Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 181 genes and 5 clinical features across 276 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • IDH1 mutation correlated to 'AGE'.

  • ANO2 mutation correlated to 'Time to Death'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 181 genes and 5 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE GENDER KARNOFSKY
PERFORMANCE
SCORE 		RADIATIONS
RADIATION
REGIMENINDICATION
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test t-test Fisher's exact test
IDH1 14 (5%) 262 0.00261
(1.00) 		7.95e-05
(0.0686) 		0.269
(1.00) 		0.0319
(1.00) 		0.00287
(1.00)
ANO2 5 (2%) 271 4.75e-09
(4.1e-06) 		0.0702
(1.00) 		0.0617
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.0512
(1.00)
EGFR 59 (21%) 217 0.59
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.647
(1.00)
TP53 57 (21%) 219 0.281
(1.00) 		0.666
(1.00) 		1
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.876
(1.00)
PTEN 65 (24%) 211 0.514
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.244
(1.00) 		1
(1.00)
PIK3R1 30 (11%) 246 0.775
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.686
(1.00)
RB1 18 (7%) 258 0.407
(1.00) 		0.313
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0189
(1.00) 		0.615
(1.00)
NF1 25 (9%) 251 0.813
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.379
(1.00)
PIK3CA 24 (9%) 252 0.925
(1.00) 		0.676
(1.00) 		1
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.372
(1.00)
SPTA1 26 (9%) 250 0.56
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.396
(1.00)
FLG 23 (8%) 253 0.262
(1.00) 		0.326
(1.00) 		1
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.494
(1.00)
GABRA6 10 (4%) 266 0.848
(1.00) 		0.351
(1.00) 		1
(1.00) 		0.58
(1.00) 		1
(1.00)
RPL5 8 (3%) 268 0.897
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.881
(1.00) 		0.718
(1.00)
KEL 11 (4%) 265 0.796
(1.00) 		0.304
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00)
RBM47 8 (3%) 268 0.893
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00)
PCLO 22 (8%) 254 0.143
(1.00) 		0.967
(1.00) 		1
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.351
(1.00)
TCHH 14 (5%) 262 0.307
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.392
(1.00)
SEMA3C 9 (3%) 267 0.0616
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.284
(1.00)
OR8K3 6 (2%) 270 0.704
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.668
(1.00)
PRB2 5 (2%) 271 0.928
(1.00) 		0.17
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000758
(0.653) 		1
(1.00)
RYR2 20 (7%) 256 0.845
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.466
(1.00)
TPTE2 7 (3%) 269 0.191
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.0356
(1.00) 		0.697
(1.00)
LZTR1 8 (3%) 268 0.284
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.131
(1.00)
DCAF12L2 6 (2%) 270 0.117
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.629
(1.00) 		1
(1.00)
RIMS2 10 (4%) 266 0.379
(1.00) 		0.00133
(1.00) 		0.0985
(1.00) 		0.0356
(1.00) 		1
(1.00)
PSPH 5 (2%) 271 0.219
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.661
(1.00)
PDGFRA 9 (3%) 267 0.378
(1.00) 		0.0637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.507
(1.00) 		0.284
(1.00)
SPRYD5 5 (2%) 271 0.555
(1.00) 		0.862
(1.00) 		1
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00)
LRFN5 7 (3%) 269 0.0281
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.00797
(1.00)
MUC16 34 (12%) 242 0.166
(1.00) 		0.925
(1.00) 		1
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.702
(1.00)
CALN1 5 (2%) 271 0.152
(1.00) 		0.817
(1.00) 		1
(1.00) 		0.663
(1.00) 		1
(1.00)
HCN1 7 (3%) 269 0.318
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.697
(1.00)
KIF2B 7 (3%) 269 0.271
(1.00) 		0.873
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.242
(1.00)
AZGP1 4 (1%) 272 0.644
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MUC17 16 (6%) 260 0.997
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.725
(1.00) 		1
(1.00)
AFM 6 (2%) 270 0.271
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.363
(1.00) 		1
(1.00)
OR5D13 5 (2%) 271 0.461
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.661
(1.00)
DRD5 6 (2%) 270 0.389
(1.00) 		0.425
(1.00) 		1
(1.00) 		0.668
(1.00)
SEMG1 6 (2%) 270 0.487
(1.00) 		0.0963
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		0.187
(1.00)
SULT1B1 5 (2%) 271 0.174
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.661
(1.00)
OR5D18 5 (2%) 271 0.225
(1.00) 		0.768
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.661
(1.00)
TRPV6 7 (3%) 269 0.702
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.1
(1.00)
POM121L12 5 (2%) 271 0.347
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.661
(1.00) 		1
(1.00)
COL1A2 8 (3%) 268 0.907
(1.00) 		0.528
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0241
(1.00) 		0.131
(1.00)
LRRC55 5 (2%) 271 0.0742
