Clinical Features CN_CNMF METHLYATION_CNMF RPPA_CNMF RPPA_CHIERARCHICAL MRNASEQ_CNMF MRNASEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_CNMF MIRSEQ_CHIERARCHICAL MIRSEQ_MATURE_CNMF MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL nCNV (%) nWild-Type Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q Fisher's exact test_P Fisher's exact test_Q 1p gain 4 (1%) 495 0.7004 0.799 0.69434 0.799 NA NA NA NA 0.5042 0.645 0.61391 0.738 0.48171 0.628 0.13692 0.245 0.62466 0.746 0.36018 0.508 1q gain 26 (5%) 473 0.19633 0.327 9.9999e-06 0.000311 0.051169 0.12 0.055949 0.129 0.00016 0.00163 9.9999e-06 0.000311 0.01534 0.0489 0.04778 0.114 0.03988 0.103 0.01487 0.0477 3p gain 3 (1%) 496 0.62336 0.746 0.77625 0.863 NA NA NA NA 0.6413 0.751 0.58691 0.717 0.7648 0.859 0.18914 0.317 0.56311 0.704 0.18663 0.314 4p gain 5 (1%) 494 0.088459 0.178 0.03218 0.0846 NA NA NA NA 0.02377 0.0671 0.01436 0.0468 0.4743 0.62 0.01388 0.0462 0.067279 0.146 0.01281 0.0439 4q gain 5 (1%) 494 0.090109 0.18 0.03183 0.0842 NA NA NA NA 0.02445 0.068 0.0141 0.0462 0.47266 0.62 0.01452 0.0468 0.067289 0.146 0.0132 0.0448 5p gain 21 (4%) 478 0.0088799 0.0325 0.0058499 0.0235 0.12575 0.228 0.26215 0.407 0.01274 0.0439 7.9999e-05 0.000908 0.00261 0.0118 0.00013 0.00139 0.0063699 0.0251 0.00146 0.0073 5q gain 17 (3%) 482 0.00066999 0.00416 0.00027 0.00221 0.26685 0.407 0.088119 0.177 0.00056999 0.00374 9.9999e-05 0.00109 0.00124 0.00671 9.9999e-06 0.000311 0.00135 0.00705 0.00051999 0.00349 7p gain 18 (4%) 481 0.0053899 0.0219 0.0013 0.00691 0.23745 0.375 0.058729 0.133 0.00195 0.00935 0.00014 0.00147 0.01174 0.0417 4e-05 0.000638 0.00214 0.00994 0.00088999 0.0053 7q gain 20 (4%) 479 0.0065699 0.0257 0.00032 0.00255 0.14274 0.252 0.01659 0.0505 0.00032 0.00255 2e-05 0.000381 0.00302 0.0134 9.9999e-06 0.000311 0.00025 0.00214 6.9999e-05 0.000843 8p gain 6 (1%) 493 0.04118 0.104 0.95922 1 1 1 0.64575 0.753 0.70431 0.802 0.54376 0.686 0.72096 0.82 0.451 0.593 1 1 0.45147 0.593 8q gain 7 (1%) 492 0.079059 0.164 0.82569 0.909 1 1 0.64412 0.753 0.91181 0.993 0.51721 0.657 0.7657 0.859 0.62972 0.747 0.88199 0.966 0.62794 0.747 9p gain 3 (1%) 496 0.62278 0.746 0.77574 0.863 NA NA NA NA 0.64186 0.751 0.5893 0.718 0.59804 0.727 1 1 0.89507 0.976 1 1 9q gain 4 (1%) 495 0.48641 0.628 0.92099 1 NA NA NA NA 0.37727 0.524 0.37667 0.524 0.43833 0.585 1 1 0.58717 0.717 1 1 11p gain 6 (1%) 493 0.04128 0.104 0.17967 0.305 0.88402 0.966 0.30254 0.451 0.070349 0.149 0.04673 0.113 0.00165 