This pipeline computes the correlation between significantly recurrent gene mutations and molecular subtypes.
Testing the association between mutation status of 184 genes and 10 molecular subtypes across 172 patients, 8 significant findings detected with P value < 0.05 and Q value < 0.25.
-
STK11 mutation correlated to 'CN_CNMF' and 'MRNASEQ_CNMF'.
-
TP53 mutation correlated to 'CN_CNMF', 'MRNASEQ_CNMF', and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.
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KEAP1 mutation correlated to 'MRNASEQ_CNMF' and 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.
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MUC7 mutation correlated to 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'.
Table 1. Get Full Table Overview of the association between mutation status of 184 genes and 10 molecular subtypes. Shown in the table are P values (Q values). Thresholded by P value < 0.05 and Q value < 0.25, 8 significant findings detected.
Clinical Features |
MRNA CNMF |
MRNA CHIERARCHICAL |
CN CNMF |
METHLYATION CNMF |
RPPA CNMF |
RPPA CHIERARCHICAL |
MRNASEQ CNMF |
MRNASEQ CHIERARCHICAL |
MIRSEQ CNMF |
MIRSEQ CHIERARCHICAL |
||
nMutated (%) | nWild-Type | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Chi-square test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Chi-square test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | Fisher's exact test | |
TP53 | 87 (51%) | 85 |
0.00576 (1.00) |
0.0644 (1.00) |
8.15e-05 (0.127) |
0.0978 (1.00) |
0.000199 (0.309) |
0.00627 (1.00) |
7.51e-05 (0.117) |
4.12e-06 (0.00642) |
0.00819 (1.00) |
0.187 (1.00) |
STK11 | 20 (12%) | 152 |
0.554 (1.00) |
0.418 (1.00) |
7.6e-05 (0.118) |
0.629 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.0712 (1.00) |
5.82e-07 (0.000908) |
0.000403 (0.623) |
0.69 (1.00) |
0.185 (1.00) |
KEAP1 | 32 (19%) | 140 |
0.375 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.00228 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.0162 (1.00) |
1.71e-05 (0.0267) |
4.63e-05 (0.072) |
0.899 (1.00) |
0.241 (1.00) |
MUC7 | 15 (9%) | 157 |
0.000442 (0.684) |
0.0272 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.294 (1.00) |
0.117 (1.00) |
9.61e-05 (0.149) |
0.182 (1.00) |
0.0896 (1.00) |
||
CDKN2A | 8 (5%) | 164 |
0.643 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.811 (1.00) |
0.534 (1.00) |
||
EGFR | 22 (13%) | 150 |
0.0799 (1.00) |
0.746 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.326 (1.00) |
0.00829 (1.00) |
0.0405 (1.00) |
0.613 (1.00) |
0.124 (1.00) |
||
KRAS | 47 (27%) | 125 |
0.816 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.0585 (1.00) |
0.44 (1.00) |
0.112 (1.00) |
0.0311 (1.00) |
0.00703 (1.00) |
0.711 (1.00) |
0.016 (1.00) |
0.0329 (1.00) |
NAV3 | 35 (20%) | 137 |
0.256 (1.00) |
0.453 (1.00) |
0.231 (1.00) |
0.0391 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.619 (1.00) |
0.159 (1.00) |
0.0598 (1.00) |
0.147 (1.00) |
MAGEC1 | 23 (13%) | 149 |
1 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.768 (1.00) |
0.941 (1.00) |
0.77 (1.00) |
0.328 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.774 (1.00) |
0.465 (1.00) |
CDH10 | 34 (20%) | 138 |
0.63 (1.00) |
1 (1.00) |
0.124 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.754 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.567 (1.00) |
1 (1.00) |
0.893 (1.00) |
TMTC1 | 22 (13%) | 150 |
0.236 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.689 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.557 (1.00) |
0.366 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.327 (1.00) |
OR4C16 | 14 (8%) | 158 |
0.813 (1.00) |
0.076 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.0955 (1.00) |
0.367 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.79 (1.00) |
||
ZNF676 | 16 (9%) | 156 |
0.0181 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.0844 (1.00) |
0.403 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.0127 (1.00) |
0.17 (1.00) |
0.374 (1.00) |
EPHA6 | 22 (13%) | 150 |
0.841 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.309 (1.00) |
0.615 (1.00) |
0.187 (1.00) |
0.0837 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.684 (1.00) |
0.0848 (1.00) |
0.0177 (1.00) |
RIMS2 | 32 (19%) | 140 |
0.151 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.0557 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.28 (1.00) |
OR2L3 | 13 (8%) | 159 |
0.0797 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.0839 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.0387 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.204 (1.00) |
ELTD1 | 15 (9%) | 157 |
0.236 (1.00) |
1 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.891 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.441 (1.00) |
0.0568 (1.00) |
0.00828 (1.00) |
0.265 (1.00) |
0.0547 (1.00) |
CD5L | 12 (7%) | 160 |
