Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 209 genes and 9 clinical features across 224 patients, 2 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • BRAF mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • PCDH11X mutation correlated to 'Time to Death'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 209 genes and 9 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE PRIMARY
SITE
OF
DISEASE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 22 (10%) 202 0.912
(1.00) 		0.0839
(1.00) 		0.0261
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		2e-06
(0.00371) 		0.191
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.576
(1.00)
PCDH11X 14 (6%) 210 6.96e-05
(0.129) 		0.546
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.0393
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.233
(1.00)
FBXW7 38 (17%) 186 0.696
(1.00) 		0.0555
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.0041
(1.00) 		0.00151
(1.00)
NRAS 20 (9%) 204 0.0691
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.0365
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.0375
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.765
(1.00)
PIK3CA 33 (15%) 191 0.767
(1.00) 		0.0855
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.0168
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.0235
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.0358
(1.00)
APC 160 (71%) 64 0.368
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.0159
(1.00) 		0.0753
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.409
(1.00)
KRAS 96 (43%) 128 0.0237
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.027
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0636
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.584
(1.00)
SMAD4 26 (12%) 198 0.795
(1.00) 		0.987
(1.00) 		1
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.00552
(1.00) 		0.81
(1.00) 		1
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.793
(1.00)
TP53 120 (54%) 104 0.496
(1.00) 		0.0605
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.000245
(0.455) 		0.874
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.241
(1.00)
FAM123B 25 (11%) 199 0.634
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.5
(1.00) 		1
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.585
(1.00)
TTN 85 (38%) 139 0.592
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.00419
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.0035
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.0671
(1.00) 		0.284
(1.00)
SMAD2 15 (7%) 209 0.885
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00)
TCF7L2 18 (8%) 206 0.282
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.737
(1.00) 		0.885
(1.00)
FAT4 39 (17%) 185 0.58
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.567
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.0388
(1.00) 		0.154
(1.00)
KRTAP5-5 4 (2%) 220 0.882
(1.00) 		0.588
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		1
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		0.151
(1.00)
ACVR1B 14 (6%) 210 0.605
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.0692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0288
(1.00) 		0.034
(1.00) 		1
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.391
(1.00)
WBSCR17 19 (8%) 205 0.39
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		1
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.119
(1.00)
PCDH9 22 (10%) 202 0.128
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.0429
(1.00)
LRP1B 39 (17%) 185 0.816
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.0115
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.943
(1.00)
TNFRSF10C 6 (3%) 218 0.838
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.0674
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.064
(1.00) 		0.0117
(1.00)
MAP2K4 11 (5%) 213 0.0342
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.271
(1.00)
KIAA1804 15 (7%) 209 0.284
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.00911
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.344
(1.00) 		1
(1.00) 		0.881
(1.00)
NRXN1 20 (9%) 204 0.682
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.0571
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.134
(1.00)
KLHL4 16 (7%) 208 0.129
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.233
(1.00)
SOX9 10 (4%) 214 0.573
(1.00) 		0.266
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.902
(1.00) 		1
(1.00) 		0.64
(1.00)
PRDM9 16 (7%) 208 0.249
(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.363
(1.00) 		0.0124
(1.00) 		0.79
(1.00)
PCBP1 6 (3%) 218 0.557
(1.00) 		0.767
(1.00) 		1
(1.00) 		0.685
(1.00) 		1
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.0311
(1.00) 		0.378
(1.00)
DMD 33 (15%) 191 0.364
(1.00) 		0.566
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.0188
(1.00)
CSMD1 26 (12%) 198 0.00687
(1.00) 		0.854
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.677
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.362
(1.00) 		1
(1.00) 		0.254
(1.00)
LIFR 18 (8%) 206 0.0294