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.661
(1.00)
CNTNAP2 8 (3%) 268 0.68
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.0545
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.718
(1.00)
HEATR7B2 9 (3%) 267 0.655
(1.00) 		0.28
(1.00) 		1
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.284
(1.00)
OR4D5 5 (2%) 271 0.601
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.346
(1.00)
WNT2 5 (2%) 271 0.376
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.0617
(1.00) 		0.717
(1.00) 		1
(1.00)
GABRA1 4 (1%) 272 0.947
(1.00) 		0.189
(1.00) 		1
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00)
OR5W2 4 (1%) 272 0.324
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.302
(1.00)
SLC1A6 6 (2%) 270 0.595
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.0271
(1.00) 		0.668
(1.00)
DOCK5 10 (4%) 266 0.175
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.743
(1.00)
HMCN1 15 (5%) 261 0.62
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.635
(1.00) 		0.404
(1.00)
STAG2 8 (3%) 268 0.000953
(0.814) 		0.866
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.0722
(1.00) 		0.455
(1.00)
UGT2A3 5 (2%) 271 0.731
(1.00) 		0.0186
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.167
(1.00)
CDKN2C 3 (1%) 273 0.731
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.301
(1.00) 		1
(1.00)
REN 5 (2%) 271 0.565
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.146
(1.00) 		1
(1.00)
CDC27 5 (2%) 271 0.201
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.359
(1.00) 		1
(1.00)
WBSCR17 5 (2%) 271 0.00139
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.0617
(1.00) 		0.0512
(1.00)
GRM3 7 (3%) 269 0.726
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.428
(1.00)
FOXG1 3 (1%) 273 0.127
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00)
KLF17 5 (2%) 271 0.00218
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.446
(1.00) 		1
(1.00)
SLCO6A1 6 (2%) 270 0.513
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.0486
(1.00) 		0.0952
(1.00)
UGT2B28 5 (2%) 271 0.779
(1.00) 		0.889
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00)
HIST1H2BE 3 (1%) 273 0.732
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.5
(1.00) 		1
(1.00)
AP3S1 3 (1%) 273 0.247
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.554
(1.00)
DSG3 7 (3%) 269 0.233
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.697
(1.00)
PROKR2 5 (2%) 271 0.957
(1.00) 		0.0495
(1.00) 		1
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.167
(1.00)
QKI 4 (1%) 272 0.692
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.014
(1.00)
TAS2R41 3 (1%) 273 0.876
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.278
(1.00)
PCDHA3 7 (3%) 269 0.247
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.697
(1.00)
PAN3 6 (2%) 270 0.284
(1.00) 		0.47
(1.00) 		1
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.668
(1.00)
COL6A3 12 (4%) 264 0.958
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.352
(1.00)
CYP3A5 5 (2%) 271 0.313
(1.00) 		0.699
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.363
(1.00) 		1
(1.00)
OR5D16 4 (1%) 272 0.0653
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.837
(1.00) 		1
(1.00)
PLCXD3 4 (1%) 272 0.0039
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.612
(1.00)
NOX4 5 (2%) 271 0.996
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00)
KLK6 3 (1%) 273 0.248
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.554
(1.00)
OR5AR1 3 (1%) 273 0.817
(1.00) 		0.075
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.286
(1.00) 		1
(1.00)
PODNL1 4 (1%) 272 0.102
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.506
(1.00) 		0.123
(1.00)
TMPRSS6 6 (2%) 270 0.828
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.342
(1.00) 		0.668
(1.00)
CALCR 5 (2%) 271 0.0432
(1.00) 		0.0821
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.661
(1.00)
PCDHA1 7 (3%) 269 0.601
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.242
(1.00)
ADCY5 6 (2%) 270 0.99
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.422
(1.00)
TGFA 3 (1%) 273 0.501
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00)
GABRB2 5 (2%) 271 0.524
(1.00) 		0.0841
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.346
(1.00)
ADAMTS16 6 (2%) 270 0.482
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.668
(1.00)
POTEH 3 (1%) 273 0.0221
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000758
(0.653) 		0.554
(1.00)
OR52M1 4 (1%) 272 0.966
(1.00) 		0.473
(1.00) 		1
(1.00) 		0.743
(1.00) 		1
(1.00)
BCOR 6 (2%) 270 0.183
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.187
(1.00)
PSG1 3 (1%) 273 0.0842
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.556
(1.00) 		1
(1.00)
TSHZ2 6 (2%) 270 0.449
(1.00) 		0.656
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.422
(1.00)
FGD5 7 (3%) 269 0.0467
