Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 209 genes and 11 clinical features across 224 patients, 29 significant findings detected with Q value < 0.25.

  • PIK3CA mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • BRAF mutation correlated to 'HISTOLOGICAL.TYPE'.

  • KRTAP5-5 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • NRXN1 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • CNTN6 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • CDH2 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • CNBD1 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • ERBB4 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • ACVR2A mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • CDH9 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • GRIK3 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • GGT1 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • PCDHA10 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • FAM5C mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • IFT80 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • DACH2 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • PCDH11X mutation correlated to 'Time to Death'.

  • BTNL8 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • NXF5 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • SPATA17 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • ZCWPW2 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • CDH12 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • ZNF167 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • ZFPM2 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • DPY19L1 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • TMPRSS13 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • B2M mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • RNASE11 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

  • COL6A6 mutation correlated to 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 209 genes and 11 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, 29 significant findings detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE PRIMARY
SITE
OF
DISEASE 		GENDER HISTOLOGICAL
TYPE 		PATHOLOGY
T 		PATHOLOGY
N 		PATHOLOGICSPREAD(M) TUMOR
STAGE 		COMPLETENESS
OF
RESECTION 		NUMBER
OF
LYMPH
NODES
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test Fisher's exact test t-test
PIK3CA 33 (15%) 191 0.767
(1.00) 		0.0855
(1.00) 		0.227
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.0168
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.0235
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1.26e-05
(0.0285)
BRAF 22 (10%) 202 0.912
(1.00) 		0.0839
(1.00) 		0.0261
(1.00) 		0.0702
(1.00) 		2e-06
(0.00451) 		0.191
(1.00) 		0.904
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.589
(1.00)
KRTAP5-5 4 (2%) 220 0.882
(1.00) 		0.588
(1.00) 		1
(1.00) 		0.305
(1.00) 		1
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		0.151
(1.00) 		1
(1.00) 		3.21e-11
(7.29e-08)
NRXN1 20 (9%) 204 0.682
(1.00) 		0.907
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.594
(1.00) 		0.192
(1.00) 		0.0571
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.134
(1.00) 		0.604
(1.00) 		2.98e-05
(0.0671)
CNTN6 17 (8%) 207 0.45
(1.00) 		0.161
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.124
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.0753
(1.00) 		9.11e-05
(0.205)
CDH2 16 (7%) 208 0.592
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.781
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.306
(1.00) 		0.03
(1.00) 		0.0244
(1.00) 		0.00766
(1.00) 		0.376
(1.00) 		8.45e-06
(0.0191)
CNBD1 7 (3%) 217 0.525
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.436
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.637
(1.00) 		5.88e-05
(0.132)
ERBB4 18 (8%) 206 0.0646
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.0896
(1.00) 		0.0133
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.0527
(1.00) 		0.389
(1.00) 		5.02e-08
(0.000114)
ACVR2A 9 (4%) 215 0.271
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.0902
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.9
(1.00) 		0.352
(1.00) 		1
(1.00) 		0.682
(1.00) 		1
(1.00) 		3.99e-08
(9.03e-05)
CDH9 15 (7%) 209 0.0266
(1.00) 		0.218
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.0166
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.00616
(1.00) 		0.366
(1.00) 		1.74e-10
(3.95e-07)
GRIK3 17 (8%) 207 0.754
(1.00) 		0.0446
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.135
(1.00) 		0.617
(1.00) 		0.852
(1.00) 		0.135
(1.00) 		1
(1.00) 		0.159
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000109
(0.246)
GGT1 3 (1%) 221 0.966
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.748
(1.00) 		1
(1.00) 		3.24e-11
(7.36e-08)
PCDHA10 10 (4%) 214 0.096
(1.00) 		0.474
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.0532
(1.00) 		0.139
(1.00) 		1
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		3.1e-07
(7e-04)
FAM5C 13 (6%) 211 0.0736
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.0974
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.458
(1.00) 		2.7e-10
(6.12e-07)
IFT80 10 (4%) 214 0.945
(1.00) 		0.689
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.383
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.246
(1.00) 		0.653
(1.00) 		8.54e-10
(1.94e-06)
DACH2 12 (5%) 212 0.365
(1.00) 		0.551
(1.00) 		1
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.0578
(1.00) 		0.199
(1.00) 		1
(1.00) 		0.893
(1.00) 		1
(1.00) 		5.01e-05
(0.113)
PCDH11X 14 (6%) 210 6.96e-05
(0.157) 		0.546
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.611
(1.00) 		0.0393
(1.00) 		0.0862
