Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 109 genes and 8 molecular subtypes across 264 patients, no significant finding detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • No gene mutations related to molecuar subtypes.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 109 genes and 8 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 140 (53%) 124 0.036
(1.00) 		0.0552
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.0432
(1.00) 		0.073
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.252
(1.00)
C15ORF23 14 (5%) 250 0.912
(1.00) 		0.321
(1.00) 		1
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.718
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.577
(1.00)
CDKN2A 34 (13%) 230 0.437
(1.00) 		0.311
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.507
(1.00) 		1
(1.00)
NRAS 73 (28%) 191 0.0981
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.887
(1.00)
OXA1L 8 (3%) 256 0.618
(1.00) 		0.201
(1.00) 		1
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.714
(1.00)
STK19 11 (4%) 253 0.865
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.878
(1.00) 		1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.54
(1.00)
TP53 39 (15%) 225 0.328
(1.00) 		0.0542
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.107
(1.00)
TTN 204 (77%) 60 0.918
(1.00) 		0.00778
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.0235
(1.00) 		0.223
(1.00)
UGT2B15 24 (9%) 240 0.0936
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		0.313
(1.00) 		1
(1.00)
PTEN 23 (9%) 241 0.814
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.329
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.655
(1.00)
RAC1 17 (6%) 247 0.294
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.077
(1.00)
PPP6C 23 (9%) 241 0.279
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.0867
(1.00) 		0.0723
(1.00)
PRB2 39 (15%) 225 0.349
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.211
(1.00)
IDH1 15 (6%) 249 0.0362
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.789
(1.00)
NAP1L2 26 (10%) 238 0.151
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.932
(1.00) 		1
(1.00)
FIGLA 4 (2%) 260 0.655
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.301
(1.00)
RBM11 16 (6%) 248 0.307
(1.00) 		0.0267
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.068
(1.00) 		0.426
(1.00)
HBG2 9 (3%) 255 0.537
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.309
(1.00)
LCE1B 12 (5%) 252 0.0811
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.93
(1.00) 		1
(1.00)
MUC7 19 (7%) 245 0.806
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.0483
(1.00)
DDX3X 20 (8%) 244 0.955
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.874
(1.00) 		1
(1.00)
CDH9 37 (14%) 227 0.824
(1.00) 		0.0607
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.0091
(1.00) 		0.198
(1.00)
HIST1H2AA 10 (4%) 254 0.804
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.746
(1.00)
GFRAL 33 (12%) 231 0.763
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.25
(1.00)
TBC1D3B 6 (2%) 258 0.0975
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.48
(1.00) 		0.0842
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.578
(1.00) 		1
(1.00)
HHLA2 18 (7%) 246 0.229
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.0117
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.000705
(0.611) 		0.135
(1.00)
COPG2 10 (4%) 254 0.972
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.746
(1.00)
FGF16 8 (3%) 256 0.677
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.0128
(1.00) 		0.0279
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00)
IL32 10 (4%) 254 0.747
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00)
PRB4 19 (7%) 245 0.868
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.0303
(1.00) 		0.0729
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0857
(1.00)
NBPF7 16 (6%) 248 0.0502
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.861
(1.00) 		1
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00)
POM121 18 (7%) 246 1
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.454
(1.00)
ARID2 38 (14%) 226 0.29
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.0266
(1.00) 		0.0734
(1.00) 		1
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.373
(1.00)
MAP2K1 13 (5%) 251 0.859
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.00234
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.877
(1.00) 		1
(1.00)
DEFB118 10 (4%) 254 0.804
(1.00) 		0.0978
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.467
(1.00) 		1
(1.00) 		0.746
(1.00)
HBD 10 (4%) 254 0.918
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.0378
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.746
(1.00)
ANKRD20A4 5 (2%) 259 0.189
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.0471
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.528
(1.00) 		1
(1.00)
GLRB 26 (10%) 238 0.765
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.135
(1.00)
NR1H4 14 (5%) 250 0.982
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.743
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.253
(1.00)
OR51S1 30 (11%) 234 0.105
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.039
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.939
(1.00) 		1
(1.00)
TFEC 16 (6%) 248 0.35
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.807
(1.00) 		1
(1.00)
UNC119B 6 (2%) 258 0.14
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00) 		0.677
(1.00)
ZNF479 27 (10%) 237 0.532
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.674
(1.00)
FAM19A1 10 (4%) 254 0.056
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.0133
(1.00) 		0.0744
(1.00) 		1
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.513
(1.00)
GIMAP7 24 (9%) 240 0.00153
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.27
(1.00)
KLHL4 23 (9%) 241 0.693
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.064
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.496
(1.00)
NOTCH2NL 13 (5%) 251 0.695
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.0669
(1.00) 		0.017
(1.00) 		0.00564
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.0859
(1.00)
PRC1 15 (6%) 249 0.295
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.421
(1.00)
ZMAT4 10 (4%) 254 0.325
(1.00) 		0.0783
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.513
(1.00)
PDE1A 34 (13%) 230 0.831
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.057
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.344
(1.00)
GML 10 (4%) 254 0.844
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.124
(1.00) 		1
(1.00)
OR4N2 25 (9%) 239 0.318
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.00231
(1.00) 		0.0986
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.0536
(1.00)
ACSM2B 40 (15%) 224 0.378
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.482
(1.00)
USP17L2 19 (7%) 245 0.265
(1.00) 		0.0489
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.00514
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.464