(1.00) 		0.962
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0519
(1.00)
CDH18 6 (2%) 270 0.0502
(1.00) 		0.592
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.668
(1.00)
KDELC2 4 (1%) 272 0.556
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.548
(1.00) 		1
(1.00)
TREML2 3 (1%) 273 0.412
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.278
(1.00)
FOXR2 4 (1%) 272 0.124
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.716
(1.00) 		1
(1.00)
ADAM29 6 (2%) 270 0.734
(1.00) 		0.00818
(1.00) 		0.089
(1.00) 		0.000758
(0.653) 		0.668
(1.00)
DPP10 6 (2%) 270 0.851
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00)
KPRP 5 (2%) 271 0.281
(1.00) 		0.956
(1.00) 		1
(1.00) 		0.84
(1.00) 		1
(1.00)
OR13C5 4 (1%) 272 0.0612
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.302
(1.00)
OR5A1 4 (1%) 272 0.837
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.302
(1.00)
SERPINB4 3 (1%) 273 0.51
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.278
(1.00)
LUM 4 (1%) 272 0.0826
(1.00) 		0.853
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.612
(1.00)
GNAT3 4 (1%) 272 0.685
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.302
(1.00)
PCDH19 6 (2%) 270 0.618
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.422
(1.00)
OR5M3 4 (1%) 272 0.659
(1.00) 		0.315
(1.00) 		1
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.612
(1.00)
ALPPL2 4 (1%) 272 0.325
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
RELN 10 (4%) 266 0.477
(1.00) 		0.851
(1.00) 		1
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.743
(1.00)
MSL3 3 (1%) 273 0.899
(1.00) 		0.342
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
GLT1D1 3 (1%) 273 0.419
(1.00) 		0.0397
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ABCB1 7 (3%) 269 0.493
(1.00) 		0.0432
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.242
(1.00)
ELTD1 5 (2%) 271 0.908
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.113
(1.00) 		1
(1.00)
TRAT1 3 (1%) 273 0.0111
(1.00) 		0.084
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00)
MAGEB4 4 (1%) 272 0.152
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.166
(1.00) 		1
(1.00)
SLC5A7 4 (1%) 272 0.0445
(1.00) 		0.896
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0886
(1.00) 		1
(1.00)
BRAF 3 (1%) 273 0.879
(1.00) 		0.0474
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000758
(0.653) 		0.278
(1.00)
DAO 4 (1%) 272 0.933
(1.00) 		0.975
(1.00) 		1
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.612
(1.00)
KRT37 4 (1%) 272 0.947
(1.00) 		0.813
(1.00) 		1
(1.00) 		0.123
(1.00)
PRDM9 6 (2%) 270 0.959
(1.00) 		0.0709
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00)
ZNF181 4 (1%) 272 0.378
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.247
(1.00) 		1
(1.00)
IL18RAP 4 (1%) 272 0.945
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.286
(1.00) 		1
(1.00)
POTEG 4 (1%) 272 0.874
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.612
(1.00)
PCDH11Y 6 (2%) 270 0.282
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.089
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.422
(1.00)
RSPO3 3 (1%) 273 0.397
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.278
(1.00)
SEMA3E 5 (2%) 271 0.43
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.167
(1.00)
SLC27A2 5 (2%) 271 0.374
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.661
(1.00)
CKMT1A 3 (1%) 273 0.491
(1.00) 		0.0428
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.861
(1.00) 		1
(1.00)
CYP2D6 4 (1%) 272 0.0603
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.123
(1.00)
GABRB3 4 (1%) 272 0.939
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00)
TAF1L 8 (3%) 268 0.12
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.0289
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.455
(1.00)
TNFSF9 3 (1%) 273 0.816
(1.00) 		0.638
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.554
(1.00)
ZDHHC4 3 (1%) 273 0.802
(1.00) 		0.764
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
FBLN2 5 (2%) 271 0.773
(1.00) 		0.0178
(1.00) 		1
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.661
(1.00)
SYT16 5 (2%) 271 0.368
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.346
(1.00)
F9 4 (1%) 272 0.0203
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.625
(1.00) 		1
(1.00)
CD33 4 (1%) 272 0.52
(1.00) 		0.0328
(1.00) 		0.141
(1.00) 		1
(1.00)
CXORF22 6 (2%) 270 0.856
(1.00) 		0.49
(1.00) 		0.026
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.668
(1.00)
CARD6 6 (2%) 270 0.03
(1.00) 		0.00839
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.422
(1.00)
PLEKHG4B 6 (2%) 270 0.36
(1.00) 		0.059
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.422
(1.00)
CPNE8 4 (1%) 272 0.901
(1.00) 		0.87
(1.00) 		1
(1.00) 		0.612
(1.00)
MRGPRE 3 (1%) 273 0.585
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.0481
