Clustering Report

Summary of all clustering result from differnet data set:

SampleName	TCGA.D3.A1Q1.06	TCGA.D3.A1Q3.06	TCGA.D3.A1Q4.06	TCGA.D3.A1Q5.06	TCGA.D3.A1Q6.06	TCGA.D3.A1Q7.06	TCGA.D3.A1Q8.06	TCGA.D3.A1Q9.06	TCGA.D3.A1QA.06	TCGA.D3.A1QB.06	TCGA.D3.A2J6.06	TCGA.D3.A2J7.06	TCGA.D3.A2J8.06	TCGA.D3.A2J9.06	TCGA.D3.A2JA.06	TCGA.D3.A2JB.06	TCGA.D3.A2JC.06	TCGA.D3.A2JD.06	TCGA.D3.A2JF.06	TCGA.D3.A2JG.06	TCGA.D3.A2JH.06	TCGA.D3.A2JK.06	TCGA.D3.A2JL.06	TCGA.D3.A2JN.06	TCGA.D3.A2JO.06	TCGA.D3.A2JP.06	TCGA.D3.A3BZ.06	TCGA.D3.A3C1.06	TCGA.D3.A3C3.06	TCGA.D3.A3C6.06	TCGA.D3.A3C7.06	TCGA.D3.A3C8.06	TCGA.D3.A3CB.06	TCGA.D3.A3CC.06	TCGA.D3.A3CE.06	TCGA.D3.A3CF.06	TCGA.D3.A3ML.06	TCGA.D3.A3MO.06	TCGA.D3.A3MR.06	TCGA.D3.A3MU.06	TCGA.D3.A3MV.06	TCGA.D3.A51E.06	TCGA.D3.A51F.06	TCGA.D3.A51G.06	TCGA.D3.A51H.06	TCGA.D3.A51J.06	TCGA.D3.A51K.06	TCGA.D3.A51N.06	TCGA.D3.A51R.06	TCGA.D3.A51T.06	TCGA.D9.A148.06	TCGA.D9.A149.06	TCGA.D9.A1JW.06	TCGA.D9.A1JX.06	TCGA.D9.A3Z1.06	TCGA.D9.A3Z3.06	TCGA.DA.A1HV.06	TCGA.DA.A1HW.06	TCGA.DA.A1HY.06	TCGA.DA.A1I0.06	TCGA.DA.A1I1.06	TCGA.DA.A1I2.06	TCGA.DA.A1I4.06	TCGA.DA.A1I5.06	TCGA.DA.A1I7.06	TCGA.DA.A1I8.06	TCGA.DA.A1IA.06	TCGA.DA.A1IB.06	TCGA.DA.A1IC.06	TCGA.DA.A3F2.06	TCGA.DA.A3F3.06	TCGA.DA.A3F5.06	TCGA.DA.A3F8.06	TCGA.EB.A44Q.06	TCGA.EB.A44R.06	TCGA.EE.A17X.06	TCGA.EE.A17Y.06	TCGA.EE.A17Z.06	TCGA.EE.A180.06	TCGA.EE.A181.06	TCGA.EE.A182.06	TCGA.EE.A183.06	TCGA.EE.A184.06	TCGA.EE.A185.06	TCGA.EE.A20B.06	TCGA.EE.A20C.06	TCGA.EE.A20F.06	TCGA.EE.A20H.06	TCGA.EE.A20I.06	TCGA.EE.A29A.06	TCGA.EE.A29B.06	TCGA.EE.A29C.06	TCGA.EE.A29D.06	TCGA.EE.A29E.06	TCGA.EE.A29G.06	TCGA.EE.A29H.06	TCGA.EE.A29L.06	TCGA.EE.A29M.06	TCGA.EE.A29N.06	TCGA.EE.A29P.06	TCGA.EE.A29Q.06	TCGA.EE.A29R.06	TCGA.EE.A29S.06	TCGA.EE.A29T.06	TCGA.EE.A29V.06	TCGA.EE.A29W.06	TCGA.EE.A29X.06	TCGA.EE.A2A0.06	TCGA.EE.A2A1.06	TCGA.EE.A2A2.06	TCGA.EE.A2A5.06	TCGA.EE.A2A6.06	TCGA.EE.A2GB.06	TCGA.EE.A2GC.06	TCGA.EE.A2GD.06	TCGA.EE.A2GE.06	TCGA.EE.A2GH.06	TCGA.EE.A2GI.06	TCGA.EE.A2GJ.06	TCGA.EE.A2GK.06	TCGA.EE.A2GL.06	TCGA.EE.A2GM.06	TCGA.EE.A2GN.06	TCGA.EE.A2GO.06	TCGA.EE.A2GP.06	TCGA.EE.A2GR.06	TCGA.EE.A2GS.06	TCGA.EE.A2GT.06	TCGA.EE.A2GU.06	TCGA.EE.A2M5.06	TCGA.EE.A2M6.06	TCGA.EE.A2M7.06	TCGA.EE.A2M8.06	TCGA.EE.A2MC.06	TCGA.EE.A2MD.06	TCGA.EE.A2ME.06	TCGA.EE.A2MF.06	TCGA.EE.A2MG.06	TCGA.EE.A2MH.06	TCGA.EE.A2MI.06	TCGA.EE.A2MJ.06	TCGA.EE.A2MK.06	TCGA.EE.A2ML.06	TCGA.EE.A2MM.06	TCGA.EE.A2MN.06	TCGA.EE.A2MP.06	TCGA.EE.A2MQ.06	TCGA.EE.A2MR.06	TCGA.EE.A2MS.06	TCGA.EE.A2MT.06	TCGA.EE.A2MU.06	TCGA.EE.A3AA.06	TCGA.EE.A3AB.06	TCGA.EE.A3AC.06	TCGA.EE.A3AD.06	TCGA.EE.A3AE.06	TCGA.EE.A3AF.06	TCGA.EE.A3AG.06	TCGA.EE.A3AH.06	TCGA.EE.A3J3.06	TCGA.EE.A3J4.06	TCGA.EE.A3J5.06	TCGA.EE.A3J7.06	TCGA.EE.A3J8.06	TCGA.EE.A3JA.06	TCGA.EE.A3JB.06	TCGA.EE.A3JD.06	TCGA.EE.A3JE.06	TCGA.EE.A3JH.06	TCGA.EE.A3JI.06	TCGA.ER.A193.06	TCGA.ER.A195.06	TCGA.ER.A197.06	TCGA.ER.A198.06	TCGA.ER.A199.06	