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00) 		0.929
(1.00)
OR6N1 10 (4%) 214 0.847
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		0.963
(1.00)
CCDC160 7 (3%) 217 0.535
(1.00) 		0.631
(1.00) 		1
(1.00) 		0.263
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0671
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.865
(1.00)
CNTN6 17 (8%) 207 0.45
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.165
(1.00)
CPXCR1 9 (4%) 215 0.243
(1.00) 		0.311
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0902
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.209
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.565
(1.00)
SLITRK1 15 (7%) 209 0.898
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.813
(1.00) 		0.0487
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.328
(1.00)
CDH2 16 (7%) 208 0.592
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.03
(1.00) 		0.0244
(1.00) 		0.00766
(1.00)
CNBD1 7 (3%) 217 0.525
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.43
(1.00)
CTNNB1 11 (5%) 213 0.586
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.31
(1.00) 		1
(1.00) 		0.753
(1.00)
DKK2 6 (3%) 218 0.678
(1.00) 		0.452
(1.00) 		0.669
(1.00) 		1
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.0876
(1.00) 		1
(1.00) 		0.598
(1.00)
ERBB4 18 (8%) 206 0.0646
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.0896
(1.00) 		0.0133
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.0527
(1.00)
FLG 32 (14%) 192 0.222
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.207
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.351
(1.00)
ARID1A 21 (9%) 203 0.142
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.0894
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.0963
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.114
(1.00)
KIAA1486 13 (6%) 211 0.18
(1.00) 		0.404
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.316
(1.00) 		1
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.52
(1.00)
ROBO1 18 (8%) 206 0.767
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		0.0847
(1.00) 		0.622
(1.00) 		1
(1.00) 		0.226
(1.00)
ZFHX4 24 (11%) 200 0.00119
(1.00) 		0.949
(1.00) 		1
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.0374
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.27
(1.00)
EPHA3 16 (7%) 208 0.495
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.543
(1.00) 		1
(1.00) 		0.851
(1.00)
PRIM2 8 (4%) 216 0.0794
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
(1.00) 		0.636
(1.00)
UBE2NL 7 (3%) 217 0.399
(1.00) 		0.212
(1.00) 		1
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.943
(1.00)
ACVR2A 9 (4%) 215 0.271
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.0902
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.352
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00)
ADAM29 11 (5%) 213 0.272
(1.00) 		0.996
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.0511
(1.00) 		0.317
(1.00)
ATP10A 19 (8%) 205 0.686
(1.00) 		0.52
(1.00) 		1
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.0309
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.0565
(1.00)
DNAH5 34 (15%) 190 0.722
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.251
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00)
GABRA5 9 (4%) 215 0.153
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.803
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00)
NALCN 20 (9%) 204 0.582
(1.00) 		0.61
(1.00) 		1
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.828
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.522
(1.00) 		0.102
(1.00)
OTOL1 8 (4%) 216 0.365
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.0185
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.444
(1.00)
PTEN 7 (3%) 217 0.513
(1.00) 		0.0301
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.792
(1.00)
SDK1 27 (12%) 197 0.729
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.00362
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.00901
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.886
(1.00)
TLL1 15 (7%) 209 0.292
(1.00) 		0.212
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.278
(1.00)
TMEM132D 19 (8%) 205 0.807
(1.00) 		0.879
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.811
(1.00) 		0.188
(1.00) 		0.844
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.173
(1.00)
TRPC4 17 (8%) 207 0.571
(1.00) 		0.369
(1.00) 		1
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.0666
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.0451
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.65
(1.00)
ATM 25 (11%) 199 0.827
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.0934
(1.00) 		0.262
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.399
(1.00)
GPC6 10 (4%) 214 0.463
(1.00) 		0.995
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.884
(1.00)
CDH8 14 (6%) 210 0.458
(1.00) 		0.31
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.895
(1.00) 		1
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.842
(1.00)
MGC26647 7 (3%) 217 0.67
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.658
