This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.
Testing the association between mutation status of 129 genes and 8 molecular subtypes across 225 patients, 3 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.
-
BRAF mutation correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.
-
NRAS mutation correlated to 'CN_CNMF'.
Table 1. Get Full Table Overview of the association between mutation status of 129 genes and 8 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 3 significant findings detected.
Clinical Features |
CN CNMF |
METHLYATION CNMF |
RPPA CNMF |
RPPA CHIERARCHICAL |
MRNASEQ CNMF |
MRNASEQ CHIERARCHICAL |
MIRSEQ CNMF |
MIRSEQ CHIERARCHICAL |
||
nMutated (%) | nWild-Type | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Chi-square test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
BRAF | 115 (51%) | 110 |
1.05e-13 (1.08e-10) |
0.081 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.00496 (1.00) |
4.67e-05 (0.0478) |
0.0831 (1.00) |
0.173 (1.00) |
NRAS | 65 (29%) | 160 |
3.71e-08 (3.81e-05) |
0.0354 (1.00) |
0.551 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.863 (1.00) |
TP53 | 34 (15%) | 191 |
0.3 (1.00) |
0.0218 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.88 (1.00) |
0.0996 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.153 (1.00) |
C15ORF23 | 14 (6%) | 211 |
0.348 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.694 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.0581 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.92 (1.00) |
CDKN2A | 31 (14%) | 194 |
0.318 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
OXA1L | 6 (3%) | 219 |
0.586 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.355 (1.00) |
STK19 | 10 (4%) | 215 |
0.364 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.942 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.789 (1.00) |
PTEN | 18 (8%) | 207 |
0.706 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.466 (1.00) |
0.294 (1.00) |
1 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.333 (1.00) |
RAC1 | 16 (7%) | 209 |
0.687 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.653 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.467 (1.00) |
1 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.112 (1.00) |
ACSM2B | 36 (16%) | 189 |
0.647 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.0742 (1.00) |
0.0593 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.0659 (1.00) |
0.661 (1.00) |
CADM2 | 22 (10%) | 203 |
0.662 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.385 (1.00) |
1 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.0227 (1.00) |
OR51S1 | 26 (12%) | 199 |
0.409 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.0615 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.498 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.907 (1.00) |
LCE1B | 13 (6%) | 212 |
0.322 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.564 (1.00) |
1 (1.00) |
0.915 (1.00) |
IDH1 | 11 (5%) | 214 |
0.633 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.0964 (1.00) |
0.133 (1.00) |
TAF1A | 14 (6%) | 211 |
0.784 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.92 (1.00) |
NAP1L2 | 21 (9%) | 204 |
0.528 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.386 (1.00) |
1 (1.00) |
MUC7 | 19 (8%) | 206 |
1 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.488 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.0758 (1.00) |
PPP6C | 17 (8%) | 208 |
0.698 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.686 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.0996 (1.00) |
0.108 (1.00) |
FRG2B | 17 (8%) | 208 |
0.815 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.796 (1.00) |
1 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.445 (1.00) |
USP29 | 35 (16%) | 190 |
0.895 (1.00) |
0.972 (1.00) |
0.481 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.972 (1.00) |
1 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.608 (1.00) |
PRB4 | 18 (8%) | 207 |
0.706 (1.00) |
0.953 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.0152 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.238 (1.00) |
HIST1H2AA | 10 (4%) | 215 |
0.364 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.968 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.331 (1.00) |
RPTN | 38 (17%) | 187 |
0.771 (1.00) |
0.168 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.965 (1.00) |
0.0271 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.469 (1.00) |
ZNF479 | 22 (10%) | 203 |
0.5 (1.00) |
1 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.315 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.0559 (1.00) |
0.538 (1.00) |
C8A | 26 (12%) | 199 |
0.837 (1.00) |
0.0804 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.058 (1.00) |
0.171 (1.00) |
FUT9 | 22 (10%) | 203 |
0.607 (1.00) |
0.0354 (1.00) |
0.944 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.0962 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.711 (1.00) |
ZNF679 | 18 (8%) | 207 |
0.909 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.536 (1.00) |
NRK | 28 (12%) | 197 |
0.567 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.262 (1.00) |
1 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.835 (1.00) |
CDH9 | 32 (14%) | 193 |
0.836 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.000634 (0.648) |
0.301 (1.00) |
PRAMEF11 | 21 (9%) | 204 |
0.774 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.791 (1.00) |
DDX3X | 18 (8%) | 207 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.139 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.274 (1.00) |