TCGA.ER.A19A.06	TCGA.ER.A19B.06	TCGA.ER.A19C.06	TCGA.ER.A19D.06	TCGA.ER.A19E.06	TCGA.ER.A19F.06	TCGA.ER.A19G.06	TCGA.ER.A19H.06	TCGA.ER.A19J.06	TCGA.ER.A19L.06	TCGA.ER.A19M.06	TCGA.ER.A19N.06	TCGA.ER.A19O.06	TCGA.ER.A19P.06	TCGA.ER.A19Q.06	TCGA.ER.A19S.06	TCGA.ER.A19T.06	TCGA.ER.A19W.06	TCGA.ER.A1A1.06	TCGA.ER.A2NC.06	TCGA.ER.A2ND.06	TCGA.ER.A2NE.06	TCGA.ER.A2NF.06	TCGA.ER.A2NG.06	TCGA.ER.A2NH.06	TCGA.ER.A3ES.06	TCGA.ER.A3ET.06	TCGA.ER.A3EV.06	TCGA.ER.A3PL.06	TCGA.ER.A42K.06	TCGA.ER.A42L.06	TCGA.FR.A3YN.06	TCGA.FR.A3YO.06	TCGA.FR.A44A.06	TCGA.FS.A1YW.06	TCGA.FS.A1YX.06	TCGA.FS.A1YY.06	TCGA.FS.A1Z0.06	TCGA.FS.A1Z3.06	TCGA.FS.A1Z4.06	TCGA.FS.A1Z7.06	TCGA.FS.A1ZA.06	TCGA.FS.A1ZB.06	TCGA.FS.A1ZC.06	TCGA.FS.A1ZD.06	TCGA.FS.A1ZE.06	TCGA.FS.A1ZF.06	TCGA.FS.A1ZG.06	TCGA.FS.A1ZH.06	TCGA.FS.A1ZJ.06	TCGA.FS.A1ZK.06	TCGA.FS.A1ZM.06	TCGA.FS.A1ZP.06	TCGA.FS.A1ZQ.06	TCGA.FS.A1ZR.06	TCGA.FS.A1ZS.06	TCGA.FS.A1ZT.06	TCGA.FS.A1ZU.06	TCGA.FS.A1ZW.06	TCGA.FS.A1ZY.06	TCGA.FS.A1ZZ.06	TCGA.FS.A4F0.06	TCGA.FS.A4F2.06	TCGA.FS.A4F4.06	TCGA.FS.A4F5.06	TCGA.FS.A4F8.06	TCGA.FS.A4F9.06	TCGA.FS.A4FB.06	TCGA.FS.A4FC.06	TCGA.FS.A4FD.06	TCGA.FW.A3I3.06	TCGA.FW.A3R5.06	TCGA.FW.A3TU.06	TCGA.FW.A3TV.06	TCGA.GF.A3OT.06	TCGA.GF.A4EO.06	TCGA.GN.A261.06	TCGA.GN.A262.06	TCGA.GN.A264.06	TCGA.GN.A265.06	TCGA.GN.A266.06	TCGA.GN.A267.06	TCGA.GN.A268.06	TCGA.GN.A26A.06	TCGA.GN.A26D.06
CN_cNMF	clus_1	clus_1	clus_2	clus_2	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_1	clus_2	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_2	clus_1	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_2	clus_2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_2	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_1	clus_1	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_1	clus_2	clus_3	NA	NA	clus_3	clus_2	clus_1	clus_1	clus_2	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_1	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_1	clus_2	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_1	clus_3	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_2	clus_2	clus_3	clus_3	clus_3	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_1	clus_2	clus_2	clus_1	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_3	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_3	clus_1	clus_3	clus_1	clus_2	clus_2	clus_1	clus_2	clus_1	clus_2	clus_3	clus_1	clus_3	clus_1	clus_2	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_1	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_1	clus_3	clus_1	clus_1	clus_2	clus_3	clus_1	clus_2	clus_2	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_2	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_2	clus_3	clus_1	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_2	NA	NA	NA	clus_3	NA	clus_3	NA	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1
