Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2013_11_14 stddata Run

Tumor	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNAseq	miR	miRseq	RPPA	MAF

ACC	92	0	90	0	80	0	79	0	80	0	0
BLCA	242	184	211	111	202	0	211	0	186	127	28
BRCA	1041	973	1005	0	987	526	988	0	984	408	772
CESC	189	78	155	0	163	0	145	0	163	0	39
COAD	437	431	428	69	435	153	418	0	407	331	154
COADREAD	605	599	590	104	597	222	574	0	550	461	223
DLBC	38	21	28	0	28	0	0	0	17	0	0
ESCA	93	22	72	15	73	0	0	0	72	0	0
GBM	606	575	560	0	403	540	160	565	0	214	290
HNSC	458	366	452	108	426	0	424	0	424	212	306
KICH	113	66	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	523	503	505	0	512	72	506	0	493	454	417
KIRP	214	129	170	0	172	16	161	0	158	0	112
LAML	143	143	140	0	140	0	128	0	136	0	142
LGG	408	258	296	0	291	27	302	0	296	258	220
LIHC	195	127	147	0	151	0	147	0	147	0	0
LUAD	563	459	493	120	556	32	488	0	492	237	229
LUSC	493	395	490	0	492	154	482	0	467	195	178
OV	592	580	576	0	584	574	296	570	453	412	316
PAAD	92	58	65	0	65	0	56	0	59	0	57
PANCAN12	5801	5257	5537	549	5422	2174	4731	1135	4689	2920	3149
PRAD	302	167	258	15	262	0	256	0	247	164	83
READ	168	168	162	35	162	69	156	0	143	130	69
SARC	137	82	111	0	83	0	103	0	97	0	0
SKCM	374	310	357	119	336	0	354	0	327	205	344
STAD	343	308	322	66	308	0	274	0	323	264	221
THCA	496	482	494	95	496	0	488	0	495	222	402
UCEC	535	480	515	106	523	54	513	0	504	200	248
UCS	57	15	56	0	57	0	56	0	56	0	0
Totals	8944	7380	8224	859	8053	2217	7257	1135	7292	4033	4693