Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 207 genes and 8 clinical features across 155 patients, 4 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • BRAF mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • GRIK3 mutation correlated to 'AGE'.

  • ZFHX4 mutation correlated to 'Time to Death'.

  • OR6T1 mutation correlated to 'AGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 207 genes and 8 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 4 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 20 (13%) 135 0.82
(1.00) 		0.0257
(1.00) 		0.0586
(1.00) 		1.07e-05
(0.0175) 		0.149
(1.00) 		0.755
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.536
(1.00)
GRIK3 14 (9%) 141 0.536
(1.00) 		3.04e-05
(0.0495) 		0.402
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.265
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00)
ZFHX4 17 (11%) 138 2.48e-05
(0.0404) 		0.778
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.452
(1.00)
OR6T1 6 (4%) 149 0.502
(1.00) 		0.000122
(0.199) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.148
(1.00)
APC 103 (66%) 52 0.291
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.042
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.272
(1.00)
KRAS 58 (37%) 97 0.226
(1.00) 		0.00304
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.648
(1.00) 		1
(1.00) 		0.451
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.606
(1.00)
TP53 75 (48%) 80 0.696
(1.00) 		0.0728
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.00383
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.102
(1.00)
SMAD4 18 (12%) 137 0.587
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.834
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00)
FBXW7 29 (19%) 126 0.841
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.00324
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.0169
(1.00) 		0.00243
(1.00)
NRAS 15 (10%) 140 0.281
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.083
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.732
(1.00)
PIK3CA 26 (17%) 129 0.661
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.0107
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.028
(1.00)
FAM123B 19 (12%) 136 0.717
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00)
TTN 69 (45%) 86 0.625
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.222
(1.00)
WBSCR17 17 (11%) 138 0.39
(1.00) 		0.0641
(1.00) 		0.803
(1.00) 		1
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.938
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0503
(1.00)
ACVR1B 13 (8%) 142 0.759
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.0242
(1.00) 		1
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.635
(1.00)
LRP1B 30 (19%) 125 0.805
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.00324
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.407
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.406
(1.00)
SMAD2 10 (6%) 145 0.617
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.453
(1.00)
CNTN6 15 (10%) 140 0.493
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.0619
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.216
(1.00)
PCDH9 16 (10%) 139 0.222
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.0456
(1.00)
SOX9 9 (6%) 146 0.28
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		0.255
(1.00)
TXNDC3 10 (6%) 145 0.33
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.697
(1.00)
MAP2K4 9 (6%) 146 0.0181
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.382
(1.00)
SDK1 25 (16%) 130 0.6
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.0663
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		0.671
(1.00)
OR6N1 8 (5%) 147 0.914
(1.00) 		0.986
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GRIA1 14 (9%) 141 0.435
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.101
(1.00) 		1
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.929
(1.00) 		0.0757
(1.00) 		0.552
(1.00)
DMD 27 (17%) 128 0.763
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.0159
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.0297
(1.00) 		0.00022
(0.357)
NRXN1 17 (11%) 138 0.734
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.609
(1.00) 		1
(1.00) 		0.059
(1.00) 		0.0423
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0599
(1.00)
OTOL1 7 (5%) 148 0.353
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.507
(1.00)
OR2M4 8 (5%) 147 0.587
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00)
MGC42105 10 (6%) 145 0.597
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.59
(1.00)
AFF2 15 (10%) 140 0.808
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.115
(1.00)
KCNA4 10 (6%) 145 0.944
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.403
(1.00)
MGC26647 7 (5%) 148 0.863
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.552
(1.00)
TNFRSF10C 6 (4%) 149 0.978
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.0968
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.0117
(1.00)
TPTE 11 (7%) 144 0.623
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.419
(1.00) 		1
(1.00) 		0.832
(1.00)
CDH11 13 (8%) 142 0.545
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.635
(1.00)
GABRA5 8 (5%) 147 0.165
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.495
(1.00) 		1
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00)
PCDHB2 13 (8%) 142 0.307
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.402
(1.00) 		1
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.847
(1.00)
KLHL4 12 (8%) 143 0.2
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		1
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0836
(1.00)
OR51V1 9 (6%) 146 0.392
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.00536
(1.00) 		0.0471
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0203
(1.00)
ISL1 8 (5%) 147 0.548
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.884
(1.00) 		0.1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.424
(1.00)
PRDM9 11 (7%) 144 0.413
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.445
(1.00)
TCF7L2 11 (7%) 144 0.347
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
(1.00)
C8B 9 (6%) 146 0.285
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.098
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00) 		0.494
(1.00)
PSG8 8 (5%) 147 0.287
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.576
(1.00)
DNAH5 28 (18%) 127 0.812
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.23
(1.00)
FAM22F 8 (5%) 147 0.0582
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.00647
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0187
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.0887
(1.00)
ATM 21 (14%) 134 0.749
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.331
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.421
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.183
(1.00)
CCDC160 5 (3%) 150 0.777
(1.00) 		0.21
(1.00) 		1
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.602
(1.00)
EPHA3 13 (8%) 142 0.455
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00)
CASP8 10 (6%) 145 0.417
(1.00) 		0.0469
(1.00) 		1
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.156
(1.00)