0.35 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.176 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.312 (1.00) |
0.928 (1.00) |
1 (1.00) |
||
CNBD1 | 10 (6%) | 162 |
0.475 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.143 (1.00) |
0.0227 (1.00) |
0.035 (1.00) |
0.0119 (1.00) |
0.0165 (1.00) |
0.0831 (1.00) |
||
REG1B | 13 (8%) | 159 |
0.912 (1.00) |
1 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.491 (1.00) |
0.612 (1.00) |
0.402 (1.00) |
0.399 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.547 (1.00) |
0.84 (1.00) |
REG3A | 14 (8%) | 158 |
0.59 (1.00) |
1 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.892 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.565 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.154 (1.00) |
0.556 (1.00) |
0.79 (1.00) |
OR2T4 | 13 (8%) | 159 |
0.623 (1.00) |
0.677 (1.00) |
0.767 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.352 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.365 (1.00) |
||
GABRB3 | 11 (6%) | 161 |
0.552 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.0904 (1.00) |
0.583 (1.00) |
0.126 (1.00) |
0.0154 (1.00) |
||
TRIM58 | 8 (5%) | 164 |
0.692 (1.00) |
0.264 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
0.285 (1.00) |
1 (1.00) |
0.723 (1.00) |
1 (1.00) |
||
BAGE2 | 9 (5%) | 163 |
1 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.0509 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.0815 (1.00) |
0.00721 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.22 (1.00) |
||
OR4A5 | 12 (7%) | 160 |
0.834 (1.00) |
0.829 (1.00) |
0.0648 (1.00) |
0.0145 (1.00) |
0.445 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.377 (1.00) |
0.188 (1.00) |
||
BRAF | 15 (9%) | 157 |
0.247 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.329 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.428 (1.00) |
0.289 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.242 (1.00) |
OR2L8 | 12 (7%) | 160 |
0.144 (1.00) |
0.057 (1.00) |
0.343 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.0581 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.0194 (1.00) |
CRIPAK | 11 (6%) | 161 |
0.969 (1.00) |
0.172 (1.00) |
0.419 (1.00) |
0.628 (1.00) |
0.0892 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.924 (1.00) |
0.415 (1.00) |
||
PABPC3 | 9 (5%) | 163 |
0.687 (1.00) |
0.538 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.948 (1.00) |
0.835 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.203 (1.00) |
||
LRRIQ3 | 10 (6%) | 162 |
0.879 (1.00) |
0.953 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.897 (1.00) |
0.934 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.919 (1.00) |
0.371 (1.00) |
||
ZNF804A | 30 (17%) | 142 |
0.144 (1.00) |
0.057 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.752 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.31 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.0969 (1.00) |
C18ORF34 | 19 (11%) | 153 |
0.308 (1.00) |
0.0975 (1.00) |
0.000216 (0.335) |
0.0612 (1.00) |
0.193 (1.00) |
0.153 (1.00) |
0.269 (1.00) |
0.0845 (1.00) |
0.0977 (1.00) |
0.067 (1.00) |
SERPINB4 | 10 (6%) | 162 |
0.381 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.0925 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.523 (1.00) |
0.884 (1.00) |
||
OR2T34 | 10 (6%) | 162 |
0.728 (1.00) |
1 (1.00) |
0.243 (1.00) |
0.895 (1.00) |
0.232 (1.00) |
0.379 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.0831 (1.00) |
ZNF492 | 8 (5%) | 164 |
0.957 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.878 (1.00) |
0.544 (1.00) |
0.596 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.402 (1.00) |
||
OR4C15 | 13 (8%) | 159 |
0.051 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.963 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.302 (1.00) |
||
TBX22 | 12 (7%) | 160 |
0.973 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.336 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.143 (1.00) |
||
U2AF1 | 6 (3%) | 166 |
0.521 (1.00) |
0.092 (1.00) |
0.203 (1.00) |
0.607 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.0357 (1.00) |
||
FERD3L | 7 (4%) | 165 |
0.491 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.856 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.773 (1.00) |
1 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.0886 (1.00) |
||
LRRTM4 | 18 (10%) | 154 |
0.728 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.873 (1.00) |
0.0473 (1.00) |
0.337 (1.00) |
0.322 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.0422 (1.00) |
0.0205 (1.00) |
0.00661 (1.00) |
OR5W2 | 9 (5%) | 163 |
0.0181 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.00934 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.0377 (1.00) |
0.0135 (1.00) |
0.0112 (1.00) |
0.381 (1.00) |
RIT1 | 8 (5%) | 164 |
0.0725 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.673 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.0563 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.868 (1.00) |
