(metastatic tumor cohort)
This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.
Testing the association between mutation status of 129 genes and 8 molecular subtypes across 225 patients, 2 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.
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BRAF mutation correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.
Table 1. Get Full Table Overview of the association between mutation status of 129 genes and 8 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 2 significant findings detected.
Clinical Features |
CN CNMF |
METHLYATION CNMF |
RPPA CNMF |
RPPA CHIERARCHICAL |
MRNASEQ CNMF |
MRNASEQ CHIERARCHICAL |
MIRSEQ CNMF |
MIRSEQ CHIERARCHICAL |
||
nMutated (%) | nWild-Type | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Chi-square test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
BRAF | 115 (51%) | 110 |
9.59e-08 (9.84e-05) |
0.0572 (1.00) |
0.0174 (1.00) |
0.00731 (1.00) |
0.00496 (1.00) |
4.67e-05 (0.0478) |
0.0831 (1.00) |
0.173 (1.00) |
TP53 | 34 (15%) | 191 |
0.168 (1.00) |
0.0269 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.0996 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.153 (1.00) |
C15ORF23 | 14 (6%) | 211 |
0.104 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.0581 (1.00) |
0.825 (1.00) |
0.92 (1.00) |
CDKN2A | 31 (14%) | 194 |
0.153 (1.00) |
0.275 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.783 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.823 (1.00) |
1 (1.00) |
NRAS | 65 (29%) | 160 |
0.00053 (0.542) |
0.0383 (1.00) |
0.0899 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.739 (1.00) |
0.863 (1.00) |
OXA1L | 6 (3%) | 219 |
0.288 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.475 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.355 (1.00) |
STK19 | 10 (4%) | 215 |
0.921 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.999 (1.00) |
0.781 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.789 (1.00) |
PTEN | 18 (8%) | 207 |
0.674 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.135 (1.00) |
1 (1.00) |
0.125 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.333 (1.00) |
RAC1 | 16 (7%) | 209 |
0.763 (1.00) |
0.946 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.45 (1.00) |
0.467 (1.00) |
1 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.112 (1.00) |
ACSM2B | 36 (16%) | 189 |
0.454 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.0659 (1.00) |
0.661 (1.00) |
CADM2 | 22 (10%) | 203 |
0.66 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.353 (1.00) |
1 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.0227 (1.00) |
OR51S1 | 26 (12%) | 199 |
0.366 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.898 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.498 (1.00) |
0.687 (1.00) |
0.907 (1.00) |
LCE1B | 13 (6%) | 212 |
0.158 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.221 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.564 (1.00) |
1 (1.00) |
0.915 (1.00) |
IDH1 | 11 (5%) | 214 |
0.367 (1.00) |
0.18 (1.00) |
0.104 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.0964 (1.00) |
0.133 (1.00) |
TAF1A | 14 (6%) | 211 |
0.449 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.055 (1.00) |
0.546 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.401 (1.00) |
0.92 (1.00) |
NAP1L2 | 21 (9%) | 204 |
0.601 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.809 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.386 (1.00) |
1 (1.00) |
MUC7 | 19 (8%) | 206 |
1 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.0758 (1.00) |
PPP6C | 17 (8%) | 208 |
0.508 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.0952 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.0996 (1.00) |
0.108 (1.00) |
FRG2B | 17 (8%) | 208 |
1 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.975 (1.00) |
0.997 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.848 (1.00) |
0.445 (1.00) |
USP29 | 35 (16%) | 190 |
0.92 (1.00) |
0.945 (1.00) |
0.883 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.972 (1.00) |
1 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.608 (1.00) |
PRB4 | 18 (8%) | 207 |
0.385 (1.00) |
0.643 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.0152 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.238 (1.00) |
HIST1H2AA | 10 (4%) | 215 |
0.363 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.331 (1.00) |
RPTN | 38 (17%) | 187 |
0.332 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.38 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.0271 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.469 (1.00) |
