Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 182 genes and 9 clinical features across 155 patients, 3 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • BRAF mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • GRIK3 mutation correlated to 'AGE'.

  • OR6T1 mutation correlated to 'AGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 182 genes and 9 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 3 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE 		NEOADJUVANT
THERAPY
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 20 (13%) 135 0.82
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		1.07e-05
(0.0173) 		0.149
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.536
(1.00) 		1
(1.00)
GRIK3 14 (9%) 141 0.536
(1.00) 		3.04e-05
(0.0491) 		0.402
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00) 		1
(1.00)
OR6T1 6 (4%) 149 0.502
(1.00) 		0.000122
(0.197) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.148
(1.00) 		1
(1.00)
APC 103 (66%) 52 0.291
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.042
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.225
(1.00)
FBXW7 29 (19%) 126 0.841
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.00324
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.0169
(1.00) 		0.00243
(1.00) 		0.122
(1.00)
NRAS 15 (10%) 140 0.281
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.083
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.517
(1.00)
BTNL8 3 (2%) 152 0.0121
(1.00) 		0.62
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.569
(1.00) 		1
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00)
GGT1 3 (2%) 152 0.865
(1.00) 		0.62
(1.00) 		1
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.569
(1.00) 		1
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00)
KRAS 58 (37%) 97 0.226
(1.00) 		0.00304
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.258
(1.00)
PCBP1 4 (3%) 151 0.00453
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.0347
(1.00) 		0.448
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3CA 26 (17%) 129 0.661
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.602
(1.00)
TP53 75 (48%) 80 0.696
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.00383
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.0572
(1.00)
SMAD4 18 (12%) 137 0.587
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.834
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.188
(1.00)
FAM123B 19 (12%) 136 0.717
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.598
(1.00)
ACVR1B 13 (8%) 142 0.759
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		1
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.465
(1.00)
WBSCR17 17 (11%) 138 0.39
(1.00) 		0.0641
(1.00) 		0.803
(1.00) 		1
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0503
(1.00) 		1
(1.00)
TNFRSF10C 6 (4%) 149 0.978
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.0968
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.0117
(1.00) 		1
(1.00)
MAP2K4 9 (6%) 146 0.0181
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00)
SMAD2 10 (6%) 145 0.617
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.453
(1.00) 		1
(1.00)
SDK1 25 (16%) 130 0.6
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.0663
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00)
LRP1B 30 (19%) 125 0.805
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.00324
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.347
(1.00)
GRIA1 14 (9%) 141 0.435
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.0757
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.492
(1.00)
FAT4 29 (19%) 126 0.529
(1.00) 		0.0955
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.672
(1.00) 		1
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.111
(1.00) 		1
(1.00)
ACOT4 3 (2%) 152 0.0294
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.0332
(1.00) 		1
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00)
DMD 27 (17%) 128 0.763
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.0159
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.0297
(1.00) 		0.00022
(0.354) 		0.352
(1.00)
CNTN6 15 (10%) 140 0.493
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.0619
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.517
(1.00)
KLK2 3 (2%) 152 0.229
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00)
SOX9 9 (6%) 146 0.28
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		0.255
(1.00) 		1
(1.00)
PCDH9 16 (10%) 139 0.222
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		1
(1.00)
OR2M4 8 (5%) 147 0.587
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00) 		1
(1.00)
OR6N1 8 (5%) 147 0.914
(1.00) 		0.986
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NRXN1 17 (11%) 138 0.734
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.059
(1.00) 		0.0423
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0599
(1.00) 		1
(1.00)
AFF2 15 (10%) 140 0.808
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.517
(1.00)
TXNDC3 10 (6%) 145 0.33
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00)
TCF7L2 11 (7%) 144 0.347
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00)
MGC26647 7 (5%) 148 0.863
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00)
SFPQ 6 (4%) 149 0.276
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.00222
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.939
(1.00) 		1
(1.00)
ACVR2A 8 (5%) 147 0.242
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.0337
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.369
(1.00) 		1
(1.00) 		0.55
(1.00) 		1
(1.00)
ATM 21 (14%) 134 0.749
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.594
(1.00)
TTN 69 (45%) 86 0.625
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.463
(1.00)
MGC42105 10 (6%) 145 0.597
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.59
(1.00) 		1
(1.00)
SULT1C4 3 (2%) 152 0.03
(1.00) 		0.931
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0651
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.569
(1.00) 		1
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00)
LPPR4 11 (7%) 144 0.592
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.0266
(1.00) 		1
(1.00) 		0.832
(1.00) 		1
(1.00)
PDZRN4 12 (8%) 143 0.801
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.00408
