Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2014_10_17 stddata Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	92	90	0	80	0	79	0	80	46	90
BLCA	412	281	410	112	367	0	357	0	409	127	130
BRCA	1097	1043	1088	19	1045	526	1091	0	1077	409	976
CESC	307	250	295	0	256	0	252	0	307	0	194
CHOL	36	0	36	0	0	0	36	0	36	0	0
COAD	460	449	450	69	445	153	443	0	406	331	154
COADREAD	631	620	615	104	610	222	606	0	549	461	223
DLBC	58	35	48	0	48	0	28	0	47	0	0
ESCA	185	151	184	32	185	0	125	0	184	0	0
GBM	613	587	577	0	420	540	160	565	0	214	290
HNSC	528	494	522	108	528	0	497	0	523	212	306
KICH	113	96	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	537	525	528	0	535	72	531	0	516	454	417
KIRP	323	223	289	0	242	16	289	0	291	207	161
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	516	433	513	52	516	27	513	0	512	258	289
LIHC	377	317	370	0	291	0	268	0	372	0	198
LUAD	585	483	515	120	569	32	488	0	513	181	229
LUSC	504	422	501	0	492	154	501	0	478	195	178
MESO	87	39	87	0	87	0	85	0	76	0	0
OV	602	589	586	0	594	574	296	570	453	412	316
PAAD	185	133	184	0	146	0	178	0	178	106	91
PCPG	179	132	175	0	179	0	179	0	179	0	178
PRAD	499	368	492	115	425	0	486	0	494	164	261
READ	171	171	165	35	165	69	163	0	143	130	69
SARC	261	157	257	0	242	0	257	0	259	0	0
SKCM	470	427	469	118	458	0	467	0	448	204	343
STAD	443	397	442	107	386	0	274	0	442	264	221
TGCT	150	31	150	0	150	0	150	0	75	0	0
THCA	503	497	501	98	503	0	501	0	502	222	402
THYM	124	0	123	0	124	0	116	0	124	0	0
UCEC	560	514	540	106	547	54	538	0	538	200	248
UCS	57	57	56	0	57	0	57	0	56	0	57
UVM	80	0	80	0	80	0	80	0	79	0	0
Totals	11314	9593	10986	1091	10422	2217	9730	1135	10051	4336	6061