(1.00)
DKK4 7 (3%) 217 0.574
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.44
(1.00) 		1
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.755
(1.00)
PTPRM 20 (9%) 204 0.245
(1.00) 		0.672
(1.00) 		1
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.258
(1.00)
AFF2 17 (8%) 207 0.855
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.0776
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.29
(1.00)
NCAM2 12 (5%) 212 0.684
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.52
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.0395
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1
(1.00) 		0.718
(1.00)
OR2M4 8 (4%) 216 0.636
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.781
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.956
(1.00)
RYR2 29 (13%) 195 0.817
(1.00) 		0.927
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.64
(1.00)
CDH9 15 (7%) 209 0.0266
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.00616
(1.00)
GRIK3 17 (8%) 207 0.754
(1.00) 		0.0446
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00)
ELF3 6 (3%) 218 0.678
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.194
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.792
(1.00)
TRPS1 17 (8%) 207 0.536
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.0966
(1.00) 		0.0646
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.0488
(1.00)
FAM133A 7 (3%) 217 0.4
(1.00) 		0.791
(1.00) 		1
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.639
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.89
(1.00)
IL1RAPL2 10 (4%) 214 0.47
(1.00) 		0.817
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.0261
(1.00) 		0.768
(1.00) 		1
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.441
(1.00)
CCBP2 10 (4%) 214 0.459
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.235
(1.00) 		1
(1.00) 		0.408
(1.00)
OPCML 10 (4%) 214 0.3
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.0717
(1.00) 		1
(1.00) 		0.126
(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.723
(1.00)
CDH18 13 (6%) 211 0.59
(1.00) 		0.405
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.746
(1.00)
OR2L13 10 (4%) 214 0.661
(1.00) 		0.871
(1.00) 		1
(1.00) 		0.751
(1.00) 		1
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00) 		0.487
(1.00)
LRRN3 10 (4%) 214 0.868
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.581
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.0795
(1.00) 		0.0511
(1.00) 		0.276
(1.00)
BAI3 18 (8%) 206 0.85
(1.00) 		0.0982
(1.00) 		0.794
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0773
(1.00) 		0.0799
(1.00) 		0.118
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0963
(1.00)
MGC42105 11 (5%) 213 0.555
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.297
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.702
(1.00)
TXNDC3 11 (5%) 213 0.378
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.656
(1.00)
LPPR4 13 (6%) 211 0.623
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		1
(1.00) 		0.952
(1.00)
UNC13C 17 (8%) 207 0.71
(1.00) 		0.901
(1.00) 		1
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.574
(1.00) 		0.091
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.275
(1.00)
SCN7A 15 (7%) 209 0.709
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.00602
(1.00) 		0.099
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00)
ACOT4 3 (1%) 221 0.0265
(1.00) 		0.555
(1.00) 		1
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.489
(1.00)
GGT1 3 (1%) 221 0.966
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.748
(1.00)
GRIA1 15 (7%) 209 0.458
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.0419
(1.00) 		0.181
(1.00) 		0.231
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.931
(1.00) 		0.0694
(1.00) 		0.582
(1.00)
ING1 6 (3%) 218 0.113
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.355
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.0109
(1.00) 		1
(1.00) 		0.118
(1.00)
PCDHA10 10 (4%) 214 0.096
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.0532
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.595
(1.00)
ZNF208 11 (5%) 213 0.506
(1.00) 		0.102
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.0272
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.463
(1.00)
CRTC1 6 (3%) 218 0.0365
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.746
(1.00)
FAM5C 13 (6%) 211 0.0736
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.0974
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.115
(1.00)
GUCY1A3 12 (5%) 212 0.209
(1.00) 		0.0494
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.297
(1.00)
FAM22F 9 (4%) 215 0.199
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.00356
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.00563
(1.00) 		1
(1.00) 		0.12
(1.00) 		0.0653
(1.00)
CHRDL1 11 (5%) 213 0.934
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.248
(1.00) 		1
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.612
(1.00)
EDNRB 10 (4%) 214 0.413
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.0983
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.388