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00)
CDH11 13 (8%) 142 0.545
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.635
(1.00) 		1
(1.00)
DNAH5 28 (18%) 127 0.812
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.23
(1.00) 		0.352
(1.00)
TPTE 11 (7%) 144 0.623
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.419
(1.00) 		1
(1.00) 		0.832
(1.00) 		1
(1.00)
DOCK2 16 (10%) 139 0.922
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.0962
(1.00) 		1
(1.00)
POSTN 11 (7%) 144 0.0656
(1.00) 		0.929
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		1
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00)
ADAM29 9 (6%) 146 0.222
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.098
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0656
(1.00) 		0.0361
(1.00) 		1
(1.00)
GABRA5 8 (5%) 147 0.165
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.495
(1.00) 		1
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00) 		1
(1.00)
KLHL4 12 (8%) 143 0.2
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		1
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0836
(1.00) 		0.438
(1.00)
EPHA3 13 (8%) 142 0.455
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00) 		1
(1.00)
OR51V1 9 (6%) 146 0.392
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.00536
(1.00) 		0.0471
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		0.348
(1.00)
RHOA 4 (3%) 151 0.918
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00)
TGFBR2 7 (5%) 148 0.768
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00)
DKK2 5 (3%) 150 0.727
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.209
(1.00)
ZC3H13 17 (11%) 138 0.841
(1.00) 		0.318
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.564
(1.00)
LRRN3 9 (6%) 146 0.997
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.0802
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.348
(1.00)
FAM22F 8 (5%) 147 0.0582
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.00647
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.0887
(1.00) 		1
(1.00)
FLG 26 (17%) 129 0.242
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.0274
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.602
(1.00)
C8B 9 (6%) 146 0.285
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.0542
(1.00)
ERBB4 14 (9%) 141 0.0025
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.108
(1.00) 		1
(1.00)
CASP8 10 (6%) 145 0.417
(1.00) 		0.0469
(1.00) 		1
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.156
(1.00) 		1
(1.00)
IFT80 7 (5%) 148 0.911
(1.00) 		0.852
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00)
ISL1 8 (5%) 147 0.548
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.424
(1.00) 		1
(1.00)
CNBD1 6 (4%) 149 0.582
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.13
(1.00) 		1
(1.00)
NRXN3 15 (10%) 140 0.842
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.517
(1.00)
SYNE1 37 (24%) 118 0.773
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.035
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.359
(1.00)
OR7C1 6 (4%) 149 0.218
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.274
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.833
(1.00) 		1
(1.00)
NALCN 14 (9%) 141 0.302
(1.00) 		0.68
(1.00) 		1
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.00959
(1.00) 		1
(1.00)
KCNA4 10 (6%) 145 0.944
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.403
(1.00) 		1
(1.00)
SFMBT2 12 (8%) 143 0.379
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.438
(1.00)
DCAF4L2 9 (6%) 146 0.951
(1.00) 		0.959
(1.00) 		1
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.812
(1.00) 		1
(1.00)
PSG8 8 (5%) 147 0.287
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00)
PTEN 4 (3%) 151 0.123
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.415
(1.00) 		1
(1.00)
LIFR 13 (8%) 142 0.114
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CDH18 10 (6%) 145 0.179
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.379
(1.00)
GRID1 10 (6%) 145 0.457
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.00911
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.598
(1.00) 		1
(1.00) 		0.354
(1.00) 		1
(1.00)
ARID1A 16 (10%) 139 0.179
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0809
(1.00) 		0.541
(1.00)
FLRT2 11 (7%) 144 0.64
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.0626
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.409
(1.00)
HCN1 8 (5%) 147 0.449
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.315
(1.00)
TRPC6 8 (5%) 147 0.283
(1.00) 		0.187
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.153
(1.00) 		1
(1.00)
TMEM132D 15 (10%) 140 0.91
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.56
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0685
(1.00) 		1
(1.00)
TCERG1L 4 (3%) 151 0.51
(1.00) 		0.261
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00)
INHBA 7 (5%) 148 0.884
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.00112
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.275
(1.00) 		1
(1.00)
GUCY1A3 10 (6%) 145 0.11
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.198
(1.00) 		1
(1.00)
PCDHB2 13 (8%) 142 0.307
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.402
(1.00) 		1
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.465
(1.00)
IL18R1 8 (5%) 147 0.497
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.0803
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00)
ANK2 24 (15%) 131 0.144
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.0793
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.133
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.296
(1.00)
OR8J1 4 (3%) 151 0.355
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.367
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.356
(1.00) 		1
(1.00)
OR2M2 6 (4%) 149 0.219
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0282
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.204
(1.00) 		1
(1.00)
COL6A3 22 (14%) 133 0.853
(1.00) 		0.0969
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.345
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.0934
(1.00) 		0.26
(1.00)
GALNT14 9 (6%) 146 0.517
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.0103