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.011
(1.00)
BTNL8 3 (1%) 221 0.0123
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.607
(1.00) 		0.698
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.748
(1.00) 		1
(1.00) 		3.24e-11
(7.36e-08)
NXF5 7 (3%) 217 0.261
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.268
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.15
(1.00) 		0.637
(1.00) 		3.11e-11
(7.07e-08)
SPATA17 9 (4%) 215 0.525
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.0298
(1.00) 		0.0106
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.388
(1.00) 		0.653
(1.00) 		1.4e-06
(0.00317)
ZCWPW2 7 (3%) 217 0.441
(1.00) 		0.346
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.712
(1.00) 		0.555
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.143
(1.00) 		1
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.593
(1.00) 		3.11e-11
(7.07e-08)
CDH12 13 (6%) 211 0.398
(1.00) 		0.0595
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.815
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.0339
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.469
(1.00) 		1.32e-08
(2.98e-05)
ZNF167 7 (3%) 217 0.376
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.679
(1.00) 		1
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.436
(1.00) 		1
(1.00) 		0.183
(1.00) 		1
(1.00) 		1.5e-08
(3.4e-05)
ZFPM2 6 (3%) 218 0.376
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.666
(1.00) 		1
(1.00) 		1.03e-07
(0.000233)
DPY19L1 5 (2%) 219 0.405
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.0723
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00) 		3.18e-11
(7.22e-08)
TMPRSS13 4 (2%) 220 0.26
(1.00) 		1
(1.00) 		0.351
(1.00) 		1
(1.00) 		0.237
(1.00) 		0.478
(1.00) 		1
(1.00) 		0.458
(1.00) 		1
(1.00) 		3.21e-11
(7.29e-08)
B2M 5 (2%) 219 0.375
(1.00) 		0.851
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.692
(1.00) 		1
(1.00) 		0.86
(1.00) 		1
(1.00) 		1.67e-06
(0.00378)
RNASE11 5 (2%) 219 0.365
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.672
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.056
(1.00) 		0.217
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		1
(1.00) 		3.18e-11
(7.22e-08)
COL6A6 16 (7%) 208 0.671
(1.00) 		0.845
(1.00) 		0.157
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.143
(1.00) 		0.03
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.0553
(1.00) 		0.376
(1.00) 		1.98e-07
(0.000447)
FBXW7 38 (17%) 186 0.696
(1.00) 		0.0555
(1.00) 		0.341
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.103
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.0041
(1.00) 		0.00151
(1.00) 		0.0342
(1.00) 		0.855
(1.00)
NRAS 20 (9%) 204 0.0691
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.0365
(1.00) 		1
(1.00) 		0.277
(1.00) 		0.0375
(1.00) 		0.377
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.0251
(1.00)
APC 160 (71%) 64 0.368
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.0159
(1.00) 		0.0753
(1.00) 		0.119
(1.00) 		0.91
(1.00) 		0.915
(1.00) 		0.661
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.899
(1.00)
KRAS 96 (43%) 128 0.0237
(1.00) 		0.113
(1.00) 		0.027
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.0636
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.317
(1.00) 		0.203
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.0373
(1.00) 		0.194
(1.00)
SMAD4 26 (12%) 198 0.795
(1.00) 		0.987
(1.00) 		1
(1.00) 		0.837
(1.00) 		0.00552
(1.00) 		0.81
(1.00) 		1
(1.00) 		0.788
(1.00) 		0.793
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.318
(1.00)
TP53 120 (54%) 104 0.496
(1.00) 		0.0605
(1.00) 		0.0135
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.000245
(0.55) 		0.874
(1.00) 		0.279
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.559
(1.00) 		0.467
(1.00)
FAM123B 25 (11%) 199 0.634
(1.00) 		0.863
(1.00) 		0.5
(1.00) 		1
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.644
(1.00) 		0.332
(1.00) 		0.782
(1.00) 		0.585
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.498
(1.00)
TTN 85 (38%) 139 0.592
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.00419
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.0035
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.0598
(1.00) 		0.0671
(1.00) 		0.284
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.371
(1.00)
SMAD2 15 (7%) 209 0.885
(1.00) 		0.713
(1.00) 		0.779
(1.00) 		0.293
(1.00) 		0.482
(1.00) 		0.333
(1.00) 		0.269
(1.00) 		1
(1.00) 		0.244
(1.00) 		0.746
(1.00) 		0.0341
(1.00)
TCF7L2 18 (8%) 206 0.282
(1.00) 		0.404
(1.00) 		0.785
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.299
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00) 		1
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		1
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TLL1 15 (7%) 209 0.292
(1.00) 		0.212
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(1.00)
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(1.00) 		0.369
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00)
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(1.00) 		0.604
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.91
(1.00) 		1
(1.00) 		0.888
(1.00)
HCN1 10 (4%) 214 0.295
(1.00) 		0.416
(1.00) 		0.727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.479
(1.00) 		1
(1.00) 		0.487
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0453
(1.00)
CHRM2 10 (4%) 214 0.428
(1.00) 		0.835
(1.00) 		0.727
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.754
(1.00) 		0.0154
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.0321
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.598
(1.00)
CSMD3 28 (12%) 196 0.348
(1.00) 		0.967