(1.00)
IFT80 10 (4%) 214 0.945
(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.246
(1.00)
ANK2 30 (13%) 194 0.142
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.071
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.804
(1.00) 		0.558
(1.00)
CASP14 8 (4%) 216 0.455
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.253
(1.00) 		1
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.0674
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.0347
(1.00)
LASS3 9 (4%) 215 0.61
(1.00) 		0.532
(1.00) 		1
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.0408
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(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.428
(1.00)
P2RY10 7 (3%) 217 0.0115
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.679
(1.00) 		1
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.442
(1.00)
CNTN1 14 (6%) 210 0.823
(1.00) 		0.642
(1.00) 		1
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.0101
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00)
ISL1 8 (4%) 216 0.607
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.115
(1.00) 		1
(1.00) 		0.328
(1.00)
ARID2 15 (7%) 209 0.901
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.791
(1.00) 		1
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.606
(1.00) 		1
(1.00) 		0.164
(1.00)
EIF4A2 5 (2%) 219 0.0793
(1.00) 		1
(1.00) 		0.672
(1.00) 		1
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.456
(1.00)
OR51V1 9 (4%) 215 0.453
(1.00) 		0.68
(1.00) 		0.06
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.00253
(1.00) 		0.0338
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.0206
(1.00)
ZC3H13 21 (9%) 203 0.578
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.321
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0754
(1.00) 		0.0664
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.294
(1.00)
CDH11 14 (6%) 210 0.418
(1.00) 		0.736
(1.00) 		0.0692
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.895
(1.00) 		0.589
(1.00) 		1
(1.00) 		0.775
(1.00)
CHST9 8 (4%) 216 0.131
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.724
(1.00) 		0.0593
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.89
(1.00) 		1
(1.00) 		0.865
(1.00)
HTR3B 6 (3%) 218 0.552
(1.00) 		0.604
(1.00) 		1
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.705
(1.00)
LRRIQ3 10 (4%) 214 0.504
(1.00) 		0.883
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0509
(1.00) 		1
(1.00) 		0.17
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.91
(1.00)
HCN1 10 (4%) 214 0.295
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00) 		0.487
(1.00)
CHRM2 10 (4%) 214 0.428
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.0154
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0321
(1.00)
CSMD3 28 (12%) 196 0.348
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.0282
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.0408
(1.00)
DCAF4L2 11 (5%) 213 0.938
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0596
(1.00) 		0.0145
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.398
(1.00)
DACH2 12 (5%) 212 0.365
(1.00) 		0.551
(1.00) 		1
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.0578
(1.00) 		0.199
(1.00) 		1
(1.00) 		0.893
(1.00)
DOCK2 21 (9%) 203 0.626
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.173
(1.00)
KCNA4 12 (5%) 212 0.934
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.575
(1.00)
DPP10 13 (6%) 211 0.848
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.52
(1.00)
EVC2 17 (8%) 207 0.324
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.263
(1.00)
C15ORF2 12 (5%) 212 0.503
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.07
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.197
(1.00)
NLRP5 12 (5%) 212 0.702
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.424
(1.00)
BTNL8 3 (1%) 221 0.0123
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.748
(1.00)
KLK2 3 (1%) 221 0.179
(1.00) 		0.555
(1.00) 		1
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.863
(1.00)
LUZP2 6 (3%) 218 0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.943
(1.00)
NXF5 7 (3%) 217 0.261
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.15
(1.00)
PCDHB5 14 (6%) 210 0.0851
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.164
(1.00)
LOXL2 9 (4%) 215 0.405
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.789
(1.00)
UBQLNL 5 (2%) 219 0.199
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00)
MYO1B 13 (6%) 211 0.343
(1.00) 		0.632
(1.00) 		1
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.575
(1.00)
SPATA17 9 (4%) 215 0.525
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.0106
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(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.388
(1.00)
RIMS1 15 (7%) 209 0.803
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.156
(1.00)
COL12A1 21 (9%) 203 0.339
(1.00) 		0.846
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.0963
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.149
(1.00)
JAKMIP2 13 (6%) 211 0.258
