Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2014_12_06 stddata Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	92	90	0	80	0	79	0	80	46	90
BLCA	412	318	410	112	367	0	407	0	409	127	130
BRCA	1098	1068	1089	19	1046	526	1091	0	1078	410	977
CESC	307	268	295	0	256	0	304	0	307	173	194
CHOL	36	0	36	0	0	0	36	0	36	0	0
COAD	460	451	450	69	445	153	456	0	406	331	154
COADREAD	631	622	615	104	610	222	622	0	549	461	223
DLBC	58	40	48	0	48	0	28	0	47	0	0
ESCA	185	159	184	32	185	0	184	0	184	126	0
FPPP	38	38	0	0	0	0	0	0	21	0	0
GBM	613	590	577	0	420	540	160	565	0	214	290
GBMLGG	1129	1033	1090	52	936	567	676	565	512	472	579
HNSC	528	508	522	108	528	0	514	0	523	212	306
KICH	113	97	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIRC	537	526	528	0	535	72	533	0	516	454	417
KIRP	323	242	289	0	242	16	290	0	291	207	161
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	516	443	513	52	516	27	516	0	512	258	289
LIHC	377	345	370	0	291	0	371	0	372	0	198
LUAD	585	498	516	120	569	32	511	0	513	181	230
LUSC	504	479	501	0	492	154	501	0	478	195	178
MESO	87	69	87	0	87	0	86	0	76	0	0
OV	602	590	586	0	594	574	296	570	453	412	316
PAAD	185	157	184	0	146	0	178	0	178	106	91
PCPG	179	168	175	0	179	0	179	0	179	80	178
PRAD	499	390	492	115	425	0	497	0	494	164	333
READ	171	171	165	35	165	69	166	0	143	130	69
SARC	261	221	257	0	242	0	257	0	259	222	0
SKCM	470	434	469	118	458	0	468	0	448	204	343
STAD	443	403	442	107	386	0	274	0	442	264	221
TGCT	150	71	150	0	150	0	150	0	150	0	0
THCA	503	499	501	98	503	0	501	0	502	222	402
THYM	124	0	123	0	124	0	119	0	124	0	0
UCEC	560	522	540	106	547	54	543	0	538	200	248
UCS	57	57	56	0	57	0	57	0	56	48	57
UVM	80	28	80	0	80	0	80	0	80	12	80
Totals	11353	10142	10988	1091	10423	2217	10077	1135	10149	4998	6215