0.0019 0.00448 0.0119 0.10641 0.172 0.46709 0.561 0.00021 0.000818 0.24402 0.332 0.02765 0.058 0.00055999 0.00199 0.67942 0.754 0.00237 0.00683 22q gain 32 (7%) 409 0.02476 0.0531 0.054819 0.102 0.59639 0.676 0.81424 0.864 0.17978 0.261 0.2055 0.29 0.12104 0.19 0.55701 0.638 0.44401 0.54 0.63557 0.713 xp gain 51 (12%) 390 0.11573 0.182 0.00271 0.00762 0.99415 0.998 0.49904 0.59 0.44507 0.54 0.70638 0.775 0.01066 0.0254 0.39032 0.489 0.58841 0.668 0.10956 0.175 xq gain 55 (12%) 386 0.032 0.0658 0.03065 0.0637 0.97512 0.981 0.80874 0.861 0.17737 0.258 0.02242 0.0486 0.03668 0.0734 0.45346 0.547 0.82692 0.869 0.22838 0.316 1p loss 58 (13%) 383 9.9999e-06 5.91e-05 8.9999e-05 0.000401 0.73245 0.796 0.5104 0.599 0.00135 0.00417 0.00309 0.00859 0.00469 0.0123 0.0068899 0.0175 0.30424 0.398 0.00489 0.0127 1q loss 25 (6%) 416 8.9999e-05 0.000401 0.00012 0.000501 0.84635 0.881 0.53732 0.621 0.071559 0.125 0.01031 0.0246 0.34434 0.445 0.090379 0.151 0.4257 0.524 0.00142 0.00437 2p loss 23 (5%) 418 0.00016 0.000648 5.9999e-05 0.000281 0.16151 0.24 0.19842 0.281 0.03079 0.0637 0.59932 0.678 0.15705 0.235 0.1456 0.222 0.04734 0.0909 0.65945 0.736 2q loss 30 (7%) 411 9.9999e-06 5.91e-05 0.00018 0.000711 0.38059 0.481 0.34928 0.449 0.14376 0.22 0.64757 0.724 0.2808 0.374 0.02544 0.0539 0.22741 0.315 0.55382 0.636 3p loss 93 (21%) 348 9.9999e-06 5.91e-05 0.00019 0.000747 0.61177 0.689 0.45658 0.55 2e-05 0.000107 0.00311 0.00859 0.04172 0.0814 0.00083999 0.0028 0.086279 0.146 0.00131 0.0041 3q loss 56 (13%) 385 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-05 0.000429 0.065439 0.116 0.34307 0.444 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.00146 0.00446 0.01078 0.0255 0.16333 0.241 6.9999e-05 0.000324 4p loss 167 (38%) 274 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.49769 0.589 0.30478 0.398 9.9999e-06 5.91e-05 0.070339 0.123 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.0097699 0.0235 9.9999e-06 5.91e-05 4q loss 165 (37%) 276 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.89257 0.915 0.052149 0.0978 2e-05 0.000107 0.02587 0.0546 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.18574 0.268 2e-05 0.000107 5p loss 63 (14%) 378 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.96895 0.976 0.48015 0.573 9.9999e-06 5.91e-05 0.00060999 0.00212 2e-05 0.000107 9.9999e-06 5.91e-05 0.14833 0.225 4e-05 0.000194 5q loss 108 (24%) 333 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.75572 0.818 0.29137 0.384 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.057539 0.105 9.9999e-06 5.91e-05 6p loss 50 (11%) 391 9.9999e-06 5.91e-05 8.9999e-05 0.000401 0.01219 0.0281 0.51384 0.601 0.00221 0.00642 0.03038 0.0633 0.51458 0.601 0.011 0.0258 0.096249 0.159 0.20286 0.287 6q loss 69 (16%) 372 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-05 0.000429 0.097099 0.16 0.67772 0.753 0.00082999 0.00278 0.0047 0.0123 0.50819 0.598 0.0356 0.0721 0.1131 0.179 0.2874 0.38 7p loss 17 (4%) 424 0.00064999 0.00223 0.00174 0.0052 0.24609 0.334 0.96109 0.971 0.00228 0.0066 0.64295 0.72 0.00074999 0.00253 0.00428 0.0114 0.054209 0.101 0.03663 0.0734 7q loss 29 (7%) 412 9.9999e-06 5.91e-05 0.00033 0.00123 0.15284 0.231 0.8244 0.868 7.9999e-05 0.000364 0.41697 0.515 0.00013 0.000537 0.00251 0.00713 0.11267 0.179 0.14004 0.215 8p loss 91 (21%) 350 9.9999e-06 5.91e-05 5e-04 0.0018 0.03733 0.0745 0.03499 0.0712 0.00023 0.000891 0.00018 0.000711 0.0142 0.0323 0.00132 0.00411 0.0073499 0.0185 9.9999e-05 0.000429 8q loss 37 (8%) 404 9.9999e-06 5.91e-05 0.43093 0.528 0.38353 0.482 0.43107 0.528 0.0176 0.0391 0.061129 0.11 0.02029 0.0446 0.14512 0.222 0.83788 0.873 0.04338 0.0839 9p loss 149 (34%) 292 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.49332 0.586 5.9999e-05 0.000281 9.9999e-06 5.91e-05 0.00012 0.000501 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.066699 0.117 0.00011 0.000464 9q loss 104 (24%) 337 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.82408 0.868 0.00337 0.00913 9.9999e-06 5.91e-05 0.00111 0.00358 3e-05 0.000151 9.9999e-06 5.91e-05 0.03591 0.0725 4e-05 0.000194 10p