Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2016_01_28 integration Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF	rawMAF
ACC	92	92	90	0	80	0	79	0	80	46	90	0
BLCA	412	412	410	112	412	0	408	0	409	344	130	395
BRCA	1098	1098	1089	19	1097	526	1093	0	1078	410	977	0
CESC	307	307	295	50	307	0	304	0	307	173	194	0
CHOL	51	36	36	0	36	0	36	0	36	30	35	0
COAD	460	458	451	69	457	153	457	0	406	360	154	367
COADREAD	631	629	616	104	622	222	623	0	549	491	223	489
DLBC	58	48	48	0	48	0	33	0	47	33	48	0
ESCA	185	185	184	51	185	0	184	0	184	126	185	0
FPPP	38	38	0	0	0	0	0	0	23	0	0	0
GBM	613	595	577	0	420	540	0	565	0	238	290	290
GBMLGG	1129	1110	1090	52	936	567	516	565	512	668	576	803
HNSC	528	528	522	108	528	0	520	0	523	212	279	510
KICH	113	113	66	0	66	0	66	0	66	63	66	66
KIPAN	973	941	883	0	892	88	889	0	873	756	644	799
KIRC	537	537	528	0	535	72	533	0	516	478	417	451
KIRP	323	291	289	0	291	16	290	0	291	215	161	282
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197	0
LGG	516	515	513	52	516	27	516	0	512	430	286	513
LIHC	377	377	370	0	377	0	371	0	372	63	198	373
LUAD	585	522	516	120	578	32	515	0	513	365	230	542
LUSC	504	504	501	0	503	154	501	0	478	328	178	0
MESO	87	87	87	0	87	0	86	0	87	63	0	0
OV	602	591	586	0	594	574	304	570	453	426	316	469
PAAD	185	185	184	0	184	0	178	0	178	123	146	0
PCPG	179	179	175	0	179	0	179	0	179	80	179	0
PRAD	499	499	492	115	498	0	497	0	494	352	332	0
READ	171	171	165	35	165	69	166	0	143	131	69	122
SARC	261	261	257	0	261	0	259	0	259	223	252	0
SKCM	470	470	469	118	470	0	468	0	448	204	343	366
STAD	443	443	442	107	443	0	378	0	436	357	289	0
STES	628	628	626	158	628	0	562	0	620	483	474	0
TGCT	150	134	150	0	150	0	150	0	150	118	149	0
THCA	503	503	499	98	503	0	501	0	502	222	402	0
THYM	124	124	123	0	124	0	120	0	124	90	0	0
UCEC	560	548	540	106	547	54	545	0	538	440	248	0
UCS	57	57	56	0	57	0	57	0	56	48	57	0
UVM	80	80	80	51	80	0	80	0	80	12	80	0
Totals	11368	11188	10987	1211	10972	2217	10053	1135	10156	6803	6977	4746