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.0114
(1.00) 		0.0282
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.0408
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00368
(1.00)
DCAF4L2 11 (5%) 213 0.938
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.51
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0596
(1.00) 		0.0145
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.398
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.224
(1.00)
DOCK2 21 (9%) 203 0.626
(1.00) 		0.914
(1.00) 		0.621
(1.00) 		1
(1.00) 		0.457
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.344
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.173
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.981
(1.00)
KCNA4 12 (5%) 212 0.934
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.146
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.281
(1.00)
DPP10 13 (6%) 211 0.848
(1.00) 		0.409
(1.00) 		1
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.52
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.431
(1.00)
EVC2 17 (8%) 207 0.324
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.595
(1.00) 		1
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.595
(1.00) 		0.731
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.263
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.663
(1.00)
C15ORF2 12 (5%) 212 0.503
(1.00) 		0.637
(1.00) 		1
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.07
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.0716
(1.00)
NLRP5 12 (5%) 212 0.702
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.352
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.735
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.252
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.424
(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.605
(1.00)
KLK2 3 (1%) 221 0.179
(1.00) 		0.555
(1.00) 		1
(1.00) 		0.399
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.863
(1.00) 		1
(1.00) 		0.561
(1.00)
LUZP2 6 (3%) 218 0.819
(1.00) 		1
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.364
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.943
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0463
(1.00)
PCDHB5 14 (6%) 210 0.0851
(1.00) 		0.678
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.709
(1.00) 		0.249
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		0.164
(1.00) 		1
(1.00) 		0.00149
(1.00)
LOXL2 9 (4%) 215 0.405
(1.00) 		0.54
(1.00) 		1
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.916
(1.00) 		0.667
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.393
(1.00)
UBQLNL 5 (2%) 219 0.199
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.372
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.566
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.414
(1.00)
MYO1B 13 (6%) 211 0.343
(1.00) 		0.632
(1.00) 		1
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.366
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(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.458
(1.00) 		0.123
(1.00)
RIMS1 15 (7%) 209 0.803
(1.00) 		0.833
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(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.133
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.156
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.0211
(1.00)
COL12A1 21 (9%) 203 0.339
(1.00) 		0.846
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.259
(1.00) 		0.0963
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.149
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.447
(1.00)
JAKMIP2 13 (6%) 211 0.258
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.395
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(1.00) 		0.281
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(1.00) 		0.469
(1.00) 		0.000711
(1.00)
CDH10 14 (6%) 210 0.803
(1.00) 		0.668
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(1.00) 		0.717
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(1.00) 		1
(1.00) 		0.009
(1.00)
EPHA5 13 (6%) 211 0.931
(1.00) 		0.192
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.624
(1.00) 		0.791
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(1.00)
ODZ1 22 (10%) 202 0.00351
(1.00) 		0.435
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(1.00) 		0.00017
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(1.00) 		0.921
(1.00) 		0.951
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.177
(1.00)
POSTN 11 (5%) 213 0.0234
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.02
(1.00) 		1
(1.00) 		0.024
(1.00) 		1
(1.00) 		0.255
(1.00) 		0.393
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(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.365
(1.00)
SYNE1 47 (21%) 177 0.351
(1.00) 		0.379
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(1.00) 		0.626
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(1.00) 		0.0304
(1.00) 		0.163
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(1.00) 		0.0549
(1.00)
ZEB2 15 (7%) 209 0.354
(1.00) 		0.987
(1.00) 		1
(1.00) 		0.6
(1.00) 		0.959
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(1.00) 		0.524
(1.00) 		0.721
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.758
(1.00) 		0.969
(1.00)
TUSC3 7 (3%) 217 0.405
(1.00) 		0.509
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.498
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.631
(1.00)
CACNG7 6 (3%) 218 0.33
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.666
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0129
(1.00)
RWDD2B 8 (4%) 216 0.796
(1.00) 		0.247
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.115
(1.00) 		0.325
(1.00) 		1
(1.00) 		0.334