GRXCR1 | 18 (8%) | 207 |
0.558 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.0443 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.274 (1.00) |
PRB2 | 29 (13%) | 196 |
0.823 (1.00) |
0.519 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.0106 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.213 (1.00) |
ELF5 | 7 (3%) | 218 |
0.299 (1.00) |
1 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.197 (1.00) |
IL32 | 9 (4%) | 216 |
0.581 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.881 (1.00) |
LUZP2 | 19 (8%) | 206 |
0.83 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.00896 (1.00) |
0.437 (1.00) |
1 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.0926 (1.00) |
0.327 (1.00) |
PDE1A | 30 (13%) | 195 |
0.567 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.65 (1.00) |
0.0321 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.0506 (1.00) |
RBM11 | 12 (5%) | 213 |
0.203 (1.00) |
0.0514 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.0812 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.56 (1.00) |
GLRB | 22 (10%) | 203 |
0.369 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.0196 (1.00) |
0.0294 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.0285 (1.00) |
0.496 (1.00) |
0.164 (1.00) |
PRB1 | 21 (9%) | 204 |
0.504 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.0715 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.489 (1.00) |
KIAA1257 | 14 (6%) | 211 |
0.509 (1.00) |
1 (1.00) |
0.307 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.937 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.508 (1.00) |
USP17L2 | 18 (8%) | 207 |
0.248 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.713 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.0443 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.817 (1.00) |
SPAG16 | 16 (7%) | 209 |
0.461 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.0582 (1.00) |
0.0177 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.272 (1.00) |
OR4M2 | 22 (10%) | 203 |
0.692 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.373 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.639 (1.00) |
GFRAL | 28 (12%) | 197 |
0.74 (1.00) |
0.285 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.0355 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.799 (1.00) |
UNC119B | 6 (3%) | 219 |
0.136 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.968 (1.00) |
0.887 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.27 (1.00) |
1 (1.00) |
0.444 (1.00) |
PHGDH | 8 (4%) | 217 |
0.174 (1.00) |
1 (1.00) |
0.985 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.406 (1.00) |
STXBP5L | 42 (19%) | 183 |
0.244 (1.00) |
0.908 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.753 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.768 (1.00) |
TRAT1 | 12 (5%) | 213 |
0.81 (1.00) |
0.341 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.56 (1.00) |
ZNF844 | 9 (4%) | 216 |
0.76 (1.00) |
1 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.887 (1.00) |
0.904 (1.00) |
1 (1.00) |
0.91 (1.00) |
0.777 (1.00) |
TTN | 171 (76%) | 54 |
0.304 (1.00) |
0.0287 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.0882 (1.00) |
0.0772 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.137 (1.00) |
COPG2 | 9 (4%) | 216 |
0.197 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.366 (1.00) |
1 (1.00) |
0.762 (1.00) |
1 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.777 (1.00) |
DSG3 | 41 (18%) | 184 |
0.597 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.179 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.715 (1.00) |
GML | 9 (4%) | 216 |
0.102 (1.00) |
0.391 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.0674 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.777 (1.00) |
HHLA2 | 14 (6%) | 211 |
0.105 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.000298 (0.305) |
0.00327 (1.00) |
1 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.646 (1.00) |
LILRB4 | 27 (12%) | 198 |
0.136 (1.00) |
1 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.469 (1.00) |
SLC38A4 | 25 (11%) | 200 |
0.33 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.0489 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.601 (1.00) |
OR2L3 | 14 (6%) | 211 |
0.609 (1.00) |
0.0136 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.409 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.36 (1.00) |
HBD | 9 (4%) | 216 |
0.581 (1.00) |
1 (1.00) |
0.537 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.0539 (1.00) |
0.0961 (1.00) |
0.41 (1.00) |
1 (1.00) |
TBC1D3B | 5 (2%) | 220 |
0.227 (1.00) |
0.744 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.861 (1.00) |
1 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.638 (1.00) |
TCEB3C | 26 (12%) | 199 |
0.837 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.321 (1.00) |
CYLC2 | 19 (8%) | 206 |
0.413 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.453 (1.00) |
HBG2 | 7 (3%) | 218 |
0.341 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.289 (1.00) |
LOC649330 | 22 (10%) | 203 |
0.216 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.0706 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0845 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.674 (1.00) |
FIGLA | 3 (1%) | 222 |
0.779 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.693 (1.00) |
||
PARM1 | 17 (8%) | 208 |
0.856 (1.00) |
