Correlation between gene mutation status and molecular subtypes
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.

Summary

Testing the association between mutation status of 129 genes and 8 molecular subtypes across 225 patients, 2 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.

  • BRAF mutation correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 129 genes and 8 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 2 significant findings detected.

Clinical
Features 		CN
CNMF 		METHLYATION
CNMF 		RPPA
CNMF 		RPPA
CHIERARCHICAL 		MRNASEQ
CNMF 		MRNASEQ
CHIERARCHICAL 		MIRSEQ
CNMF 		MIRSEQ
CHIERARCHICAL
nMutated (%) nWild-Type Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test
BRAF 115 (51%) 110 9.59e-08
(9.84e-05) 		0.0572
(1.00) 		0.0174
(1.00) 		0.00731
(1.00) 		0.00496
(1.00) 		4.67e-05
(0.0478) 		0.0831
(1.00) 		0.173
(1.00)
TP53 34 (15%) 191 0.168
(1.00) 		0.0269
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.159
(1.00) 		0.0996
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.153
(1.00)
C15ORF23 14 (6%) 211 0.104
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.0581
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.92
(1.00)
CDKN2A 31 (14%) 194 0.153
(1.00) 		0.275
(1.00) 		0.417
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.151
(1.00) 		0.823
(1.00) 		1
(1.00)
NRAS 65 (29%) 160 0.00053
(0.542) 		0.0383
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.863
(1.00)
OXA1L 6 (3%) 219 0.288
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.475
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.355
(1.00)
STK19 10 (4%) 215 0.921
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.238
(1.00) 		0.999
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.789
(1.00)
PTEN 18 (8%) 207 0.674
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.125
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.333
(1.00)
RAC1 16 (7%) 209 0.763
(1.00) 		0.946
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.467
(1.00) 		1
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.112
(1.00)
ACSM2B 36 (16%) 189 0.454
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.661
(1.00)
CADM2 22 (10%) 203 0.66
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.353
(1.00) 		1
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.0227
(1.00)
OR51S1 26 (12%) 199 0.366
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.545
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.687
(1.00) 		0.907
(1.00)
LCE1B 13 (6%) 212 0.158
(1.00) 		0.626
(1.00) 		0.221
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.564
(1.00) 		1
(1.00) 		0.915
(1.00)
IDH1 11 (5%) 214 0.367
(1.00) 		0.18
(1.00) 		0.104
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.0964
(1.00) 		0.133
(1.00)
TAF1A 14 (6%) 211 0.449
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.055
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.92
(1.00)
NAP1L2 21 (9%) 204 0.601
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.79
(1.00) 		0.809
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.548
(1.00) 		0.386
(1.00) 		1
(1.00)
MUC7 19 (8%) 206 1
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.0758
(1.00)
PPP6C 17 (8%) 208 0.508
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.0952
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.515
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0996
(1.00) 		0.108
(1.00)
FRG2B 17 (8%) 208 1
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.602
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.848
(1.00) 		0.445
(1.00)
USP29 35 (16%) 190 0.92
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.883
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.972
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.608
(1.00)
PRB4 18 (8%) 207 0.385
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0152
(1.00) 		0.184
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.238
(1.00)
HIST1H2AA 10 (4%) 215 0.363
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.331
(1.00)
RPTN 38 (17%) 187 0.332
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.0271
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.469
(1.00)
ZNF479 22 (10%) 203 0.721
(1.00) 		1
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.0559
(1.00) 		0.538
(1.00)
C8A 26 (12%) 199 0.701
(1.00) 		0.0835
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.394
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.058
(1.00) 		0.171
(1.00)
FUT9 22 (10%) 203 0.288
(1.00) 		0.0387
(1.00) 		0.487
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.0962
(1.00) 		0.254
(1.00) 		0.711
(1.00)
ZNF679 18 (8%) 207 0.558
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.536
(1.00)
NRK 28 (12%) 197 0.904
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.632
(1.00) 		0.303
(1.00) 		0.262
(1.00) 		1
(1.00) 		0.547
(1.00) 		0.835
(1.00)
CDH9 32 (14%) 193 0.888
(1.00) 		0.141
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.000634
(0.649) 		0.301
(1.00)
PRAMEF11 21 (9%) 204 0.808
(1.00) 		0.0585
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.791
(1.00)
DDX3X 18 (8%) 207 0.586
(1.00) 		0.953
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.174
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.274
(1.00)
GRXCR1 18 (8%) 207 0.909
(1.00) 		0.067
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.95
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.274
(1.00)
PRB2 29 (13%) 196 0.555
