Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Skin Cutaneous Melanoma (Metastatic)
22 February 2013  |  analyses__2013_02_22
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doi:10.7908/C1W957DD
Maintained by TCGA GDAC Team (Broad Institute/MD Anderson Cancer Center/Harvard Medical School)
Cite as Broad Institute TCGA Genome Data Analysis Center (2013): Correlation between gene mutation status and molecular subtypes. Broad Institute of MIT and Harvard. doi:10.7908/C1W957DD
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 129 genes and 8 molecular subtypes across 225 patients, 3 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • BRAF mutation correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

  • NRAS mutation correlated to 'CN_CNMF'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 129 genes and 8 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 3 significant findings detected.

Clinical
Features 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 115 (51%) 110 1.05e-13
(1.08e-10) 		0.081
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.00496
(1.00) 		4.67e-05
(0.0478) 		0.0831
(1.00) 		0.173
(1.00)
NRAS 65 (29%) 160 3.71e-08
(3.81e-05) 		0.0354
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.863
(1.00)
TP53 34 (15%) 191 0.3
(1.00) 		0.0218
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.88
(1.00) 		0.0996
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.153
(1.00)
C15ORF23 14 (6%) 211 0.348
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.0581
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.92
(1.00)
CDKN2A 31 (14%) 194 0.318
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.152
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00)
OXA1L 6 (3%) 219 0.586
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.355
(1.00)
STK19 10 (4%) 215 0.364
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.789
(1.00)
PTEN 18 (8%) 207 0.706
(1.00) 		0.272
(1.00) 		0.466
(1.00) 		0.294
(1.00) 		1
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.333
(1.00)
RAC1 16 (7%) 209 0.687
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.467
(1.00) 		1
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.112
(1.00)
ACSM2B 36 (16%) 189 0.647
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.0742
(1.00) 		0.0593
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.661
(1.00)
CADM2 22 (10%) 203 0.662
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.385
(1.00) 		1
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.0227
(1.00)
OR51S1 26 (12%) 199 0.409
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.499
(1.00) 		0.0615
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.907
(1.00)
LCE1B 13 (6%) 212 0.322
(1.00) 		0.63
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00)
IDH1 11 (5%) 214 0.633
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.0964
(1.00) 		0.133
(1.00)
TAF1A 14 (6%) 211 0.784
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.92
(1.00)
NAP1L2 21 (9%) 204 0.528
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.386
(1.00) 		1
(1.00)
MUC7 19 (8%) 206 1
(1.00) 		0.544
(1.00) 		0.488
(1.00) 		0.399
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.0758
(1.00)
PPP6C 17 (8%) 208 0.698
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0996
(1.00) 		0.108
(1.00)
FRG2B 17 (8%) 208 0.815
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.796
(1.00) 		1
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.445
(1.00)
USP29 35 (16%) 190 0.895
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.481
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.972
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.608
(1.00)
PRB4 18 (8%) 207 0.706
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.238
(1.00)
HIST1H2AA 10 (4%) 215 0.364
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.331
(1.00)
RPTN 38 (17%) 187 0.771
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.965
(1.00) 		0.0271
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.469
(1.00)
ZNF479 22 (10%) 203 0.5
(1.00) 		1
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.0559
(1.00) 		0.538
(1.00)
C8A 26 (12%) 199 0.837
(1.00) 		0.0804
(1.00) 		0.829
(1.00) 		0.606
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.058
(1.00) 		0.171
(1.00)
FUT9 22 (10%) 203 0.607
(1.00) 		0.0354
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.0962
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.711
(1.00)
ZNF679 18 (8%) 207 0.909
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.536
(1.00)
NRK 28 (12%) 197 0.567
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.262
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.835
(1.00)
CDH9 32 (14%) 193 0.836
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.786
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.000634
(0.648) 		0.301
(1.00)
PRAMEF11 21 (9%) 204 0.774
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.791
(1.00)
DDX3X 18 (8%) 207 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.274
(1.00)
GRXCR1 18 (8%) 207 0.558
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.571
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.274
(1.00)
PRB2 29 (13%) 196 0.823
(1.00) 		0.519
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.213
(1.00)
ELF5 7 (3%) 218 0.299
(1.00) 		1
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.641
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.197
(1.00)
IL32 9 (4%) 216 0.581
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.101
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.881
(1.00)
LUZP2 19 (8%) 206 0.83
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.00896
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.0926
(1.00) 		0.327
(1.00)
PDE1A 30 (13%) 195 0.567
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.0321
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.0506
(1.00)
RBM11 12 (5%) 213 0.203
(1.00) 		0.0514
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.0812
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.56
(1.00)
GLRB 22 (10%) 203 0.369
(1.00) 		0.536
(1.00) 		0.0196
(1.00) 		0.0294
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.0285
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.164
(1.00)
PRB1 21 (9%) 204 0.504
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.0715
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.489
(1.00)
KIAA1257 14 (6%) 211 0.509
(1.00) 		1
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.508
(1.00)
USP17L2 18 (8%) 207 0.248
(1.00) 		0.116
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.817
(1.00)
