Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2015_02_04 stddata Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF
ACC	92	92	90	0	80	0	79	0	80	46	90
BLCA	412	348	410	112	412	0	408	0	409	127	130
BRCA	1098	1070	1089	19	1081	526	1093	0	1078	410	977
CESC	307	286	295	0	307	0	304	0	307	173	194
CHOL	36	34	36	0	36	0	36	0	36	30	0
COAD	460	452	450	69	457	153	457	0	406	331	154
COADREAD	631	623	615	104	622	222	623	0	549	461	223
DLBC	58	46	48	0	48	0	28	0	47	33	0
ESCA	185	170	184	32	185	0	184	0	184	126	0
FPPP	38	38	0	0	0	0	0	0	21	0	0
GBM	613	591	577	0	420	540	160	565	0	214	290
GBMLGG	1129	1048	1090	52	936	567	676	565	512	472	576
HNSC	528	511	522	108	528	0	520	0	523	212	279
KICH	113	110	66	0	66	0	66	0	66	0	66
KIPAN	973	897	883	0	892	88	889	0	873	661	644
KIRC	537	529	528	0	535	72	533	0	516	454	417
KIRP	323	258	289	0	291	16	290	0	291	207	161
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197
LGG	516	457	513	52	516	27	516	0	512	258	286
LIHC	377	360	370	0	377	0	371	0	372	0	198
LUAD	585	518	516	120	578	32	515	0	513	181	230
LUSC	504	491	501	0	503	154	501	0	478	195	178
MESO	87	72	87	0	87	0	86	0	87	0	0
OV	602	591	586	0	594	574	296	570	453	412	316
PAAD	185	170	184	0	184	0	178	0	178	106	123
PCPG	179	178	175	0	179	0	179	0	179	80	178
PRAD	499	438	492	115	498	0	497	0	494	164	425
READ	171	171	165	35	165	69	166	0	143	130	69
SARC	260	246	256	0	260	0	258	0	258	221	0
SKCM	470	438	469	118	470	0	468	0	448	204	343
STAD	443	430	442	107	443	0	274	0	442	264	221
TGCT	150	122	150	0	150	0	150	0	150	118	150
THCA	503	501	501	98	503	0	501	0	502	222	402
THYM	124	115	123	0	124	0	120	0	124	90	0
UCEC	560	532	540	106	547	54	545	0	538	200	248
UCS	57	57	56	0	57	0	57	0	56	48	57
UVM	80	71	80	0	80	0	80	0	80	12	80
Totals	11352	10693	10987	1091	10955	2217	10095	1135	10159	5268	6459