FLG 26 (17%) 129 0.242
(1.00) 		0.605
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.0274
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.196
(1.00)
DCAF4L2 9 (6%) 146 0.951
(1.00) 		0.959
(1.00) 		1
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.812
(1.00)
TRPS1 13 (8%) 142 0.675
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.0628
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.178
(1.00)
ROBO1 14 (9%) 141 0.67
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.00676
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0418
(1.00)
FAT4 29 (19%) 126 0.529
(1.00) 		0.0955
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.672
(1.00) 		1
(1.00) 		0.288
(1.00) 		0.111
(1.00)
PCDH17 14 (9%) 141 0.181
(1.00) 		0.323
(1.00) 		1
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.104
(1.00)
NCKAP5 13 (8%) 142 0.694
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.78
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(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.817
(1.00)
POSTN 11 (7%) 144 0.0656
(1.00) 		0.929
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		1
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.248
(1.00)
ADAM29 9 (6%) 146 0.222
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.098
(1.00) 		1
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(1.00) 		0.0361
(1.00)
FLRT2 11 (7%) 144 0.64
(1.00) 		0.769
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(1.00)
ZC3H13 17 (11%) 138 0.841
(1.00) 		0.318
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0224
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(1.00)
NRXN3 15 (10%) 140 0.842
(1.00) 		0.485
(1.00) 		1
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.883
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(1.00)
SFMBT2 12 (8%) 143 0.379
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.405
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(1.00) 		0.839
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(1.00)
TMEM132D 15 (10%) 140 0.91
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.0639
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(1.00) 		0.0685
(1.00)
LPPR4 11 (7%) 144 0.592
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.685
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(1.00) 		1
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(1.00)
ESR1 11 (7%) 144 0.439
(1.00) 		0.944
(1.00) 		1
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.0296
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.555
(1.00)
SYNE1 37 (24%) 118 0.773
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.035
(1.00) 		0.591
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.283
(1.00)
LIFR 13 (8%) 142 0.114
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CHRM2 8 (5%) 147 0.323
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.00611
(1.00) 		1
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.0187
(1.00)
CDH10 12 (8%) 143 0.8
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00) 		0.71
(1.00)
CPXCR1 6 (4%) 149 0.327
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.232
(1.00)
OR2L13 7 (5%) 148 0.459
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.718
(1.00)
RYR2 22 (14%) 133 0.69
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.2
(1.00)
SCN7A 12 (8%) 143 0.6
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.0445
(1.00) 		0.163
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0171
(1.00)
USP17L2 7 (5%) 148 0.302
(1.00) 		0.805
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.125
(1.00)
NAALAD2 11 (7%) 144 0.884
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0156
(1.00) 		0.00551
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.286
(1.00)
ERBB4 14 (9%) 141 0.0025
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.108
(1.00)
GPHN 11 (7%) 144 0.747
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.05
(1.00) 		0.0874
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.19
(1.00)
LRRN3 9 (6%) 146 0.997
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.0802
(1.00) 		0.494
(1.00)
PCDHB5 12 (8%) 143 0.0482
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.0788
(1.00) 		1
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.499
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0415
(1.00)
MIER3 10 (6%) 145 0.463
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.534
(1.00) 		1
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.382
(1.00)
RIMS1 12 (8%) 143 0.914
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.305
(1.00)
GUCY1A3 10 (6%) 145 0.11
(1.00) 		0.0668
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.671
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.198
(1.00)
PCDH10 14 (9%) 141 0.218
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.502
(1.00)
PCDH11X 11 (7%) 144 0.0128
(1.00) 		0.561
(1.00) 		1
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.248
(1.00)
GML 5 (3%) 150 0.0407
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.582
(1.00) 		1
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.552
(1.00)
OR4A15 6 (4%) 149 0.545
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.0194
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(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.671
(1.00)
ANK2 24 (15%) 131 0.144
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.0793
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.133
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.484
(1.00)
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(1.00) 		0.845
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(1.00)
MARCO 9 (6%) 146 0.415
(1.00) 		0.97
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(1.00) 		0.634
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.0337
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.55
(1.00)
OR7C1 6 (4%) 149 0.218
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.274
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.833
(1.00)
SOHLH2 8 (5%) 147 0.0135
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0575
(1.00) 		0.468
(1.00) 		1
(1.00) 		0.903
(1.00)
FAM135B 12 (8%) 143 0.789
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.677
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(1.00)
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(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.169
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(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.155
(1.00)
ARID1A 16 (10%) 139 0.179
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.225
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(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0809
(1.00)
IL18R1 8 (5%) 147 0.497
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.0803
(1.00) 		0.286
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.268
(1.00)
TNR 15 (10%) 140 0.444
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.00835
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.0146
(1.00)
CADM1 8 (5%) 147 0.297
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.884
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00)
EVC2 13 (8%) 142 0.379