ZNF479 | 22 (10%) | 203 |
0.721 (1.00) |
1 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.794 (1.00) |
0.0559 (1.00) |
0.538 (1.00) |
C8A | 26 (12%) | 199 |
0.701 (1.00) |
0.0835 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.394 (1.00) |
0.1 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.058 (1.00) |
0.171 (1.00) |
FUT9 | 22 (10%) | 203 |
0.288 (1.00) |
0.0387 (1.00) |
0.487 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.477 (1.00) |
0.0962 (1.00) |
0.254 (1.00) |
0.711 (1.00) |
ZNF679 | 18 (8%) | 207 |
0.558 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.536 (1.00) |
NRK | 28 (12%) | 197 |
0.904 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.262 (1.00) |
1 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.835 (1.00) |
CDH9 | 32 (14%) | 193 |
0.888 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.577 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.000634 (0.649) |
0.301 (1.00) |
PRAMEF11 | 21 (9%) | 204 |
0.808 (1.00) |
0.0585 (1.00) |
0.937 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.791 (1.00) |
DDX3X | 18 (8%) | 207 |
0.586 (1.00) |
0.953 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.527 (1.00) |
0.903 (1.00) |
0.274 (1.00) |
GRXCR1 | 18 (8%) | 207 |
0.909 (1.00) |
0.067 (1.00) |
0.416 (1.00) |
0.95 (1.00) |
0.0443 (1.00) |
0.949 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.274 (1.00) |
PRB2 | 29 (13%) | 196 |
0.555 (1.00) |
0.572 (1.00) |
0.773 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.0106 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.223 (1.00) |
0.213 (1.00) |
ELF5 | 7 (3%) | 218 |
0.711 (1.00) |
1 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.521 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.197 (1.00) |
IL32 | 9 (4%) | 216 |
0.392 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.69 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.881 (1.00) |
LUZP2 | 19 (8%) | 206 |
1 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.205 (1.00) |
0.758 (1.00) |
1 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.0926 (1.00) |
0.327 (1.00) |
PDE1A | 30 (13%) | 195 |
0.498 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.384 (1.00) |
0.0321 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.0506 (1.00) |
RBM11 | 12 (5%) | 213 |
0.186 (1.00) |
0.0599 (1.00) |
0.793 (1.00) |
0.872 (1.00) |
0.704 (1.00) |
0.0812 (1.00) |
0.314 (1.00) |
0.56 (1.00) |
GLRB | 22 (10%) | 203 |
0.255 (1.00) |
0.513 (1.00) |
0.0532 (1.00) |
0.033 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.0285 (1.00) |
0.496 (1.00) |
0.164 (1.00) |
PRB1 | 21 (9%) | 204 |
0.503 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.0897 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.489 (1.00) |
KIAA1257 | 14 (6%) | 211 |
0.42 (1.00) |
1 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.937 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.508 (1.00) |
USP17L2 | 18 (8%) | 207 |
0.261 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.185 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.0443 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.535 (1.00) |
0.817 (1.00) |
SPAG16 | 16 (7%) | 209 |
0.487 (1.00) |
1 (1.00) |
0.132 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.0582 (1.00) |
0.0177 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.272 (1.00) |
OR4M2 | 22 (10%) | 203 |
1 (1.00) |
0.96 (1.00) |
0.0678 (1.00) |
0.455 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.639 (1.00) |
GFRAL | 28 (12%) | 197 |
0.34 (1.00) |
0.305 (1.00) |
0.681 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.0355 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.799 (1.00) |
UNC119B | 6 (3%) | 219 |
0.448 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.27 (1.00) |
1 (1.00) |
0.444 (1.00) |
PHGDH | 8 (4%) | 217 |
0.668 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.406 (1.00) |
STXBP5L | 42 (19%) | 183 |
0.37 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.617 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.768 (1.00) |
TRAT1 | 12 (5%) | 213 |
0.932 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.732 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.56 (1.00) |
ZNF844 | 9 (4%) | 216 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.904 (1.00) |
1 (1.00) |
0.91 (1.00) |
0.777 (1.00) |
TTN | 171 (76%) | 54 |
0.403 (1.00) |
0.0198 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.0912 (1.00) |
0.0772 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.204 (1.00) |
0.137 (1.00) |
COPG2 | 9 (4%) | 216 |
0.319 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.287 (1.00) |