||
OR5D14 | 13 (8%) | 159 |
0.706 (1.00) |
0.0748 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.332 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.821 (1.00) |
0.928 (1.00) |
0.767 (1.00) |
||
OR8H2 | 11 (6%) | 161 |
0.461 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.147 (1.00) |
0.0591 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.447 (1.00) |
1 (1.00) |
||
NRG3 | 13 (8%) | 159 |
0.313 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.659 (1.00) |
0.559 (1.00) |
0.239 (1.00) |
0.0824 (1.00) |
0.143 (1.00) |
||
HEATR7B2 | 20 (12%) | 152 |
0.392 (1.00) |
0.534 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.0935 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.274 (1.00) |
0.406 (1.00) |
0.428 (1.00) |
||
ZNF268 | 5 (3%) | 167 |
0.308 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.0903 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.74 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.828 (1.00) |
|
OR5I1 | 11 (6%) | 161 |
0.645 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.395 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.846 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.612 (1.00) |
||
KCNT2 | 17 (10%) | 155 |
0.192 (1.00) |
0.0514 (1.00) |
0.522 (1.00) |
0.255 (1.00) |
0.671 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.508 (1.00) |
0.248 (1.00) |
0.0792 (1.00) |
0.0103 (1.00) |
HGF | 16 (9%) | 156 |
0.656 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.365 (1.00) |
0.238 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.483 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.0666 (1.00) |
0.0178 (1.00) |
THEMIS | 10 (6%) | 162 |
0.53 (1.00) |
1 (1.00) |
0.575 (1.00) |
0.808 (1.00) |
1 (1.00) |
0.947 (1.00) |
0.686 (1.00) |
1 (1.00) |
0.762 (1.00) |
0.709 (1.00) |
IL1RAPL1 | 11 (6%) | 161 |
0.901 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.503 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.505 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.786 (1.00) |
0.267 (1.00) |
ADAMTS2 | 14 (8%) | 158 |
0.675 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.587 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.116 (1.00) |
0.133 (1.00) |
0.631 (1.00) |
0.304 (1.00) |
||
SPANXN2 | 7 (4%) | 165 |
0.515 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.692 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.34 (1.00) |
||
GBA3 | 8 (5%) | 164 |
0.807 (1.00) |
0.0621 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0767 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.484 (1.00) |
1 (1.00) |
||
CPXCR1 | 10 (6%) | 162 |
0.192 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.00191 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.108 (1.00) |
0.00864 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.73 (1.00) |
TBX15 | 11 (6%) | 161 |
0.451 (1.00) |
0.0157 (1.00) |
0.655 (1.00) |
1 (1.00) |
0.623 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.0922 (1.00) |
0.0501 (1.00) |
||
WDR49 | 9 (5%) | 163 |
0.192 (1.00) |
0.55 (1.00) |
1 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.749 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.551 (1.00) |
||
PCK1 | 10 (6%) | 162 |
0.42 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.933 (1.00) |
0.167 (1.00) |
0.655 (1.00) |
1 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.3 (1.00) |
1 (1.00) |
0.73 (1.00) |
CXORF59 | 8 (5%) | 164 |
0.692 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.256 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.77 (1.00) |
||
ZIC4 | 13 (8%) | 159 |
0.465 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.865 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.204 (1.00) |
||
OR52E4 | 6 (3%) | 166 |
0.131 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.371 (1.00) |
0.0137 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.497 (1.00) |
|||
LRRIQ1 | 21 (12%) | 151 |
0.335 (1.00) |
0.308 (1.00) |
0.0747 (1.00) |
0.0146 (1.00) |
0.844 (1.00) |
0.696 (1.00) |
0.461 (1.00) |
0.229 (1.00) |
0.723 (1.00) |
0.408 (1.00) |
ASTN2 | 14 (8%) | 158 |
0.957 (1.00) |
0.13 (1.00) |
0.92 (1.00) |
0.526 (1.00) |
0.605 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.0326 (1.00) |
0.652 (1.00) |
||
FAM71B | 14 (8%) | 158 |
0.845 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.62 (1.00) |
0.196 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.725 (1.00) |
0.198 (1.00) |
||
EPHB1 | 18 (10%) | 154 |
0.478 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.0274 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.0666 (1.00) |
0.0781 (1.00) |
||
OR8H3 | 11 (6%) | 161 |
0.729 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.549 (1.00) |
1 (1.00) |
0.131 (1.00) |
0.303 (1.00) |
0.411 (1.00) |
0.821 (1.00) |
||
RPL10L | 6 (3%) | 166 |
0.492 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.0901 (1.00) |
