Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2014_06_14 stddata Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	80	90	0	80	0	79	0	80	0	91
BLCA	367	218	252	112	352	0	252	0	267	127	130
BRCA	1096	999	1052	19	1044	526	1048	0	1041	408	976
CESC	257	180	203	0	257	0	196	0	257	0	39
CHOL	36	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
COAD	460	439	427	69	445	153	432	0	406	331	154
COADREAD	631	610	589	104	607	222	595	0	549	461	223
DLBC	58	33	28	0	48	0	28	0	27	0	0
ESCA	185	81	126	32	176	0	70	0	125	0	0
GBM	613	582	571	0	414	540	160	565	0	214	290
HNSC	528	422	511	108	527	0	497	0	512	212	306
KICH	113	94	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	537	509	514	0	535	72	518	0	506	454	417
KIRP	274	197	212	0	242	16	198	0	242	0	168
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	516	388	486	52	512	27	486	0	504	258	289
LIHC	377	164	208	0	238	0	200	0	268	0	202
LUAD	585	473	493	120	555	32	488	0	491	237	229
LUSC	504	414	490	0	492	154	489	0	467	195	178
MESO	87	17	37	0	37	0	36	0	26	0	0
OV	602	587	576	0	584	574	296	570	453	412	316
PAAD	185	89	102	0	130	0	96	0	96	0	91
PCPG	179	57	172	0	179	0	178	0	179	0	0
PRAD	500	257	373	115	336	0	374	0	417	164	261
READ	171	171	162	35	162	69	163	0	143	130	69
SARC	261	108	169	0	170	0	103	0	194	0	0
SKCM	470	366	384	118	403	0	371	0	409	204	343
STAD	443	337	370	107	373	0	274	0	353	264	221
THCA	503	490	494	98	496	0	494	0	495	222	402
UCEC	560	490	525	106	543	54	527	0	534	200	248
UCS	57	57	56	0	57	0	57	0	56	0	57
UVM	80	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
Totals	10896	8499	9346	1091	9647	2217	8355	1135	8802	4032	5740