Methlyation_cNMF	clus_1	clus_2	clus_1	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_2	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_2	clus_2	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_1	clus_3	clus_2	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_1	clus_2	clus_1	clus_1	clus_2	clus_2	clus_1	clus_3	clus_2	clus_2	clus_1	clus_2	clus_3	clus_1	clus_2	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_1	clus_2	clus_3	clus_3	clus_1	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_1	clus_2	clus_1	clus_1	clus_1	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_1	clus_3	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_1	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_3	clus_2	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_1	clus_1	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_1	clus_1	clus_1	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_2	clus_1	clus_2	clus_1	clus_1	clus_3	clus_1	clus_2	clus_3	clus_2	clus_1	clus_1	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_2	clus_1	clus_1	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_3	clus_2	clus_1	clus_2	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_3	clus_3	clus_1	clus_2	clus_3	clus_1
RPPA_cNMF	clus_1	NA	clus_1	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_4	clus_2	clus_3	NA	clus_1	NA	NA	NA	clus_2	clus_3	NA	NA	NA	NA	NA	clus_1	clus_1	clus_2	NA	clus_1	clus_4	NA	NA	NA	clus_2	NA	clus_1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	NA	NA	clus_2	clus_3	clus_1	NA	NA	clus_3	clus_1	clus_1	NA	clus_1	clus_3	clus_2	clus_3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_4	NA	NA	NA	clus_2	clus_1	NA	clus_3	clus_3	NA	clus_4	clus_1	NA	NA	NA	clus_4	clus_1	NA	clus_1	clus_1	clus_3	clus_4	clus_2	clus_2	clus_2	NA	clus_1	clus_4	clus_2	clus_3	clus_1	NA	clus_1	NA	clus_4	NA	clus_2	NA	clus_2	NA	NA	clus_3	clus_3	NA	clus_2	clus_4	NA	NA	NA	clus_1	clus_3	clus_4	clus_2	clus_2	clus_1	clus_4	NA	clus_2	clus_1	clus_4	NA	NA	NA	NA	clus_1	clus_4	clus_4	clus_1	clus_4	clus_4	clus_3	NA	clus_2	clus_4	clus_4	clus_1	clus_2	clus_4	clus_4	clus_3	clus_4	clus_4	clus_4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_1	clus_3	clus_4	clus_3	clus_4	clus_1	clus_4	clus_3	clus_1	clus_1	clus_4	clus_4	clus_1	clus_4	clus_4	NA	clus_4	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	NA	NA	clus_3	clus_4	clus_3	clus_4	NA	clus_2	clus_3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_4	NA	NA	clus_4	clus_3	clus_4	NA	clus_1	NA	clus_4	clus_1	NA	NA	clus_3	clus_1	clus_4	clus_3	clus_3	clus_4	clus_3	NA	NA	clus_4	clus_4	NA	NA	clus_1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_1	clus_4	clus_4	clus_1	clus_1	clus_1	clus_3	clus_1	clus_4