0.776 (1.00) |
0.0772 (1.00) |
0.548 (1.00) |
||
OR4S2 | 6 (3%) | 166 |
0.83 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.188 (1.00) |
0.685 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.722 (1.00) |
||
PJA1 | 8 (5%) | 164 |
0.511 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.437 (1.00) |
0.0605 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.34 (1.00) |
||
INHBA | 9 (5%) | 163 |
0.561 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.398 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.574 (1.00) |
1 (1.00) |
0.281 (1.00) |
||
RBM10 | 12 (7%) | 160 |
0.252 (1.00) |
0.236 (1.00) |
0.834 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.678 (1.00) |
0.945 (1.00) |
1 (1.00) |
0.864 (1.00) |
1 (1.00) |
MARCH11 | 8 (5%) | 164 |
0.916 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.603 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.678 (1.00) |
||
OR14I1 | 6 (3%) | 166 |
0.75 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0604 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.529 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.662 (1.00) |
1 (1.00) |
|
PTH | 3 (2%) | 169 |
1 (1.00) |
0.93 (1.00) |
1 (1.00) |
0.606 (1.00) |
0.71 (1.00) |
|||||
FLI1 | 6 (3%) | 166 |
0.641 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.851 (1.00) |
1 (1.00) |
0.804 (1.00) |
1 (1.00) |
0.493 (1.00) |
1 (1.00) |
|
GPR174 | 6 (3%) | 166 |
0.83 (1.00) |
0.471 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.52 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.324 (1.00) |
||
KRTAP19-6 | 4 (2%) | 168 |
0.0299 (1.00) |
1 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.823 (1.00) |
0.791 (1.00) |
|||
MAGEB18 | 5 (3%) | 167 |
0.854 (1.00) |
0.092 (1.00) |
0.0665 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.913 (1.00) |
0.74 (1.00) |
1 (1.00) |
0.548 (1.00) |
||
NHEDC1 | 9 (5%) | 163 |
0.315 (1.00) |
0.0614 (1.00) |
0.764 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.277 (1.00) |
0.0525 (1.00) |
||
OR2T27 | 8 (5%) | 164 |
0.366 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.019 (1.00) |
0.115 (1.00) |
0.349 (1.00) |
0.542 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.397 (1.00) |
||
SYT4 | 11 (6%) | 161 |
0.0852 (1.00) |
0.122 (1.00) |
1 (1.00) |
0.93 (1.00) |
0.141 (1.00) |
1 (1.00) |
0.832 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ZSWIM2 | 13 (8%) | 159 |
0.869 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.852 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.708 (1.00) |
0.227 (1.00) |
||
MYL10 | 5 (3%) | 167 |
0.637 (1.00) |
0.49 (1.00) |
1 (1.00) |
0.217 (1.00) |
0.528 (1.00) |
0.619 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
KRTAP15-1 | 5 (3%) | 167 |
0.0487 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.145 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.0401 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.319 (1.00) |
|||
NTNG1 | 11 (6%) | 161 |
0.0502 (1.00) |
0.0514 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.813 (1.00) |
0.874 (1.00) |
0.396 (1.00) |
0.0226 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.328 (1.00) |
OR2M7 | 9 (5%) | 163 |
0.756 (1.00) |
0.571 (1.00) |
0.478 (1.00) |
0.25 (1.00) |
0.627 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0908 (1.00) |
0.185 (1.00) |
||
SATB2 | 15 (9%) | 157 |
0.261 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.635 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.0608 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.672 (1.00) |
||
OR5F1 | 12 (7%) | 160 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.569 (1.00) |
0.63 (1.00) |
0.0489 (1.00) |
0.4 (1.00) |
0.966 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.928 (1.00) |
0.492 (1.00) |
OR2W5 | 7 (4%) | 165 |
0.451 (1.00) |
0.765 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.0922 (1.00) |
0.729 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.149 (1.00) |
||
CMKLR1 | 7 (4%) | 165 |
1 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.851 (1.00) |
1 (1.00) |
0.657 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.893 (1.00) |
0.402 (1.00) |
||
AKR1B10 | 4 (2%) | 168 |
0.894 (1.00) |
0.068 (1.00) |
0.174 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.718 (1.00) |
0.391 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
DACH1 | 11 (6%) | 161 |
0.0235 (1.00) |
0.0127 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.00324 (1.00) |
0.34 (1.00) |
0.652 (1.00) |
0.0766 (1.00) |
0.00551 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.415 (1.00) |
OR10K2 | 9 (5%) | 163 |
0.891 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.762 (1.00) |
1 (1.00) |
||
ADAMTS16 | 22 (13%) | 150 |
0.565 (1.00) |
0.602 (1.00) |
0.355 (1.00) |
0.694 (1.00) |
1 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.772 (1.00) |
0.345 (1.00) |
0.0114 (1.00) |
