Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 114 genes and 8 molecular subtypes across 228 patients, 2 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • BRAF mutation correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 114 genes and 8 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 117 (51%) 111 2.22e-07
(0.000201) 		0.0586
(1.00) 		0.0311
(1.00) 		0.00983
(1.00) 		0.0314
(1.00) 		8.88e-05
(0.0804) 		0.231
(1.00) 		0.154
(1.00)
TP53 35 (15%) 193 0.143
(1.00) 		0.0271
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.121
(1.00)
C15ORF23 14 (6%) 214 0.128
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.86
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.779
(1.00)
CDKN2A 33 (14%) 195 0.11
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.731
(1.00)
NRAS 67 (29%) 161 0.000531
(0.48) 		0.084
(1.00) 		0.0923
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.829
(1.00)
OXA1L 7 (3%) 221 0.437
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.627
(1.00)
STK19 11 (5%) 217 0.737
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.605
(1.00)
PTEN 18 (8%) 210 0.643
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.323
(1.00)
RAC1 17 (7%) 211 0.631
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.321
(1.00)
IDH1 12 (5%) 216 0.311
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.0891
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.115
(1.00)
ACSM2B 38 (17%) 190 0.658
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.438
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.704
(1.00)
PPP6C 18 (8%) 210 0.558
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0992
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.113
(1.00)
LCE1B 12 (5%) 216 0.146
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.91
(1.00)
MUC7 19 (8%) 209 0.955
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.0377
(1.00) 		0.087
(1.00) 		0.0497
(1.00)
OR51S1 27 (12%) 201 0.316
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.871
(1.00)
NAP1L2 23 (10%) 205 0.7
(1.00) 		1
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00)
PRB2 31 (14%) 197 0.509
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.193
(1.00)
TAF1A 13 (6%) 215 0.676
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.0838
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.914
(1.00)
HIST1H2AA 10 (4%) 218 0.363
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.229
(1.00)
FRG2B 16 (7%) 212 0.898
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.187
(1.00)
CDH9 33 (14%) 195 0.839
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.00366
(1.00) 		0.419
(1.00)
PRAMEF11 21 (9%) 207 0.773
(1.00) 		0.0631
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.631
(1.00)
HBG2 8 (4%) 220 0.601
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.206
(1.00)
DDX3X 18 (8%) 210 0.614
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.208
(1.00)
PRB4 19 (8%) 209 0.41
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.0299
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.26
(1.00)
GRXCR1 18 (8%) 210 0.867
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.0392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.208
(1.00)
HHLA2 17 (7%) 211 0.0519
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.00441
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.015
(1.00) 		0.493
(1.00)
RBM11 13 (6%) 215 0.242
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.0519
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.454
(1.00)
FUT9 22 (10%) 206 0.418
(1.00) 		0.0258
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.678
(1.00)
TTN 176 (77%) 52 0.41
(1.00) 		0.0137
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.314
(1.00)
HBD 10 (4%) 218 0.3
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.0352
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.891
(1.00)
KIAA1257 14 (6%) 214 0.42
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.784
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.515
(1.00)
USP17L2 19 (8%) 209 0.229
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.462
(1.00)
CADM2 23 (10%) 205 0.729
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.00591
(1.00)
GFRAL 31 (14%) 197 0.164
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.96
(1.00)
OR4N2 22 (10%) 206 0.299
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.0222
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.185
(1.00)
UGT2B15 21 (9%) 207 0.439
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.345
(1.00)
UNC119B 6 (3%) 222 0.45
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.551
(1.00) 		1
(1.00) 		0.462
(1.00)
RAPGEF5 12 (5%) 216 1
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.491
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.0624
(1.00)
C8A 27 (12%) 201 0.615
(1.00) 		0.0801
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.163
(1.00)
ANKRD20A4 5 (2%) 223 0.27
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.616
(1.00) 		1
(1.00)
ELF5 6 (3%) 222 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.59
(1.00) 		1
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.157
(1.00)
SPAG16 16 (7%) 212 0.847
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.0725
(1.00) 		0.106
(1.00)
PHGDH 9 (4%) 219 0.48
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.35
(1.00)
COPG2 9 (4%) 219 0.321
(1.00) 		0.912
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.779
(1.00)
GML 9 (4%) 219 0.174
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.779
(1.00)
TBC1D3B 5 (2%) 223 0.225
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.0591
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.861
(1.00) 		1
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.641
(1.00)
TFEC 15 (7%) 213 1
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.0742
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.728
(1.00)
TRAT1 13 (6%) 215 1
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.587
(1.00)
PRR23B 15 (7%) 213 0.392
(1.00) 		0.0371
(1.00) 		0.00685
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.09
(1.00) 		0.00109
(0.984)
C9ORF119 8 (4%) 220 0.483
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.304
(1.00)
LIN7A 11 (5%) 217 0.858
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.81
(1.00)
PARM1 18 (8%) 210 0.867
(1.00) 		1
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.39
(1.00)
CCK 6 (3%) 222 0.582
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.0771
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.714
(1.00)
FIGLA 3 (1%) 225 0.629
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.69
(1.00)
TCEB3C 26 (11%) 202 0.506
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0428
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.252
(1.00)
DEFB118 9 (4%) 219 0.391
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.614
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.779
(1.00)
VEGFC 17 (7%) 211 0.598
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		0.148
(1.00)
MARCH11 11 (5%) 217 1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.142
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ZFP106 10 (4%) 218 0.849
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.509
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.447
