CNV_cluster_nozzle Execution Log 1:53 PM Fri May 24, '13

Running as user: cgaadm

cnv2cluster1 sample gene table file file:/xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Gistic2_Analysis/LUAD-TP/3140812/all_lesions.conf_99.txt
Correlate_Cluster_cnvs_onlysig2 clinical info file file:/xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_MergedClusteringPipeline/LUAD-TP/3145444/1.GDAC_mergedClustering.Finished/LUAD-TP.transferedmergedcluster.txt
Correlate_Cluster_cnvs_onlysig2 filter cluster smaller than 3
Correlate_Cluster_cnvs_onlysig2 output name LUAD-TP
Correlate_Cluster_cnvs_onlysig2 figure height 5
Correlate_Cluster_cnvs_onlysig2 figure width 9
Correlate_Cluster_cnvs_onlysig2 survival legend position OUT
Correlate_Cluster_cnvs_onlysig2 pvalue cutoff 1
Correlate_Cluster_cnvs_onlysig2 qvalue cutoff 0.25
Correlate_Cluster_cnvs_onlysig2 make figure ONLYSIG
Correlate_Cluster_cnvs_onlysig2 nozzle ver Nozzle.R1
Execution Times:
Submitted: 13:53:04 24-05-13
Completed:
Elapsed: 00 hrs 02 mins 39 secs

step 1. cnv2cluster [id: 411567] Convert mutsig results to cluster files

    urn:lsid:broadinstitute.org:cancer.genome.analysis:00494:12
sample gene table file file:/xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/Gistic2_Analysis/LUAD-TP/3140812/all_lesions.conf_99.txt
maf file
sig gene file
sig gene q cutoff 0.01
output name
Output Files:
 all_lesions.conf_99.cnv.cluster.txt
 .lsf.out
 stdout.txt
Execution Times:
Submitted: 13:53:04 24-05-13
Completed: 13:53:16 24-05-13
Elapsed: 00 hrs 00 mins 11 secs

step 2. Correlate_Cluster_cnvs_onlysig [id: 411568]

    urn:lsid:broadinstitute.org:cancer.genome.analysis:00507:4
cluster label file all_lesions.conf_99.cnv.cluster.txt
clinical info file file:/xchip/cga/gdac-prod/tcga-gdac/jobResults/GDAC_MergedClusteringPipeline/LUAD-TP/3145444/1.GDAC_mergedClustering.Finished/LUAD-TP.transferedmergedcluster.txt
features used ALL
filter cluster smaller than 3
output name LUAD-TP
figure height 5
figure width 9
survival legend position OUT
pvalue cutoff 1
qvalue cutoff 0.25
make figure ONLYSIG
nozzle ver Nozzle.R1
options MUTSIG
report title
job description
Output Files:
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Completed: 13:55:42 24-05-13
Elapsed: 00 hrs 02 mins 38 secs