(1.00)
TAF1A 13 (5%) 251 0.479
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.772
(1.00)
OR5H2 19 (7%) 245 0.342
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.792
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.754
(1.00) 		1
(1.00)
PHGDH 9 (3%) 255 0.936
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.309
(1.00)
BAGE2 14 (5%) 250 1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.78
(1.00)
FUT9 25 (9%) 239 0.639
(1.00) 		0.00568
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.832
(1.00)
MPP7 29 (11%) 235 0.388
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00)
TSPAN9 4 (2%) 260 0.473
(1.00) 		1
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.686
(1.00) 		1
(1.00)
TRAT1 13 (5%) 251 0.532
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.772
(1.00)
C9ORF119 8 (3%) 256 0.677
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.385
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.266
(1.00)
TUBB8 15 (6%) 249 0.292
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.421
(1.00)
ACD 10 (4%) 254 0.918
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.188
(1.00)
NUDT4 5 (2%) 259 0.134
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.0409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.373
(1.00)
C8A 30 (11%) 234 0.215
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.0673
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.324
(1.00)
KIAA1257 15 (6%) 249 0.92
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.421
(1.00)
SNAP91 28 (11%) 236 0.313
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.861
(1.00) 		1
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.298
(1.00)
CCK 7 (3%) 257 1
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.0415
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.712
(1.00)
SPINK13 9 (3%) 255 0.153
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.0683
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.735
(1.00)
ANXA10 14 (5%) 250 0.198
(1.00) 		0.0145
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.0977
(1.00) 		0.0276
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.161
(1.00)
LIN7A 11 (4%) 253 0.416
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.0278
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.54
(1.00)
C2 14 (5%) 250 0.151
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.911
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.00374
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.772
(1.00)
DGAT2L6 12 (5%) 252 0.345
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.813
(1.00) 		1
(1.00)
RAPGEF5 13 (5%) 251 0.339
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.253
(1.00)
OR2L3 17 (6%) 247 0.884
(1.00) 		0.0637
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.449
(1.00)
ZNF679 20 (8%) 244 0.512
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.483
(1.00)
NAP1L4 10 (4%) 254 0.0587
(1.00) 		0.0295
(1.00) 		0.878
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.513
(1.00)
PARM1 18 (7%) 246 0.0276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.924
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.0458
(1.00)
DEFB119 6 (2%) 258 0.531
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.946
(1.00) 		1
(1.00) 		0.336
(1.00) 		1
(1.00)
RGS18 10 (4%) 254 0.369
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00)
VEGFC 17 (6%) 247 0.0588
(1.00) 		0.408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.0489
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.119
(1.00)
ARL16 7 (3%) 257 0.687
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.181
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CACNA1H 24 (9%) 240 0.436
(1.00) 		0.0911
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.542
(1.00) 		0.826
(1.00)
CCNE2 13 (5%) 251 0.303
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.0417
(1.00) 		0.381
(1.00)
FRG2B 17 (6%) 247 0.771
(1.00) 		0.508
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.207
(1.00)
SPAG16 17 (6%) 247 0.222
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.449
(1.00)
USP29 40 (15%) 224 0.858
(1.00) 		1
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.319
(1.00) 		0.217
(1.00)
GH2 10 (4%) 254 0.176
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.0664
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.513
(1.00)
ST18 47 (18%) 217 0.3
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.877
(1.00) 		0.408
(1.00)
CCDC102B 22 (8%) 242 0.914
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.324
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.496
(1.00)
B2M 6 (2%) 258 0.946
(1.00) 		1
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.226
(1.00) 		0.0227
(1.00) 		0.677
(1.00)
CD2 17 (6%) 247 0.92
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.607
(1.00)
SLC38A4 30 (11%) 234 0.545
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.0602
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.774
(1.00) 		1
(1.00)
OR8D4 11 (4%) 253 0.114
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00)
MKX 16 (6%) 248 0.313
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.0741
(1.00) 		0.218
(1.00) 		1
(1.00)
SPATA8 11 (4%) 253 0.416
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.214
(1.00)
GPR137 10 (4%) 254 0.275
(1.00) 		0.392
(1.00) 		1
(1.00) 		0.87
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.716
(1.00) 		1
(1.00) 		0.513
(1.00)
GRXCR2 15 (6%) 249 0.683
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.0937
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.586
(1.00)
C2ORF40 7 (3%) 257 0.441
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.712
(1.00)
CADM2 23 (9%) 241 0.97
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.00265
(1.00)
OR5J2 16 (6%) 248 0.816
(1.00) 		0.761
(1.00) 		1
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.0463
(1.00) 		0.302
(1.00)
SIGLEC14 12 (5%) 252 0.12
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CX3CL1 4 (2%) 260 0.513
(1.00) 		0.131
(1.00) 		1
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.0951
(1.00) 		0.301
(1.00)
GNAI2 4 (2%) 260 0.334
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.792
(1.00) 		1
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.157
(1.00)
OR52J3 17 (6%) 247 0.642
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.801
(1.00)
AREG 6 (2%) 258 1
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.206
(1.00)
RUNDC3B 15 (6%) 249 0.494
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.912
(1.00) 		1
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.789
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-All_Samples.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = SKCM-All_Samples.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 264

  • Number of significantly mutated genes = 109

  • Number of Molecular subtypes = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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