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.554
(1.00)
RBMS3 4 (1%) 272 0.556
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.302
(1.00)
NLRP12 6 (2%) 270 0.985
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.187
(1.00)
OR4P4 3 (1%) 273 0.749
(1.00) 		0.477
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
SDK1 9 (3%) 267 0.502
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.0295
(1.00)
CFHR4 3 (1%) 273 0.574
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.716
(1.00) 		1
(1.00)
DPPA4 3 (1%) 273 0.515
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.716
(1.00) 		1
(1.00)
LPAR3 3 (1%) 273 0.124
(1.00) 		0.847
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0412
(1.00)
FBN3 10 (4%) 266 0.246
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.456
(1.00) 		1
(1.00)
CD1D 3 (1%) 273 0.0527
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000758
(0.653) 		0.554
(1.00)
POTEF 5 (2%) 271 0.971
(1.00) 		0.718
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
ACSM2B 4 (1%) 272 0.276
(1.00) 		0.377
(1.00) 		1
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.302
(1.00)
ZNF618 5 (2%) 271 0.066
(1.00) 		0.356
(1.00) 		1
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.346
(1.00)
FBXL12 3 (1%) 273 0.844
(1.00) 		0.71
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
CHD8 7 (3%) 269 0.678
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.539
(1.00) 		0.242
(1.00)
NLRP5 6 (2%) 270 0.989
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00)
OR5P2 3 (1%) 273 0.295
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.301
(1.00) 		0.000758
(0.653) 		1
(1.00)
CLYBL 3 (1%) 273 0.833
(1.00) 		0.356
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
MMP13 4 (1%) 272 0.847
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.302
(1.00)
SLCO5A1 4 (1%) 272 0.931
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.612
(1.00)
OR4C11 3 (1%) 273 0.481
(1.00) 		0.554
(1.00) 		1
(1.00) 		0.278
(1.00)
TRIML1 4 (1%) 272 0.0651
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.612
(1.00)
FRMD7 5 (2%) 271 0.355
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.921
(1.00) 		1
(1.00)
GRIN2A 7 (3%) 269 0.319
(1.00) 		0.614
(1.00) 		1
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00)
KCNB2 4 (1%) 272 0.674
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.123
(1.00)
SCN9A 8 (3%) 268 0.263
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.84
(1.00) 		0.131
(1.00)
UGT2B10 4 (1%) 272 0.685
(1.00) 		0.266
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000758
(0.653) 		0.612
(1.00)
KDR 6 (2%) 270 0.14
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.668
(1.00)
NDST4 5 (2%) 271 0.934
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.167
(1.00)
PIK3C2G 6 (2%) 270 0.541
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.422
(1.00)
CDH9 5 (2%) 271 0.763
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.346
(1.00)
AHNAK2 14 (5%) 262 0.859
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.0429
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.569
(1.00)
SH3RF2 5 (2%) 271 0.392
(1.00) 		0.268
(1.00) 		1
(1.00) 		0.292
(1.00) 		0.167
(1.00)
USH2A 14 (5%) 262 0.598
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.918
(1.00) 		0.0866
(1.00)
PCDHB7 4 (1%) 272 0.686
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.32
(1.00) 		1
(1.00)
TLR6 5 (2%) 271 0.745
(1.00) 		0.667
(1.00) 		0.655
(1.00) 		1
(1.00)
PAK4 3 (1%) 273 0.853
(1.00) 		0.337
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.765
(1.00) 		1
(1.00)
PTX4 4 (1%) 272 0.643
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.612
(1.00)
SIGLEC8 3 (1%) 273 0.861
(1.00) 		0.152
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0469
(1.00) 		0.278
(1.00)
'IDH1 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 7.95e-05 (t-test), Q value = 0.069

Table S1.  Gene #7: 'IDH1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 276 61.1 (12.6)
IDH1 MUTATED 14 40.7 (14.4)
IDH1 WILD-TYPE 262 62.2 (11.5)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #7: 'IDH1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

'ANO2 MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 4.75e-09 (logrank test), Q value = 4.1e-06

Table S2.  Gene #174: 'ANO2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 276 176 0.1 - 58.8 (8.4)
ANO2 MUTATED 5 5 0.2 - 4.7 (2.5)
ANO2 WILD-TYPE 271 171 0.1 - 58.8 (8.6)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #174: 'ANO2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = GBM-TP.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = GBM-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 276

  • Number of significantly mutated genes = 181

  • Number of selected clinical features = 5

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
Made with Nozzle