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000806
(1.00)
SLC25A13 7 (3%) 217 0.651
(1.00) 		0.178
(1.00) 		1
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.0501
(1.00) 		0.501
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.658
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.0751
(1.00)
DPF2 4 (2%) 220 0.527
(1.00) 		0.588
(1.00) 		0.351
(1.00) 		0.305
(1.00) 		0.742
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.565
(1.00) 		1
(1.00) 		0.791
(1.00)
PCDH10 17 (8%) 207 0.209
(1.00) 		0.976
(1.00) 		0.283
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.357
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.563
(1.00) 		0.518
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.216
(1.00)
MCF2 12 (5%) 212 0.479
(1.00) 		0.476
(1.00) 		1
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.27
(1.00) 		0.0208
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		0.702
(1.00) 		1
(1.00) 		0.864
(1.00)
NCKAP5 15 (7%) 209 0.796
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.158
(1.00) 		1
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.704
(1.00) 		0.461
(1.00) 		0.739
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.796
(1.00)
RIMS2 13 (6%) 211 0.208
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.0705
(1.00) 		0.777
(1.00) 		0.1
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.756
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.583
(1.00)
ATP7A 6 (3%) 218 0.178
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.0227
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.222
(1.00) 		0.127
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.917
(1.00)
TPTE 12 (5%) 212 0.657
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.111
(1.00) 		0.557
(1.00) 		0.0724
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.411
(1.00) 		1
(1.00) 		0.944
(1.00) 		1
(1.00) 		0.803
(1.00)
OR8B4 6 (3%) 218 0.705
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.426
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.666
(1.00) 		1
(1.00) 		0.061
(1.00)
SFMBT2 13 (6%) 211 0.398
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.0705
(1.00) 		0.575
(1.00) 		0.207
(1.00) 		0.258
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.705
(1.00) 		0.538
(1.00)
FLRT2 13 (6%) 211 0.744
(1.00) 		0.697
(1.00) 		0.353
(1.00) 		0.395
(1.00) 		0.797
(1.00) 		0.0547
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.47
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.0458
(1.00)
BCHE 9 (4%) 215 0.427
(1.00) 		0.576
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.175
(1.00) 		1
(1.00) 		0.228
(1.00) 		0.315
(1.00) 		1
(1.00) 		0.733
(1.00) 		1
(1.00) 		0.718
(1.00)
C8B 10 (4%) 214 0.263
(1.00) 		0.122
(1.00) 		0.29
(1.00) 		0.2
(1.00) 		0.182
(1.00) 		0.414
(1.00) 		1
(1.00) 		0.652
(1.00) 		0.526
(1.00) 		1
(1.00) 		0.839
(1.00)
FREM2 23 (10%) 201 0.612
(1.00) 		0.139
(1.00) 		0.473
(1.00) 		0.0138
(1.00) 		0.701
(1.00) 		0.11
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.387
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(1.00) 		0.0471
(1.00)
GABRG1 8 (4%) 216 0.514
(1.00) 		0.0941
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		0.562
(1.00) 		0.303
(1.00) 		1
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.221
(1.00)
SAT1 4 (2%) 220 0.211
(1.00) 		0.315
(1.00) 		0.0505
(1.00) 		0.397
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.897
(1.00) 		1
(1.00) 		0.851
(1.00)
CHD4 17 (8%) 207 0.715
(1.00) 		0.514
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.467
(1.00) 		0.386
(1.00) 		0.0527
(1.00) 		0.728
(1.00) 		0.354
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.00928
(1.00)
PCDHB2 14 (6%) 210 0.321
(1.00) 		0.876
(1.00) 		0.0692
(1.00) 		0.584
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.684
(1.00) 		1
(1.00) 		0.975
(1.00) 		1
(1.00) 		0.314
(1.00)
TMTC1 13 (6%) 211 0.857
(1.00) 		0.599
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.267
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.818
(1.00)
SH3GL3 8 (4%) 216 0.468
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.824
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.0986
(1.00) 		0.0133
(1.00)
CACNG3 8 (4%) 216 0.468
(1.00) 		0.145
(1.00) 		0.703
(1.00) 		0.484
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.849
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.87
(1.00)
POTEB 8 (4%) 216 0.634
(1.00) 		0.529
(1.00) 		0.703
(1.00) 		1
(1.00) 		0.409
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.000806
(1.00)
GRIN2A 19 (8%) 205 0.457
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.943
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.073
(1.00) 		1
(1.00) 		0.697
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00)
NRXN3 17 (8%) 207 0.879
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.102
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.0804
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.199
(1.00) 		0.448
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.0203
(1.00)
OR7C1 6 (3%) 218 0.12
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.196
(1.00) 		0.315
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.838
(1.00) 		1
(1.00) 		0.64
(1.00)
SPATA8 3 (1%) 221 0.706
(1.00) 		0.0279
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.0616
(1.00) 		1
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.863
(1.00) 		1
(1.00) 		0.331
(1.00)
OR2M2 6 (3%) 218 0.106
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.327
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0347
(1.00) 		0.0365
(1.00) 		1
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.189
(1.00)
SORCS1 15 (7%) 209 0.0276
