Correlation between gene mutation status and selected clinical features
Overview
Introduction

This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and selected clinical features.

Summary

Testing the association between mutation status of 126 genes and 8 clinical features across 159 patients, one significant finding detected with Q value < 0.25.

  • MUC7 mutation correlated to 'AGE'.

Results
Overview of the results

Table 1.  Get Full Table Overview of the association between mutation status of 126 genes and 8 clinical features. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by Q value < 0.25, one significant finding detected.

Clinical
Features 		Time
to
Death 		AGE PRIMARY
SITE
OF
DISEASE 		GENDER DISTANT
METASTASIS 		LYMPH
NODE
METASTASIS 		TUMOR
STAGECODE 		NEOPLASM
DISEASESTAGE
nMutated (%) nWild-Type logrank test t-test Fisher's exact test Fisher's exact test Chi-square test Chi-square test t-test Chi-square test
MUC7 11 (7%) 148 0.361
(1.00) 		0.000215
(0.187) 		0.818
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.764
(1.00) 		0.605
(1.00)
TP53 25 (16%) 134 0.666
(1.00) 		0.0919
(1.00) 		0.242
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.318
(1.00) 		0.308
(1.00)
BRAF 80 (50%) 79 0.197
(1.00) 		0.0763
(1.00) 		0.0956
(1.00) 		0.745
(1.00) 		0.554
(1.00) 		0.752
(1.00) 		0.787
(1.00)
C15ORF23 11 (7%) 148 0.648
(1.00) 		0.663
(1.00) 		0.818
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.406
(1.00) 		0.693
(1.00)
CDKN2A 25 (16%) 134 0.563
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.624
(1.00) 		1
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.599
(1.00) 		0.603
(1.00)
NRAS 48 (30%) 111 0.664
(1.00) 		0.442
(1.00) 		0.33
(1.00) 		1
(1.00) 		0.621
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.523
(1.00)
OXA1L 4 (3%) 155 0.77
(1.00) 		0.801
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.706
(1.00) 		0.454
(1.00)
STK19 9 (6%) 150 0.381
(1.00) 		0.506
(1.00) 		1
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.917
(1.00)
PTEN 13 (8%) 146 0.719
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.472
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.000321
(0.28) 		0.759
(1.00) 		0.0281
(1.00)
RAC1 11 (7%) 148 0.0866
(1.00) 		0.512
(1.00) 		0.412
(1.00) 		1
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.358
(1.00)
ACSM2B 29 (18%) 130 0.383
(1.00) 		0.942
(1.00) 		0.0872
(1.00) 		0.00291
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.647
(1.00) 		0.775
(1.00)
CADM2 17 (11%) 142 0.467
(1.00) 		0.928
(1.00) 		0.525
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.316
(1.00)
OR51S1 16 (10%) 143 0.621
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.185
(1.00) 		1
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.138
(1.00)
LCE1B 10 (6%) 149 0.465
(1.00) 		0.666
(1.00) 		0.0912
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.271
(1.00) 		0.691
(1.00)
IDH1 7 (4%) 152 0.705
(1.00) 		0.0111
(1.00) 		1
(1.00) 		0.427
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.897
(1.00) 		0.517
(1.00)
TAF1A 11 (7%) 148 0.0724
(1.00) 		0.831
(1.00) 		0.738
(1.00) 		0.334
(1.00) 		0.234
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.831
(1.00)
NAP1L2 15 (9%) 144 0.264
(1.00) 		0.0772
(1.00) 		0.0935
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.367
(1.00) 		0.467
(1.00)
PPP6C 14 (9%) 145 0.00666
(1.00) 		0.495
(1.00) 		0.728
(1.00) 		1
(1.00) 		0.37
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.574
(1.00)
FRG2B 10 (6%) 149 0.649
(1.00) 		0.022
(1.00) 		0.806
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.871
(1.00) 		0.619
(1.00)
USP29 27 (17%) 132 0.141
(1.00) 		0.0558
(1.00) 		0.645
(1.00) 		0.195