1 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.142 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.417 (1.00) |
CCK | 6 (3%) | 219 |
0.586 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.0851 (1.00) |
0.517 (1.00) |
1 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.702 (1.00) |
ZFP106 | 10 (4%) | 215 |
0.718 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.24 (1.00) |
0.0605 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.573 (1.00) |
UGT2B15 | 19 (8%) | 206 |
0.413 (1.00) |
0.383 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.751 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.728 (1.00) |
FGF16 | 7 (3%) | 218 |
1 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.0663 (1.00) |
0.015 (1.00) |
1 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.866 (1.00) |
NUDT4 | 5 (2%) | 220 |
1 (1.00) |
0.376 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.0782 (1.00) |
1 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.489 (1.00) |
DSG1 | 37 (16%) | 188 |
0.436 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.234 (1.00) |
ARL16 | 7 (3%) | 218 |
0.892 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.618 (1.00) |
0.833 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.866 (1.00) |
VEGFC | 16 (7%) | 209 |
0.803 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.0264 (1.00) |
0.0775 (1.00) |
PSG4 | 23 (10%) | 202 |
0.218 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.208 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.958 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.111 (1.00) |
DEFB119 | 6 (3%) | 219 |
0.878 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.456 (1.00) |
1 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.435 (1.00) |
1 (1.00) |
KLHL4 | 20 (9%) | 205 |
0.801 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.688 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.0386 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.342 (1.00) |
EIF3D | 4 (2%) | 221 |
0.258 (1.00) |
0.836 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.787 (1.00) |
1 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.44 (1.00) |
OR2W1 | 16 (7%) | 209 |
0.14 (1.00) |
1 (1.00) |
0.435 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.711 (1.00) |
1 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.8 (1.00) |
OR4N2 | 21 (9%) | 204 |
0.0603 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.397 (1.00) |
0.0215 (1.00) |
0.0237 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.0249 (1.00) |
CCDC11 | 17 (8%) | 208 |
0.95 (1.00) |
0.0579 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.00426 (1.00) |
0.933 (1.00) |
LIN7A | 10 (4%) | 215 |
0.85 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.66 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.0127 (1.00) |
0.389 (1.00) |
RAPGEF5 | 11 (5%) | 214 |
1 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.0876 (1.00) |
0.669 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.0559 (1.00) |
CD2 | 16 (7%) | 209 |
0.175 (1.00) |
0.763 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.971 (1.00) |
1 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.681 (1.00) |
C2ORF40 | 7 (3%) | 218 |
0.207 (1.00) |
0.797 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.735 (1.00) |
SGCZ | 19 (8%) | 206 |
0.496 (1.00) |
0.597 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.776 (1.00) |
SPANXN2 | 14 (6%) | 211 |
0.395 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.0552 (1.00) |
0.0768 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.0831 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.2 (1.00) |
TLL1 | 42 (19%) | 183 |
0.732 (1.00) |
0.0154 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.0591 (1.00) |
0.0608 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.434 (1.00) |
C9ORF119 | 7 (3%) | 218 |
1 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.822 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.866 (1.00) |
CCDC54 | 13 (6%) | 212 |
0.0693 (1.00) |
0.335 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.0824 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.758 (1.00) |
DEFB118 | 8 (4%) | 217 |
0.0147 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.273 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.871 (1.00) |
HTR3B | 16 (7%) | 209 |
0.0162 (1.00) |
0.136 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.354 (1.00) |
0.00074 (0.755) |
0.154 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.112 (1.00) |
MARCH11 | 10 (4%) | 215 |
0.921 (1.00) |
1 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.893 (1.00) |
MKX | 14 (6%) | 211 |
0.114 (1.00) |
0.19 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.82 (1.00) |
0.0656 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.0526 (1.00) |
0.294 (1.00) |
OR5H2 | 14 (6%) | 211 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.294 (1.00) |
SIGLEC14 | 11 (5%) | 214 |
0.0501 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.922 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.896 (1.00) |
TUBB8 | 12 (5%) | 213 |
0.0328 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.0362 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.108 (1.00) |
ZIM3 | 23 (10%) | 202 |
0.419 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.91 (1.00) |
0.827 (1.00) |
0.0761 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.717 (1.00) |
PRC1 | 13 (6%) | 212 |
0.52 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.638 (1.00) |
MUM1L1 | 25 (11%) | 200 |
0.929 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.816 (1.00) |