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0203
(1.00) 		1
(1.00)
CADM1 8 (5%) 147 0.297
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00) 		1
(1.00)
NAALAD2 11 (7%) 144 0.884
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0156
(1.00) 		0.00551
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.409
(1.00)
OTOL1 7 (5%) 148 0.353
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.507
(1.00) 		1
(1.00)
CYTL1 4 (3%) 151 0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0483
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		1
(1.00)
MIER3 10 (6%) 145 0.463
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.534
(1.00) 		1
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00)
CDH10 12 (8%) 143 0.8
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00) 		0.71
(1.00) 		1
(1.00)
PRDM9 11 (7%) 144 0.413
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.445
(1.00) 		1
(1.00)
DKK4 4 (3%) 151 0.0582
(1.00) 		0.859
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		1
(1.00)
ESR1 11 (7%) 144 0.439
(1.00) 		0.944
(1.00) 		1
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.0296
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.555
(1.00) 		1
(1.00)
UMOD 7 (5%) 148 0.493
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00)
GPHN 11 (7%) 144 0.747
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.0874
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.409
(1.00)
P2RY10 6 (4%) 149 0.387
(1.00) 		0.471
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.368
(1.00) 		1
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.246
(1.00)
C5ORF36 4 (3%) 151 0.177
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.17
(1.00)
FAM5C 10 (6%) 145 0.0122
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.127
(1.00) 		1
(1.00)
CDH2 12 (8%) 143 0.704
(1.00) 		0.616
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.0994
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		1
(1.00)
RNASE11 5 (3%) 150 0.294
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.051
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
(1.00)
ACSS3 8 (5%) 147 0.134
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.315
(1.00)
CPXCR1 6 (4%) 149 0.327
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.232
(1.00) 		1
(1.00)
EVC2 13 (8%) 142 0.379
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.465
(1.00)
ING1 5 (3%) 150 0.734
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.0385
(1.00) 		1
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00)
LRP2 28 (18%) 127 0.906
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.352
(1.00)
OLFML1 7 (5%) 148 0.544
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.0569
(1.00) 		1
(1.00)
PCDHA10 8 (5%) 147 0.0769
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.0575
(1.00) 		0.206
(1.00) 		1
(1.00) 		0.756
(1.00) 		1
(1.00)
RELN 18 (12%) 137 0.0955
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.0813
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0684
(1.00) 		0.586
(1.00)
SAT1 4 (3%) 151 0.265
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.501
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00) 		1
(1.00)
SLC25A13 5 (3%) 150 0.379
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.0394
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00)
TLL1 11 (7%) 144 0.279
(1.00) 		0.188
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.409
(1.00)
TNR 15 (10%) 140 0.444
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.00835
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0146
(1.00) 		1
(1.00)
ATP7A 5 (3%) 150 0.264
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.209
(1.00)
PCDHB5 12 (8%) 143 0.0482
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.0788
(1.00) 		1
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0415
(1.00) 		1
(1.00)
PTPRM 14 (9%) 141 0.00763
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		1
(1.00)
TAF1L 13 (8%) 142 0.754
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.465
(1.00)
TIGIT 4 (3%) 151 0.497
(1.00) 		0.826
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.0832
(1.00) 		1
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00)
PCDH17 14 (9%) 141 0.181
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.104
(1.00) 		1
(1.00)
OR2L13 7 (5%) 148 0.459
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00)
DCHS2 18 (12%) 137 0.105
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.0101
(1.00) 		0.0496
(1.00) 		0.834
(1.00) 		0.0171
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00)
SLC16A7 8 (5%) 147 0.312
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.729
(1.00) 		1
(1.00)
CHRM2 8 (5%) 147 0.323
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.00611
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		1
(1.00)
EPHA5 9 (6%) 146 0.503
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.287
(1.00) 		1
(1.00)
COL1A2 15 (10%) 140 0.337
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.0551
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0548
(1.00) 		1
(1.00)
HTR1E 5 (3%) 150 0.502
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.209
(1.00)
CRTC1 5 (3%) 150 0.0468
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00) 		1
(1.00)
DCC 12 (8%) 143 0.367
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.225
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.438
(1.00)
OR10S1 6 (4%) 149 0.582
(1.00) 		0.846
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00) 		1
(1.00)
RUNDC3B 4 (3%) 151 0.287
(1.00) 		0.408
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.869
(1.00) 		1
(1.00)
GML 5 (3%) 150 0.0407
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.552
(1.00) 		1
(1.00)
ERBB3 11 (7%) 144 0.484
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00)
MYO16 15 (10%) 140 0.87
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0478
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.257
(1.00) 		1
(1.00)
SCN11A 15 (10%) 140 0.865
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0164
(1.00) 		1
(1.00)
SLAMF8 3 (2%) 152 0.5
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.771
(1.00) 		1
(1.00)
TFAP2D 5 (3%) 150 0.0281
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.784