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.786
(1.00) 		1
(1.00) 		0.199
(1.00)
CYTL1 4 (3%) 151 0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0483
(1.00) 		0.483
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00)
RNASE11 5 (3%) 150 0.294
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.051
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.325
(1.00)
DLC1 16 (10%) 139 0.544
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.54
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.222
(1.00)
CNBD1 6 (4%) 149 0.582
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.13
(1.00)
ATP7A 5 (3%) 150 0.264
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.225
(1.00)
OR6B3 5 (3%) 150 0.484
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.243
(1.00)
TLL1 11 (7%) 144 0.279
(1.00) 		0.188
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0736
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.274
(1.00)
OR2M2 6 (4%) 149 0.219
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0282
(1.00) 		0.0381
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.204
(1.00)
INHBA 7 (5%) 148 0.884
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.00112
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.275
(1.00)
PDZRN4 12 (8%) 143 0.801
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.00408
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.544
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00)
SPATA17 7 (5%) 148 0.415
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.0123
(1.00) 		0.0305
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.412
(1.00)
COL1A2 15 (10%) 140 0.337
(1.00) 		0.198
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.0551
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0548
(1.00)
DSEL 12 (8%) 143 0.679
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.123
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00)
RNF43 10 (6%) 145 0.933
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.248
(1.00)
IDH2 7 (5%) 148 0.11
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.59
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.375
(1.00) 		1
(1.00) 		0.718
(1.00)
RIMS2 12 (8%) 143 0.228
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.576
(1.00)
SLC16A7 8 (5%) 147 0.312
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.886
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.729
(1.00)
LRRIQ3 7 (5%) 148 0.582
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.0633
(1.00) 		1
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.903
(1.00)
ABCA12 18 (12%) 137 0.483
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.164
(1.00)
COL6A6 14 (9%) 141 0.597
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.0175
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.0452
(1.00)
ANGPTL5 7 (5%) 148 0.806
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.481
(1.00)
TRPC4 12 (8%) 143 0.473
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		1
(1.00) 		0.532
(1.00)
CNTNAP4 10 (6%) 145 0.353
(1.00) 		0.936
(1.00) 		1
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0203
(1.00)
CDH18 10 (6%) 145 0.179
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		0.644
(1.00)
UBE2NL 5 (3%) 150 0.507
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00)
CD1E 5 (3%) 150 0.768
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.191
(1.00)
OLFML1 7 (5%) 148 0.544
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.0569
(1.00)
OR10G9 5 (3%) 150 0.355
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.00222
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00)
ZNF429 7 (5%) 148 0.623
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.117
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0625
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.671
(1.00)
SAT1 4 (3%) 151 0.265
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.501
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.901
(1.00)
ZNF536 13 (8%) 142 0.389
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.564
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.0232
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.0452
(1.00)
CDH2 12 (8%) 143 0.704
(1.00) 		0.616
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.0994
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.0171
(1.00)
GALNT14 9 (6%) 146 0.517
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.0103
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.0203
(1.00)
COL22A1 14 (9%) 141 0.337
(1.00) 		0.0431
(1.00) 		0.588
(1.00) 		1
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.5
(1.00) 		1
(1.00) 		0.572
(1.00)
CSMD1 17 (11%) 138 0.00169
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.72
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.4
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00622
(1.00)
OR52H1 5 (3%) 150 0.483
(1.00) 		0.333
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.12
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.645
(1.00)
ODZ1 17 (11%) 138 0.00103
(1.00) 		0.0778
(1.00) 		0.000673
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.35
(1.00)
SCN11A 15 (10%) 140 0.865
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.0164
(1.00)
NLRP5 10 (6%) 145 0.64
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00)
BCHE 7 (5%) 148 0.467
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.833
(1.00)
PROKR1 8 (5%) 147 0.328
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.753
(1.00)
TECTA 17 (11%) 138 0.884
(1.00) 		0.000216
(0.351) 		0.453
(1.00) 		0.0224
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0521
(1.00)
SGCZ 6 (4%) 149 0.467
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0968
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.552
(1.00)
PTH2R 6 (4%) 149 0.497
(1.00) 		0.0827
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.0896
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.481
(1.00)
ADAMTS5 11 (7%) 144 0.213
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.148
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.0396
(1.00)
CHRDL1 7 (5%) 148 0.609
(1.00) 		0.453
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.789
(1.00)
OR52J3 5 (3%) 150 0.212
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.018
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.112
(1.00)
MYO16 15 (10%) 140 0.87
(1.00) 		0.227
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0478
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.257
(1.00)
TGFBR2 7 (5%) 148 0.768
(1.00) 		0.412
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.753
(1.00)
CDH8 10 (6%) 145 0.124
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.534
(1.00) 		1
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.744
(1.00) 		1
(1.00) 		0.962
(1.00)
PCBP1 4 (3%) 151 0.00453
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.0347
(1.00) 		0.448
(1.00)
ACSS3 8 (5%) 147 0.134
(1.00) 		0.954
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.169
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.41
(1.00)
JAKMIP2 10 (6%) 145 0.268
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.248
(1.00)
PCDH15 17 (11%) 138 0.283
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.0069
