Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2013_12_10 stddata Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	9	90	0	80	0	79	0	80	0	90
BLCA	242	186	211	111	242	0	211	0	200	127	28
BRCA	1041	974	1004	19	1024	526	988	0	982	408	772
CESC	189	82	155	0	179	0	159	0	163	0	39
COAD	437	434	427	69	434	153	418	0	406	331	154
COADREAD	605	602	589	104	596	222	574	0	549	461	223
DLBC	38	21	28	0	28	0	28	0	17	0	0
ESCA	93	22	72	32	73	0	0	0	72	0	0
GBM	606	576	560	0	414	540	160	565	0	214	290
HNSC	517	368	452	108	457	0	424	0	425	212	306
KICH	113	68	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	523	505	504	0	511	72	506	0	492	454	417
KIRP	214	138	170	0	172	16	161	0	158	0	112
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	466	266	296	0	403	27	302	0	306	258	220
LIHC	195	127	147	0	169	0	147	0	147	0	0
LUAD	563	461	493	120	555	32	488	0	491	237	229
LUSC	493	408	490	0	492	154	482	0	467	195	178
MESO	37	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
OV	592	580	576	0	584	574	296	570	453	412	316
PAAD	92	58	65	0	91	0	56	0	59	0	57
PANCAN12	5927	5340	5590	568	5591	2174	4781	1135	4750	2920	3204
PRAD	302	167	258	115	300	0	256	0	259	164	251
READ	168	168	162	35	162	69	156	0	143	130	69
SARC	137	82	111	0	127	0	103	0	97	0	0
SKCM	374	316	357	119	374	0	354	0	343	205	344
STAD	343	308	322	106	308	0	274	0	323	264	221
THCA	496	483	494	98	496	0	488	0	495	222	402
UCEC	545	480	514	106	522	54	513	0	503	200	248
UCS	57	22	56	0	57	0	56	0	56	0	0
Totals	9165	7509	8277	1038	8514	2217	7350	1135	7391	4033	5006