Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2014_03_16 stddata Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	15	90	0	80	0	79	0	80	0	90
BLCA	268	198	252	112	242	0	241	0	241	127	130
BRCA	1061	981	1041	19	1024	526	1037	0	1021	408	976
CESC	242	127	192	0	189	0	185	0	200	0	39
COAD	448	436	427	69	434	153	432	0	406	331	154
COADREAD	616	604	589	104	596	222	595	0	549	461	223
DLBC	38	21	28	0	28	0	28	0	27	0	0
ESCA	165	39	97	32	93	0	0	0	72	0	0
GBM	607	578	570	0	414	540	160	565	0	214	290
HNSC	517	408	509	108	457	0	497	0	512	212	306
KICH	113	93	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	536	507	514	0	511	72	518	0	502	454	417
KIRP	259	164	182	0	198	16	172	0	198	0	168
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	516	305	463	52	403	27	463	0	438	258	289
LIHC	240	151	190	0	194	0	191	0	200	0	0
LUAD	563	466	493	120	555	32	488	0	491	237	229
LUSC	493	411	490	0	492	154	489	0	467	195	178
MESO	37	13	37	0	37	0	0	0	0	0	0
OV	592	580	576	0	584	574	296	570	453	412	316
PAAD	113	73	91	0	91	0	85	0	85	0	91
PCPG	179	10	0	0	179	0	0	0	0	0	0
PRAD	427	199	331	115	336	0	297	0	326	164	261
READ	168	168	162	35	162	69	163	0	143	130	69
SARC	199	102	137	0	170	0	103	0	136	0	0
SKCM	431	341	385	119	374	0	372	0	354	205	344
STAD	373	311	352	107	373	0	274	0	323	264	221
THCA	496	484	494	98	496	0	494	0	495	222	402
UCEC	556	482	525	106	532	54	527	0	513	200	248
UCS	57	57	56	0	57	0	57	0	56	0	57
Totals	9986	7920	8947	1092	8965	2217	7893	1135	7993	4033	5538