TRIM58 | 15 (7%) | 210 |
0.561 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0938 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.25 (1.00) |
1 (1.00) |
ANKRD20A4 | 4 (2%) | 221 |
0.389 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.538 (1.00) |
1 (1.00) |
OR5J2 | 13 (6%) | 212 |
0.878 (1.00) |
0.419 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.444 (1.00) |
1 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.0366 (1.00) |
0.638 (1.00) |
CLEC14A | 18 (8%) | 207 |
0.126 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.393 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.935 (1.00) |
FAM19A1 | 8 (4%) | 217 |
0.156 (1.00) |
0.39 (1.00) |
0.75 (1.00) |
0.0619 (1.00) |
0.487 (1.00) |
1 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.569 (1.00) |
GK2 | 28 (12%) | 197 |
0.512 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.413 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.872 (1.00) |
LONRF2 | 16 (7%) | 209 |
0.548 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.981 (1.00) |
0.899 (1.00) |
1 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.504 (1.00) |
HAPLN1 | 11 (5%) | 214 |
1 (1.00) |
0.0948 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.594 (1.00) |
NAP1L4 | 9 (4%) | 216 |
0.021 (1.00) |
0.059 (1.00) |
0.0571 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.881 (1.00) |
CLCC1 | 13 (6%) | 212 |
0.227 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.044 (1.00) |
0.581 (1.00) |
OR52J3 | 13 (6%) | 212 |
0.391 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.57 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.931 (1.00) |
1 (1.00) |
0.171 (1.00) |
TMCO5A | 8 (4%) | 217 |
0.14 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.0349 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.761 (1.00) |
C4ORF22 | 11 (5%) | 214 |
0.111 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.15 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.0452 (1.00) |
0.297 (1.00) |
MAP2K1 | 11 (5%) | 214 |
0.539 (1.00) |
0.0658 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.0669 (1.00) |
0.00565 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.424 (1.00) |
OR7D2 | 17 (8%) | 208 |
0.537 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.0317 (1.00) |
1 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.751 (1.00) |
CXCR2 | 11 (5%) | 214 |
0.158 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.541 (1.00) |
1 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.896 (1.00) |
RBM22 | 7 (3%) | 218 |
0.712 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.464 (1.00) |
1 (1.00) |
0.866 (1.00) |
||
CX3CL1 | 4 (2%) | 221 |
0.0185 (1.00) |
0.14 (1.00) |
1 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.0768 (1.00) |
0.44 (1.00) |
||
IGF2BP3 | 6 (3%) | 219 |
0.388 (1.00) |
1 (1.00) |
0.822 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.844 (1.00) |
KLRC3 | 10 (4%) | 215 |
0.659 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.0456 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.443 (1.00) |
1 (1.00) |
LRRIQ4 | 19 (8%) | 206 |
0.0877 (1.00) |
0.0867 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.00853 (1.00) |
NR1H4 | 11 (5%) | 214 |
0.264 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.0271 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.424 (1.00) |
OR4A15 | 21 (9%) | 204 |
0.388 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.73 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.0259 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.278 (1.00) |
MAGEA4 | 10 (4%) | 215 |
0.397 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.169 (1.00) |
0.351 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.711 (1.00) |
DGAT2L6 | 10 (4%) | 215 |
0.364 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.389 (1.00) |
RGS18 | 8 (4%) | 217 |
0.393 (1.00) |
0.9 (1.00) |
0.257 (1.00) |
0.385 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.419 (1.00) |
0.665 (1.00) |
TSGA13 | 9 (4%) | 216 |
0.529 (1.00) |
0.58 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.689 (1.00) |
OPN5 | 7 (3%) | 218 |
0.236 (1.00) |
0.896 (1.00) |
0.849 (1.00) |
1 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.603 (1.00) |
1 (1.00) |
0.866 (1.00) |
SPINK13 | 7 (3%) | 218 |
0.266 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.516 (1.00) |
P value = 1.05e-13 (Fisher's exact test), Q value = 1.1e-10
Table S1. Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 76 | 85 | 64 |
BRAF MUTATED | 19 | 40 | 56 |
BRAF WILD-TYPE | 57 | 45 | 8 |
Figure S1. Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'
![](D2V1.png)
P value = 4.67e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.048
Table S2. Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 58 | 111 | 53 |
BRAF MUTATED | 39 | 61 | 14 |
BRAF WILD-TYPE | 19 | 50 | 39 |
Figure S2. Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
![](D2V6.png)
P value = 3.71e-08 (Fisher's exact test), Q value = 3.8e-05
Table S3. Gene #5: 'NRAS MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 76 | 85 | 64 |
NRAS MUTATED | 35 | 27 | 3 |
NRAS WILD-TYPE | 41 | 58 | 61 |
Figure S3. Get High-res Image Gene #5: 'NRAS MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'
![](D5V1.png)
-
Mutation data file = SKCM-TM.mutsig.cluster.txt
-
Molecular subtypes file = SKCM-TM.transferedmergedcluster.txt
-
Number of patients = 225
-
Number of significantly mutated genes = 129
-
Number of Molecular subtypes = 8
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.