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.0666
(1.00)
PSG7 5 (3%) 150 0.626
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.744
(1.00)
PTPRM 14 (9%) 141 0.00763
(1.00) 		0.203
(1.00) 		1
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.0738
(1.00)
SLITRK1 10 (6%) 145 0.333
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.526
(1.00)
CTNNB1 7 (5%) 148 0.487
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.719
(1.00) 		1
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.267
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00)
RPS23 4 (3%) 151 0.896
(1.00) 		0.62
(1.00) 		1
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
DOCK2 16 (10%) 139 0.922
(1.00) 		0.382
(1.00) 		1
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.0962
(1.00)
ME1 7 (5%) 148 0.617
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.645
(1.00) 		1
(1.00) 		0.903
(1.00)
SIGLEC8 6 (4%) 149 0.126
(1.00) 		0.442
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.885
(1.00)
ACTBL2 8 (5%) 147 0.44
(1.00) 		0.984
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.412
(1.00)
ZMYM6 9 (6%) 146 0.127
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0821
(1.00)
PTN 4 (3%) 151 0.497
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.62
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.499
(1.00)
SPATA16 7 (5%) 148 0.593
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.412
(1.00)
C20ORF71 4 (3%) 151 0.191
(1.00) 		1
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.641
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CD180 8 (5%) 147 0.422
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.369
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.753
(1.00)
DPP10 9 (6%) 146 0.756
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.4
(1.00) 		0.36
(1.00)
OR10S1 6 (4%) 149 0.582
(1.00) 		0.846
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00)
OR13C3 5 (3%) 150 0.125
(1.00) 		1
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00)
KIRREL3 9 (6%) 146 0.617
(1.00) 		0.384
(1.00) 		1
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.39
(1.00) 		1
(1.00) 		0.142
(1.00)
GRIN2A 15 (10%) 140 0.563
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.277
(1.00) 		1
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.177
(1.00) 		1
(1.00) 		0.624
(1.00)
MDGA2 8 (5%) 147 0.0846
(1.00) 		0.638
(1.00) 		1
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.416
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.576
(1.00)
ADAM7 9 (6%) 146 0.582
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.0353
(1.00) 		0.0158
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		0.837
(1.00)
OR52N1 6 (4%) 149 0.0444
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00593
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.192
(1.00)
GPC6 7 (5%) 148 0.43
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.0432
(1.00) 		0.751
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CDON 13 (8%) 142 0.369
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.0742
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.0335
(1.00)
CHST10 7 (5%) 148 0.706
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.276
(1.00) 		1
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.939
(1.00)
UNC13C 12 (8%) 143 0.527
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.0788
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.0778
(1.00) 		0.279
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00)
C22ORF23 5 (3%) 150 0.606
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.858
(1.00)
ADCY2 11 (7%) 144 0.336
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.0525
(1.00) 		0.0296
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.837
(1.00)
RHOA 4 (3%) 151 0.918
(1.00) 		1
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.552
(1.00)
SLCO1B3 7 (5%) 148 0.405
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.313
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.753
(1.00)
BAI3 12 (8%) 143 0.516
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0238
(1.00) 		0.0592
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.0327
(1.00)
LRP2 28 (18%) 127 0.906
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.0412
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.151
(1.00)
LUZP2 4 (3%) 151 0.63
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00) 		0.752
(1.00)
MAP2 14 (9%) 141 0.324
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.0478
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.0688
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.124
(1.00)
PRDM2 13 (8%) 142 0.291
(1.00) 		0.589
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.568
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.635
(1.00)
HTR2C 6 (4%) 149 0.728
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.0283
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.522
(1.00)
PLSCR2 5 (3%) 150 0.521
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.219
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00)
PWP1 7 (5%) 148 0.0241
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.0791
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.751
(1.00) 		1
(1.00) 		0.946
(1.00)
COL4A5 13 (8%) 142 0.79
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.0466
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.922
(1.00) 		1
(1.00) 		0.211
(1.00)
RYR3 19 (12%) 136 0.196
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.811
(1.00) 		1
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.0194
(1.00) 		0.649
(1.00)
SLC8A1 11 (7%) 144 0.417
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.381
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.447
(1.00)
TMBIM4 3 (2%) 152 0.312
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.771
(1.00)
ZNF677 8 (5%) 147 0.476
(1.00) 		0.681
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.753
(1.00)
FAM133A 5 (3%) 150 0.992
(1.00) 		0.21
(1.00) 		1
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00)
ZNF208 8 (5%) 147 0.287
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.0575
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.114
(1.00)
ARFIP1 5 (3%) 150 0.0382
(1.00) 		0.0215
(1.00) 		1
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ADAMTS12 14 (9%) 141 0.903
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.487
(1.00)
ASB5 6 (4%) 149 0.544
(1.00) 		0.939
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.602
(1.00)
INSL6 5 (3%) 150 0.205
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.00222
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.693
(1.00) 		1
(1.00) 		0.387
(1.00)
MAGEB1 6 (4%) 149 0.461
(1.00) 		0.696
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		0.612
(1.00) 		0.276
(1.00)
SEC11C 4 (3%) 151 0.165
(1.00) 		0.62
(1.00) 		1
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.292
(1.00)
TUBA3C 8 (5%) 147 0.24
(1.00) 		0.0157
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.0695
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.00441
(1.00)
'BRAF MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 1.07e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.017