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.603
(1.00) 		0.269
(1.00)
PRB4 17 (11%) 142 0.0629
(1.00) 		0.165
(1.00) 		0.368
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.836
(1.00)
HIST1H2AA 7 (4%) 152 0.767
(1.00) 		0.971
(1.00) 		0.04
(1.00) 		1
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.74
(1.00)
RPTN 26 (16%) 133 0.297
(1.00) 		0.212
(1.00) 		0.0643
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.847
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.014
(1.00)
ZNF479 13 (8%) 146 0.236
(1.00) 		0.185
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.282
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.913
(1.00)
C8A 20 (13%) 139 0.427
(1.00) 		0.14
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0899
(1.00) 		0.0803
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.136
(1.00)
FUT9 17 (11%) 142 0.498
(1.00) 		0.0287
(1.00) 		0.388
(1.00) 		1
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.622
(1.00) 		0.115
(1.00)
ZNF679 15 (9%) 144 0.849
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.0884
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.455
(1.00)
NRK 20 (13%) 139 0.99
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.623
(1.00) 		0.893
(1.00) 		0.71
(1.00) 		0.53
(1.00)
CDH9 26 (16%) 133 0.289
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.0168
(1.00) 		1
(1.00) 		0.821
(1.00) 		0.445
(1.00) 		0.071
(1.00)
PRAMEF11 15 (9%) 144 0.0394
(1.00) 		0.0829
(1.00) 		0.747
(1.00) 		1
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.0358
(1.00) 		0.856
(1.00)
DDX3X 16 (10%) 143 0.572
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.537
(1.00) 		0.112
(1.00) 		0.00504
(1.00) 		0.977
(1.00) 		0.683
(1.00)
GRXCR1 15 (9%) 144 0.189
(1.00) 		0.028
(1.00) 		0.514
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.694
(1.00) 		0.296
(1.00)
PRB2 22 (14%) 137 0.594
(1.00) 		0.00859
(1.00) 		0.193
(1.00) 		0.0568
(1.00) 		0.882
(1.00) 		0.691
(1.00) 		0.138
(1.00)
ELF5 5 (3%) 154 0.157
(1.00) 		0.525
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.0863
(1.00) 		0.871
(1.00)
IL32 7 (4%) 152 0.0353
(1.00) 		0.707
(1.00) 		0.531
(1.00) 		1
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.759
(1.00) 		0.0104
(1.00)
LUZP2 13 (8%) 146 0.812
(1.00) 		0.814
(1.00) 		0.0378
(1.00) 		0.558
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.708
(1.00) 		0.0203
(1.00)
PDE1A 24 (15%) 135 0.622
(1.00) 		0.201
(1.00) 		0.0192
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.208
(1.00) 		0.639
(1.00)
RBM11 10 (6%) 149 0.564
(1.00) 		0.273
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.186
(1.00) 		0.628
(1.00) 		0.604
(1.00)
GLRB 18 (11%) 141 0.518
(1.00) 		0.248
(1.00) 		0.0182
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.76
(1.00) 		0.627
(1.00)
PRB1 15 (9%) 144 0.555
(1.00) 		0.365
(1.00) 		1
(1.00) 		0.0502
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.504
(1.00)
KIAA1257 7 (4%) 152 0.217
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.531
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.547
(1.00)
USP17L2 15 (9%) 144 0.895
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.0462
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.78
(1.00) 		0.149
(1.00)
SPAG16 13 (8%) 146 0.227
(1.00) 		0.516
(1.00) 		0.922
(1.00) 		0.373
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.805
(1.00) 		0.675
(1.00)
OR4M2 17 (11%) 142 0.656
(1.00) 		0.0866
(1.00) 		0.147
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.446
(1.00) 		0.941
(1.00) 		0.266
(1.00)
GFRAL 21 (13%) 138 0.958
(1.00) 		0.902
(1.00) 		0.22
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.534
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.202