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.172
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.297
(1.00)
CDH10 14 (6%) 210 0.803
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.647
(1.00)
EPHA5 13 (6%) 211 0.931
(1.00) 		0.192
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.622
(1.00)
ODZ1 22 (10%) 202 0.00351
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.00017
(0.315) 		0.0346
(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.697
(1.00)
POSTN 11 (5%) 213 0.0234
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.02
(1.00) 		1
(1.00) 		0.024
(1.00) 		1
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.251
(1.00)
SYNE1 47 (21%) 177 0.351
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.0767
(1.00) 		0.0304
(1.00) 		0.163
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.456
(1.00)
ZCWPW2 7 (3%) 217 0.441
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.143
(1.00) 		1
(1.00) 		0.378
(1.00)
ZEB2 15 (7%) 209 0.354
(1.00) 		0.987
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.959
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.643
(1.00)
TUSC3 7 (3%) 217 0.405
(1.00) 		0.509
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.658
(1.00)
CACNG7 6 (3%) 218 0.33
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.666
(1.00)
RWDD2B 8 (4%) 216 0.796
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00)
SLC25A13 7 (3%) 217 0.651
(1.00) 		0.178
(1.00) 		1
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.658
(1.00)
DPF2 4 (2%) 220 0.527
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.565
(1.00)
PCDH10 17 (8%) 207 0.209
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.619
(1.00)
CDH12 13 (6%) 211 0.398
(1.00) 		0.0595
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.145
(1.00)
MCF2 12 (5%) 212 0.479
(1.00) 		0.476
(1.00) 		1
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00)
NCKAP5 15 (7%) 209 0.796
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.739
(1.00)
RIMS2 13 (6%) 211 0.208
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.0705
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.756
(1.00)
ATP7A 6 (3%) 218 0.178
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.0227
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.127
(1.00)
TPTE 12 (5%) 212 0.657
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.944
(1.00)
OR8B4 6 (3%) 218 0.705
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.666
(1.00)
SFMBT2 13 (6%) 211 0.398
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.0705
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.862
(1.00)
FLRT2 13 (6%) 211 0.744
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.0547
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.47
(1.00)
BCHE 9 (4%) 215 0.427
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.315
(1.00) 		1
(1.00) 		0.733
(1.00)
C8B 10 (4%) 214 0.263
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.526
(1.00)
FREM2 23 (10%) 201 0.612
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.0138
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.581
(1.00)
ZNF167 7 (3%) 217 0.376
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.679
(1.00) 		1
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.183
(1.00)
GABRG1 8 (4%) 216 0.514
(1.00) 		0.0941
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.708
(1.00)
SAT1 4 (2%) 220 0.211
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.397
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00)
CHD4 17 (8%) 207 0.715
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.0527
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.354
(1.00)
PCDHB2 14 (6%) 210 0.321
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.0692
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.684
(1.00) 		1
(1.00) 		0.975
(1.00)
TMTC1 13 (6%) 211 0.857
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.622
(1.00)
SH3GL3 8 (4%) 216 0.468
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.789
(1.00)
ZFPM2 6 (3%) 218 0.376
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.666
(1.00)
CACNG3 8 (4%) 216 0.468
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.849
(1.00)
POTEB 8 (4%) 216 0.634
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.43
(1.00)
GRIN2A 19 (8%) 205 0.457
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.073
(1.00) 		1
(1.00) 		0.697
(1.00)
NRXN3 17 (8%) 207 0.879
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.0804
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.448
(1.00)
OR7C1 6 (3%) 218 0.12
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.315
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.838
(1.00)
SPATA8 3 (1%) 221 0.706
(1.00) 		0.0279
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		1
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.863
(1.00)
OR2M2 6 (3%) 218 0.106
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0347
(1.00) 		0.0365
(1.00) 		1
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.212
(1.00)
SORCS1 15 (7%) 209 0.0276
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.0128
