Summary: Broad GDAC Ingested TCGA Data

Summary of TCGA Tumor Data
Ingested into Broad GDAC Pipeline
2015_06_01 stddata Run

Cohort	BCR	Clinical	CN	LowP	Methylation	mRNA	mRNASeq	miR	miRSeq	RPPA	MAF	rawMAF
ACC	92	92	90	0	80	0	79	0	80	46	90	0
BLCA	412	401	410	112	412	0	408	0	409	344	130	395
BRCA	1098	1085	1089	19	1081	526	1093	0	1078	410	977	0
CESC	307	305	295	0	307	0	304	0	307	173	194	0
CHOL	36	36	36	0	36	0	36	0	36	30	35	0
COAD	460	453	450	69	457	153	457	0	406	331	154	367
COADREAD	631	624	615	104	622	222	623	0	549	461	223	489
DLBC	58	47	48	0	48	0	28	0	47	33	0	0
ESCA	185	183	184	32	185	0	184	0	184	126	0	0
FPPP	38	38	0	0	0	0	0	0	22	0	0	0
GBM	613	593	577	0	420	540	160	565	0	214	290	290
GBMLGG	1129	1085	1090	52	936	567	676	565	512	644	576	803
HNSC	528	523	522	108	528	0	520	0	523	212	279	508
KICH	113	111	66	0	66	0	66	0	66	63	66	66
KIPAN	973	917	883	0	892	88	889	0	873	732	644	678
KIRC	537	533	528	0	535	72	533	0	516	454	417	451
KIRP	323	273	289	0	291	16	290	0	291	215	161	161
LAML	200	200	197	0	194	0	179	0	188	0	197	0
LGG	516	492	513	52	516	27	516	0	512	430	286	513
LIHC	377	364	370	0	377	0	371	0	372	63	198	0
LUAD	585	521	516	120	578	32	515	0	513	181	230	542
LUSC	504	495	501	0	503	154	501	0	478	195	178	0
MESO	87	87	87	0	87	0	86	0	87	63	0	0
OV	602	591	586	0	594	574	296	570	453	412	316	469
PAAD	185	185	184	0	184	0	178	0	178	123	146	0
PCPG	179	179	175	0	179	0	179	0	179	80	178	0
PRAD	499	494	492	115	498	0	497	0	494	352	332	0
READ	171	171	165	35	165	69	166	0	143	130	69	122
SARC	260	258	256	0	260	0	258	0	258	221	247	0
SKCM	470	469	469	118	470	0	468	0	448	204	343	366
STAD	443	443	442	107	443	0	274	0	440	357	289	0
STES	628	626	626	139	628	0	458	0	624	483	289	0
TGCT	150	134	150	0	150	0	150	0	150	118	149	0
THCA	503	502	501	98	503	0	501	0	502	222	402	0
THYM	124	123	123	0	124	0	120	0	124	90	0	0
UCEC	560	540	540	106	547	54	545	0	538	200	248	0
UCS	57	57	56	0	57	0	57	0	56	48	57	0
UVM	80	80	80	0	80	0	80	0	80	12	80	0
Totals	11352	11058	10987	1091	10955	2217	10095	1135	10158	6152	6738	4250