0.251 (1.00) |
0.762 (1.00) |
1 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.777 (1.00) |
DSG3 | 41 (18%) | 184 |
0.54 (1.00) |
0.976 (1.00) |
0.782 (1.00) |
0.302 (1.00) |
0.71 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.715 (1.00) |
GML | 9 (4%) | 216 |
0.176 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.914 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.777 (1.00) |
HHLA2 | 14 (6%) | 211 |
0.104 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.0038 (1.00) |
1 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.646 (1.00) |
LILRB4 | 27 (12%) | 198 |
0.214 (1.00) |
1 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.668 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.469 (1.00) |
SLC38A4 | 25 (11%) | 200 |
0.00845 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.983 (1.00) |
0.962 (1.00) |
0.0489 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.601 (1.00) |
OR2L3 | 14 (6%) | 211 |
0.609 (1.00) |
0.0148 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.468 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.36 (1.00) |
HBD | 9 (4%) | 216 |
0.58 (1.00) |
1 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.241 (1.00) |
0.0539 (1.00) |
0.0961 (1.00) |
0.41 (1.00) |
1 (1.00) |
TBC1D3B | 5 (2%) | 220 |
0.226 (1.00) |
0.745 (1.00) |
0.0606 (1.00) |
0.258 (1.00) |
0.861 (1.00) |
1 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.638 (1.00) |
TCEB3C | 26 (12%) | 199 |
0.524 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.182 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.359 (1.00) |
0.321 (1.00) |
CYLC2 | 19 (8%) | 206 |
0.354 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.0934 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.282 (1.00) |
0.453 (1.00) |
HBG2 | 7 (3%) | 218 |
0.34 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.339 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.289 (1.00) |
LOC649330 | 22 (10%) | 203 |
0.245 (1.00) |
0.472 (1.00) |
0.791 (1.00) |
0.756 (1.00) |
0.0845 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.674 (1.00) |
FIGLA | 3 (1%) | 222 |
0.632 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.516 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.693 (1.00) |
||
PARM1 | 17 (8%) | 208 |
0.856 (1.00) |
1 (1.00) |
0.726 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.417 (1.00) |
CCK | 6 (3%) | 219 |
0.584 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.0724 (1.00) |
0.517 (1.00) |
1 (1.00) |
0.578 (1.00) |
0.702 (1.00) |
ZFP106 | 10 (4%) | 215 |
0.85 (1.00) |
0.777 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.573 (1.00) |
UGT2B15 | 19 (8%) | 206 |
0.336 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.734 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.348 (1.00) |
0.728 (1.00) |
FGF16 | 7 (3%) | 218 |
1 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.00479 (1.00) |
0.0142 (1.00) |
1 (1.00) |
0.785 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.866 (1.00) |
NUDT4 | 5 (2%) | 220 |
1 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.145 (1.00) |
1 (1.00) |
0.841 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.489 (1.00) |
DSG1 | 37 (16%) | 188 |
0.604 (1.00) |
0.524 (1.00) |
0.0841 (1.00) |
0.0575 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.595 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.234 (1.00) |
ARL16 | 7 (3%) | 218 |
0.18 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.866 (1.00) |
VEGFC | 16 (7%) | 209 |
0.649 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.0255 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.318 (1.00) |
0.0264 (1.00) |
0.0775 (1.00) |
PSG4 | 23 (10%) | 202 |
0.489 (1.00) |
0.961 (1.00) |
0.426 (1.00) |
0.387 (1.00) |
0.555 (1.00) |
0.958 (1.00) |
0.149 (1.00) |
0.111 (1.00) |
DEFB119 | 6 (3%) | 219 |
1 (1.00) |
0.771 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.435 (1.00) |
1 (1.00) |
KLHL4 | 20 (9%) | 205 |
0.799 (1.00) |
0.532 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.224 (1.00) |
0.0386 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.342 (1.00) |
EIF3D | 4 (2%) | 221 |
0.832 (1.00) |
0.837 (1.00) |
0.246 (1.00) |
0.436 (1.00) |
1 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.44 (1.00) |
OR2W1 | 16 (7%) | 209 |
0.157 (1.00) |
0.719 (1.00) |
0.244 (1.00) |
0.0888 (1.00) |
0.711 (1.00) |
1 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.8 (1.00) |
OR4N2 | 21 (9%) | 204 |
0.34 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.64 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.0237 (1.00) |
0.433 (1.00) |
0.165 (1.00) |
0.0249 (1.00) |