(1.00) 		0.116
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.0128
(1.00) 		0.429
(1.00) 		1
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.00977
(1.00)
IL18R1 10 (4%) 214 0.443
(1.00) 		0.455
(1.00) 		0.727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.0217
(1.00) 		0.604
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.766
(1.00)
C16ORF45 3 (1%) 221 0.795
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.217
(1.00) 		0.132
(1.00) 		0.0161
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.827
(1.00)
INHBA 9 (4%) 215 0.911
(1.00) 		0.204
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.503
(1.00) 		0.00297
(1.00) 		0.137
(1.00) 		1
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.565
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.945
(1.00)
MIER3 11 (5%) 213 0.442
(1.00) 		0.905
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.761
(1.00) 		0.504
(1.00) 		0.321
(1.00) 		0.214
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.5
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.00059
(1.00)
ZNF585A 10 (4%) 214 0.479
(1.00) 		0.504
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.3
(1.00) 		0.17
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.702
(1.00) 		0.643
(1.00) 		0.0925
(1.00)
FSTL5 11 (5%) 213 0.383
(1.00) 		0.437
(1.00) 		1
(1.00) 		0.123
(1.00) 		0.823
(1.00) 		0.0547
(1.00) 		0.694
(1.00) 		1
(1.00) 		0.79
(1.00) 		1
(1.00) 		0.281
(1.00)
DOK5 6 (3%) 218 0.704
(1.00) 		0.0225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0676
(1.00) 		1
(1.00) 		0.445
(1.00) 		1
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.96
(1.00)
ZNF99 11 (5%) 213 0.112
(1.00) 		0.731
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.296
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.393
(1.00) 		0.726
(1.00) 		0.668
(1.00) 		0.00681
(1.00)
GML 6 (3%) 218 0.164
(1.00) 		0.85
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.215
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.826
(1.00) 		0.733
(1.00) 		0.546
(1.00) 		0.741
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.36
(1.00)
PPP2R2B 3 (1%) 221 0.532
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.105
(1.00) 		0.00532
(1.00) 		0.778
(1.00) 		1
(1.00) 		0.367
(1.00) 		1
(1.00)
LRTM1 7 (3%) 217 0.603
(1.00) 		0.713
(1.00) 		1
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.167
(1.00) 		1
(1.00) 		0.61
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.14
(1.00)
OR10G9 6 (3%) 218 0.295
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.00497
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.609
(1.00) 		0.746
(1.00) 		1
(1.00) 		0.061
(1.00)
ERBB3 14 (6%) 210 0.354
(1.00) 		0.662
(1.00) 		0.559
(1.00) 		1
(1.00) 		0.486
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.862
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.78
(1.00) 		1
(1.00) 		0.626
(1.00)
PSG8 8 (4%) 216 0.176
(1.00) 		0.991
(1.00) 		0.11
(1.00) 		1
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.223
(1.00) 		0.89
(1.00) 		1
(1.00) 		0.471
(1.00) 		0.0345
(1.00) 		0.195
(1.00)
SYT16 9 (4%) 215 0.458
(1.00) 		0.202
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.535
(1.00) 		0.281
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.269
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.244
(1.00)
LPHN3 13 (6%) 211 0.401
(1.00) 		0.197
(1.00) 		0.225
(1.00) 		1
(1.00) 		0.397
(1.00) 		0.00229
(1.00) 		0.281
(1.00) 		1
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.175
(1.00) 		0.351
(1.00)
LRP2 35 (16%) 189 0.601
(1.00) 		0.494
(1.00) 		0.164
(1.00) 		0.463
(1.00) 		0.0823
(1.00) 		0.309
(1.00) 		0.934
(1.00) 		0.308
(1.00) 		0.561
(1.00) 		0.627
(1.00) 		0.943
(1.00)
SOHLH2 9 (4%) 215 0.122
(1.00) 		0.35
(1.00) 		0.282
(1.00) 		1
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.0621
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		0.918
(1.00) 		1
(1.00) 		0.825
(1.00)
ZIM3 9 (4%) 215 0.585
(1.00) 		0.16
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.107
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.619
(1.00) 		0.789
(1.00) 		0.0879
(1.00) 		0.00743
(1.00)
DSEL 14 (6%) 210 0.914
(1.00) 		0.846
(1.00) 		0.236
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.0727
(1.00) 		0.121
(1.00) 		0.717
(1.00) 		0.647
(1.00) 		1
(1.00) 		0.000545
(1.00)
MDGA2 10 (4%) 214 0.733
(1.00) 		0.366
(1.00) 		0.727
(1.00) 		1
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.414
(1.00) 		0.902
(1.00) 		1
(1.00) 		0.814
(1.00) 		1
(1.00) 		0.237
(1.00)
RBMS3 6 (3%) 218 0.425
(1.00) 		0.682
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.429
(1.00) 		0.763
(1.00) 		0.17
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.543
(1.00)
TMBIM4 4 (2%) 220 0.426
(1.00) 		1
(1.00) 		0.623
(1.00) 		1
(1.00) 		0.14
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.376
(1.00) 		0.489
(1.00) 		0.36
(1.00) 		0.131
(1.00)
FAM135B 15 (7%) 209 0.877
(1.00) 		0.676
(1.00) 		0.562
(1.00) 		1
(1.00) 		0.613
(1.00) 		0.533
(1.00) 		0.704
(1.00) 		1
(1.00) 		0.573
(1.00) 		1
(1.00) 		0.675
(1.00)
CYP7B1 7 (3%) 217 0.935
(1.00) 		0.797
(1.00) 		1
(1.00) 		0.449
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.0196
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.273
(1.00) 		1
(1.00) 		0.957
(1.00)
SLC16A7 9 (4%) 215 0.246
(1.00) 		0.586
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.74
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.137
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.392
(1.00) 		0.839
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.0533
(1.00)
'PIK3CA MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 1.26e-05 (t-test), Q value = 0.028

