Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 75 genes and 8 molecular subtypes across 31 patients, no significant finding detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • No gene mutations related to molecuar subtypes.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 75 genes and 8 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, no significant finding detected.

Clinical
Features 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test
NRAS 9 (29%) 22 0.704
(1.00) 		0.0207
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.594
(1.00)
TPTE 15 (48%) 16 0.289
(1.00) 		0.722
(1.00) 		1
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.578
(1.00)
TP53 10 (32%) 21 0.0538
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.366
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0249
(1.00) 		0.0581
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00)
GRXCR1 10 (32%) 21 0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.617
(1.00)
BRAF 9 (29%) 22 0.433
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.829
(1.00) 		1
(1.00) 		0.356
(1.00)
TRAT1 7 (23%) 24 0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.0373
(1.00) 		0.286
(1.00)
ZNF585B 9 (29%) 22 1
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.052
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.0602
(1.00) 		0.0538
(1.00) 		0.197
(1.00)
TPTE2 12 (39%) 19 0.149
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.0126
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.608
(1.00)
OR51S1 11 (35%) 20 0.458
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.0425
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00) 		0.465
(1.00)
RAC1 5 (16%) 26 0.333
(1.00) 		0.636
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0327
(1.00) 		0.0233
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00)
CDKN2A 6 (19%) 25 0.172
(1.00) 		0.37
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0277
(1.00) 		0.138
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0201
(1.00)
C7 14 (45%) 17 0.479
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.366
(1.00)
C15ORF23 6 (19%) 25 0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0277
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.928
(1.00)
GLRB 9 (29%) 22 1
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.887
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00)
FAM58A 5 (16%) 26 1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.911
(1.00) 		1
(1.00) 		0.046
(1.00)
EPHA6 15 (48%) 16 0.156
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0932
(1.00) 		0.0155
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0915
(1.00)
NAP1L2 9 (29%) 22 0.252
(1.00) 		0.456
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.838
(1.00)
OR4K5 10 (32%) 21 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.952
(1.00) 		1
(1.00) 		0.209
(1.00)
SLC9A11 13 (42%) 18 1
(1.00) 		0.0669
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.958
(1.00)
ADAMTS20 18 (58%) 13 1
(1.00) 		0.481
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.605
(1.00)
SLC38A4 13 (42%) 18 0.149
(1.00) 		0.00398
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0655
(1.00) 		0.458
(1.00) 		1
(1.00) 		0.172
(1.00)
OR2T2 8 (26%) 23 0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.899
(1.00)
PRB2 11 (35%) 20 0.458
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.3
(1.00) 		1
(1.00) 		0.594
(1.00)
COL21A1 12 (39%) 19 0.716
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.052
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.335
(1.00)
OR4N2 10 (32%) 21 0.704
(1.00) 		0.121
(1.00) 		1
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.443
(1.00) 		0.911
(1.00) 		1
(1.00) 		0.304
(1.00)
PROX1 7 (23%) 24 1
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.61
(1.00)
ANGPT1 10 (32%) 21 1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.223
(1.00)
C8A 11 (35%) 20 0.135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.676
(1.00)
SERPINB11 7 (23%) 24 0.22
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.836
(1.00) 		1
(1.00) 		0.54
(1.00)
C18ORF34 11 (35%) 20 0.458
(1.00) 		1
(1.00) 		0.657
(1.00) 		1
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.0518
(1.00)
FRG2B 7 (23%) 24 1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.94
(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00)
LPPR1 5 (16%) 26 1
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.596
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.798
(1.00)
THEMIS 10 (32%) 21 1
(1.00) 		0.28
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.871
(1.00) 		1
(1.00) 		0.455
(1.00)
SNAP91 10 (32%) 21 0.704
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.48
(1.00)
SLC27A6 8 (26%) 23 1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.366
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.487
(1.00)
CXORF22 11 (35%) 20 0.0659
(1.00) 		0.707
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0336