(1.00)
PDE1A 32 (14%) 196 0.337
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.299
(1.00)
NUDT4 5 (2%) 223 1
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.498
(1.00)
FGF16 7 (3%) 221 1
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.00469
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.094
(1.00) 		0.524
(1.00)
OR4F6 15 (7%) 213 0.943
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.04
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.392
(1.00)
CD2 17 (7%) 211 0.411
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.703
(1.00)
EIF3D 4 (2%) 224 0.829
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.419
(1.00) 		1
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.429
(1.00)
MKX 15 (7%) 213 0.12
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.492
(1.00)
ARL16 7 (3%) 221 0.18
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.391
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
OR2L3 15 (7%) 213 0.531
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.424
(1.00)
DEFB119 6 (3%) 222 1
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.438
(1.00) 		1
(1.00)
KLHL4 21 (9%) 207 0.807
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.345
(1.00)
NR1H4 12 (5%) 216 0.427
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.58
(1.00) 		1
(1.00) 		0.371
(1.00)
IL32 9 (4%) 219 0.391
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.528
(1.00) 		1
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00)
DGAT2L6 11 (5%) 217 0.339
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.81
(1.00)
OR8D4 11 (5%) 217 0.585
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.0723
(1.00) 		0.0151
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.0707
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.667
(1.00)
GRXCR2 15 (7%) 213 0.392
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.791
(1.00)
OR5H2 15 (7%) 213 0.707
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.492
(1.00)
SIGLEC14 12 (5%) 216 0.311
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.035
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.91
(1.00)
ZNF479 24 (11%) 204 0.657
(1.00) 		1
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.074
(1.00) 		0.633
(1.00)
C2 12 (5%) 216 0.0329
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.0549
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.0989
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.415
(1.00)
GH2 10 (4%) 218 0.0987
(1.00) 		0.601
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.573
(1.00)
GK2 29 (13%) 199 0.771
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.807
(1.00)
C2ORF40 7 (3%) 221 0.236
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.627
(1.00)
CXCR2 13 (6%) 215 0.594
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.914
(1.00)
RPTN 39 (17%) 189 0.315
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.0296
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.452
(1.00)
PRIM2 13 (6%) 215 0.366
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.412
(1.00)
MUM1L1 26 (11%) 202 0.629
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.0988
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.587
(1.00)
TLL1 44 (19%) 184 0.933
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.0508
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.456
(1.00)
PRC1 13 (6%) 215 0.938
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.0597
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.541
(1.00)
GLRB 23 (10%) 205 0.286
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.0346
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.5
(1.00)
AREG 6 (3%) 222 0.769
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.462
(1.00)
SPINK13 8 (4%) 220 0.14
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.485
(1.00)
ACD 9 (4%) 219 0.289
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.0584
(1.00)
C2ORF39 9 (4%) 219 0.391
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.0322
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.889
(1.00)
RERG 9 (4%) 219 0.48
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.688
(1.00)
TUBB8 13 (6%) 215 0.635
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.373
(1.00)
AGXT2 18 (8%) 210 0.745
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.345
(1.00)
C9 16 (7%) 212 0.949
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.688
(1.00)
CX3CL1 4 (2%) 224 0.14
(1.00) 		0.134
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.429
(1.00)
DEFB112 8 (4%) 220 0.177
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.421
(1.00)
FAM19A1 8 (4%) 220 0.158
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.456
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.488
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.876
(1.00)
LONRF2 16 (7%) 212 1
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.987
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.688
(1.00)
NAP1L4 9 (4%) 219 0.0259
(1.00) 		0.0438
(1.00) 		0.035
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00)
OR5J2 14 (6%) 214 0.574
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.492
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0557
(1.00) 		0.37
(1.00)
POM121 14 (6%) 214 0.474
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.553
(1.00)
RBM22 7 (3%) 221 0.437
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.459
(1.00) 		1
(1.00) 		0.524
(1.00)
SLC10A2 20 (9%) 208 0.426
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.145
(1.00)
C4ORF22 11 (5%) 217 0.634
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.267
(1.00)
CLEC14A 19 (8%) 209 0.027
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.361
(1.00) 		1
(1.00)
GNAI2 4 (2%) 224 1
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.219
(1.00) 		0.144
(1.00)
IGF2BP3 6 (3%) 222 0.881
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.518
(1.00) 		1
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.714
(1.00)
RBM46 15 (7%) 213 0.752
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.0872
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.177
(1.00)
SERPINB4 30 (13%) 198 0.752
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.315
(1.00)
SORT1 10 (4%) 218 0.92
(1.00) 		0.779
(1.00) 		1
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.166
(1.00) 		1
(1.00) 		0.51
(1.00)
'BRAF MUTATION STATUS' versus 'CN_CNMF'

P value = 2.22e-07 (Fisher's exact test), Q value = 2e-04

Table S1.  Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 76 63 89
BRAF MUTATED 24 49 44
BRAF WILD-TYPE 52 14 45

Figure S1.  Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

'BRAF MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 8.88e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.08

Table S2.  Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 55 55 115
BRAF MUTATED 15 36 65
BRAF WILD-TYPE 40 19 50

Figure S2.  Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-All_Metastatic.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = SKCM-All_Metastatic.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 228

  • Number of significantly mutated genes = 114

  • Number of Molecular subtypes = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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