Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2014_09_02 stddata Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	90	90	0	80	0	79	0	80	46	91
BLCA	412	222	309	112	367	0	310	0	310	127	130
BRCA	1097	1033	1053	19	1045	526	1058	0	1042	409	976
CESC	307	243	244	0	256	0	252	0	256	0	194
CHOL	36	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
COAD	460	442	438	69	445	153	443	0	406	331	154
COADREAD	631	613	600	104	610	222	606	0	549	461	223
DLBC	58	33	43	0	48	0	28	0	27	0	0
ESCA	185	143	184	32	185	0	125	0	175	0	0
GBM	613	582	571	0	420	540	160	565	0	214	290
HNSC	528	456	511	108	528	0	497	0	512	212	306
KICH	113	96	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	537	520	527	0	535	72	531	0	515	454	417
KIRP	323	221	241	0	242	16	241	0	242	207	168
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	516	421	513	52	516	27	513	0	512	258	289
LIHC	377	222	266	0	291	0	268	0	268	0	202
LUAD	585	479	493	120	569	32	488	0	491	181	229
LUSC	504	422	490	0	492	154	489	0	467	195	178
MESO	87	36	57	0	87	0	36	0	26	0	0
OV	602	589	576	0	594	574	296	570	453	412	316
PAAD	185	118	102	0	146	0	124	0	129	106	91
PCPG	179	113	175	0	179	0	179	0	179	0	178
PRAD	499	352	420	115	425	0	419	0	421	164	261
READ	171	171	162	35	165	69	163	0	143	130	69
SARC	261	135	213	0	242	0	212	0	240	0	0
SKCM	470	398	384	118	458	0	382	0	415	204	343
STAD	443	353	372	107	386	0	274	0	372	264	221
TGCT	150	0	0	0	150	0	0	0	0	0	0
THCA	503	490	494	98	503	0	494	0	495	222	402
THYM	124	0	0	0	124	0	0	0	0	0	0
UCEC	560	498	540	106	547	54	538	0	534	200	248
UCS	57	57	56	0	57	0	57	0	56	0	57
UVM	80	0	47	0	80	0	0	0	0	0	0
Totals	11314	9135	9834	1091	10422	2217	8901	1135	9020	4336	6073