loss 64 (15%) 377 9.9999e-06 5.91e-05 0.0012 0.00384 0.48114 0.573 0.077489 0.133 0.00166 0.00498 0.00135 0.00417 0.00108 0.00351 0.00031 0.00117 0.090439 0.151 0.16354 0.241 10q loss 68 (15%) 373 9.9999e-06 5.91e-05 2e-05 0.000107 0.68609 0.757 0.055199 0.102 3e-05 0.000151 0.00192 0.00572 0.00268 0.00759 2e-05 0.000107 0.13934 0.215 0.02352 0.0507 11p loss 64 (15%) 377 9.9999e-06 5.91e-05 5e-05 0.000238 0.065359 0.116 0.0201 0.0444 0.01237 0.0284 0.0215 0.0468 0.19615 0.279 0.0069399 0.0176 0.063019 0.112 0.00209 0.00613 11q loss 61 (14%) 380 9.9999e-06 5.91e-05 0.0013 0.0041 0.92659 0.941 0.35326 0.453 0.15425 0.232 0.10451 0.17 0.6609 0.736 0.21864 0.306 0.059429 0.108 0.01653 0.0371 12p loss 62 (14%) 379 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.33882 0.439 0.33547 0.435 9.9999e-06 5.91e-05 0.00014 0.000576 0.00113 0.00363 9.9999e-06 5.91e-05 0.0090999 0.0221 9.9999e-06 5.91e-05 12q loss 52 (12%) 389 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.68769 0.758 0.58044 0.66 9.9999e-05 0.000429 0.00293 0.00821 0.096659 0.159 9.9999e-05 0.000429 0.057749 0.105 0.00066999 0.00228 13q loss 37 (8%) 404 0.00035 0.0013 0.47078 0.564 0.25222 0.339 0.056749 0.104 0.71957 0.784 0.18949 0.272 0.79865 0.855 0.81961 0.868 0.40565 0.505 0.71462 0.782 14q loss 111 (25%) 330 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.74799 0.811 0.25093 0.338 0.00013 0.000537 0.00129 0.00408 0.00031 0.00117 3e-05 0.000151 0.03179 0.0655 0.0103 0.0246 15q loss 90 (20%) 351 9.9999e-06 5.91e-05 3e-04 0.00114 0.01705 0.038 0.43309 0.53 9.9999e-05 0.000429 0.00103 0.00338 0.04601 0.0887 0.00445 0.0118 0.24624 0.334 0.00093999 0.00311 16p loss 100 (23%) 341 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.35921 0.459 0.37493 0.476 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.00104 0.0034 9.9999e-06 5.91e-05 16q loss 114 (26%) 327 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.91858 0.936 0.057799 0.105 9.9999e-06 5.91e-05 0.00011 0.000464 2e-05 0.000107 9.9999e-06 5.91e-05 0.00249 0.0071 3e-05 0.000151 17p loss 164 (37%) 277 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.0107 0.0254 0.00311 0.00859 9.9999e-06 5.91e-05 3e-05 0.000151 0.00044 0.00161 9.9999e-06 5.91e-05 0.03558 0.0721 0.00016 0.000648 17q loss 74 (17%) 367 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.7712 0.833 0.066499 0.117 4e-05 0.000194 0.02493 0.0531 0.00161 0.00485 9.9999e-06 5.91e-05 0.43617 0.532 0.03082 0.0637 18p loss 119 (27%) 322 9.9999e-06 5.91e-05 0.03801 0.0749 0.82523 0.868 0.11208 0.178 0.30221 0.397 0.03631 0.0732 0.39768 0.497 0.17938 0.261 0.14998 0.227 0.088289 0.148 18q loss 154 (35%) 287 9.9999e-06 5.91e-05 2e-05 0.000107 0.85402 0.888 0.03751 0.0747 0.0033 0.009 0.00018 0.000711 0.02641 0.0556 0.00124 0.00395 0.03483 0.0711 0.00015 0.000614 19p loss 116 (26%) 325 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.3628 0.463 0.00367 0.00988 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.00096999 0.00319 9.9999e-06 5.91e-05 19q loss 86 (20%) 355 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.69796 0.767 0.062959 0.112 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.0063599 0.0163 9.9999e-06 5.91e-05 20p loss 22 (5%) 419 0.0152 0.0344 0.00242 0.00693 0.0064899 0.0166 0.68546 0.757 0.097769 0.16 0.11928 0.188 0.34687 0.447 0.59001 0.669 0.7076 0.776 0.47412 0.567 21q loss 181 (41%) 260 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.20084 0.284 0.31979 0.416 0.0011 0.00356 0.00312 0.00859 0.02589 0.0546 0.00055999 0.00199 0.01187 0.0275 0.00044 0.00161 22q loss 146 (33%) 295 9.9999e-06 5.91e-05 9.9999e-06 5.91e-05 0.87255 0.9 0.00212 0.00618 0.00199 0.00588 0.0077099 0.0192 3e-05 0.000151 9.9999e-06 5.91e-05 0.091739 0.153 0.00064999 0.00223 xp loss 61 (14%) 380 9.9999e-06 5.91e-05 0.00128 0.00407 0.83187 0.869 0.17948 0.261 0.10805 0.173 0.20674 0.291 0.5298 0.616 0.1577 0.236 0.13525 0.21 0.24977 0.338 xq loss 55 (12%) 386 9.9999e-06 5.91e-05 3e-05 0.000151 0.96498 0.973 0.04793 0.0916 0.092379 0.154 0.085099 0.145 0.4045 0.504 0.04763 0.0912 0.056999 0.105 0.21191 0.297