CCDC11 | 17 (8%) | 208 |
0.903 (1.00) |
0.0644 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.212 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.00426 (1.00) |
0.933 (1.00) |
LIN7A | 10 (4%) | 215 |
0.921 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.648 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.0127 (1.00) |
0.389 (1.00) |
RAPGEF5 | 11 (5%) | 214 |
1 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.604 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.0559 (1.00) |
CD2 | 16 (7%) | 209 |
0.395 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.516 (1.00) |
1 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.469 (1.00) |
0.681 (1.00) |
C2ORF40 | 7 (3%) | 218 |
0.236 (1.00) |
0.798 (1.00) |
0.94 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.885 (1.00) |
0.735 (1.00) |
SGCZ | 19 (8%) | 206 |
0.626 (1.00) |
0.625 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.7 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.776 (1.00) |
SPANXN2 | 14 (6%) | 211 |
0.283 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.171 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.0831 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.2 (1.00) |
TLL1 | 42 (19%) | 183 |
0.976 (1.00) |
0.0183 (1.00) |
0.618 (1.00) |
0.0421 (1.00) |
0.0608 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.585 (1.00) |
0.434 (1.00) |
C9ORF119 | 7 (3%) | 218 |
1 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.476 (1.00) |
0.563 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.866 (1.00) |
CCDC54 | 13 (6%) | 212 |
0.0812 (1.00) |
0.334 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.0824 (1.00) |
0.253 (1.00) |
0.758 (1.00) |
DEFB118 | 8 (4%) | 217 |
0.197 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.741 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.871 (1.00) |
HTR3B | 16 (7%) | 209 |
0.0169 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.0261 (1.00) |
0.0598 (1.00) |
0.00074 (0.756) |
0.154 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.112 (1.00) |
MARCH11 | 10 (4%) | 215 |
0.85 (1.00) |
1 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.721 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.915 (1.00) |
0.893 (1.00) |
MKX | 14 (6%) | 211 |
0.139 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.971 (1.00) |
0.0656 (1.00) |
0.155 (1.00) |
0.0526 (1.00) |
0.294 (1.00) |
OR5H2 | 14 (6%) | 211 |
0.783 (1.00) |
1 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.518 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.634 (1.00) |
0.294 (1.00) |
SIGLEC14 | 11 (5%) | 214 |
0.367 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.0358 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.896 (1.00) |
TUBB8 | 12 (5%) | 213 |
0.704 (1.00) |
0.867 (1.00) |
0.214 (1.00) |
0.138 (1.00) |
0.541 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.552 (1.00) |
0.108 (1.00) |
ZIM3 | 23 (10%) | 202 |
0.194 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.675 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.0761 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.717 (1.00) |
PRC1 | 13 (6%) | 212 |
0.938 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.0564 (1.00) |
0.716 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.502 (1.00) |
0.638 (1.00) |
MUM1L1 | 25 (11%) | 200 |
0.555 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.0918 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.816 (1.00) |
TRIM58 | 15 (7%) | 210 |
0.561 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.815 (1.00) |
0.861 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.25 (1.00) |
1 (1.00) |
ANKRD20A4 | 4 (2%) | 221 |
0.385 (1.00) |
0.454 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.135 (1.00) |
0.109 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.538 (1.00) |
1 (1.00) |
OR5J2 | 13 (6%) | 212 |
0.633 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.5 (1.00) |
1 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.0366 (1.00) |
0.638 (1.00) |
CLEC14A | 18 (8%) | 207 |
0.0425 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.728 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.935 (1.00) |
FAM19A1 | 8 (4%) | 217 |
0.156 (1.00) |
0.386 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.487 (1.00) |
1 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.569 (1.00) |
GK2 | 28 (12%) | 197 |
0.792 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.328 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.485 (1.00) |
0.382 (1.00) |
0.872 (1.00) |
LONRF2 | 16 (7%) | 209 |
0.898 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.945 (1.00) |