SPAG16 16 (7%) 209 0.461
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.0582
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.272
(1.00)
OR4M2 22 (10%) 203 0.692
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.639
(1.00)
GFRAL 28 (12%) 197 0.74
(1.00) 		0.285
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.92
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.0355
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.799
(1.00)
UNC119B 6 (3%) 219 0.136
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.968
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00)
PHGDH 8 (4%) 217 0.174
(1.00) 		1
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.406
(1.00)
STXBP5L 42 (19%) 183 0.244
(1.00) 		0.908
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.753
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.768
(1.00)
TRAT1 12 (5%) 213 0.81
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.56
(1.00)
ZNF844 9 (4%) 216 0.76
(1.00) 		1
(1.00) 		0.939
(1.00) 		0.887
(1.00) 		0.904
(1.00) 		1
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.777
(1.00)
TTN 171 (76%) 54 0.304
(1.00) 		0.0287
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.0882
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.137
(1.00)
COPG2 9 (4%) 216 0.197
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.366
(1.00) 		1
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.777
(1.00)
DSG3 41 (18%) 184 0.597
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.715
(1.00)
GML 9 (4%) 216 0.102
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.0674
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.777
(1.00)
HHLA2 14 (6%) 211 0.105
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.000298
(0.305) 		0.00327
(1.00) 		1
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.646
(1.00)
LILRB4 27 (12%) 198 0.136
(1.00) 		1
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.469
(1.00)
SLC38A4 25 (11%) 200 0.33
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.0489
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.601
(1.00)
OR2L3 14 (6%) 211 0.609
(1.00) 		0.0136
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.36
(1.00)
HBD 9 (4%) 216 0.581
(1.00) 		1
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.41
(1.00) 		1
(1.00)
TBC1D3B 5 (2%) 220 0.227
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.861
(1.00) 		1
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.638
(1.00)
TCEB3C 26 (12%) 199 0.837
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.321
(1.00)
CYLC2 19 (8%) 206 0.413
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.453
(1.00)
HBG2 7 (3%) 218 0.341
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.289
(1.00)
LOC649330 22 (10%) 203 0.216
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.0706
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0845
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.674
(1.00)
FIGLA 3 (1%) 222 0.779
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.693
(1.00)
PARM1 17 (8%) 208 0.856
(1.00) 		1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.417
(1.00)
CCK 6 (3%) 219 0.586
(1.00) 		0.664
(1.00) 		0.511
(1.00) 		0.0851
(1.00) 		0.517
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.702
(1.00)
ZFP106 10 (4%) 215 0.718
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.24
(1.00) 		0.0605
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.573
(1.00)
UGT2B15 19 (8%) 206 0.413
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.751
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.728
(1.00)
FGF16 7 (3%) 218 1
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.0663
(1.00) 		0.015
(1.00) 		1
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.866
(1.00)
NUDT4 5 (2%) 220 1
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.0782
(1.00) 		1
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.489
(1.00)
DSG1 37 (16%) 188 0.436
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.234
(1.00)
ARL16 7 (3%) 218 0.892
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.866
(1.00)
VEGFC 16 (7%) 209 0.803
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.274
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.0264
(1.00) 		0.0775
(1.00)
PSG4 23 (10%) 202 0.218
(1.00) 		0.888
(1.00) 		0.108
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.111
(1.00)
DEFB119 6 (3%) 219 0.878
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.456
(1.00) 		1
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.435
(1.00) 		1
(1.00)
KLHL4 20 (9%) 205 0.801
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.688
(1.00) 		0.747
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.0386
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.342
(1.00)
EIF3D 4 (2%) 221 0.258
(1.00) 		0.836
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.787
(1.00) 		1
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.44
(1.00)
OR2W1 16 (7%) 209 0.14
(1.00) 		1
(1.00) 		0.435
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.711
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.8
(1.00)
OR4N2 21 (9%) 204 0.0603
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.0215
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.0249
(1.00)
CCDC11 17 (8%) 208 0.95
(1.00) 		0.0579
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.00426
(1.00) 		0.933
(1.00)
LIN7A 10 (4%) 215 0.85
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.66
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.389
(1.00)
RAPGEF5 11 (5%) 214 1
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.0876
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.0559
(1.00)
CD2 16 (7%) 209 0.175
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.917
(1.00) 		0.971
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.681
(1.00)
C2ORF40 7 (3%) 218 0.207
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.735
(1.00)
SGCZ 19 (8%) 206 0.496
(1.00) 		0.597
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.936
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.776
(1.00)
SPANXN2 14 (6%) 211 0.395
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.0552
(1.00) 		0.0768
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.0831
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.2
(1.00)
TLL1 42 (19%) 183 0.732
(1.00) 		0.0154
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.0591
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.434
(1.00)
C9ORF119 7 (3%) 218 1
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.866
(1.00)
CCDC54 13 (6%) 212 0.0693
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0824