0.00811 0.0068499 0.0266 0.13798 0.245 0.092399 0.18 11q gain 5 (1%) 494 0.087819 0.177 0.31635 0.465 0.88317 0.966 0.30237 0.451 0.17363 0.296 0.12306 0.223 0.0055499 0.0224 0.02298 0.0652 0.40014 0.546 0.26556 0.407 12p gain 15 (3%) 484 0.00048 0.00337 2e-05 0.000381 0.76708 0.859 0.089259 0.179 5e-05 0.000737 9.9999e-06 0.000311 0.00026 0.00216 9.9999e-06 0.000311 0.00022 0.00197 5e-05 0.000737 12q gain 15 (3%) 484 0.00050999 0.00349 5e-05 0.000737 0.7663 0.859 0.088009 0.177 2e-05 0.000381 9.9999e-06 0.000311 2e-04 0.0019 2e-05 0.000381 0.00026 0.00216 6.9999e-05 0.000843 13q gain 5 (1%) 494 0.39157 0.54 0.13475 0.242 0.63279 0.747 0.21606 0.348 0.068949 0.149 0.1035 0.194 0.57304 0.707 0.074359 0.155 0.21867 0.351 0.18333 0.309 14q gain 11 (2%) 488 0.00088999 0.0053 0.00043 0.00313 0.48327 0.628 0.16976 0.294 0.00133 0.00701 0.00022 0.00197 0.056459 0.13 6.9999e-05 0.000843 0.00119 0.00656 0.00023 0.00203 16p gain 15 (3%) 484 4e-04 0.00295 0.00142 0.00716 0.70028 0.799 0.085619 0.175 0.00051999 0.00349 3e-05 0.000506 0.0062699 0.0248 5.9999e-05 0.000823 0.00033 0.00256 5.9999e-05 0.000823 16q gain 13 (3%) 486 0.00142 0.00716 0.0070999 0.0272 0.44643 0.589 0.29575 0.446 0.0027 0.0121 0.00039 0.00291 0.03094 0.0828 0.00022 0.00197 0.00255 0.0116 0.00066999 0.00416 17p gain 16 (3%) 483 0.00019 0.00184 2e-05 0.000381 0.32256 0.47 0.03129 0.0832 9.9999e-06 0.000311 9.9999e-06 0.000311 0.00044 0.00317 9.9999e-06 0.000311 6.9999e-05 0.000843 3e-05 0.000506 17q gain 18 (4%) 481 0.00035 0.00265 9.9999e-06 0.000311 0.70004 0.799 0.01702 0.051 4e-05 0.000638 9.9999e-06 0.000311 0.00047 0.00334 9.9999e-06 0.000311 7.9999e-05 0.000908 2e-05 0.000381 18p gain 6 (1%) 493 0.18078 0.306 0.4202 0.569 NA NA NA NA 0.21071 0.342 0.26627 0.407 0.22696 0.359 0.11202 0.207 0.52587 0.665 0.10752 0.201 18q gain 6 (1%) 493 0.17746 0.302 0.42037 0.569 NA NA NA NA 0.20845 0.341 0.26592 0.407 0.2269 0.359 0.11045 0.205 0.52617 0.665 0.10821 0.202 19p gain 8 (2%) 491 0.0076499 0.0286 0.01203 0.0418 NA NA NA NA 0.00149 0.00739 0.00024 0.00208 0.053069 0.124 2e-05 0.000381 0.068229 0.148 0.00097999 0.00567 19q gain 10 (2%) 489 0.01199 0.0418 0.00195 0.00935 0.36822 0.515 0.071249 0.15 0.00019 0.00184 2e-05 0.000381 0.0091299 0.0333 9.9999e-06 0.000311 0.00443 0.0183 8.9999e-05 0.001 20p gain 12 (2%) 487 0.0039 0.0172 0.01762 0.052 0.44572 0.589 0.10244 0.193 0.0069199 0.0267 0.00087999 0.0053 0.056189 0.129 0.00065999 0.00416 0.050709 0.12 0.01996 0.0569 20q gain 12 (2%) 487 0.00403 0.0174 0.01653 0.0505 0.44514 0.589 0.10231 0.193 0.0072999 0.0278 0.00109 0.00612 0.057139 0.131 0.00059999 0.00389 0.051259 0.12 0.01957 0.0563 21q gain 5 (1%) 494 0.39055 0.54 0.68737 0.792 NA NA NA NA 0.33751 0.487 0.49253 0.632 0.141 0.25 0.30787 0.458 0.79207 0.875 0.57198 0.707 xp gain 8 (2%) 491 0.058939 0.133 0.02992 0.0806 0.77309 0.863 0.51796 0.657 0.072189 0.152 0.060239 0.135 0.27878 0.422 0.073289 0.153 0.059279 0.133 0.15695 0.275 xq gain 7 (1%) 492 0.079289 0.164 0.02938 0.0806 0.77557 0.863 0.51767 0.657 0.0471 0.113 0.01799 0.0528 0.098439 0.188 0.0060799 0.0242 0.01566 0.0493 0.02589 0.0714 1p loss 4 (1%) 495 0.48764 0.628 0.61261 0.738 NA NA NA NA 0.34125 0.489 0.31814 0.466 0.68187 0.79 0.064759 0.144 0.34549 0.493 0.04124 0.104 1q loss 3 (1%) 496 0.25483 0.399 0.22426 0.357 NA NA NA NA 0.17074 0.294 0.17301 0.296 0.76515 0.859 0.01661 0.0505 0.56536 0.704 0.01657 0.0505 2p loss 10 (2%) 489 0.00231 0.0106 0.00198 0.00942 0.6374 0.749 0.091999 0.18 0.00017 0.0017 7.9999e-05 0.000908 0.01342 0.0452 2e-05 0.000381 0.00139 0.00713 9.9999e-06 0.000311 2q loss 10 (2%) 489 0.00202 0.00953 0.00168 0.00819 0.57716 0.709 0.094339 0.183 0.00015 0.00155 3e-05 0.000506 0.01363 0.0457 2e-05 0.000381 0.0013 0.00691 2e-05 0.000381 3p loss 3 (1%) 496 0.25563 0.399 0.22197 0.354 NA NA NA NA 0.1698 0.294 0.17025 0.294 0.76631 0.859 0.01638 0.0505 0.56471 0.704 0.01677 0.0507 3q loss 4 (1%) 495 0.20089 0.331 0.086699 0.176 0.36453 0.513 0.44412 0.589 0.069839 0.149 0.04797 0.114 0.33411 0.483 0.00409 0.0174 0.21619 0.348 0.00411 0.0174 6p loss 4 (1%) 495 0.19979 0.331 0.30188 0.451 NA NA NA NA 0.55162 0.692 0.41089 0.559 0.68389 0.791 0.066609 0.146 0.34591 0.493 0.04048 0.104 6q loss 7 (1%) 492 0.01971 0.0565 0.02966 0.0806 0.10168 0.193 0.57892 0.71 0.04697 0.113 0.0186 0.0541 0.31227 0.462 0.00066999 0.00416 0.0408 0.104 0.00096999 0.00567 8p loss 4 (1%) 495 0.20166 0.331 0.29931 0.449 NA NA NA NA 0.069749 0.149 0.04721 0.113 0.04345 0.107 0.00435 0.0181 0.03992 0.103 0.01698 0.051 8q loss 4 (1%) 495 0.20224 0.331 0.29939 0.449 NA NA NA NA 0.069329 0.149 0.04719 0.113 0.04179 0.104 0.00404 0.0174 0.04174 0.104 0.0166 0.0505 9p loss 19 (4%) 480 0.02421 0.0677 0.091979 0.18 0.94132 1 0.64815 0.754 0.058159 0.132 0.062219 0.139 0.21025 0.342 0.0084199 0.0312 0.0173 0.0513 0.02522 0.0699 9q loss 25 (5%) 474 0.00056999 0.00374 0.03505 0.0915 0.57178 0.707 0.11751 0.215 0.2688 0.409 0.059939 0.134 0.053439 0.124 0.0074499 