Clinical Features	CN_CNMF		METHLYATION_CNMF		RPPA_CNMF		RPPA_CHIERARCHICAL		MRNASEQ_CNMF		MRNASEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_CNMF		MIRSEQ_CHIERARCHICAL		MIRSEQ_MATURE_CNMF		MIRSEQ_MATURE_CHIERARCHICAL	
	nCNV (%)	nWild-Type	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q	Fisher's exact test_P	Fisher's exact test_Q
amp_1q31.2	29 (6%)	470	0.3402	0.45	4e-05	0.000533	0.01629	0.0507	0.02176	0.0627	0.00016	0.0016	2e-05	0.000343	0.01294	0.0435	0.081559	0.155	0.058249	0.125	0.02955	0.0793
amp_4q31.21	9 (2%)	490	0.02985	0.0793	0.03068	0.08	0.78573	0.857	0.62951	0.734	0.30538	0.414	0.083919	0.158	0.71149	0.795	0.35463	0.461	0.4041	0.514	0.15159	0.251
amp_5q21.1	23 (5%)	476	0.0067099	0.0246	0.01733	0.052	0.26878	0.384	0.087629	0.163	0.01663	0.0507	0.01267	0.043	0.04102	0.0978	0.0059499	0.0225	0.054419	0.119	0.02686	0.0733
amp_5q33.1	21 (4%)	478	0.00019	0.00175	0.00031	0.00266	0.24704	0.36	0.071569	0.14	0.00107	0.0067	4e-05	0.000533	0.00236	0.0118	9.9999e-06	0.000225	0.00182	0.00993	0.00037	0.00303
amp_13q14.2	6 (1%)	493	0.18001	0.281	0.42191	0.529	0.63413	0.734	0.21949	0.324	0.21179	0.316	0.26689	0.384	1	1	0.3415	0.45	0.38456	0.494	0.63411	0.734
amp_22q11.21	7 (1%)	492	0.03192	0.0809	0.062499	0.129	NA	NA	NA	NA	0.01516	0.0496	0.03941	0.0959	0.077199	0.149	0.03119	0.0802	0.058679	0.125	0.0061099	0.0229
amp_xp11.22	8 (2%)	491	0.057479	0.124	0.02997	0.0793	1	1	0.30066	0.413	0.16459	0.263	0.060019	0.126	0.27976	0.39	0.074449	0.144	0.058819	0.125	0.15647	0.257
amp_xq22.3	15 (3%)	484	0.30599	0.414	0.66169	0.759	0.77376	0.85	0.51918	0.623	0.71962	0.802	0.90083	0.959	0.93459	0.987	0.63655	0.734	0.32356	0.431	0.94348	0.99
del_1q42.13	5 (1%)	494	0.38859	0.498	0.68591	0.777	0.1229	0.211	0.93411	0.987	0.069409	0.137	0.15603	0.257	0.47512	0.584	0.31115	0.419	0.34529	0.453	0.04228	0.0981
del_2p23.1	12 (2%)	487	0.00357	0.0162	0.00111	0.00677	0.63475	0.734	0.093179	0.168	9.9999e-06	0.000225	2e-05	0.000343	0.0033	0.0154	9.9999e-06	0.000225	0.0073899	0.0269	9.9999e-06	0.000225
del_2q22.1	10 (2%)	489	0.00221	0.0114	0.00207	0.011	0.58031	0.687	0.092959	0.168	0.00018	0.00171	3e-05	0.00047	0.01351	0.045	9.9999e-06	0.000225	0.00142	0.00811	2e-05	0.000343
del_2q37.3	13 (3%)	486	0.00017	0.00165	0.00045	0.00352	0.70052	0.786	0.1021	0.18	0.00016	0.0016	3e-05	0.00047	0.0085699	0.0302	9.9999e-06	0.000225	0.00059999	0.00424	2e-05	0.000343
del_4q34.3	5 (1%)	494	0.088349	0.163	0.69087	0.777	0.7737	0.85	0.51674	0.622	0.43863	0.545	0.57436	0.682	0.47431	0.584	0.073679	0.143	0.20574	0.31	0.069459	0.137
del_5p15.2	4 (1%)	495	1	1	0.19311	0.3	NA	NA	NA	NA	0.27323	0.388	0.2749	0.388	0.43875	0.545	0.68271	0.775	0.26298	0.38	0.6814	0.775
del_7q34	4 (1%)	495	0.8111	0.872	0.50543	0.617	NA	NA	NA	NA	0.85179	0.91	0.67742	0.774	0.90751	0.964	1	1	0.63438	0.734	1	1
del_8p23.2	4 (1%)	495	0.20092	0.305	0.30189	0.413	NA	NA	NA	NA	0.069489	0.137	0.04716	0.105	0.04306	0.0982	0.00429	0.0177	0.04076	0.0978	0.01554	0.0504
del_8p22	4 (1%)	495	0.19968	0.305	0.2992	0.413	NA	NA	NA	NA	0.069249	0.137	0.04783	0.106	0.04236	0.0981	0.00413	0.0175	0.04135	0.0979	0.01639	0.0507
del_8p12	4 (1%)	495	0.19971	0.305	0.302	0.413	NA	NA	NA	NA	0.069829	0.137	0.04688	0.105	0.04309	0.0982	0.00412	0.0175	0.04166	0.098	0.01659	0.0507