RPPA_cHierarchical	clus_4	NA	clus_1	clus_1	clus_4	clus_2	clus_1	clus_5	clus_2	clus_5	clus_3	NA	clus_4	NA	NA	NA	clus_1	clus_3	NA	NA	NA	NA	NA	clus_4	clus_2	clus_5	NA	clus_5	clus_2	NA	NA	NA	clus_2	NA	clus_3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_3	clus_3	clus_5	clus_5	NA	NA	clus_2	clus_5	clus_4	NA	NA	clus_5	clus_4	clus_4	NA	clus_1	clus_3	clus_5	clus_3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_3	NA	NA	NA	clus_5	clus_4	NA	clus_5	clus_3	NA	clus_1	clus_5	NA	NA	NA	clus_4	clus_4	NA	clus_4	clus_4	clus_3	clus_3	clus_5	clus_5	clus_2	NA	clus_4	clus_1	clus_2	clus_4	clus_4	NA	clus_4	NA	clus_2	NA	clus_5	NA	clus_5	NA	NA	clus_5	clus_3	NA	clus_2	clus_1	NA	NA	NA	clus_4	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_4	clus_2	NA	clus_5	clus_4	clus_3	NA	NA	NA	NA	clus_1	clus_5	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_5	NA	clus_2	clus_3	clus_3	clus_4	clus_2	clus_1	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_4	clus_5	clus_3	clus_3	clus_2	clus_4	clus_1	clus_3	clus_1	clus_1	clus_1	clus_2	clus_3	clus_1	clus_3	NA	clus_2	clus_4	clus_5	clus_3	clus_5	NA	NA	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	NA	clus_2	clus_5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_3	NA	NA	clus_2	clus_3	clus_2	NA	clus_4	NA	clus_1	clus_1	NA	NA	clus_3	clus_5	clus_3	clus_3	clus_3	clus_1	clus_3	NA	NA	clus_3	clus_1	NA	NA	clus_4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_3	clus_3	clus_3	clus_4	clus_1	clus_4	clus_3	clus_4	clus_1
mRNAseq_cNMF	clus_1	clus_2	clus_1	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_2	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_1	clus_1	clus_1	clus_1	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_2	clus_3	clus_1	clus_2	clus_3	clus_1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_1	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_2	clus_1	clus_1	clus_3	clus_2	clus_3	NA	clus_1	clus_1	clus_2	NA	NA	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_2	clus_2	clus_2	clus_1	clus_2	clus_3	clus_2	clus_1	clus_1	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_3	clus_1	clus_1	clus_1	clus_3	clus_1	clus_2	clus_3	clus_1	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_3	clus_2	clus_2	clus_2	clus_2	clus_1	clus_2	clus_2	clus_2	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_1	clus_1	clus_1	clus_3	clus_2	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_2	clus_2	NA	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_2	clus_2	clus_1	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_1	clus_2	clus_2	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_3	clus_2	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	NA	clus_3	clus_1	clus_1	clus_2	clus_3	clus_3	clus_2	clus_3	clus_1	clus_3	clus_1	clus_1	clus_2	clus_1	clus_1	clus_3	clus_1	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_1	clus_3	clus_3	clus_1	clus_2	clus_3	clus_1	clus_1	clus_2	clus_3	clus_2	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	NA	NA	NA	clus_3	NA	clus_3	NA	clus_3	clus_3	clus_3	clus_3	clus_1	clus_2	clus_1	clus_1	clus_3	clus_2	clus_1	clus_3	clus_3	clus_1	clus_3

Summary of all clustering result from differnet data set:

A complete list of all clustering results is also available