0.00925 (1.00) |
ARHGAP36 | 13 (8%) | 159 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.889 (1.00) |
0.464 (1.00) |
0.369 (1.00) |
0.738 (1.00) |
0.494 (1.00) |
0.629 (1.00) |
0.0775 (1.00) |
0.432 (1.00) |
FABP12 | 3 (2%) | 169 |
0.161 (1.00) |
1 (1.00) |
0.558 (1.00) |
0.247 (1.00) |
0.646 (1.00) |
0.33 (1.00) |
0.0792 (1.00) |
|||
C7 | 14 (8%) | 158 |
0.208 (1.00) |
0.0317 (1.00) |
0.904 (1.00) |
0.465 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.0547 (1.00) |
||
PI15 | 7 (4%) | 165 |
0.0333 (1.00) |
0.00706 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.166 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.0106 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.0471 (1.00) |
0.34 (1.00) |
NRXN1 | 25 (15%) | 147 |
0.388 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.701 (1.00) |
0.0753 (1.00) |
0.802 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.434 (1.00) |
0.00747 (1.00) |
0.000578 (0.894) |
0.000165 (0.256) |
OR5D16 | 7 (4%) | 165 |
0.451 (1.00) |
0.272 (1.00) |
0.0596 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.36 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.0588 (1.00) |
||
LIPI | 7 (4%) | 165 |
0.00605 (1.00) |
0.00706 (1.00) |
0.362 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.764 (1.00) |
1 (1.00) |
0.417 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.284 (1.00) |
SEMA3A | 10 (6%) | 162 |
0.758 (1.00) |
0.849 (1.00) |
0.549 (1.00) |
0.29 (1.00) |
0.451 (1.00) |
0.144 (1.00) |
0.548 (1.00) |
0.328 (1.00) |
||
C1ORF49 | 6 (3%) | 166 |
0.0128 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.137 (1.00) |
0.404 (1.00) |
0.0976 (1.00) |
0.432 (1.00) |
1 (1.00) |
||
SLC35F1 | 9 (5%) | 163 |
0.28 (1.00) |
0.564 (1.00) |
0.562 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0848 (1.00) |
0.574 (1.00) |
0.101 (1.00) |
0.432 (1.00) |
||
PYHIN1 | 7 (4%) | 165 |
0.777 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.917 (1.00) |
0.446 (1.00) |
0.299 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.172 (1.00) |
||
ANKRD7 | 6 (3%) | 166 |
0.694 (1.00) |
0.462 (1.00) |
0.0665 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.447 (1.00) |
0.0643 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.319 (1.00) |
||
OLAH | 7 (4%) | 165 |
0.00712 (1.00) |
0.00248 (1.00) |
0.121 (1.00) |
0.0272 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.00451 (1.00) |
0.00906 (1.00) |
0.0588 (1.00) |
||
TMEM195 | 11 (6%) | 161 |
0.712 (1.00) |
0.733 (1.00) |
0.879 (1.00) |
1 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.497 (1.00) |
0.839 (1.00) |
0.73 (1.00) |
||
KRTAP11-1 | 6 (3%) | 166 |
0.83 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.103 (1.00) |
0.052 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.283 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.27 (1.00) |
||
OR6N2 | 7 (4%) | 165 |
0.245 (1.00) |
0.21 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.105 (1.00) |
0.459 (1.00) |
0.0714 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.34 (1.00) |
||
PRIM2 | 10 (6%) | 162 |
0.0377 (1.00) |
0.0959 (1.00) |
0.288 (1.00) |
0.297 (1.00) |
0.00923 (1.00) |
0.0728 (1.00) |
0.0141 (1.00) |
0.0831 (1.00) |
||
C14ORF177 | 5 (3%) | 167 |
0.127 (1.00) |
0.582 (1.00) |
1 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.163 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.319 (1.00) |
|||
FAM48B1 | 10 (6%) | 162 |
0.53 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0291 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.568 (1.00) |
0.964 (1.00) |
0.92 (1.00) |
1 (1.00) |
0.709 (1.00) |
KCNS2 | 7 (4%) | 165 |
0.563 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.784 (1.00) |
1 (1.00) |
0.693 (1.00) |
0.186 (1.00) |
||
C7ORF58 | 17 (10%) | 155 |
0.474 (1.00) |
0.191 (1.00) |
0.875 (1.00) |
0.0416 (1.00) |
0.087 (1.00) |
0.012 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.658 (1.00) |
||
OR14A16 | 12 (7%) | 160 |
0.59 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.748 (1.00) |
0.114 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.543 (1.00) |
0.702 (1.00) |
0.00251 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.628 (1.00) |
EPHA7 | 11 (6%) | 161 |
0.12 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.939 (1.00) |
0.106 (1.00) |
0.347 (1.00) |
0.758 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.188 (1.00) |
SERPINB13 | 9 (5%) | 163 |
0.354 (1.00) |
0.492 (1.00) |
0.796 (1.00) |
0.304 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.0596 (1.00) |
||
OR13G1 | 9 (5%) | 163 |
0.832 (1.00) |
0.0105 (1.00) |
0.127 (1.00) |
0.0234 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.237 (1.00) |
||
CDH18 | 22 (13%) | 150 |
0.192 (1.00) |
0.183 (1.00) |
0.0491 (1.00) |
0.0328 (1.00) |
0.0156 (1.00) |
0.000828 (1.00) |
0.113 (1.00) |
0.0854 (1.00) |
||
CTNNA2 | 20 (12%) | 152 |
0.192 (1.00) |
1 (1.00) |
0.909 (1.00) |