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF429 7 (5%) 148 0.623
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00)
CDH8 10 (6%) 145 0.124
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.534
(1.00) 		1
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.744
(1.00) 		1
(1.00) 		0.962
(1.00) 		1
(1.00)
VILL 4 (3%) 151 0.381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00)
KCNK13 4 (3%) 151 0.324
(1.00) 		0.0802
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
PCDH10 14 (9%) 141 0.218
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.492
(1.00)
MARCO 9 (6%) 146 0.415
(1.00) 		0.97
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.224
(1.00) 		1
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00)
TRPC4 12 (8%) 143 0.473
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00)
SPATA17 7 (5%) 148 0.415
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.0123
(1.00) 		0.0305
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.281
(1.00)
LRRIQ3 7 (5%) 148 0.582
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.0633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.903
(1.00) 		1
(1.00)
GPC6 7 (5%) 148 0.43
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.0432
(1.00) 		0.751
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RARB 7 (5%) 148 0.517
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.0123
(1.00) 		0.00722
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.862
(1.00) 		1
(1.00)
SPATA16 7 (5%) 148 0.593
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
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(1.00) 		0.0331
(1.00)
SOHLH2 8 (5%) 147 0.0135
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0575
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		0.903
(1.00) 		1
(1.00)
ABCA12 18 (12%) 137 0.483
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.453
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(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00)
OR4A15 6 (4%) 149 0.545
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.0194
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.671
(1.00) 		1
(1.00)
FAM116A 5 (3%) 150 0.733
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.448
(1.00) 		1
(1.00)
DLC1 16 (10%) 139 0.544
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.222
(1.00) 		1
(1.00)
FGA 10 (6%) 145 0.0975
(1.00) 		0.741
(1.00) 		1
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00)
JAKMIP2 10 (6%) 145 0.268
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00)
RIMS2 12 (8%) 143 0.228
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00)
TDRD3 5 (3%) 150 0.552
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.295
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
USP17L2 7 (5%) 148 0.302
(1.00) 		0.805
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.125
(1.00) 		1
(1.00)
SYT16 6 (4%) 149 0.507
(1.00) 		0.587
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.24
(1.00) 		1
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.634
(1.00) 		1
(1.00)
CADPS 11 (7%) 144 0.69
(1.00) 		0.769
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.00955
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		1
(1.00)
NELL1 10 (6%) 145 0.36
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.00955
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00)
PGM5 4 (3%) 151 0.803
(1.00) 		0.367
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00) 		1
(1.00)
CCDC160 5 (3%) 150 0.777
(1.00) 		0.21
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.602
(1.00) 		1
(1.00)
KIAA1486 9 (6%) 146 0.137
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.348
(1.00)
LRRIQ1 12 (8%) 143 0.0452
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		0.0592
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.576
(1.00) 		1
(1.00)
PROKR1 8 (5%) 147 0.328
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.753
(1.00) 		1
(1.00)
IGSF5 6 (4%) 149 0.134
(1.00) 		0.327
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.246
(1.00)
ROBO1 14 (9%) 141 0.67
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.00676
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0418
(1.00) 		0.492
(1.00)
COL4A5 13 (8%) 142 0.79
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.0466
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.211
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS5 11 (7%) 144 0.213
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.0396
(1.00) 		1
(1.00)
TIAM2 12 (8%) 143 0.841
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.0296
(1.00) 		0.919
(1.00) 		1
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.438
(1.00)
CTNNB1 7 (5%) 148 0.487
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.281
(1.00)
ADAMTSL1 10 (6%) 145 0.417
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.901
(1.00) 		1
(1.00) 		0.837
(1.00) 		1
(1.00)
'BRAF MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.07e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.017

Table S1.  Gene #4: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients COLON ADENOCARCINOMA COLON MUCINOUS ADENOCARCINOMA
ALL 128 24
BRAF MUTATED 9 11
BRAF WILD-TYPE 119 13

Figure S1.  Get High-res Image Gene #4: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'GRIK3 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 3.04e-05 (t-test), Q value = 0.049

Table S2.  Gene #47: 'GRIK3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 155 70.3 (12.0)
GRIK3 MUTATED 14 78.9 (5.8)
GRIK3 WILD-TYPE 141 69.5 (12.1)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #47: 'GRIK3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

'OR6T1 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 0.000122 (t-test), Q value = 0.2

Table S3.  Gene #90: 'OR6T1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 155 70.3 (12.0)
OR6T1 MUTATED 6 63.7 (2.5)
OR6T1 WILD-TYPE 149 70.6 (12.2)

Figure S3.  Get High-res Image Gene #90: 'OR6T1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = COAD.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = COAD.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 155

  • Number of significantly mutated genes = 182

  • Number of selected clinical features = 9

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Made with Nozzle