Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2014_05_18 stddata Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	76	90	0	80	0	79	0	80	0	91
BLCA	367	215	252	112	253	0	252	0	252	127	130
BRCA	1061	991	1042	19	1044	526	1048	0	1031	408	976
CESC	257	170	192	0	211	0	196	0	200	0	39
COAD	448	438	427	69	445	153	432	0	406	331	154
COADREAD	619	609	589	104	607	222	595	0	549	461	223
DLBC	58	30	28	0	28	0	28	0	27	0	0
ESCA	185	76	103	32	165	0	70	0	72	0	0
GBM	613	582	571	0	414	540	160	565	0	214	290
HNSC	528	418	511	108	516	0	497	0	512	212	306
KICH	113	94	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	537	508	514	0	534	72	518	0	502	454	417
KIRP	274	175	198	0	227	16	198	0	198	0	168
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	516	372	463	52	512	27	463	0	438	258	289
LIHC	291	160	199	0	237	0	200	0	200	0	202
LUAD	576	470	493	120	555	32	488	0	491	237	229
LUSC	504	412	490	0	492	154	489	0	467	195	178
MESO	87	15	37	0	37	0	36	0	26	0	0
OV	602	580	576	0	584	574	296	570	453	412	316
PAAD	147	81	91	0	91	0	85	0	85	0	91
PCPG	179	10	172	0	179	0	177	0	149	0	0
PRAD	427	248	331	115	336	0	333	0	326	164	261
READ	171	171	162	35	162	69	163	0	143	130	69
SARC	242	104	150	0	170	0	103	0	149	0	0
SKCM	470	352	384	118	385	0	371	0	353	204	343
STAD	386	323	352	107	373	0	274	0	323	264	221
THCA	503	490	494	98	496	0	494	0	495	222	402
UCEC	560	490	525	106	532	54	527	0	513	200	248
UCS	57	57	56	0	57	0	57	0	56	0	57
UVM	80	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Totals	10531	8308	9166	1091	9375	2217	8279	1135	8201	4032	5740