0.806 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.699 (1.00) |
0.0983 (1.00) |
0.186 (1.00) |
0.219 (1.00) |
0.532 (1.00) |
OR5T2 | 8 (5%) | 164 |
0.168 (1.00) |
0.644 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.561 (1.00) |
0.905 (1.00) |
0.484 (1.00) |
0.466 (1.00) |
||
APCS | 4 (2%) | 168 |
0.0013 (1.00) |
0.876 (1.00) |
1 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.353 (1.00) |
0.0729 (1.00) |
0.216 (1.00) |
0.354 (1.00) |
||
IFNA7 | 5 (3%) | 167 |
0.215 (1.00) |
0.293 (1.00) |
0.415 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.633 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.2 (1.00) |
0.319 (1.00) |
||
UGT2B10 | 11 (6%) | 161 |
0.612 (1.00) |
0.41 (1.00) |
0.533 (1.00) |
0.316 (1.00) |
0.357 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.415 (1.00) |
||
PPP3CA | 3 (2%) | 169 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0857 (1.00) |
0.791 (1.00) |
1 (1.00) |
0.794 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
TBX5 | 11 (6%) | 161 |
0.247 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.422 (1.00) |
0.507 (1.00) |
1 (1.00) |
0.611 (1.00) |
0.21 (1.00) |
1 (1.00) |
0.573 (1.00) |
0.746 (1.00) |
VN1R2 | 7 (4%) | 165 |
0.0385 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.61 (1.00) |
0.0244 (1.00) |
0.79 (1.00) |
0.655 (1.00) |
||
ADAMTS18 | 17 (10%) | 155 |
0.949 (1.00) |
0.642 (1.00) |
0.84 (1.00) |
1 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.134 (1.00) |
0.0193 (1.00) |
0.00661 (1.00) |
||
PSG6 | 11 (6%) | 161 |
0.404 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.504 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.68 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.237 (1.00) |
||
CCDC73 | 11 (6%) | 161 |
0.0156 (1.00) |
0.238 (1.00) |
1 (1.00) |
0.957 (1.00) |
0.236 (1.00) |
1 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.415 (1.00) |
||
OR10G8 | 8 (5%) | 164 |
0.552 (1.00) |
0.706 (1.00) |
0.0596 (1.00) |
0.731 (1.00) |
0.439 (1.00) |
0.344 (1.00) |
0.466 (1.00) |
1 (1.00) |
||
OR51I1 | 6 (3%) | 166 |
0.309 (1.00) |
0.392 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.0976 (1.00) |
0.662 (1.00) |
0.722 (1.00) |
||
GPR101 | 9 (5%) | 163 |
0.218 (1.00) |
0.831 (1.00) |
0.599 (1.00) |
0.682 (1.00) |
0.458 (1.00) |
0.24 (1.00) |
1 (1.00) |
0.709 (1.00) |
||
IRX1 | 7 (4%) | 165 |
0.0437 (1.00) |
0.925 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.545 (1.00) |
0.769 (1.00) |
0.506 (1.00) |
0.333 (1.00) |
0.868 (1.00) |
||
STAC3 | 3 (2%) | 169 |
0.627 (1.00) |
1 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.237 (1.00) |
0.775 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.536 (1.00) |
|||
BCHE | 9 (5%) | 163 |
0.0519 (1.00) |
0.0391 (1.00) |
0.622 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.0897 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.499 (1.00) |
CNGA2 | 11 (6%) | 161 |
0.12 (1.00) |
0.102 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.388 (1.00) |
0.912 (1.00) |
1 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.859 (1.00) |
0.489 (1.00) |
0.146 (1.00) |
FTSJD1 | 6 (3%) | 166 |
0.619 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.0197 (1.00) |
0.935 (1.00) |
0.324 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
MAGEC2 | 8 (5%) | 164 |
0.253 (1.00) |
0.586 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.801 (1.00) |
0.292 (1.00) |
0.662 (1.00) |
1 (1.00) |
0.397 (1.00) |
||
OR10T2 | 7 (4%) | 165 |
0.905 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.184 (1.00) |
0.346 (1.00) |
0.00451 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.34 (1.00) |
||
OR4L1 | 7 (4%) | 165 |
0.362 (1.00) |
0.55 (1.00) |
0.408 (1.00) |
1 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.157 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.655 (1.00) |
||
RIT2 | 3 (2%) | 169 |
0.627 (1.00) |
0.279 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.11 (1.00) |
0.454 (1.00) |
1 (1.00) |
0.173 (1.00) |
0.536 (1.00) |
||
OR2T8 | 8 (5%) | 164 |
0.293 (1.00) |
0.0998 (1.00) |
0.408 (1.00) |
0.637 (1.00) |
0.128 (1.00) |
0.488 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.105 (1.00) |
||
NPFFR2 | 10 (6%) | 162 |
0.28 (1.00) |
0.215 (1.00) |
0.694 (1.00) |
0.714 (1.00) |
0.474 (1.00) |
0.0767 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.779 (1.00) |
0.0535 (1.00) |
0.0727 (1.00) |
CHM | 6 (3%) | 166 |
0.411 (1.00) |
0.988 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.51 (1.00) |
0.32 (1.00) |
0.776 (1.00) |
1 (1.00) |
0.828 (1.00) |
||
OR4D10 | 5 (3%) | 167 |
1 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.49 (1.00) |
1 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.325 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.828 (1.00) |
||
OR5D13 | 4 (2%) | 168 |
0.894 (1.00) |
0.888 (1.00) |
0.311 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.211 (1.00) |