Table S1.  Gene #3: 'PIK3CA MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
PIK3CA MUTATED 33 0.5 (1.4)
PIK3CA WILD-TYPE 189 2.6 (5.1)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #3: 'PIK3CA MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'BRAF MUTATION STATUS' versus 'HISTOLOGICAL.TYPE'

P value = 2e-06 (Fisher's exact test), Q value = 0.0045

Table S2.  Gene #5: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

nPatients COLON ADENOCARCINOMA COLON MUCINOUS ADENOCARCINOMA RECTAL ADENOCARCINOMA RECTAL MUCINOUS ADENOCARCINOMA
ALL 128 24 57 8
BRAF MUTATED 9 11 1 1
BRAF WILD-TYPE 119 13 56 7

Figure S2.  Get High-res Image Gene #5: 'BRAF MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #5: 'HISTOLOGICAL.TYPE'

'KRTAP5-5 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 3.21e-11 (t-test), Q value = 7.3e-08

Table S3.  Gene #14: 'KRTAP5-5 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
KRTAP5-5 MUTATED 4 0.0 (0.0)
KRTAP5-5 WILD-TYPE 218 2.3 (4.8)

Figure S3.  Get High-res Image Gene #14: 'KRTAP5-5 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'NRXN1 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 2.98e-05 (t-test), Q value = 0.067

Table S4.  Gene #22: 'NRXN1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
NRXN1 MUTATED 20 0.5 (1.3)
NRXN1 WILD-TYPE 202 2.4 (5.0)

Figure S4.  Get High-res Image Gene #22: 'NRXN1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'CNTN6 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 9.11e-05 (t-test), Q value = 0.2