(1.00) 		0.572
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.213
(1.00)
ELF5 7 (3%) 218 0.711
(1.00) 		1
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.521
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.154
(1.00) 		0.197
(1.00)
IL32 9 (4%) 216 0.392
(1.00) 		0.114
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.881
(1.00)
LUZP2 19 (8%) 206 1
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.205
(1.00) 		0.758
(1.00) 		1
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.0926
(1.00) 		0.327
(1.00)
PDE1A 30 (13%) 195 0.498
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.523
(1.00) 		0.384
(1.00) 		0.0321
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.714
(1.00) 		0.0506
(1.00)
RBM11 12 (5%) 213 0.186
(1.00) 		0.0599
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.872
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.0812
(1.00) 		0.314
(1.00) 		0.56
(1.00)
GLRB 22 (10%) 203 0.255
(1.00) 		0.513
(1.00) 		0.0532
(1.00) 		0.033
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.0285
(1.00) 		0.496
(1.00) 		0.164
(1.00)
PRB1 21 (9%) 204 0.503
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.0897
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.183
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.489
(1.00)
KIAA1257 14 (6%) 211 0.42
(1.00) 		1
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.937
(1.00) 		0.211
(1.00) 		0.508
(1.00)
USP17L2 18 (8%) 207 0.261
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.0443
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.817
(1.00)
SPAG16 16 (7%) 209 0.487
(1.00) 		1
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.289
(1.00) 		0.0582
(1.00) 		0.0177
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.272
(1.00)
OR4M2 22 (10%) 203 1
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.0678
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.639
(1.00)
GFRAL 28 (12%) 197 0.34
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.681
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.0355
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.799
(1.00)
UNC119B 6 (3%) 219 0.448
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.27
(1.00) 		1
(1.00) 		0.444
(1.00)
PHGDH 8 (4%) 217 0.668
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.425
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.894
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.406
(1.00)
STXBP5L 42 (19%) 183 0.37
(1.00) 		0.93
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.422
(1.00) 		0.235
(1.00) 		0.768
(1.00)
TRAT1 12 (5%) 213 0.932
(1.00) 		0.365
(1.00) 		0.732
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.56
(1.00)
ZNF844 9 (4%) 216 1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.904
(1.00) 		1
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.777
(1.00)
TTN 171 (76%) 54 0.403
(1.00) 		0.0198
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.0912
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.137
(1.00)
COPG2 9 (4%) 216 0.319
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.251
(1.00) 		0.762
(1.00) 		1
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.777
(1.00)
DSG3 41 (18%) 184 0.54
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.715
(1.00)
GML 9 (4%) 216 0.176
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.777
(1.00)
HHLA2 14 (6%) 211 0.104
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.0038
(1.00) 		1
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.646
(1.00)
LILRB4 27 (12%) 198 0.214
(1.00) 		1
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.469
(1.00)
SLC38A4 25 (11%) 200 0.00845
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.983
(1.00) 		0.962
(1.00) 		0.0489
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.439
(1.00) 		0.601
(1.00)
OR2L3 14 (6%) 211 0.609
(1.00) 		0.0148
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.468
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.36
(1.00)
HBD 9 (4%) 216 0.58
(1.00) 		1
(1.00) 		0.832
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0539
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.41
(1.00) 		1
(1.00)
TBC1D3B 5 (2%) 220 0.226
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.0606
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.861
(1.00) 		1
(1.00) 		0.844
(1.00) 		0.638
(1.00)
TCEB3C 26 (12%) 199 0.524
(1.00) 		0.313
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.359
(1.00) 		0.321
(1.00)
CYLC2 19 (8%) 206 0.354
(1.00) 		0.569
(1.00) 		0.0934
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.453
(1.00)
HBG2 7 (3%) 218 0.34
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.339
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.289
(1.00)
LOC649330 22 (10%) 203 0.245
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.791
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.0845
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.674
(1.00)
FIGLA 3 (1%) 222 0.632
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.434
(1.00) 		0.428
(1.00) 		0.693
(1.00)
PARM1 17 (8%) 208 0.856
(1.00) 		1
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.417
(1.00)
CCK 6 (3%) 219 0.584
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.517
(1.00) 		1
(1.00) 		0.578
(1.00) 		0.702
(1.00)
ZFP106 10 (4%) 215 0.85
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.573
(1.00)
UGT2B15 19 (8%) 206 0.336
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.767