(1.00)
UNC119B 3 (2%) 156 0.991
(1.00) 		0.377
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.595
(1.00)
PHGDH 7 (4%) 152 0.679
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.742
(1.00) 		0.0454
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.0987
(1.00)
STXBP5L 32 (20%) 127 0.273
(1.00) 		0.528
(1.00) 		0.362
(1.00) 		0.69
(1.00) 		0.794
(1.00) 		0.919
(1.00) 		0.31
(1.00)
TRAT1 10 (6%) 149 0.0279
(1.00) 		0.683
(1.00) 		0.0513
(1.00) 		0.505
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.639
(1.00) 		0.799
(1.00)
ZNF844 4 (3%) 155 0.352
(1.00) 		0.02
(1.00) 		0.437
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.44
(1.00) 		0.813
(1.00)
TTN 123 (77%) 36 0.325
(1.00) 		0.673
(1.00) 		1
(1.00) 		0.117
(1.00) 		0.573
(1.00) 		0.299
(1.00) 		0.372
(1.00)
COPG2 3 (2%) 156 0.461
(1.00) 		0.994
(1.00) 		0.723
(1.00) 		1
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.979
(1.00) 		0.0539
(1.00)
DSG3 34 (21%) 125 0.852
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.264
(1.00) 		0.552
(1.00) 		0.189
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.51
(1.00)
GML 8 (5%) 151 0.918
(1.00) 		0.112
(1.00) 		1
(1.00) 		0.26
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.965
(1.00)
HHLA2 10 (6%) 149 0.663
(1.00) 		0.391
(1.00) 		0.171
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.418
(1.00) 		0.927
(1.00)
LILRB4 23 (14%) 136 0.514
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.0588
(1.00) 		0.82
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.657
(1.00) 		0.465
(1.00)
SLC38A4 19 (12%) 140 0.92
(1.00) 		0.492
(1.00) 		0.194
(1.00) 		0.0434
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.949
(1.00)
OR2L3 12 (8%) 147 0.904
(1.00) 		0.757
(1.00) 		0.131
(1.00) 		0.766
(1.00) 		0.0129
(1.00) 		0.689
(1.00) 		0.0125
(1.00)
HBD 8 (5%) 151 0.126
(1.00) 		0.615
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.89
(1.00) 		0.413
(1.00)
TBC1D3B 3 (2%) 156 0.00311
(1.00) 		0.402
(1.00) 		0.283
(1.00) 		1
(1.00)
TCEB3C 23 (14%) 136 0.35
(1.00) 		0.465
(1.00) 		0.825
(1.00) 		0.106
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.46
(1.00) 		0.423
(1.00)
CYLC2 16 (10%) 143 0.506
(1.00) 		0.0961
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.075
(1.00) 		0.528
(1.00)
HBG2 6 (4%) 153 0.536
(1.00) 		0.245
(1.00) 		0.486
(1.00) 		1
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.955
(1.00) 		0.736
(1.00)
LOC649330 18 (11%) 141 0.508
(1.00) 		0.0176
(1.00) 		0.695
(1.00) 		0.444
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.858
(1.00) 		0.736
(1.00)
PARM1 13 (8%) 146 0.23
(1.00) 		0.31
(1.00) 		0.206
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.0367
(1.00) 		0.328
(1.00)
CCK 5 (3%) 154 0.11
(1.00) 		0.719
(1.00) 		0.654
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.0158
(1.00) 		0.755
(1.00)
ZFP106 6 (4%) 153 0.524
(1.00) 		0.000588
(0.512) 		0.486
(1.00) 		0.0839
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.725
(1.00) 		0.379
(1.00)
UGT2B15 15 (9%) 144 0.613
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.926
(1.00) 		0.169
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.646
(1.00) 		0.0642
(1.00)
DSG1 24 (15%) 135 0.109
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.757
(1.00) 		1
(1.00) 		0.859
(1.00) 		0.538
(1.00) 		0.387
(1.00)
ARL16 5 (3%) 154 0.209
(1.00) 		0.0265
(1.00) 		0.0579
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.83
(1.00) 		0.154
(1.00)
VEGFC 15 (9%) 144 0.882
(1.00) 		0.77
(1.00) 		0.423
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.168
(1.00) 		0.236
(1.00)
PSG4 16 (10%) 143 0.855
(1.00) 		0.527
(1.00) 		0.0811
(1.00) 		1
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.913