0.0282 0.01079 0.0388 0.01715 0.0511 10p loss 7 (1%) 492 0.080729 0.166 0.27467 0.417 0.36522 0.513 0.44359 0.589 0.03227 0.0846 0.01571 0.0493 0.31373 0.463 0.00080999 0.00498 0.04149 0.104 0.00118 0.00656 10q loss 6 (1%) 493 0.14362 0.253 0.42244 0.57 NA NA NA NA 0.071159 0.15 0.04716 0.113 0.43534 0.585 0.00424 0.0179 0.10211 0.193 0.0041 0.0174 11p loss 7 (1%) 492 0.23889 0.376 0.02991 0.0806 0.78472 0.87 0.95876 1 0.01452 0.0468 0.01853 0.0541 0.098469 0.188 0.00092999 0.00549 0.04126 0.104 0.00139 0.00713 11q loss 9 (2%) 490 0.43711 0.585 0.01547 0.0491 0.60529 0.732 0.83099 0.913 0.03977 0.103 0.01894 0.0548 0.081359 0.167 0.00209 0.00979 0.01193 0.0418 0.00035 0.00265 13q loss 14 (3%) 485 0.01319 0.0448 0.070189 0.149 0.0074999 0.0282 0.1317 0.237 0.01156 0.0413 0.0085799 0.0316 0.12114 0.221 0.00051999 0.00349 0.01002 0.0363 0.00033 0.00256 15q loss 8 (2%) 491 0.17155 0.294 0.01203 0.0418 0.15374 0.27 0.094989 0.184 0.00124 0.00671 0.00022 0.00197 0.01396 0.0462 2e-05 0.000381 0.0043 0.018 6.9999e-05 0.000843 17p loss 8 (2%) 491 0.21459 0.348 0.79478 0.876 0.63487 0.748 0.39228 0.54 0.76366 0.859 0.59992 0.727 0.31063 0.46 0.16224 0.283 0.26413 0.407 0.1636 0.285 17q loss 4 (1%) 495 0.48496 0.628 0.57686 0.709 NA NA NA NA 1 1 0.66718 0.775 0.19007 0.318 0.57257 0.707 0.79227 0.875 0.56548 0.704 18p loss 4 (1%) 495 0.48512 0.628 0.11508 0.212 0.63335 0.747 0.39423 0.54 0.33821 0.487 0.31697 0.465 0.36755 0.515 0.090979 0.18 0.34924 0.497 0.26632 0.407 18q loss 4 (1%) 495 0.48944 0.629 0.11258 0.208 0.62892 0.747 0.39328 0.54 0.3416 0.489 0.31984 0.467 0.37065 0.517 0.091019 0.18 0.35093 0.498 0.26347 0.407 19p loss 5 (1%) 494 0.72748 0.825 0.031 0.0828 0.1218 0.222 0.26058 0.406 0.02418 0.0677 0.01409 0.0462 0.04277 0.106 0.00104 0.00596 0.00226 0.0104 0.00107 0.00607 21q loss 8 (2%) 491 0.59983 0.727 0.69857 0.799 0.63102 0.747 0.21929 0.351 0.32571 0.473 0.42761 0.576 0.10978 0.204 0.02955 0.0806 0.35441 0.501 0.052919 0.124 22q loss 89 (18%) 410 9.9999e-06 0.000311 9.9999e-06 0.000311 0.40967 0.558 0.50914 0.65 9.9999e-06 0.000311 9.9999e-06 0.000311 0.00478 0.0196 5.9999e-05 0.000823 3e-05 0.000506 6.9999e-05 0.000843 xp loss 4 (1%) 495 0.48785 0.628 0.61322 0.738 0.065209 0.144 0.19884 0.33 0.55031 0.692 0.21752 0.35 0.080589 0.166 0.091889 0.18 0.13806 0.245 0.091489 0.18 xq loss 5 (1%) 494 0.33136 0.48 0.68658 0.792 0.065259 0.144 0.20192 0.331 0.43734 0.585 0.39325 0.54 0.24431 0.383 0.098159 0.188 0.12831 0.232 0.096389 0.186