(1.00) 		0.00731
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.118
(1.00)
NOBOX 8 (26%) 23 0.433
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.0155
(1.00) 		0.268
(1.00)
MUC7 8 (26%) 23 0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.773
(1.00) 		1
(1.00) 		0.81
(1.00)
GIMAP7 6 (19%) 25 1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.28
(1.00) 		0.812
(1.00) 		1
(1.00) 		0.436
(1.00)
SYT17 6 (19%) 25 0.394
(1.00) 		0.0209
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.0068
(1.00) 		0.47
(1.00)
ASB15 9 (29%) 22 0.704
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.366
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		0.479
(1.00)
OR4A15 8 (26%) 23 0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.332
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00)
PROL1 9 (29%) 22 1
(1.00) 		0.233
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.0653
(1.00)
DSG3 16 (52%) 15 1
(1.00) 		0.722
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.892
(1.00) 		1
(1.00) 		0.853
(1.00)
OPRK1 9 (29%) 22 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.0966
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.197
(1.00)
PCSK5 13 (42%) 18 0.722
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.905
(1.00)
OR52A1 8 (26%) 23 0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.611
(1.00)
ACSM2B 10 (32%) 21 1
(1.00) 		0.441
(1.00) 		1
(1.00) 		0.589
(1.00) 		1
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.304
(1.00)
NOL4 11 (35%) 20 0.458
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.356
(1.00)
OXA1L 4 (13%) 27 1
(1.00) 		0.304
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.367
(1.00)
PPFIA2 12 (39%) 19 1
(1.00) 		0.724
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.933
(1.00)
IL1F8 6 (19%) 25 1
(1.00) 		0.0671
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0865
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.169
(1.00)
UGT2A1 7 (23%) 24 1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00)
SYT13 4 (13%) 27 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.526
(1.00) 		1
(1.00) 		0.048
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.0791
(1.00)
ASAH2 6 (19%) 25 0.0829
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.0829
(1.00) 		0.544
(1.00)
ZNF679 7 (23%) 24 0.22
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.756
(1.00)
C10ORF54 6 (19%) 25 0.172
(1.00) 		0.664
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.165
(1.00) 		1
(1.00) 		0.185
(1.00)
C10ORF120 7 (23%) 24 0.394
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.61
(1.00)
CHSY1 5 (16%) 26 0.172
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.401
(1.00)
CSF2RA 6 (19%) 25 0.394
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.786
(1.00)
KCND2 10 (32%) 21 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.366
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.646
(1.00)
SPEF2 12 (39%) 19 0.273
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0816
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.0422
(1.00)
RPGRIP1 8 (26%) 23 1
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.711
(1.00)
OR2L3 4 (13%) 27 0.6
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.526
(1.00) 		1
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.744
(1.00) 		1
(1.00) 		0.727
(1.00)
CCDC54 6 (19%) 25 0.172
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.29
(1.00)
KLHL14 7 (23%) 24 0.394
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.606
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00)
ZFX 7 (23%) 24 1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.86
(1.00)
KLHL13 10 (32%) 21 1
(1.00) 		0.068
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.131
(1.00)
NSUN7 5 (16%) 26 1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.478
(1.00)
VEGFC 6 (19%) 25 1
(1.00) 		0.185
(1.00) 		1
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.0829
(1.00) 		0.203
(1.00)
TMEM202 5 (16%) 26 0.172
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.657
(1.00)
ERC2 15 (48%) 16 0.156
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0845
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.263
(1.00)
GRM3 12 (39%) 19 0.716
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.176
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.0816
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.114
(1.00)
CDH12 9 (29%) 22 0.252
(1.00) 		0.132
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.402
(1.00)
SIRPB1 7 (23%) 24 1
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.574
(1.00)
Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-NF1_Any_Mutants.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = SKCM-NF1_Any_Mutants.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 31

  • Number of significantly mutated genes = 75

  • Number of Molecular subtypes = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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