(1.00) 		0.75
(1.00)
DEFB119 6 (4%) 153 0.193
(1.00) 		0.191
(1.00) 		0.152
(1.00) 		1
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.339
(1.00)
KLHL4 15 (9%) 144 0.0836
(1.00) 		0.952
(1.00) 		0.213
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.857
(1.00) 		0.483
(1.00)
EIF3D 3 (2%) 156 0.0486
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.723
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.625
(1.00)
OR2W1 12 (8%) 147 0.616
(1.00) 		0.0738
(1.00) 		0.833
(1.00) 		0.371
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.233
(1.00) 		0.874
(1.00)
OR4N2 18 (11%) 141 0.854
(1.00) 		0.441
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.018
(1.00) 		0.066
(1.00) 		0.901
(1.00) 		0.469
(1.00)
CCDC11 15 (9%) 144 0.568
(1.00) 		0.679
(1.00) 		0.166
(1.00) 		0.787
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.486
(1.00)
LIN7A 8 (5%) 151 0.562
(1.00) 		0.715
(1.00) 		0.385
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.944
(1.00) 		0.543
(1.00)
RAPGEF5 7 (4%) 152 0.917
(1.00) 		0.479
(1.00) 		0.0777
(1.00) 		0.256
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.378
(1.00) 		0.806
(1.00)
CD2 14 (9%) 145 0.446
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.0422
(1.00) 		0.775
(1.00) 		0.0686
(1.00) 		0.909
(1.00) 		0.347
(1.00)
C2ORF40 4 (3%) 155 0.847
(1.00) 		0.401
(1.00) 		0.0639
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.96
(1.00)
SGCZ 16 (10%) 143 0.205
(1.00) 		0.669
(1.00) 		0.93
(1.00) 		1
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.356
(1.00) 		0.762
(1.00)
SPANXN2 13 (8%) 146 0.0376
(1.00) 		0.51
(1.00) 		0.653
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.374
(1.00) 		0.288
(1.00)
TLL1 31 (19%) 128 0.873
(1.00) 		0.25
(1.00) 		0.326
(1.00) 		0.541
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.32
(1.00) 		0.245
(1.00)
C9ORF119 5 (3%) 154 0.828
(1.00) 		0.961
(1.00) 		1
(1.00) 		0.158
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.073
(1.00) 		0.799
(1.00)
CCDC54 10 (6%) 149 0.386
(1.00) 		0.67
(1.00) 		0.415
(1.00) 		0.322
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.904
(1.00)
DEFB118 6 (4%) 153 0.12
(1.00) 		0.454
(1.00) 		0.841
(1.00) 		1
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.778
(1.00)
HTR3B 11 (7%) 148 0.0521
(1.00) 		0.629
(1.00) 		0.336
(1.00) 		0.21
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.799
(1.00) 		0.394
(1.00)
MARCH11 7 (4%) 152 0.265
(1.00) 		0.986
(1.00) 		0.142
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.581
(1.00)
MKX 10 (6%) 149 0.408
(1.00) 		0.812
(1.00) 		0.0659
(1.00) 		0.744
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.0216
(1.00)
OR5H2 11 (7%) 148 0.342
(1.00) 		0.0293
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.749
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.396
(1.00) 		0.409
(1.00)
SIGLEC14 7 (4%) 152 0.791
(1.00) 		0.0764
(1.00) 		0.0682
(1.00) 		0.0454
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.373
(1.00)
TUBB8 7 (4%) 152 0.781
(1.00) 		0.216
(1.00) 		1
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.665
(1.00)
ZIM3 14 (9%) 145 0.0385
(1.00) 		0.819
(1.00) 		0.0247
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.956
(1.00) 		0.432
(1.00) 		0.259
(1.00)
PRC1 9 (6%) 150 0.637
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.637
(1.00) 		0.933
(1.00)
MUM1L1 16 (10%) 143 0.439
(1.00) 		0.816
(1.00) 		0.443
(1.00) 		1
(1.00) 		0.923
(1.00) 		0.43
(1.00) 		0.607
(1.00)
TRIM58 12 (8%) 147 0.307
(1.00) 		0.00251
(1.00) 		0.833
(1.00) 		1
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.796
(1.00) 		0.794
(1.00)
ANKRD20A4 3 (2%) 156 0.512
(1.00) 		0.831
(1.00) 		1