Table S5.  Gene #32: 'CNTN6 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
CNTN6 MUTATED 17 0.5 (1.3)
CNTN6 WILD-TYPE 205 2.4 (5.0)

Figure S5.  Get High-res Image Gene #32: 'CNTN6 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'CDH2 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 8.45e-06 (t-test), Q value = 0.019

Table S6.  Gene #35: 'CDH2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
CDH2 MUTATED 16 0.4 (1.0)
CDH2 WILD-TYPE 206 2.4 (5.0)

Figure S6.  Get High-res Image Gene #35: 'CDH2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'CNBD1 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 5.88e-05 (t-test), Q value = 0.13

Table S7.  Gene #36: 'CNBD1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
CNBD1 MUTATED 7 0.3 (0.8)
CNBD1 WILD-TYPE 215 2.3 (4.9)

Figure S7.  Get High-res Image Gene #36: 'CNBD1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'ERBB4 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 5.02e-08 (t-test), Q value = 0.00011

Table S8.  Gene #39: 'ERBB4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
ERBB4 MUTATED 18 0.2 (0.7)
ERBB4 WILD-TYPE 204 2.4 (5.0)

Figure S8.  Get High-res Image Gene #39: 'ERBB4 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'ACVR2A MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 3.99e-08 (t-test), Q value = 9e-05

Table S9.  Gene #48: 'ACVR2A MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
ACVR2A MUTATED 9 0.2 (0.4)
ACVR2A WILD-TYPE 213 2.3 (4.9)

Figure S9.  Get High-res Image Gene #48: 'ACVR2A MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'CDH9 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 1.74e-10 (t-test), Q value = 3.9e-07

Table S10.  Gene #70: 'CDH9 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
CDH9 MUTATED 15 0.1 (0.3)
CDH9 WILD-TYPE 207 2.4 (4.9)

Figure S10.  Get High-res Image Gene #70: 'CDH9 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'GRIK3 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 0.000109 (t-test), Q value = 0.25

Table S11.  Gene #71: 'GRIK3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
GRIK3 MUTATED 17 0.5 (1.2)
GRIK3 WILD-TYPE 205 2.4 (5.0)

Figure S11.  Get High-res Image Gene #71: 'GRIK3 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'GGT1 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 3.24e-11 (t-test), Q value = 7.4e-08

Table S12.  Gene #88: 'GGT1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
GGT1 MUTATED 3 0.0 (0.0)
GGT1 WILD-TYPE 219 2.3 (4.8)

Figure S12.  Get High-res Image Gene #88: 'GGT1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'PCDHA10 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 3.1e-07 (t-test), Q value = 7e-04

Table S13.  Gene #91: 'PCDHA10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
PCDHA10 MUTATED 10 0.2 (0.6)
PCDHA10 WILD-TYPE 212 2.3 (4.9)

Figure S13.  Get High-res Image Gene #91: 'PCDHA10 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'FAM5C MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 2.7e-10 (t-test), Q value = 6.1e-07

Table S14.  Gene #94: 'FAM5C MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
FAM5C MUTATED 13 0.1 (0.3)
FAM5C WILD-TYPE 209 2.4 (4.9)

Figure S14.  Get High-res Image Gene #94: 'FAM5C MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'IFT80 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 8.54e-10 (t-test), Q value = 1.9e-06

Table S15.  Gene #99: 'IFT80 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
IFT80 MUTATED 10 0.1 (0.3)
IFT80 WILD-TYPE 212 2.4 (4.9)

Figure S15.  Get High-res Image Gene #99: 'IFT80 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'DACH2 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 5.01e-05 (t-test), Q value = 0.11

Table S16.  Gene #118: 'DACH2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
DACH2 MUTATED 12 0.5 (0.9)
DACH2 WILD-TYPE 210 2.4 (4.9)

Figure S16.  Get High-res Image Gene #118: 'DACH2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'PCDH11X MUTATION STATUS' versus 'Time to Death'

P value = 6.96e-05 (logrank test), Q value = 0.16

Table S17.  Gene #120: 'PCDH11X MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

nPatients nDeath Duration Range (Median), Month
ALL 120 14 0.9 - 72.1 (10.9)
PCDH11X MUTATED 11 4 1.0 - 21.0 (1.0)
PCDH11X WILD-TYPE 109 10 0.9 - 72.1 (12.0)