0.988 (1.00) |
0.899 (1.00) |
1 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.504 (1.00) |
HAPLN1 | 11 (5%) | 214 |
1 (1.00) |
0.0959 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.594 (1.00) |
NAP1L4 | 9 (4%) | 216 |
0.0205 (1.00) |
0.046 (1.00) |
0.0358 (1.00) |
0.6 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.323 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.881 (1.00) |
CLCC1 | 13 (6%) | 212 |
0.938 (1.00) |
0.361 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.044 (1.00) |
0.581 (1.00) |
OR52J3 | 13 (6%) | 212 |
0.301 (1.00) |
0.278 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.931 (1.00) |
1 (1.00) |
0.171 (1.00) |
TMCO5A | 8 (4%) | 217 |
0.00885 (1.00) |
0.47 (1.00) |
0.164 (1.00) |
0.0956 (1.00) |
0.0349 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.761 (1.00) |
C4ORF22 | 11 (5%) | 214 |
0.633 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.593 (1.00) |
0.281 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.85 (1.00) |
0.0452 (1.00) |
0.297 (1.00) |
MAP2K1 | 11 (5%) | 214 |
0.157 (1.00) |
0.0658 (1.00) |
0.0558 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.0669 (1.00) |
0.00565 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.424 (1.00) |
OR7D2 | 17 (8%) | 208 |
0.535 (1.00) |
0.35 (1.00) |
0.778 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.0317 (1.00) |
1 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.751 (1.00) |
CXCR2 | 11 (5%) | 214 |
0.86 (1.00) |
0.495 (1.00) |
0.866 (1.00) |
0.952 (1.00) |
0.541 (1.00) |
1 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.896 (1.00) |
RBM22 | 7 (3%) | 218 |
0.442 (1.00) |
0.178 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.464 (1.00) |
1 (1.00) |
0.866 (1.00) |
||
CX3CL1 | 4 (2%) | 221 |
0.143 (1.00) |
0.139 (1.00) |
1 (1.00) |
0.679 (1.00) |
0.0768 (1.00) |
0.44 (1.00) |
||
IGF2BP3 | 6 (3%) | 219 |
0.879 (1.00) |
1 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.844 (1.00) |
KLRC3 | 10 (4%) | 215 |
1 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.517 (1.00) |
0.0113 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.443 (1.00) |
1 (1.00) |
LRRIQ4 | 19 (8%) | 206 |
0.2 (1.00) |
0.0957 (1.00) |
0.111 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.863 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.00853 (1.00) |
NR1H4 | 11 (5%) | 214 |
0.263 (1.00) |
0.338 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.926 (1.00) |
0.923 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.424 (1.00) |
OR4A15 | 21 (9%) | 204 |
0.437 (1.00) |
0.321 (1.00) |
1 (1.00) |
0.202 (1.00) |
0.0259 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.278 (1.00) |
MAGEA4 | 10 (4%) | 215 |
0.398 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.0143 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.649 (1.00) |
0.711 (1.00) |
DGAT2L6 | 10 (4%) | 215 |
0.508 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.853 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.389 (1.00) |
RGS18 | 8 (4%) | 217 |
0.35 (1.00) |
0.899 (1.00) |
0.122 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.358 (1.00) |
0.727 (1.00) |
0.419 (1.00) |
0.665 (1.00) |
TSGA13 | 9 (4%) | 216 |
0.53 (1.00) |
0.579 (1.00) |
0.118 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.553 (1.00) |
0.616 (1.00) |
0.689 (1.00) |
OPN5 | 7 (3%) | 218 |
0.208 (1.00) |
0.897 (1.00) |
1 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.512 (1.00) |
0.603 (1.00) |
1 (1.00) |
0.866 (1.00) |
SPINK13 | 7 (3%) | 218 |
0.299 (1.00) |
0.233 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.457 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.516 (1.00) |
P value = 9.59e-08 (Fisher's exact test), Q value = 9.8e-05
Table S1. Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 76 | 63 | 86 |
BRAF MUTATED | 23 | 49 | 43 |
BRAF WILD-TYPE | 53 | 14 | 43 |
Figure S1. Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'CN_CNMF'
![](D2V1.png)
P value = 4.67e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.048
Table S2. Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 58 | 111 | 53 |
BRAF MUTATED | 39 | 61 | 14 |
BRAF WILD-TYPE | 19 | 50 | 39 |
Figure S2. Get High-res Image Gene #2: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #6: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
![](D2V6.png)
-
Mutation data file = SKCM-TM.mutsig.cluster.txt
-
Molecular subtypes file = SKCM-TM.transferedmergedcluster.txt
-
Number of patients = 225
-
Number of significantly mutated genes = 129
-
Number of Molecular subtypes = 8
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.