del_8q24.22	7 (1%)	492	0.096549	0.172	0.03059	0.08	0.77331	0.85	0.17501	0.275	0.00377	0.0166	0.00108	0.0067	0.0082599	0.0294	6.9999e-05	0.000787	5e-04	0.00367	0.00029	0.00255
del_9p21.3	20 (4%)	479	0.01255	0.043	0.01592	0.0507	0.94125	0.99	0.64696	0.744	0.047	0.105	0.0255	0.0706	0.02642	0.0726	0.00044	0.00352	0.0023	0.0117	0.00218	0.0114
del_9q22.33	27 (5%)	472	0.00046	0.00352	0.052259	0.115	0.57299	0.682	0.11605	0.202	0.24583	0.36	0.02893	0.0783	0.03482	0.0864	0.00344	0.0159	0.00433	0.0177	0.0076899	0.0277
del_10p12.31	7 (1%)	492	0.079229	0.152	0.27689	0.388	0.78484	0.857	0.26739	0.384	0.03113	0.0802	0.01686	0.051	0.3154	0.422	0.00074999	0.005	0.04089	0.0978	0.00118	0.00708
del_10q21.2	12 (2%)	487	0.04253	0.0981	0.37762	0.489	0.27417	0.388	0.68859	0.777	0.03465	0.0864	0.065839	0.133	0.3794	0.49	0.17417	0.275	0.04796	0.106	0.01643	0.0507
del_10q23.31	12 (2%)	487	0.13854	0.233	0.10039	0.178	0.01612	0.0507	0.16025	0.261	0.002	0.0107	0.00428	0.0177	0.02415	0.0679	0.00069999	0.00475	0.01033	0.0361	0.00052999	0.00382
del_13q12.3	16 (3%)	483	0.00326	0.0154	0.0055799	0.0216	0.10264	0.18	0.088119	0.163	0.00135	0.00784	0.01898	0.0556	0.34606	0.453	0.0064699	0.024	0.02282	0.0647	0.0053699	0.021
del_13q14.3	20 (4%)	479	0.0027	0.0133	0.055639	0.121	0.037	0.0906	0.17732	0.278	0.00151	0.00849	0.00371	0.0165	0.21855	0.324	0.00155	0.00858	0.00329	0.0154	0.00047	0.00352
del_15q25.3	8 (2%)	491	0.17263	0.274	0.01192	0.0413	0.15115	0.251	0.096349	0.172	0.00123	0.00726	0.00028	0.00252	0.01463	0.0483	2e-05	0.000343	0.00411	0.0175	9.9999e-05	0.00109
del_16q23.3	6 (1%)	493	0.01875	0.0556	0.27595	0.388	0.12115	0.209	0.40795	0.515	0.086689	0.163	0.14274	0.239	0.03607	0.0889	0.20496	0.31	0.062979	0.13	0.059989	0.126
del_17p13.1	8 (2%)	491	0.21198	0.316	0.79586	0.86	0.62832	0.734	0.39317	0.502	0.76234	0.847	0.59951	0.708	0.30529	0.414	0.1617	0.261	0.26305	0.38	0.16047	0.261
del_18q21.33	5 (1%)	494	0.45555	0.564	0.065959	0.133	0.77476	0.85	0.51447	0.622	0.17105	0.272	0.12488	0.213	0.13158	0.223	0.02267	0.0647	0.11881	0.206	0.091609	0.168
del_19p13.2	7 (1%)	492	0.79459	0.86	0.00487	0.0195	0.48305	0.591	0.3252	0.432	0.00361	0.0162	0.00097999	0.0063	0.00459	0.0186	6.9999e-05	0.000787	0.00011	0.00116	6.9999e-05	0.000787
del_19p13.12	8 (2%)	491	0.81813	0.877	0.0317	0.0809	0.083949	0.158	0.10569	0.185	0.01886	0.0556	0.0059499	0.0225	0.02175	0.0627	0.00037	0.00303	0.00079999	0.00524	0.00064999	0.0045
del_21q21.1	9 (2%)	490	0.4336	0.542	0.79256	0.86	0.31203	0.419	0.35121	0.458	0.55111	0.659	0.8023	0.865	0.060729	0.126	0.02455	0.0685	0.16088	0.261	0.03427	0.0863
del_22q13.1	89 (18%)	410	9.9999e-06	0.000225	9.9999e-06	0.000225	0.40872	0.515	0.50853	0.618	9.9999e-06	0.000225	9.9999e-06	0.000225	0.0050299	0.0199	5.9999e-05	0.000745	9.9999e-06	0.000225	5e-05	0.000643
del_22q13.32	90 (18%)	409	9.9999e-06	0.000225	9.9999e-06	0.000225	0.40879	0.515	0.5095	0.618	9.9999e-06	0.000225	9.9999e-06	0.000225	0.00296	0.0144	4e-05	0.000533	9.9999e-06	0.000225	4e-05	0.000533
del_xq28	4 (1%)	495	0.20002	0.305	0.30202	0.413	0.064429	0.132	0.19947	0.305	0.1645	0.263	0.24458	0.359	0.21212	0.316	0.091969	0.168	0.13561	0.229	0.092689	0.168