0.823 (1.00) |
0.447 (1.00) |
||
FOXI1 | 8 (5%) | 164 |
0.879 (1.00) |
0.473 (1.00) |
0.533 (1.00) |
1 (1.00) |
0.249 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.654 (1.00) |
0.884 (1.00) |
||
FAM47B | 14 (8%) | 158 |
0.107 (1.00) |
0.463 (1.00) |
0.27 (1.00) |
0.132 (1.00) |
0.146 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.676 (1.00) |
0.929 (1.00) |
||
OR5K3 | 7 (4%) | 165 |
0.174 (1.00) |
0.261 (1.00) |
0.175 (1.00) |
0.423 (1.00) |
0.83 (1.00) |
0.26 (1.00) |
0.0605 (1.00) |
0.34 (1.00) |
||
HOXB3 | 10 (6%) | 162 |
0.933 (1.00) |
0.356 (1.00) |
0.189 (1.00) |
0.632 (1.00) |
0.0795 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.832 (1.00) |
0.886 (1.00) |
||
PTN | 4 (2%) | 168 |
0.154 (1.00) |
0.826 (1.00) |
0.868 (1.00) |
0.929 (1.00) |
0.838 (1.00) |
0.683 (1.00) |
0.791 (1.00) |
|||
SAMD7 | 6 (3%) | 166 |
0.204 (1.00) |
0.222 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0364 (1.00) |
0.389 (1.00) |
0.00849 (1.00) |
0.162 (1.00) |
0.497 (1.00) |
||
BIRC8 | 6 (3%) | 166 |
0.94 (1.00) |
0.222 (1.00) |
0.123 (1.00) |
1 (1.00) |
0.434 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0772 (1.00) |
0.548 (1.00) |
||
OR51A7 | 7 (4%) | 165 |
0.0998 (1.00) |
0.22 (1.00) |
0.664 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.705 (1.00) |
0.427 (1.00) |
1 (1.00) |
||
TYR | 10 (6%) | 162 |
0.503 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.912 (1.00) |
0.819 (1.00) |
0.882 (1.00) |
0.43 (1.00) |
0.306 (1.00) |
0.328 (1.00) |
||
TGFB2 | 6 (3%) | 166 |
0.78 (1.00) |
0.252 (1.00) |
0.49 (1.00) |
0.0764 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.493 (1.00) |
0.608 (1.00) |
||
GPR158 | 18 (10%) | 154 |
0.0481 (1.00) |
0.418 (1.00) |
0.641 (1.00) |
0.141 (1.00) |
0.14 (1.00) |
0.000161 (0.251) |
0.0503 (1.00) |
0.033 (1.00) |
||
MTTP | 6 (3%) | 166 |
0.18 (1.00) |
0.755 (1.00) |
0.49 (1.00) |
1 (1.00) |
0.0166 (1.00) |
0.374 (1.00) |
0.197 (1.00) |
0.221 (1.00) |
||
COL25A1 | 11 (6%) | 161 |
0.192 (1.00) |
0.591 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.442 (1.00) |
0.161 (1.00) |
0.421 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
RB1 | 7 (4%) | 165 |
0.515 (1.00) |
0.666 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.431 (1.00) |
0.0968 (1.00) |
0.0962 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.149 (1.00) |
||
CYLC1 | 6 (3%) | 166 |
1 (1.00) |
0.276 (1.00) |
0.225 (1.00) |
0.234 (1.00) |
0.784 (1.00) |
1 (1.00) |
0.375 (1.00) |
0.27 (1.00) |
||
CYP4V2 | 6 (3%) | 166 |
0.291 (1.00) |
0.436 (1.00) |
0.0903 (1.00) |
0.378 (1.00) |
0.479 (1.00) |
0.874 (1.00) |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
||
FGF14 | 7 (4%) | 165 |
0.905 (1.00) |
0.695 (1.00) |
0.851 (1.00) |
0.665 (1.00) |
0.536 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.427 (1.00) |
0.34 (1.00) |
||
GC | 5 (3%) | 167 |
0.339 (1.00) |
1 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.864 (1.00) |
0.242 (1.00) |
0.319 (1.00) |
|||
LCE1F | 4 (2%) | 168 |
0.661 (1.00) |
0.761 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.263 (1.00) |
0.267 (1.00) |
0.823 (1.00) |
0.447 (1.00) |
|||
RBM19 | 14 (8%) | 158 |
0.957 (1.00) |
0.23 (1.00) |
0.486 (1.00) |
0.432 (1.00) |
0.321 (1.00) |
0.201 (1.00) |
0.151 (1.00) |
0.164 (1.00) |
||
C2ORF51 | 5 (3%) | 167 |
0.154 (1.00) |
0.515 (1.00) |
0.712 (1.00) |
0.894 (1.00) |
0.762 (1.00) |
1 (1.00) |
0.619 (1.00) |
1 (1.00) |
||
CNKSR2 | 8 (5%) | 164 |
0.456 (1.00) |
0.0668 (1.00) |
0.879 (1.00) |
0.119 (1.00) |
0.449 (1.00) |
0.031 (1.00) |
0.37 (1.00) |
0.237 (1.00) |
||
DIO2 | 6 (3%) | 166 |
0.243 (1.00) |
0.123 (1.00) |
0.262 (1.00) |
0.808 (1.00) |
0.444 (1.00) |
0.298 (1.00) |
0.828 (1.00) |
|||
FRG1 | 6 (3%) | 166 |
0.619 (1.00) |
0.72 (1.00) |
0.582 (1.00) |
0.0627 (1.00) |
0.785 (1.00) |
1 (1.00) |
0.722 (1.00) |
0.828 (1.00) |
||
PIP | 5 (3%) | 167 |
1 (1.00) |
0.876 (1.00) |
0.664 (1.00) |
1 (1.00) |
0.711 (1.00) |
1 (1.00) |
0.619 (1.00) |
1 (1.00) |
||
SLITRK2 | 19 (11%) | 153 |
0.42 (1.00) |
0.412 (1.00) |
0.206 (1.00) |
0.3 (1.00) |
0.12 (1.00) |
0.372 (1.00) |
0.235 (1.00) |
0.651 (1.00) |
0.906 (1.00) |
0.834 (1.00) |
GABRA5 | 11 (6%) | 161 |
0.869 (1.00) |
0.78 (1.00) |
0.747 (1.00) |
0.84 (1.00) |
0.018 (1.00) |
0.828 (1.00) |
0.661 (1.00) |
0.63 (1.00) |
1 (1.00) |
0.509 (1.00) |
OR4A16 | 8 (5%) | 164 |
0.843 (1.00) |
0.959 (1.00) |
0.324 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.823 (1.00) |
0.152 (1.00) |
0.0779 (1.00) |
0.237 (1.00) |
||
MBD1 | 6 (3%) | 166 |
0.204 (1.00) |
0.581 (1.00) |
0.456 (1.00) |
0.0808 (1.00) |
0.0805 (1.00) |
0.432 (1.00) |
1 (1.00) |
|||
NELL1 | 14 (8%) | 158 |
0.728 (1.00) |
0.818 (1.00) |
0.129 (1.00) |
0.847 (1.00) |
0.789 (1.00) |
0.936 (1.00) |
0.584 (1.00) |
0.364 (1.00) |
0.933 (1.00) |
1 (1.00) |
STXBP5L | 12 (7%) | 160 |
0.329 (1.00) |
0.849 (1.00) |
1 (1.00) |
0.42 (1.00) |
0.496 (1.00) |
0.181 (1.00) |
0.177 (1.00) |