(1.00) 		0.734
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.728
(1.00)
FGF16 7 (3%) 218 1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.00479
(1.00) 		0.0142
(1.00) 		1
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.866
(1.00)
NUDT4 5 (2%) 220 1
(1.00) 		0.375
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.145
(1.00) 		1
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.489
(1.00)
DSG1 37 (16%) 188 0.604
(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.0841
(1.00) 		0.0575
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.693
(1.00) 		0.234
(1.00)
ARL16 7 (3%) 218 0.18
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.866
(1.00)
VEGFC 16 (7%) 209 0.649
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.349
(1.00) 		0.0255
(1.00) 		0.167
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.0264
(1.00) 		0.0775
(1.00)
PSG4 23 (10%) 202 0.489
(1.00) 		0.961
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.387
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.958
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.111
(1.00)
DEFB119 6 (3%) 219 1
(1.00) 		0.771
(1.00) 		0.493
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.642
(1.00) 		0.435
(1.00) 		1
(1.00)
KLHL4 20 (9%) 205 0.799
(1.00) 		0.532
(1.00) 		0.762
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.224
(1.00) 		0.0386
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.342
(1.00)
EIF3D 4 (2%) 221 0.832
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.44
(1.00)
OR2W1 16 (7%) 209 0.157
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.0888
(1.00) 		0.711
(1.00) 		1
(1.00) 		0.665
(1.00) 		0.8
(1.00)
OR4N2 21 (9%) 204 0.34
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.64
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.0237
(1.00) 		0.433
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.0249
(1.00)
CCDC11 17 (8%) 208 0.903
(1.00) 		0.0644
(1.00) 		0.265
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.00426
(1.00) 		0.933
(1.00)
LIN7A 10 (4%) 215 0.921
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.648
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.0127
(1.00) 		0.389
(1.00)
RAPGEF5 11 (5%) 214 1
(1.00) 		0.459
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.34
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.129
(1.00) 		0.0559
(1.00)
CD2 16 (7%) 209 0.395
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.776
(1.00) 		0.516
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.681
(1.00)
C2ORF40 7 (3%) 218 0.236
(1.00) 		0.798
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.735
(1.00)
SGCZ 19 (8%) 206 0.626
(1.00) 		0.625
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.7
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.865
(1.00) 		0.776
(1.00)
SPANXN2 14 (6%) 211 0.283
(1.00) 		0.692
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.0831
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.2
(1.00)
TLL1 42 (19%) 183 0.976
(1.00) 		0.0183
(1.00) 		0.618
(1.00) 		0.0421
(1.00) 		0.0608
(1.00) 		0.243
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.434
(1.00)
C9ORF119 7 (3%) 218 1
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.476
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.866
(1.00)
CCDC54 13 (6%) 212 0.0812
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.294
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.13
(1.00) 		0.0824
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.758
(1.00)
DEFB118 8 (4%) 217 0.197
(1.00) 		0.316
(1.00) 		0.933
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.722
(1.00) 		0.871
(1.00)
HTR3B 16 (7%) 209 0.0169
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.0261
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.00074
(0.756) 		0.154
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.112
(1.00)
MARCH11 10 (4%) 215 0.85
(1.00) 		1
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.893
(1.00)
MKX 14 (6%) 211 0.139
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.583
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.0656
(1.00) 		0.155
(1.00) 		0.0526
(1.00) 		0.294
(1.00)
OR5H2 14 (6%) 211 0.783
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.634
(1.00) 		0.294
(1.00)
SIGLEC14 11 (5%) 214 0.367
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.582
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.896
(1.00)
TUBB8 12 (5%) 213 0.704
(1.00) 		0.867
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.138
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.659
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.108
(1.00)
ZIM3 23 (10%) 202 0.194
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.675
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.0761
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.717
(1.00)
PRC1 13 (6%) 212 0.938
(1.00) 		0.42
(1.00) 		0.0564
(1.00) 		0.716
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.502
(1.00) 		0.638
(1.00)
MUM1L1 25 (11%) 200 0.555
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.0918
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.431
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.816
(1.00)
TRIM58 15 (7%) 210 0.561
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.861
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.25
(1.00) 		1
(1.00)
ANKRD20A4 4 (2%) 221 0.385
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.109
