Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2014_02_15 stddata Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	9	90	0	80	0	79	0	80	0	90
BLCA	268	197	241	112	242	0	223	0	212	127	28
BRCA	1061	977	1031	19	1024	526	1037	0	994	408	976
CESC	211	98	181	0	189	0	185	0	163	0	39
COAD	437	434	427	69	434	153	432	0	406	331	154
COADREAD	605	602	589	104	596	222	588	0	549	461	223
DLBC	38	21	28	0	28	0	28	0	17	0	0
ESCA	126	39	81	32	93	0	0	0	72	0	0
GBM	607	578	564	0	414	540	160	565	0	214	290
HNSC	517	399	509	108	457	0	424	0	456	212	306
KICH	113	92	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	523	507	504	0	511	72	506	0	492	454	417
KIRP	246	160	172	0	172	16	172	0	172	0	168
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	516	298	463	52	403	27	365	0	306	258	289
LIHC	217	140	165	0	194	0	166	0	147	0	0
LUAD	563	465	493	120	555	32	488	0	491	237	229
LUSC	493	411	490	0	492	154	482	0	467	195	178
MESO	37	13	37	0	0	0	0	0	0	0	0
OV	592	580	576	0	584	574	296	570	453	412	316
PAAD	103	65	91	0	91	0	75	0	59	0	57
PANCAN12	5974	5398	5719	569	5601	2174	4860	1135	4815	2920	3408
PCPG	179	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
PRAD	381	190	295	115	300	0	297	0	259	164	251
READ	168	168	162	35	162	69	156	0	143	130	69
SARC	170	95	127	0	137	0	103	0	97	0	0
SKCM	386	333	374	119	374	0	372	0	343	205	344
STAD	373	311	332	107	308	0	274	0	323	264	221
THCA	496	484	494	98	496	0	494	0	495	222	402
UCEC	545	482	525	106	532	54	517	0	513	200	248
UCS	57	34	56	0	57	0	57	0	56	0	56
Totals	9715	7780	8771	1092	8589	2217	7633	1135	7470	4033	5391