(1.00) 		0.429
(1.00) 		1
(1.00) 		0.374
(1.00)
IL18R1 10 (4%) 214 0.443
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.0217
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.229
(1.00)
DPY19L1 5 (2%) 219 0.405
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.0723
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00)
C16ORF45 3 (1%) 221 0.795
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.213
(1.00)
INHBA 9 (4%) 215 0.911
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.00297
(1.00) 		0.137
(1.00) 		1
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.565
(1.00)
MIER3 11 (5%) 213 0.442
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.5
(1.00)
ZNF585A 10 (4%) 214 0.479
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.702
(1.00)
TMPRSS13 4 (2%) 220 0.26
(1.00) 		1
(1.00) 		0.351
(1.00) 		1
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00)
FSTL5 11 (5%) 213 0.383
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.0547
(1.00) 		0.694
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00)
DOK5 6 (3%) 218 0.704
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		1
(1.00) 		0.89
(1.00)
ZNF99 11 (5%) 213 0.112
(1.00) 		0.731
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.726
(1.00)
GML 6 (3%) 218 0.164
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.741
(1.00)
B2M 5 (2%) 219 0.375
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.86
(1.00)
PPP2R2B 3 (1%) 221 0.532
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.00532
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00)
LRTM1 7 (3%) 217 0.603
(1.00) 		0.713
(1.00) 		1
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.906
(1.00)
OR10G9 6 (3%) 218 0.295
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.00497
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.746
(1.00)
ERBB3 14 (6%) 210 0.354
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.78
(1.00)
PSG8 8 (4%) 216 0.176
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.89
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00)
SYT16 9 (4%) 215 0.458
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.269
(1.00)
LPHN3 13 (6%) 211 0.401
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.00229
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00) 		0.194
(1.00)
LRP2 35 (16%) 189 0.601
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.0823
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.561
(1.00)
SOHLH2 9 (4%) 215 0.122
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.282
(1.00) 		1
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.0621
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		0.918
(1.00)
ZIM3 9 (4%) 215 0.585
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.789
(1.00)
DSEL 14 (6%) 210 0.914
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.0727
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.647
(1.00)
RNASE11 5 (2%) 219 0.365
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.056
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00)
MDGA2 10 (4%) 214 0.733
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.902
(1.00) 		1
(1.00) 		0.814
(1.00)
RBMS3 6 (3%) 218 0.425
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.17
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.89
(1.00)
COL6A6 16 (7%) 208 0.671
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.03
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.0553
(1.00)
TMBIM4 4 (2%) 220 0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.489
(1.00)
FAM135B 15 (7%) 209 0.877
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00)
CYP7B1 7 (3%) 217 0.935
(1.00) 		0.797
(1.00) 		1
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0196
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00)
SLC16A7 9 (4%) 215 0.246
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.839
(1.00)
'BRAF MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 2e-06 (Fisher's exact test), Q value = 0.0037

Table S1.  Gene #5: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients COLON ADENOCARCINOMA COLON MUCINOUS ADENOCARCINOMA RECTAL ADENOCARCINOMA RECTAL MUCINOUS ADENOCARCINOMA
ALL 128 24 57 8
BRAF MUTATED 9 11 1 1
BRAF WILD-TYPE 119 13 56 7

Figure S1.  Get High-res Image Gene #5: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'PCDH11X MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 6.96e-05 (logrank test), Q value = 0.13

Table S2.  Gene #120: 'PCDH11X MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 120 14 0.9 - 72.1 (10.9)
PCDH11X MUTATED 11 4 1.0 - 21.0 (1.0)
PCDH11X WILD-TYPE 109 10 0.9 - 72.1 (12.0)

Figure S2.  Get High-res Image Gene #120: 'PCDH11X MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = COADREAD-TP.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = COADREAD-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 224

  • Number of significantly mutated genes = 209

  • Number of selected clinical features = 9

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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