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.538
(1.00) 		1
(1.00)
OR5J2 13 (6%) 212 0.633
(1.00) 		0.55
(1.00) 		0.312
(1.00) 		0.5
(1.00) 		1
(1.00) 		0.655
(1.00) 		0.0366
(1.00) 		0.638
(1.00)
CLEC14A 18 (8%) 207 0.0425
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.216
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.935
(1.00)
FAM19A1 8 (4%) 217 0.156
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.487
(1.00) 		1
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.569
(1.00)
GK2 28 (12%) 197 0.792
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.328
(1.00) 		0.187
(1.00) 		0.379
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.382
(1.00) 		0.872
(1.00)
LONRF2 16 (7%) 209 0.898
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.945
(1.00) 		0.988
(1.00) 		0.899
(1.00) 		1
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.504
(1.00)
HAPLN1 11 (5%) 214 1
(1.00) 		0.0959
(1.00) 		0.772
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.594
(1.00)
NAP1L4 9 (4%) 216 0.0205
(1.00) 		0.046
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.323
(1.00) 		0.748
(1.00) 		0.881
(1.00)
CLCC1 13 (6%) 212 0.938
(1.00) 		0.361
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.144
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.044
(1.00) 		0.581
(1.00)
OR52J3 13 (6%) 212 0.301
(1.00) 		0.278
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.464
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.931
(1.00) 		1
(1.00) 		0.171
(1.00)
TMCO5A 8 (4%) 217 0.00885
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.0349
(1.00) 		0.261
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.761
(1.00)
C4ORF22 11 (5%) 214 0.633
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.0452
(1.00) 		0.297
(1.00)
MAP2K1 11 (5%) 214 0.157
(1.00) 		0.0658
(1.00) 		0.0558
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.0669
(1.00) 		0.00565
(1.00) 		0.478
(1.00) 		0.424
(1.00)
OR7D2 17 (8%) 208 0.535
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.778
(1.00) 		0.838
(1.00) 		0.0317
(1.00) 		1
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.751
(1.00)
CXCR2 11 (5%) 214 0.86
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.866
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.541
(1.00) 		1
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.896
(1.00)
RBM22 7 (3%) 218 0.442
(1.00) 		0.178
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.464
(1.00) 		1
(1.00) 		0.866
(1.00)
CX3CL1 4 (2%) 221 0.143
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.0768
(1.00) 		0.44
(1.00)
IGF2BP3 6 (3%) 219 0.879
(1.00) 		1
(1.00) 		0.868
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.875
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.844
(1.00)
KLRC3 10 (4%) 215 1
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.517
(1.00) 		0.0113
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00)
LRRIQ4 19 (8%) 206 0.2
(1.00) 		0.0957
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.00853
(1.00)
NR1H4 11 (5%) 214 0.263
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.729
(1.00) 		0.424
(1.00)
OR4A15 21 (9%) 204 0.437
(1.00) 		0.321
(1.00) 		1
(1.00) 		0.202
(1.00) 		0.0259
(1.00) 		0.295
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.278
(1.00)
MAGEA4 10 (4%) 215 0.398
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.0143
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.177
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.649
(1.00) 		0.711
(1.00)
DGAT2L6 10 (4%) 215 0.508
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.853
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.304
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.389
(1.00)
RGS18 8 (4%) 217 0.35
(1.00) 		0.899
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.403
(1.00) 		0.358
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.419
(1.00) 		0.665
(1.00)
TSGA13 9 (4%) 216 0.53
(1.00) 		0.579
(1.00) 		0.118
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.553
(1.00) 		0.616
(1.00) 		0.689
(1.00)
OPN5 7 (3%) 218 0.208
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.343
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.603
(1.00) 		1
(1.00) 		0.866
(1.00)
SPINK13 7 (3%) 218 0.299
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.892
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.516
(1.00)
'BRAF MUTATION STATUS' versus 'CN_CNMF'

P value = 9.59e-08 (Fisher's exact test), Q value = 9.8e-05

Table S1.  Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 76 63 86
BRAF MUTATED 23 49 43
BRAF WILD-TYPE 53 14 43

Figure S1.  Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'

'BRAF MUTATION STATUS' versus 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

P value = 4.67e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.048

Table S2.  Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

nPatients CLUS_1 CLUS_2 CLUS_3
ALL 58 111 53
BRAF MUTATED 39 61 14
BRAF WILD-TYPE 19 50 39

Figure S2.  Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-TM.mutsig.cluster.txt

  • Molecular subtypes file = SKCM-TM.transferedmergedcluster.txt

  • Number of patients = 225

  • Number of significantly mutated genes = 129

  • Number of Molecular subtypes = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[2] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[3] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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