Figure S17.  Get High-res Image Gene #120: 'PCDH11X MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #1: 'Time to Death'

'BTNL8 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 3.24e-11 (t-test), Q value = 7.4e-08

Table S18.  Gene #126: 'BTNL8 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
BTNL8 MUTATED 3 0.0 (0.0)
BTNL8 WILD-TYPE 219 2.3 (4.8)

Figure S18.  Get High-res Image Gene #126: 'BTNL8 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'NXF5 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 3.11e-11 (t-test), Q value = 7.1e-08

Table S19.  Gene #129: 'NXF5 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
NXF5 MUTATED 7 0.0 (0.0)
NXF5 WILD-TYPE 215 2.3 (4.9)

Figure S19.  Get High-res Image Gene #129: 'NXF5 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'SPATA17 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 1.4e-06 (t-test), Q value = 0.0032

Table S20.  Gene #134: 'SPATA17 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
SPATA17 MUTATED 9 0.2 (0.7)
SPATA17 WILD-TYPE 213 2.3 (4.9)

Figure S20.  Get High-res Image Gene #134: 'SPATA17 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'ZCWPW2 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 3.11e-11 (t-test), Q value = 7.1e-08

Table S21.  Gene #143: 'ZCWPW2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
ZCWPW2 MUTATED 7 0.0 (0.0)
ZCWPW2 WILD-TYPE 215 2.3 (4.9)

Figure S21.  Get High-res Image Gene #143: 'ZCWPW2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'CDH12 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 1.32e-08 (t-test), Q value = 3e-05

Table S22.  Gene #151: 'CDH12 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
CDH12 MUTATED 13 0.2 (0.6)
CDH12 WILD-TYPE 209 2.4 (4.9)

Figure S22.  Get High-res Image Gene #151: 'CDH12 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'ZNF167 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 1.5e-08 (t-test), Q value = 3.4e-05

Table S23.  Gene #163: 'ZNF167 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
ZNF167 MUTATED 7 0.1 (0.4)
ZNF167 WILD-TYPE 215 2.3 (4.9)

Figure S23.  Get High-res Image Gene #163: 'ZNF167 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'ZFPM2 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 1.03e-07 (t-test), Q value = 0.00023

Table S24.  Gene #170: 'ZFPM2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
ZFPM2 MUTATED 6 0.2 (0.4)
ZFPM2 WILD-TYPE 216 2.3 (4.9)

Figure S24.  Get High-res Image Gene #170: 'ZFPM2 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'DPY19L1 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 3.18e-11 (t-test), Q value = 7.2e-08

Table S25.  Gene #180: 'DPY19L1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
DPY19L1 MUTATED 5 0.0 (0.0)
DPY19L1 WILD-TYPE 217 2.3 (4.8)

Figure S25.  Get High-res Image Gene #180: 'DPY19L1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'TMPRSS13 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 3.21e-11 (t-test), Q value = 7.3e-08

Table S26.  Gene #185: 'TMPRSS13 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
TMPRSS13 MUTATED 4 0.0 (0.0)
TMPRSS13 WILD-TYPE 218 2.3 (4.8)

Figure S26.  Get High-res Image Gene #185: 'TMPRSS13 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'B2M MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 1.67e-06 (t-test), Q value = 0.0038

Table S27.  Gene #190: 'B2M MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
B2M MUTATED 5 0.2 (0.4)
B2M WILD-TYPE 217 2.3 (4.9)

Figure S27.  Get High-res Image Gene #190: 'B2M MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'RNASE11 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 3.18e-11 (t-test), Q value = 7.2e-08

Table S28.  Gene #202: 'RNASE11 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
RNASE11 MUTATED 5 0.0 (0.0)
RNASE11 WILD-TYPE 217 2.3 (4.8)

Figure S28.  Get High-res Image Gene #202: 'RNASE11 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

'COL6A6 MUTATION STATUS' versus 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

P value = 1.98e-07 (t-test), Q value = 0.00045

Table S29.  Gene #205: 'COL6A6 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 222 2.3 (4.8)
COL6A6 MUTATED 16 0.2 (0.8)
COL6A6 WILD-TYPE 206 2.4 (5.0)

Figure S29.  Get High-res Image Gene #205: 'COL6A6 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #11: 'NUMBER.OF.LYMPH.NODES'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = COADREAD-TP.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = COADREAD-TP.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 224

  • Number of significantly mutated genes = 209

  • Number of selected clinical features = 11

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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