Table S1.  Gene #10: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients COLON ADENOCARCINOMA COLON MUCINOUS ADENOCARCINOMA
ALL 128 24
BRAF MUTATED 9 11
BRAF WILD-TYPE 119 13

Figure S1.  Get High-res Image Gene #10: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #4: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'GRIK3 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 3.04e-05 (t-test), Q value = 0.05

Table S2.  Gene #39: 'GRIK3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 155 70.3 (12.0)
GRIK3 MUTATED 14 78.9 (5.8)
GRIK3 WILD-TYPE 141 69.5 (12.1)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #39: 'GRIK3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

'ZFHX4 MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 2.48e-05 (logrank test), Q value = 0.04

Table S3.  Gene #56: 'ZFHX4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 79 11 0.9 - 52.0 (12.0)
ZFHX4 MUTATED 11 4 0.9 - 21.0 (1.0)
ZFHX4 WILD-TYPE 68 7 0.9 - 52.0 (13.9)

Figure S3.  Get High-res Image Gene #56: 'ZFHX4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

'OR6T1 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 0.000122 (t-test), Q value = 0.2

Table S4.  Gene #102: 'OR6T1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 155 70.3 (12.0)
OR6T1 MUTATED 6 63.7 (2.5)
OR6T1 WILD-TYPE 149 70.6 (12.2)

Figure S4.  Get High-res Image Gene #102: 'OR6T1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = COAD-TP.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = COAD-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 155

  • Number of significantly mutated genes = 207

  • Number of selected clinical features = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Made with Nozzle