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.997
(1.00) 		0.96
(1.00) 		0.595
(1.00)
OR5J2 10 (6%) 149 0.726
(1.00) 		0.906
(1.00) 		0.891
(1.00) 		0.179
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.949
(1.00) 		0.818
(1.00)
CLEC14A 14 (9%) 145 0.202
(1.00) 		0.771
(1.00) 		1
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.483
(1.00) 		0.481
(1.00)
FAM19A1 7 (4%) 152 0.429
(1.00) 		0.96
(1.00) 		1
(1.00) 		1
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.684
(1.00) 		0.834
(1.00)
GK2 20 (13%) 139 0.239
(1.00) 		0.842
(1.00) 		0.0743
(1.00) 		0.81
(1.00) 		0.903
(1.00) 		0.347
(1.00) 		0.0434
(1.00)
LONRF2 13 (8%) 146 0.0197
(1.00) 		0.896
(1.00) 		0.556
(1.00) 		0.768
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.229
(1.00) 		0.418
(1.00)
HAPLN1 8 (5%) 151 0.333
(1.00) 		0.162
(1.00) 		0.874
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.982
(1.00) 		0.273
(1.00)
NAP1L4 6 (4%) 153 0.332
(1.00) 		0.335
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.673
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.543
(1.00) 		0.667
(1.00)
CLCC1 9 (6%) 150 0.0717
(1.00) 		0.969
(1.00) 		0.48
(1.00) 		1
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.53
(1.00) 		0.457
(1.00)
OR52J3 10 (6%) 149 0.105
(1.00) 		0.45
(1.00) 		0.338
(1.00) 		1
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.795
(1.00) 		0.936
(1.00)
TMCO5A 6 (4%) 153 0.358
(1.00) 		0.287
(1.00) 		0.389
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.966
(1.00) 		0.261
(1.00)
C4ORF22 8 (5%) 151 0.737
(1.00) 		0.551
(1.00) 		0.276
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.985
(1.00) 		0.984
(1.00) 		0.633
(1.00)
MAP2K1 8 (5%) 151 0.523
(1.00) 		0.291
(1.00) 		0.153
(1.00) 		0.477
(1.00) 		0.0939
(1.00) 		0.0108
(1.00) 		0.749
(1.00)
OR7D2 14 (9%) 145 0.775
(1.00) 		0.348
(1.00) 		0.925
(1.00) 		0.253
(1.00) 		0.948
(1.00) 		0.765
(1.00) 		0.128
(1.00)
CXCR2 9 (6%) 150 0.0455
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.33
(1.00) 		0.73
(1.00) 		0.975
(1.00) 		0.783
(1.00) 		0.202
(1.00)
RBM22 4 (3%) 155 0.719
(1.00) 		0.325
(1.00) 		0.593
(1.00) 		0.298
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.972
(1.00) 		0.786
(1.00)
CX3CL1 3 (2%) 156 0.442
(1.00) 		0.94
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00)
IGF2BP3 3 (2%) 156 0.848
(1.00) 		0.685
(1.00) 		0.462
(1.00) 		1
(1.00)
KLRC3 4 (3%) 155 0.482
(1.00) 		0.686
(1.00) 		0.773
(1.00) 		0.633
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.302
(1.00) 		0.852
(1.00)
LRRIQ4 15 (9%) 144 0.266
(1.00) 		0.0892
(1.00) 		0.803
(1.00) 		0.577
(1.00) 		0.932
(1.00) 		0.8
(1.00) 		0.678
(1.00)
NR1H4 9 (6%) 150 0.417
(1.00) 		0.289
(1.00) 		1
(1.00) 		0.485
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.307
(1.00) 		0.579
(1.00)
OR4A15 14 (9%) 145 0.781
(1.00) 		0.0453
(1.00) 		0.241
(1.00) 		0.0821
(1.00) 		0.963
(1.00) 		0.239
(1.00) 		0.516
(1.00)
MAGEA4 8 (5%) 151 0.549
(1.00) 		0.808
(1.00) 		0.0993
(1.00) 		0.711
(1.00) 		0.0562
(1.00) 		0.774
(1.00) 		0.798
(1.00)
DGAT2L6 8 (5%) 151 0.436
(1.00) 		0.447
(1.00) 		0.0307
(1.00) 		1
(1.00) 		0.98
(1.00) 		0.598
(1.00) 		0.727
(1.00)
RGS18 7 (4%) 152 0.813
(1.00) 		0.338
(1.00) 		0.38
(1.00) 		0.0454
(1.00) 		0.989
(1.00) 		0.802
(1.00) 		0.793
(1.00)
TSGA13 6 (4%) 153 0.257
(1.00) 		0.885
(1.00) 		0.841
(1.00) 		0.41
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.898
(1.00) 		0.266
(1.00)
OPN5 5 (3%) 154 0.287
(1.00) 		0.65
(1.00) 		0.411
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.995
(1.00) 		0.869
(1.00) 		0.754
(1.00)
SPINK13 5 (3%) 154 0.0585
(1.00) 		0.29
(1.00) 		1
(1.00) 		0.651
(1.00) 		0.992
(1.00) 		0.073
(1.00) 		0.871
(1.00)
'MUC7 MUTATION STATUS' versus 'AGE'