0.575 (1.00) |
||
SLC10A2 | 7 (4%) | 165 |
0.819 (1.00) |
0.511 (1.00) |
0.655 (1.00) |
0.291 (1.00) |
0.425 (1.00) |
0.0714 (1.00) |
0.609 (1.00) |
0.34 (1.00) |
||
DYTN | 10 (6%) | 162 |
1 (1.00) |
1 (1.00) |
0.804 (1.00) |
0.313 (1.00) |
0.626 (1.00) |
0.947 (1.00) |
0.0755 (1.00) |
0.0352 (1.00) |
0.368 (1.00) |
0.73 (1.00) |
SLITRK4 | 15 (9%) | 157 |
0.531 (1.00) |
0.295 (1.00) |
0.499 (1.00) |
0.911 (1.00) |
0.0832 (1.00) |
0.0253 (1.00) |
0.886 (1.00) |
0.299 (1.00) |
P value = 7.6e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.12
Table S1. Gene #4: 'STK11 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 | CLUS_4 |
---|---|---|---|---|
ALL | 53 | 63 | 36 | 20 |
STK11 MUTATED | 0 | 11 | 9 | 0 |
STK11 WILD-TYPE | 53 | 52 | 27 | 20 |
Figure S1. Get High-res Image Gene #4: 'STK11 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'
![](D4V3.png)
P value = 5.82e-07 (Chi-square test), Q value = 0.00091
Table S2. Gene #4: 'STK11 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 | CLUS_4 | CLUS_5 | CLUS_6 | CLUS_7 | CLUS_8 | CLUS_9 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ALL | 39 | 23 | 27 | 14 | 11 | 17 | 23 | 8 | 8 |
STK11 MUTATED | 0 | 0 | 4 | 8 | 0 | 2 | 5 | 0 | 0 |
STK11 WILD-TYPE | 39 | 23 | 23 | 6 | 11 | 15 | 18 | 8 | 8 |
Figure S2. Get High-res Image Gene #4: 'STK11 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'
![](D4V7.png)
P value = 8.15e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.13
Table S3. Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 | CLUS_4 |
---|---|---|---|---|
ALL | 53 | 63 | 36 | 20 |
TP53 MUTATED | 36 | 18 | 23 | 10 |
TP53 WILD-TYPE | 17 | 45 | 13 | 10 |
Figure S3. Get High-res Image Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #3: 'CN_CNMF'
![](D5V3.png)
P value = 7.51e-05 (Chi-square test), Q value = 0.12
Table S4. Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 | CLUS_4 | CLUS_5 | CLUS_6 | CLUS_7 | CLUS_8 | CLUS_9 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ALL | 39 | 23 | 27 | 14 | 11 | 17 | 23 | 8 | 8 |
TP53 MUTATED | 28 | 8 | 22 | 3 | 3 | 8 | 10 | 3 | 1 |
TP53 WILD-TYPE | 11 | 15 | 5 | 11 | 8 | 9 | 13 | 5 | 7 |
Figure S4. Get High-res Image Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'
![](D5V7.png)
P value = 4.12e-06 (Fisher's exact test), Q value = 0.0064
Table S5. Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 61 | 57 | 52 |
TP53 MUTATED | 16 | 40 | 30 |
TP53 WILD-TYPE | 45 | 17 | 22 |
Figure S5. Get High-res Image Gene #5: 'TP53 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
![](D5V8.png)
P value = 1.71e-05 (Chi-square test), Q value = 0.027
Table S6. Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 | CLUS_4 | CLUS_5 | CLUS_6 | CLUS_7 | CLUS_8 | CLUS_9 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ALL | 39 | 23 | 27 | 14 | 11 | 17 | 23 | 8 | 8 |
KEAP1 MUTATED | 2 | 0 | 6 | 8 | 3 | 2 | 10 | 1 | 0 |
KEAP1 WILD-TYPE | 37 | 23 | 21 | 6 | 8 | 15 | 13 | 7 | 8 |
Figure S6. Get High-res Image Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #7: 'MRNASEQ_CNMF'
![](D6V7.png)
P value = 4.63e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.072
Table S7. Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 61 | 57 | 52 |
KEAP1 MUTATED | 9 | 3 | 20 |
KEAP1 WILD-TYPE | 52 | 54 | 32 |
Figure S7. Get High-res Image Gene #6: 'KEAP1 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
![](D6V8.png)
P value = 9.61e-05 (Fisher's exact test), Q value = 0.15
Table S8. Gene #10: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
nPatients | CLUS_1 | CLUS_2 | CLUS_3 |
---|---|---|---|
ALL | 61 | 57 | 52 |
MUC7 MUTATED | 1 | 2 | 12 |
MUC7 WILD-TYPE | 60 | 55 | 40 |
Figure S8. Get High-res Image Gene #10: 'MUC7 MUTATION STATUS' versus Clinical Feature #8: 'MRNASEQ_CHIERARCHICAL'
![](D10V8.png)
-
Mutation data file = LUAD-TP.mutsig.cluster.txt
-
Molecular subtypes file = LUAD-TP.transferedmergedcluster.txt
-
Number of patients = 172
-
Number of significantly mutated genes = 184
-
Number of Molecular subtypes = 10
-
Exclude genes that fewer than K tumors have mutations, K = 3
For binary or multi-class clinical features (nominal or ordinal), two-tailed Fisher's exact tests (Fisher 1922) were used to estimate the P values using the 'fisher.test' function in R
For multi-class clinical features (nominal or ordinal), Chi-square tests (Greenwood and Nikulin 1996) were used to estimate the P values using the 'chisq.test' function in R
For multiple hypothesis correction, Q value is the False Discovery Rate (FDR) analogue of the P value (Benjamini and Hochberg 1995), defined as the minimum FDR at which the test may be called significant. We used the 'Benjamini and Hochberg' method of 'p.adjust' function in R to convert P values into Q values.
This is an experimental feature. The full results of the analysis summarized in this report can be downloaded from the TCGA Data Coordination Center.