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.758
(1.00)
DEFB118 8 (4%) 217 0.0147
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.871
(1.00)
HTR3B 16 (7%) 209 0.0162
(1.00) 		0.136
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.00074
(0.755) 		0.154
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.112
(1.00)
MARCH11 10 (4%) 215 0.921
(1.00) 		1
(1.00) 		0.549
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.893
(1.00)
MKX 14 (6%) 211 0.114
(1.00) 		0.19
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.0656
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.0526
(1.00) 		0.294
(1.00)
OR5H2 14 (6%) 211 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.462
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.294
(1.00)
SIGLEC14 11 (5%) 214 0.0501
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.896
(1.00)
TUBB8 12 (5%) 213 0.0328
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.0362
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.108
(1.00)
ZIM3 23 (10%) 202 0.419
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.827
(1.00) 		0.0761
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.717
(1.00)
PRC1 13 (6%) 212 0.52
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.638
(1.00)
MUM1L1 25 (11%) 200 0.929
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.816
(1.00)
TRIM58 15 (7%) 210 0.561
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0938
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
ANKRD20A4 4 (2%) 221 0.389
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.596
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00)
OR5J2 13 (6%) 212 0.878
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.444
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.0366
(1.00) 		0.638
(1.00)
CLEC14A 18 (8%) 207 0.126
(1.00) 		0.497
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.935
(1.00)
FAM19A1 8 (4%) 217 0.156
(1.00) 		0.39
(1.00) 		0.75
(1.00) 		0.0619
(1.00) 		0.487
(1.00) 		1
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.569
(1.00)
GK2 28 (12%) 197 0.512
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.413
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.872
(1.00)
LONRF2 16 (7%) 209 0.548
(1.00) 		0.345
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.981
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.504
(1.00)
HAPLN1 11 (5%) 214 1
(1.00) 		0.0948
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.594
(1.00)
NAP1L4 9 (4%) 216 0.021
(1.00) 		0.059
(1.00) 		0.0571
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.881
(1.00)
CLCC1 13 (6%) 212 0.227
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.044
(1.00) 		0.581
(1.00)
OR52J3 13 (6%) 212 0.391
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.57
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.931
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00)
TMCO5A 8 (4%) 217 0.14
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.0349
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.761
(1.00)
C4ORF22 11 (5%) 214 0.111
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.297
(1.00)
MAP2K1 11 (5%) 214 0.539
(1.00) 		0.0658
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.0669
(1.00) 		0.00565
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.424
(1.00)
OR7D2 17 (8%) 208 0.537
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.0317
(1.00) 		1
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.751
(1.00)
CXCR2 11 (5%) 214 0.158
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.541
(1.00) 		1
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.896
(1.00)
RBM22 7 (3%) 218 0.712
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00) 		0.866
(1.00)
CX3CL1 4 (2%) 221 0.0185
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.0768
(1.00) 		0.44
(1.00)
IGF2BP3 6 (3%) 219 0.388
(1.00) 		1
(1.00) 		0.822
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.844
(1.00)
KLRC3 10 (4%) 215 0.659
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.0456
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00)
LRRIQ4 19 (8%) 206 0.0877
(1.00) 		0.0867
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.00853
(1.00)
NR1H4 11 (5%) 214 0.264
(1.00) 		0.311
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.0271
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.424
(1.00)
OR4A15 21 (9%) 204 0.388
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.0259
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.278
(1.00)
MAGEA4 10 (4%) 215 0.397
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.711
(1.00)
DGAT2L6 10 (4%) 215 0.364
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.389
(1.00)
RGS18 8 (4%) 217 0.393
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.257
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.665
(1.00)
TSGA13 9 (4%) 216 0.529
(1.00) 		0.58
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.128
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.689
(1.00)
OPN5 7 (3%) 218 0.236
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.849
(1.00) 		1
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.603
(1.00) 		1
(1.00) 		0.866
(1.00)
SPINK13 7 (3%) 218 0.266
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.516
(1.00)
'BRAF MUTATION STATUS' versus 'CN_CNMF'

P value = 1.05e-13 (Fisher's exact test), Q value = 1.1e-10

Table S1.  Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 76 85 64
BRAF MUTATED 19 40 56
BRAF WILD-TYPE 57 45 8

Figure S1.  Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

'BRAF MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 4.67e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.048

Table S2.  Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 58 111 53
BRAF MUTATED 39 61 14
BRAF WILD-TYPE 19 50 39

Figure S2.  Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

'NRAS MUTATION STATUS' versus 'CN_CNMF'

P value = 3.71e-08 (Fisher's exact test), Q value = 3.8e-05

Table S3.  Gene #5: 'NRAS MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 76 85 64
NRAS MUTATED 35 27 3
NRAS WILD-TYPE 41 58 61

Figure S3.  Get High-res Image Gene #5: 'NRAS MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-TM.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = SKCM-TM.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 225

  • Number of significantly mutated genes = 129

  • Number of Molecular subtypes = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

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This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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