P value = 0.000215 (t-test), Q value = 0.19

Table S1.  Gene #17: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

nPatients Mean (Std.Dev)
ALL 159 56.2 (16.0)
MUC7 MUTATED 11 72.7 (10.9)
MUC7 WILD-TYPE 148 55.0 (15.7)

Figure S1.  Get High-res Image Gene #17: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #2: 'AGE'

Methods & Data
Input

  • Mutation data file = SKCM-TM.mutsig.cluster.txt

  • Clinical data file = SKCM-TM.clin.merged.picked.txt

  • Number of patients = 159

  • Number of significantly mutated genes = 126

  • Number of selected clinical features = 8

  • Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3

Survival analysis

For survival clinical features, the Kaplan-Meier survival curves of tumors with and without gene mutations were plotted and the statistical significance P values were estimated by logrank test (Bland and Altman 2004) using the 'survdiff' function in R

Student's t-test analysis

For continuous numerical clinical features, two-tailed Student's t test with unequal variance (Lehmann and Romano 2005) was applied to compare the clinical values between tumors with and without gene mutations using 't.test' function in R

Fisher's exact test

For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R

Chi-square test

For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R

Q value calculation

For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.

References
[1] Bland and Altman, Statistics notes: The logrank test, BMJ 328(7447):1073 (2004)
[2] Lehmann and Romano, Testing Statistical Hypotheses (3E ed.), New York: Springer. ISBN 0387988645 (2005)
[3] Fisher, R.A., On the interpretation of chi-square from contingency tables, and the calculation of P, Journal of the Royal Statistical Society 85(1):87-94 (1922)
[4] Greenwood and Nikulin, A guide to chi-squared testing, Wiley, New York. ISBN 047155779X (1996)
[5] Benjamini and Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society Series B 59:289-300 (1995)
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